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万見
- EMDB-7941: Fako virus empty particles aligned to the best decoy map (asymmet... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7941
タイトルFako virus empty particles aligned to the best decoy map (asymmetric reconstruction) showing the locations of the polymerase complexes
マップデータAsymmetric reconstruction of Fako virus empty particles aligned to the best decoy map, showing the locations of the polymerase complexes
試料
  • ウイルス: Fako virus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: major capsid protein
    • タンパク質・ペプチド: RNA-dependent RNA polymeraseRNA依存性RNAポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: turret
    • タンパク質・ペプチド: clamp
    • タンパク質・ペプチド: accessory NTPase
生物種Fako virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Kaelber JT / Jiang W / Weaver SC / Auguste AJ / Chiu W
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical SciencesP41GM103832 米国
Welch FoundationQ1242 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2020
タイトル: Arrangement of the Polymerase Complexes inside a Nine-Segmented dsRNA Virus.
著者: Jason T Kaelber / Wen Jiang / Scott C Weaver / Albert J Auguste / Wah Chiu /
要旨: Members of the family Reoviridae package several copies of the viral polymerase complex into their capsid to carry out replication and transcription within viral particles. Classical single-particle ...Members of the family Reoviridae package several copies of the viral polymerase complex into their capsid to carry out replication and transcription within viral particles. Classical single-particle reconstruction encounters difficulties resolving structures such as the intraparticle polymerase complex because refinement can converge to an incorrect map and because the map could depict a nonrepresentative subset of particles or an average of heterogeneous particles. Using the nine-segmented Fako virus, we tested hypotheses for the arrangement and number of polymerase complexes within the virion by measuring how well each hypothesis describes the set of cryoelectron microscopy images of individual viral particles. We find that the polymerase complex in Fako virus binds at ten possible sites despite having only nine genome segments. A single asymmetric configuration describes the arrangement of these complexes in both virions and genome-free capsids. Similarities between the arrangements of Reoviridae with 9, 10, and 11 segments indicate the generalizability of this architecture.
履歴
登録2018年5月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年1月16日-
マップ公開2019年1月16日-
更新2020年8月5日-
現状2020年8月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 30
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 30
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7941.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7941.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 253.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Asymmetric reconstruction of Fako virus empty particles aligned to the best decoy map, showing the locations of the polymerase complexes
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.142 Å
密度
表面レベル登録者による: 30 / ムービー #1: 30
最小 - 最大-66.40891 - 99.88296
平均 (標準偏差)0.61569375 (±7.19561)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-202-202-202
サイズ405405405
Spacing405405405
セルA=B=C: 867.51 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.1422.1422.142
M x/y/z405405405
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z867.510867.510867.510
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ352352352
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-202-202-202
NC/NR/NS405405405
D min/max/mean-66.40999.8830.616

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Fako virus

全体名称: Fako virus (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Fako virus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: major capsid protein
    • タンパク質・ペプチド: RNA-dependent RNA polymeraseRNA依存性RNAポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: turret
    • タンパク質・ペプチド: clamp
    • タンパク質・ペプチド: accessory NTPase

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超分子 #1: Fako virus

超分子名称: Fako virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 1567404 / 生物種: Fako virus / Sci species strain: CSW77 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes
宿主生物種: Culicinae (カ)
分子量理論値: 43 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / T番号(三角分割数): 2

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分子 #1: major capsid protein

分子名称: major capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Fako virus (ウイルス) / 株: CSW77
配列文字列: MRPIRMYKNN QERTNLKHQE INEEQQNEQT TSNQGFTRSD NSGKINIERI SSSRNQITDG KTVSSYSKI ETNRSSQDSV QHGGSSITYT SDTTGNPRIT NARTNNDETH ATGPIEDLNS T SHGREPEI ESFADRAELA MMIQGMTVGA LTVQPMRSIR STFANLANVL ...文字列:
MRPIRMYKNN QERTNLKHQE INEEQQNEQT TSNQGFTRSD NSGKINIERI SSSRNQITDG KTVSSYSKI ETNRSSQDSV QHGGSSITYT SDTTGNPRIT NARTNNDETH ATGPIEDLNS T SHGREPEI ESFADRAELA MMIQGMTVGA LTVQPMRSIR STFANLANVL IFHDVFTTED KP SAFIEYH SDEMIVNMPK QTYNPIDNLA KILYLPSLEK FKYGTGIVQL NYSPHISKLY QNT NNIINT ITDGITYANR TEFFIRVMVL MMMDRKILTM EFYDVDTSAI SNTAILPTIP TTTG VSPLL RIDTRTEPIW YNDAIKTLIT NLTIQYGKIK TVLDANAVKR YSVVGYPIDQ YRAYL YNHN LLEYLGKKVK REDIMSLIKA LSYEFDLITI SDLEYQNIPK WFSDNDLSRF IFSICM FPD IVRQFHALNI DYFSQANVFT VKSENAIVKM LNSNQNMEPT IINWFLFRIC AIDKTVI DD YFSLEMTPII MRPKLYDFDM KRGEPVSLLY ILELILFSIM FPNVTQHMLG QIQARILY I SMYAFRQEYL KFITKFGFYY KIVNGRKEYI QVTNQNERMT ENNDVLTGNL YPSLFTDDP TLSAIAPTLA KIARLMKPTT SLTPDDRAIA AKFPRFKDSA HLNPYSSLNI GGRTQHSVTY TRMYDAIEE MFNLILRAFA SSFAQRPRAG VTQLKSLLTQ LADPLCLALD GHVYHLYNVM A NMMQNFIP NTDGQFHSFR ACSYAVKDGG NIYRVVQNGD ELNESLLIDT AIVWGLLGNT DS SYGNAIG ATGTANVPTK VQPVIPTPDN FITPTIHLKT SIDAICSVEG ILLLILSRQT TIP GYEDEL NKLRTGISQP KVTERQYRRA RESIKNMLGS GDYNVAPLHF LLHTEHRSTK LSKP LIRRV LDNVVQPYVA NLDPAEFENT PQLIENSNMT RLQIALKMLT GDMDDIVKGL ILHKR ACAK FDVYETLTIP TDVKTIVLTM QHISTQTQNN MVYYVFLIDG VKILAEDIKN VNFQID ITG IWPEYVITLL LRAINNGFNT YVSMPNILYK PTITADVRQF MNTTKAETLL ISNKSIV HE IMFFDNALQP KMSSDTLALS EAVYRTIWNS SIITQRISAR GLMNLEDARP PEAKISHQ S ELDMGKIDET SGEPIYTSGL QKMQSSKVSM ANVVLSAGSD VIRQAAIKYN VVRTQEIIL FE

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分子 #2: RNA-dependent RNA polymerase

分子名称: RNA-dependent RNA polymerase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Fako virus (ウイルス) / 株: CSW77
配列文字列: MATEPNEINL RMTQTLMKQI EDTTFKIRRK HDDMYTYLID DTAAIEMYPD TETPFRMKSS LHELYIQVK CQIPKSIIRP PLYNNDMYPL NNNNTNFLED RPFNYLCNFD WYEFLSRTKD E LGMHYNMI RDLIAMSSQT RYSNIWSNIS GIIMYLRQYQ RGFALRAILA ...文字列:
MATEPNEINL RMTQTLMKQI EDTTFKIRRK HDDMYTYLID DTAAIEMYPD TETPFRMKSS LHELYIQVK CQIPKSIIRP PLYNNDMYPL NNNNTNFLED RPFNYLCNFD WYEFLSRTKD E LGMHYNMI RDLIAMSSQT RYSNIWSNIS GIIMYLRQYQ RGFALRAILA RLLKQWNNFP FF DTWDGFR DVLPNTSTAW PLLFYAFMSV TFDYICENIS EGEAIVCFQN HLENAQVSYQ DTK LEKKNN YTLWLKYECH NLRVALTPRY DYTGTVSGNF LKDTTEYIIE NEFENNEIAM RNNL LPSFY AILQQMRQKL KTVEDIIRLL TICYSARDDR TYYGTLMELA ISKAIKPQVA GSIVP APIP TSWLQKDPKM VLSARYPSTS FLSQMQEFYR RYYPALQKEI DVHALSASFI NFLSTA SAG VGIELPEEIV NMVQDKRLLY LIKKGSGKRV LQEALLVEKY NDLDPIINDF VRLIKIV VR KQIERRQRGI AGIPNNVLKI NQVTYEANKP FSKIARAPSH GKQSGNASDI HDLLFYTT Q EDVSHIETNG KRQMRGIVIS SADVKGMDTH IQINAAMNQH LGAIEILDGI QYDVGPFRQ TNAIIQDIQG NVYEKSLNGG QQAIAFGLAN FSQTTGINSK YFGQIPNQEG TFPSGLITTS NHHTQMLTL LIETALTTFT KEFGKSMAIS HLMILGDDVS LMLHGNDKDI NFFMKYLVEK F SQLGLILE RDESRNFGVF LQQHVINGRF NGFSNRIAIF TSEDYKTRKS VRESCTEYNA LI DDVIFRT YNVRKLLQFQ RIHQFVVLSK YVFRIQNYKY ESLRAKLAKR MNVFEYELKI KDN DKTDVH NRNALRFIGI QIPYTYFQYS GGGEIPPESF QKKDGSFTYE YSIYSPRGKW LRKF LYDIS HDARDVKFQI DHEMMKLYNL DICDFLLQYN VLDIQEEIRS TIIDRELVSK LAMNL ESLE HSNARMISRR ASESLRSMGI RLPANGVYGY QINERLVKVL QNIQQSDYEV KMVGDT LFT AIMEKFEHHK VRMEKGDKLH NFTLDFSNKD DKITINRKML ALHNISISKN MMPYSDA WM LYTCLDNTYN TSSDLATALA HSQGHFKSFQ YDRDMFAESV KIASKHGIGS LPMELFFE A SNIRDTAQLK WIEAIKYYVQ FKDYLYPYSL NPRRLFFIPE QVSSVSNILN QENIPADIN QKALLFRRAY AYVLSHPFCI SGAKAIFVED RIS

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分子 #3: turret

分子名称: turret / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Fako virus (ウイルス) / 株: CSW77
配列文字列: MIDLRLEEDI LTATLPEFLS TRPKYRYAYT NTKQQDIRFQ GPMRHVRLTH LYKQTKLWNL QYIERELAI SEIDDALDEF IQTFSLPYVI EQGTYKYNML LGMHAHNVNY QDDVSELIAN N PQLLNYLD DNPFSAIFEL VNVDLQIYQY GQNIFNNEAE HTILFLKDNT ...文字列:
MIDLRLEEDI LTATLPEFLS TRPKYRYAYT NTKQQDIRFQ GPMRHVRLTH LYKQTKLWNL QYIERELAI SEIDDALDEF IQTFSLPYVI EQGTYKYNML LGMHAHNVNY QDDVSELIAN N PQLLNYLD DNPFSAIFEL VNVDLQIYQY GQNIFNNEAE HTILFLKDNT NYGVIQALQK HP FSATHIN WHLHKHIFVF HSREQLLNKL LSAGLEDSQL YQRQKTYSTK RGDRPTERMV TYI EDDHIR RIQAVFPLLL DNIFDVKLHK DSSMTWLKSY ADMIYDSVKN SNSTITPEIR KLYL RMYNQ YMRIFLPIEQ YMLYDNTCWP FSEKITLKIN VRLISSRENQ PVLWKTPIDT ENLIS IVQP DEPINKLNFT AIPSTMIRLN DNITMYRAVK DMFSAIEYLP DAIENIPTLT MKEQAL SRY ISPDSEAQNF FNNQPPYLNS IMNVNRQVFE AVKRGNIQVS TGSMEHLCLC MHVKSGL IV GRTVLIDDKV VLRRNFNAST AKMITCYVKA FAQLYGEGSL INPGLRMVFF GVETEPAI D ILKLFYGDKS LYIQGFGDRG IGRDKFRTKI EDALTLRIGC DILISDIDQA DYEDPNEEK FDDITDFVCY VTELVISNAT VGLVKISMPT YYIMNKISST LNNKFSNVAI NIVKLSTQKP YTYEAYIML SHGSTLTNKG YLRNPVCDVY LEKISLQPMD LKIISTISNE INYDKPTLYR F VVDKNDVT DVSIAMHILS IHCSTITTRS VMVRSDNTGA FVTMSGIKDM KRVAIMNRMT DG TSANSYM HEQNGKLYLQ KVPYLEDLIS AFPNGFGSTY QNDYDSSMSV INVNALIRQV VYR VISKSI PVALLESLSR IRIIGGRDLG EMNAVYKLYK TPIEVYDAVG ITREYPHVQI SYRA QRYSF TESIPNHTLL LANYVIMNDV DGAPISSLEQ INTIKKIISK ISLGSIAYIQ VYTDI VARN INVMTKNDSF LISANADKTV FKVQVSGYKA VEMCNYEQLL QLVSDNTGVN IIKLTY QDV LESCVLSSGI LGDTGSWLLD LVLASTYIIE IRG

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分子 #4: clamp

分子名称: clamp / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Fako virus (ウイルス) / 株: CSW77
配列文字列: MTLTYWDKEK RMTLKQMIQQ VAINEQENEL THYVFTTPLS MPTFGKPMLG YVPLNEVATS KFFSNVNDF DRDNQLAMAH FPDTTITQAY NLTNSIKPGD TSLPDAEVAA LKWFWKFFTS I NLVRQPPM DNVMYWACQF LSSGTSFLPL ERDVEIVFSG FKGSHICMFS ...文字列:
MTLTYWDKEK RMTLKQMIQQ VAINEQENEL THYVFTTPLS MPTFGKPMLG YVPLNEVATS KFFSNVNDF DRDNQLAMAH FPDTTITQAY NLTNSIKPGD TSLPDAEVAA LKWFWKFFTS I NLVRQPPM DNVMYWACQF LSSGTSFLPL ERDVEIVFSG FKGSHICMFS NLRQMNLSPI LC PYYDLIT NFKTTTEIRA YVDAHEELKS LLTYLCLCTI VGLCDTFTET RNMDTGEYVW KVR DVVSRN HTPAQNVEKF CYTIQNAKYM IQLVHVLLFP LTDNKYADLP NYVAVITQGA INQS RSHNV INTTDESNSN TTSDTAASTS GIVSGDTGTV ASLYPDEFKY VQS

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分子 #5: accessory NTPase

分子名称: accessory NTPase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Fako virus (ウイルス) / 株: CSW77
配列文字列: MFAIPFTASQ VYSHLGLYQQ PIEKLDPLTK VQYESAEKLR DIITQLSRRS GGISLRKNLI RDIAFGNKP KLNIPSLTHQ VRHNREFKHG RGQFILVDSN GSDYYDGIFD DMVLILRSNF V LPNVPGII SEQLRLIVID NDFYLKHIPS EIAILRDVLS EHMVKVSIDG ...文字列:
MFAIPFTASQ VYSHLGLYQQ PIEKLDPLTK VQYESAEKLR DIITQLSRRS GGISLRKNLI RDIAFGNKP KLNIPSLTHQ VRHNREFKHG RGQFILVDSN GSDYYDGIFD DMVLILRSNF V LPNVPGII SEQLRLIVID NDFYLKHIPS EIAILRDVLS EHMVKVSIDG VSLDDPYISK FF RKPFILY DHTKFRKVDL TKVVLINKTG KSKAQLIDKY KLTDDAVFIS YEVFDIMLQP VKS RDGDIE QFVRMRGDIE TWKMKIGTTF ESNLMELFIH GVPVMNSTSQ LQLDFQISDI RSAN VFDEQ IVCAAKLNGL REQCLKESSL IRVNIIGQKG SGKSMLMRLI NERGIPGISR KIICI DSDA YGKWKTQTQY LDDKFSALKL INVDNLHEIS QDDNIISYYE QFIIDQLLAH NITISE HTN SIRFIKQFKV DTLKDIGRKF KELYLADFKE QIHFYEYLCG NIPEPSSTLL ITFLHAT VE TSAAPGTNMN FSLNTILYPL QSILNRKRGA LVNFILNRIY DEMGTEAFTR LRPCDVWK

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.8
構成要素:
濃度式名称
10.0 mMC4H12NO3CLTris-HClトリスヒドロキシメチルアミノメタン
1.0 mMEDTAエチレンジアミン四酢酸
100.0 mMNaCl塩化ナトリウムsodium chloride塩化ナトリウム
グリッド前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 3200FSC
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 4.7 mm
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: In-column Omega Filter
試料ステージ試料ホルダーモデル: JEOL 3200FSC CRYOHOLDER / ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-20 (5k x 3k)
検出モード: INTEGRATING / 実像数: 2400 / 平均電子線量: 30.0 e/Å2

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画像解析

粒子像選択選択した数: 9772
CTF補正ソフトウェア - 名称: jspr
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

6001

初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: jspr
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: jspr
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: jspr
詳細: The reconstruction method used does not preserve the independence of half-sets. As such, the Fourier shell correlation between half-sets is a biased measure and resolution is not calculated.
使用した粒子像数: 4886

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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