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万見
- EMDB-7873: Class 1, Infectious Microvesicles from poliovirus-infected HeLa cells -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7873
タイトルClass 1, Infectious Microvesicles from poliovirus-infected HeLa cells
マップデータInfectious microvesicles from poliovirus-infected cells, Class 1
試料
  • ウイルス: Human poliovirus 1 Mahoney (ポリオウイルス)
生物種Human poliovirus 1 Mahoney (ポリオウイルス)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Yang JE
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical SciencesR01 GM102474 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical SciencesU24GM116787 米国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2020
タイトル: Complexity and ultrastructure of infectious extracellular vesicles from cells infected by non-enveloped virus.
著者: Jie E Yang / Evan D Rossignol / Deborah Chang / Joseph Zaia / Isaac Forrester / Kiran Raja / Holly Winbigler / Daniela Nicastro / William T Jackson / Esther Bullitt /
要旨: Enteroviruses support cell-to-cell viral transmission prior to their canonical lytic spread of virus. Poliovirus (PV), a prototype for human pathogenic positive-sense RNA enteroviruses, and ...Enteroviruses support cell-to-cell viral transmission prior to their canonical lytic spread of virus. Poliovirus (PV), a prototype for human pathogenic positive-sense RNA enteroviruses, and picornaviruses in general, transport multiple virions en bloc via infectious extracellular vesicles, 100~1000 nm in diameter, secreted from host cells. Using biochemical and biophysical methods we identify multiple components in secreted microvesicles, including mature PV virions; positive-sense genomic and negative-sense replicative, template viral RNA; essential viral replication proteins; and cellular proteins. Using cryo-electron tomography, we visualize the near-native three-dimensional architecture of secreted infectious microvesicles containing both virions and a unique morphological component that we describe as a mat-like structure. While the composition of these mat-like structures is not yet known, based on our biochemical data they are expected to be comprised of unencapsidated RNA and proteins. In addition to infectious microvesicles, CD9-positive exosomes released from PV-infected cells are also infectious and transport virions. Thus, our data show that, prior to cell lysis, non-enveloped viruses are secreted within infectious vesicles that also transport viral unencapsidated RNAs, viral and host proteins. Understanding the structure and function of these infectious particles helps elucidate the mechanism by which extracellular vesicles contribute to the spread of non-enveloped virus infection.
履歴
登録2018年5月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年5月30日-
マップ公開2019年5月22日-
更新2020年6月3日-
現状2020年6月3日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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添付画像

emd_7873.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7873.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 161.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED BYTE
注釈Infectious microvesicles from poliovirus-infected cells, Class 1
ボクセルのサイズX=Y=Z: 8.28 Å
密度
最小 - 最大-126 - 101
平均 (標準偏差)19.321169 (±4.294816)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ734988233
Spacing988734233
セルA: 8180.6396 Å / B: 6077.52 Å / C: 1929.24 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeenvelope stored as signed bytes (from -128 lowest to 127 highest)
Å/pix. X/Y/Z8.288.288.28
M x/y/z988734233
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z8180.6406077.5201929.240
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS988734233
D min/max/mean-126.000101.00019.321

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Human poliovirus 1 Mahoney

全体名称: Human poliovirus 1 Mahoney (ポリオウイルス)
要素
  • ウイルス: Human poliovirus 1 Mahoney (ポリオウイルス)

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超分子 #1: Human poliovirus 1 Mahoney

超分子名称: Human poliovirus 1 Mahoney / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: virion-containing microvesicles collected from supernatant of poliovirus-infected cells at 8 hours post-infection
NCBI-ID: 12081 / 生物種: Human poliovirus 1 Mahoney / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.5 mg/mL
緩衝液pH: 7 / 詳細: 1% glutaraldehyde in 1x PBS
グリッド材質: COPPER / メッシュ: 200
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II
詳細The microvesicles from poliovirus-infected cells were collected through a series of centrifugation to enrich 100-1000 nm diameter membrane particles, followed by an annexin-V column purification to enrich phosphatidylserine-containing microvesicles.
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: TED PELLA INC / 直径: 10 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
電子線加速電圧: 160 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
平均電子線量: 4.8 e/Å2
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / ソフトウェア - 名称: eTomo / 使用した粒子像数: 55

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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