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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-7861 | |||||||||
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タイトル | Full length HIV-1 Envelope Glycoprotein clone PC64M4C054 in complex with PGT151 Fab and PCT64-13C Fab | |||||||||
マップデータ | Full length HIV-1 Envelope Glycoprotein clone PC64M4C054 in complex with PGT151 Fab and PCT64-13C Fab, primary map | |||||||||
試料 |
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生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 30.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Berndsen ZT / Rantalainen K / Ward AB | |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2018 タイトル: Co-evolution of HIV Envelope and Apex-Targeting Neutralizing Antibody Lineage Provides Benchmarks for Vaccine Design. 著者: Kimmo Rantalainen / Zachary T Berndsen / Sasha Murrell / Liwei Cao / Oluwarotimi Omorodion / Jonathan L Torres / Mengyu Wu / Jeffrey Umotoy / Jeffrey Copps / Pascal Poignard / Elise Landais / ...著者: Kimmo Rantalainen / Zachary T Berndsen / Sasha Murrell / Liwei Cao / Oluwarotimi Omorodion / Jonathan L Torres / Mengyu Wu / Jeffrey Umotoy / Jeffrey Copps / Pascal Poignard / Elise Landais / James C Paulson / Ian A Wilson / Andrew B Ward / 要旨: Broadly neutralizing antibodies (bnAbs) targeting the HIV envelope glycoprotein (Env) typically take years to develop. Longitudinal analyses of both neutralizing antibody lineages and viruses at ...Broadly neutralizing antibodies (bnAbs) targeting the HIV envelope glycoprotein (Env) typically take years to develop. Longitudinal analyses of both neutralizing antibody lineages and viruses at serial time points during infection provide a basis for understanding the co-evolutionary contest between HIV and the humoral immune system. Here, we describe the structural characterization of an apex-targeting antibody lineage and autologous clade A viral Env from a donor in the Protocol C cohort. Comparison of Ab-Env complexes at early and late time points reveals that, within the antibody lineage, the CDRH3 loop rigidifies, the bnAb angle of approach steepens, and surface charges are mutated to accommodate glycan changes. Additionally, we observed differences in site-specific glycosylation between soluble and full-length Env constructs, which may be important for tuning optimal immunogenicity in soluble Env trimers. These studies therefore provide important guideposts for design of immunogens that prime and mature nAb responses to the Env V2-apex. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_7861.map.gz | 2.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-7861-v30.xml emd-7861.xml | 19.5 KB 19.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_7861_fsc.xml | 4.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_7861.png | 46.7 KB | ||
その他 | emd_7861_half_map_1.map.gz emd_7861_half_map_2.map.gz | 2.8 MB 2.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7861 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7861 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_7861.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Full length HIV-1 Envelope Glycoprotein clone PC64M4C054 in complex with PGT151 Fab and PCT64-13C Fab, primary map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 4.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: Full length HIV-1 Envelope Glycoprotein clone PC64M4C054 in...
ファイル | emd_7861_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Full length HIV-1 Envelope Glycoprotein clone PC64M4C054 in complex with PGT151 Fab and PCT64-13C Fab, half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Full length HIV-1 Envelope Glycoprotein clone PC64M4C054 in...
ファイル | emd_7861_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Full length HIV-1 Envelope Glycoprotein clone PC64M4C054 in complex with PGT151 Fab and PCT64-13C Fab, half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Full length HIV-1 Envelope Glycoprotein clone PC64M4C054 in compl...
全体 | 名称: Full length HIV-1 Envelope Glycoprotein clone PC64M4C054 in complex with PGT151 Fab and PCT64_13C Fab |
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要素 |
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-超分子 #1: Full length HIV-1 Envelope Glycoprotein clone PC64M4C054 in compl...
超分子 | 名称: Full length HIV-1 Envelope Glycoprotein clone PC64M4C054 in complex with PGT151 Fab and PCT64_13C Fab タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293F |
-分子 #1: Full length HIV-1 Envelope Glycoprotein clone PC64M4C054
分子 | 名称: Full length HIV-1 Envelope Glycoprotein clone PC64M4C054 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MKVRGIQMNC QHLLRWGTMI LGLIIICSAA NNLWVTVYYG VPVWRDAETT LFCASDAKAY DTEVHNVWAT HACVPTDPSP QEIHLANVTE KFNMWKNSMV EQMHTDIISL WDESLKPCVK LTPLCITLNC TNITRKNVTG GNLTEDGKEE LKNCSFNATT ELRNKRQKVH ...文字列: MKVRGIQMNC QHLLRWGTMI LGLIIICSAA NNLWVTVYYG VPVWRDAETT LFCASDAKAY DTEVHNVWAT HACVPTDPSP QEIHLANVTE KFNMWKNSMV EQMHTDIISL WDESLKPCVK LTPLCITLNC TNITRKNVTG GNLTEDGKEE LKNCSFNATT ELRNKRQKVH SLFYRLDLVE LNEGNSSNSN TSMYRLINCN TSAITQACPK VSFEPIPIHY CAPAGFAILK CREEEFNGTG PCKNVSTVQC THGIKPVVST QLLLNGSLAE GTVKIRCENI SNNAKTILVQ LTTPVRINCT RPNNNTRTSI RIGPGQSFYA TGDIIGDIRK AYCNVSGSEW KEALGKVVVQ LRSHFNKTIT FASSSGGDLE ITTHSFNCGG EFFYCNTSSL FNSTWDGNST TNSTQEPNGT ITLPCRIKQI INMWQRTGQA MYAPPIPGKI RCDSNITGLI LTRDGENNNT ESETFRPEGG DMRNNWRSEL YKYKVVKIDP LGVAPTGAKR RVVEREKRAV GIGAVLFGFL GAAGSTMGAA SLTLTVQARQ LLSGIVQQQS NLLRAIEAQQ HLLRLTVWGI KQLQARVLAV ERYLSDQQLL GIWGCSGKLI CTTTVPWNSS WSNKSQDEIW NNMTWLQWDK EISNYTDTIY YLIEKSQNQQ EVNEKDLLAL DKWTNLWNWF DISKWLWYIK IFIMIVGGLI GLRIIFAVLS VINRVRQGYP PVSFQTLTPN PRELDRPGGI EEGDGELGKT RSIRLVGGFL ALFWDDLRSL CLFSYHRLRD FSLIAARILE LLGHNSLKGL RLGWEGLKYL GNLLLYWGRE LKNSAVNLVD TIAIVVAGWT DRVIEVLQGI GRAFLHIPRR IRQGLERALL |
-分子 #2: Immunoglobulin G PGT151 Fab, Heavy chain
分子 | 名称: Immunoglobulin G PGT151 Fab, Heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: RVQLVESGGG VVQPGKSVRL SCVVSDFPFS KYPMYWVRQA PGKGLEWVAA ISGDAWHVVY SNSVQGRFLV SRDNVKNTLY LEMNSLKIE DTAVYRCARM FQESGPPRLD RWSGRNYYYY SGMDVWGQGT TVTVSSASTK GPSVFPLAPS SKSTSGGTAA L GCLVKDYF ...文字列: RVQLVESGGG VVQPGKSVRL SCVVSDFPFS KYPMYWVRQA PGKGLEWVAA ISGDAWHVVY SNSVQGRFLV SRDNVKNTLY LEMNSLKIE DTAVYRCARM FQESGPPRLD RWSGRNYYYY SGMDVWGQGT TVTVSSASTK GPSVFPLAPS SKSTSGGTAA L GCLVKDYF PEPVTVSWNS GALTSGVHTF PAVLQSSGLY SLSSVVTVPS SSLGTQTYIC NVNHKPSNTK VDKRVEPKSC DK |
-分子 #3: Immunoglobulin G PGT151, Light chain
分子 | 名称: Immunoglobulin G PGT151, Light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: DIVMTQTPLS LSVTPGQPAS ISCKSSESLR QSNGKTSLYW YRQKPGQSPQ LLVFEVSNRF SGVSDRFVGS GSGTDFTLRI SRVEAEDVG FYYCMQSKDF PLTFGGGTKV DLKRTVAAPS VFIFPPSDEQ LKSGTASVVC LLNNFYPREA KVQWKVDNAL Q SGNSQESV ...文字列: DIVMTQTPLS LSVTPGQPAS ISCKSSESLR QSNGKTSLYW YRQKPGQSPQ LLVFEVSNRF SGVSDRFVGS GSGTDFTLRI SRVEAEDVG FYYCMQSKDF PLTFGGGTKV DLKRTVAAPS VFIFPPSDEQ LKSGTASVVC LLNNFYPREA KVQWKVDNAL Q SGNSQESV TEQDSKDSTY SLSSTLTLSK ADYEKHKVYA CEVTHQGLSS PVTKSFNRGE C |
-分子 #4: Immunoglobulin G PCT64_13C Fab, Heavy chain
分子 | 名称: Immunoglobulin G PCT64_13C Fab, Heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: EVQLVESGGG LVKPGGSLRL SCAASGFTFT NAWLDWVRQA PGKGLEWVGR IKSKTDGGTT DHAAPVKGRF TISRDDSKNT VYLQMNSLKI EDTAVYYCTT GVETYDFWSG YDDHYYDYYF KDVWGKGTTV TVSS |
-分子 #5: Immunoglobulin G PCT64_13C, Light chain
分子 | 名称: Immunoglobulin G PCT64_13C, Light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: EIVLTQSPGT LSLSPGERAT LSCRASQSVS NNYLAWYQQK PGQAPRLLIY GASSRATGIP DRFSGSGSG TDFTLTISRL EPEDFAVYYC QQSARSFTFG PGTKVDIK |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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染色 | タイプ: NEGATIVE / 材質: uranyl formate |
グリッド | 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI SPIRIT |
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電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k) 実像数: 222 / 平均電子線量: 25.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company |