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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-7621 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure at 4.0 A resolution of vaccine-elicited antibody vFP7.04 in complex with HIV-1 Env BG505 DS-SOSIP, and antibodies VRC03 and PGT122 | |||||||||
マップデータ | Map from RELION postprocess using tight mask | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / virus-mediated perturbation of host defense response / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / virus-mediated perturbation of host defense response / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / structural molecule activity / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Acharya P / Carragher B / Potter CS / Kwong PD | |||||||||
引用 | ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2018 タイトル: Complete functional mapping of infection- and vaccine-elicited antibodies against the fusion peptide of HIV. 著者: Adam S Dingens / Priyamvada Acharya / Hugh K Haddox / Reda Rawi / Kai Xu / Gwo-Yu Chuang / Hui Wei / Baoshan Zhang / John R Mascola / Bridget Carragher / Clinton S Potter / Julie Overbaugh / ...著者: Adam S Dingens / Priyamvada Acharya / Hugh K Haddox / Reda Rawi / Kai Xu / Gwo-Yu Chuang / Hui Wei / Baoshan Zhang / John R Mascola / Bridget Carragher / Clinton S Potter / Julie Overbaugh / Peter D Kwong / Jesse D Bloom / 要旨: Eliciting broadly neutralizing antibodies (bnAbs) targeting envelope (Env) is a major goal of HIV vaccine development, but cross-clade breadth from immunization has only sporadically been observed. ...Eliciting broadly neutralizing antibodies (bnAbs) targeting envelope (Env) is a major goal of HIV vaccine development, but cross-clade breadth from immunization has only sporadically been observed. Recently, Xu et al (2018) elicited cross-reactive neutralizing antibody responses in a variety of animal models using immunogens based on the epitope of bnAb VRC34.01. The VRC34.01 antibody, which was elicited by natural human infection, targets the N terminus of the Env fusion peptide, a critical component of the virus entry machinery. Here we precisely characterize the functional epitopes of VRC34.01 and two vaccine-elicited murine antibodies by mapping all single amino-acid mutations to the BG505 Env that affect viral neutralization. While escape from VRC34.01 occurred via mutations in both fusion peptide and distal interacting sites of the Env trimer, escape from the vaccine-elicited antibodies was mediated predominantly by mutations in the fusion peptide. Cryo-electron microscopy of four vaccine-elicited antibodies in complex with Env trimer revealed focused recognition of the fusion peptide and provided a structural basis for development of neutralization breadth. Together, these functional and structural data suggest that the breadth of vaccine-elicited antibodies targeting the fusion peptide can be enhanced by specific interactions with additional portions of Env. Thus, our complete maps of viral escape both delineate pathways of resistance to these fusion peptide-directed antibodies and provide a strategy to improve the breadth or potency of future vaccine-induced antibodies against Env's fusion peptide. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_7621.map.gz | 14.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-7621-v30.xml emd-7621.xml | 24.6 KB 24.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_7621.png | 129.9 KB | ||
その他 | emd_7621_additional.map.gz | 18.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7621 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7621 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_7621.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Map from RELION postprocess using tight mask | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: Map from RELION postprocess using loose mask
ファイル | emd_7621_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | Map from RELION postprocess using loose mask | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : vFP7.04-BG505 DS-SOSIP-VRC03-PGT122
+超分子 #1: vFP7.04-BG505 DS-SOSIP-VRC03-PGT122
+超分子 #2: PGT122
+超分子 #3: VRC03
+超分子 #4: Glycoprotein
+超分子 #5: vFP7.04
+分子 #1: Envelope glycoprotein gp120
+分子 #2: Envelope glycoprotein gp41
+分子 #3: vFP7.04 Heavy chain
+分子 #4: vFP7.04 light chain
+分子 #5: PGT122 heavy Chain
+分子 #6: PGT122 Light chain
+分子 #7: VRC03 Heavy chain
+分子 #8: VRC03 light chain
+分子 #14: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: SPOTITON |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 最大 デフォーカス(補正後): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 1.5 µm / 倍率(補正後): 105000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 978 / 平均電子線量: 53.11 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 152206 |
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CTF補正 | ソフトウェア - 名称: Gctf |
初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT |
最終 3次元分類 | クラス数: 4 |
最終 角度割当 | タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 64580 |
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 142 / 当てはまり具合の基準: Correlation Coefficient |
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得られたモデル | PDB-6cue: |