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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-7557 | |||||||||
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タイトル | CryoEM map of BG505 SOSIP.664 in complex with post boost 1 serum from rabbit 3417 | |||||||||
マップデータ | BG505 SOSIP.664 in complex with serum from rabbit 3417 post boost 1. Map of antibodies bound to trimer after several rounds of 3D classification in CryoSparc. | |||||||||
試料 |
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生物種 | Human immunodeficiency virus (ヒト免疫不全ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Turner HL / Ward AB / Nogal B | |||||||||
引用 | ジャーナル: Immunity / 年: 2018 タイトル: Electron-Microscopy-Based Epitope Mapping Defines Specificities of Polyclonal Antibodies Elicited during HIV-1 BG505 Envelope Trimer Immunization. 著者: Matteo Bianchi / Hannah L Turner / Bartek Nogal / Christopher A Cottrell / David Oyen / Matthias Pauthner / Raiza Bastidas / Rebecca Nedellec / Laura E McCoy / Ian A Wilson / Dennis R Burton ...著者: Matteo Bianchi / Hannah L Turner / Bartek Nogal / Christopher A Cottrell / David Oyen / Matthias Pauthner / Raiza Bastidas / Rebecca Nedellec / Laura E McCoy / Ian A Wilson / Dennis R Burton / Andrew B Ward / Lars Hangartner / 要旨: Characterizing polyclonal antibody responses via currently available methods is inherently complex and difficult. Mapping epitopes in an immune response is typically incomplete, which creates a ...Characterizing polyclonal antibody responses via currently available methods is inherently complex and difficult. Mapping epitopes in an immune response is typically incomplete, which creates a barrier to fully understanding the humoral response to antigens and hinders rational vaccine design efforts. Here, we describe a method of characterizing polyclonal responses by using electron microscopy, and we applied this method to the immunization of rabbits with an HIV-1 envelope glycoprotein vaccine candidate, BG505 SOSIP.664. We detected known epitopes within the polyclonal sera and revealed how antibody responses evolved during the prime-boosting strategy to ultimately result in a neutralizing antibody response. We uncovered previously unidentified epitopes, including an epitope proximal to one recognized by human broadly neutralizing antibodies as well as potentially distracting non-neutralizing epitopes. Our method provides an efficient and semiquantitative map of epitopes that are targeted in a polyclonal antibody response and should be of widespread utility in vaccine and infection studies. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_7557.map.gz | 96.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-7557-v30.xml emd-7557.xml | 11.3 KB 11.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_7557.png | 72.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7557 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7557 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7552C 7553C 7554C 7555C 7556C 7570C 7887C 7888C 7889C 7890C 7891C 7892C 7893C 7894C 7895C 7896C 7903C 7904C 7906C 6cjkC 6didC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_7557.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | BG505 SOSIP.664 in complex with serum from rabbit 3417 post boost 1. Map of antibodies bound to trimer after several rounds of 3D classification in CryoSparc. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.15 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Complex of BG505 SOSIP.664 and serum antibodies from post boost 1...
全体 | 名称: Complex of BG505 SOSIP.664 and serum antibodies from post boost 1 from rabbit 3417 |
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要素 |
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-超分子 #1: Complex of BG505 SOSIP.664 and serum antibodies from post boost 1...
超分子 | 名称: Complex of BG505 SOSIP.664 and serum antibodies from post boost 1 from rabbit 3417 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 詳細: Serum was purified through SEC after using a Protein A or G column to capture complex then cleave IgG releasing Fab and trimer. Substoichiometric occupancy and flexibility show lack of ...詳細: Serum was purified through SEC after using a Protein A or G column to capture complex then cleave IgG releasing Fab and trimer. Substoichiometric occupancy and flexibility show lack of density in Fab region while trimer core is refined to higher resolution. Map shows two strong densities for Fabs bound to the glycan hole and partial densities near the base of the trimer. |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus (ヒト免疫不全ウイルス) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換株: HEK293F |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.44 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: TBS |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
詳細 | Sample in TBS, added 0.5uL of DDM at 0.42mM. Sample was monodisperse |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI ARCTICA |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-46 / 平均露光時間: 11.5 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
粒子像選択 | 詳細: DogPicker was used to pick particles from micrographs |
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CTF補正 | ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 3) |
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 0.6.3) |
最終 再構成 | 使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 0.6.3) / 使用した粒子像数: 10828 |