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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-7543 | |||||||||
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タイトル | Structure of Zika virus at a resolution of 3.1 Angstrom | |||||||||
マップデータ | ZIKV map at resolution of 3.1 Angstrom | |||||||||
試料 | Zika virus != Zika virus ZIKV/H. sapiens/FrenchPolynesia/10087PF/2013 Zika virus
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / フラビビリン / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / negative regulation of innate immune response / カプシド / nucleoside-triphosphate phosphatase / double-stranded RNA binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / フラビビリン / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / negative regulation of innate immune response / カプシド / nucleoside-triphosphate phosphatase / double-stranded RNA binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / host cell perinuclear region of cytoplasm / protein dimerization activity / molecular adaptor activity / ヘリカーゼ / induction by virus of host autophagy / RNA依存性RNAポリメラーゼ / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / 中心体 / エンベロープ (ウイルス) / lipid binding / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / host cell nucleus / structural molecule activity / virion attachment to host cell / GTP binding / virion membrane / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / extracellular region / ATP binding / 生体膜 / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | isolate ZIKV/Human/French Polynesia/10087PF/2013 (ジカ熱ウイルス) / Zika virus ZIKV/H. sapiens/FrenchPolynesia/10087PF/2013 (ジカ熱ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Sevvana M / Long F / Miller AJ / Klose T / Buda G / Sun L / Kuhn RJ / Rossmann MR | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2016 タイトル: The 3.8 Å resolution cryo-EM structure of Zika virus. 著者: Devika Sirohi / Zhenguo Chen / Lei Sun / Thomas Klose / Theodore C Pierson / Michael G Rossmann / Richard J Kuhn / 要旨: The recent rapid spread of Zika virus and its unexpected linkage to birth defects and an autoimmune neurological syndrome have generated worldwide concern. Zika virus is a flavivirus like the dengue, ...The recent rapid spread of Zika virus and its unexpected linkage to birth defects and an autoimmune neurological syndrome have generated worldwide concern. Zika virus is a flavivirus like the dengue, yellow fever, and West Nile viruses. We present the 3.8 angstrom resolution structure of mature Zika virus, determined by cryo-electron microscopy (cryo-EM). The structure of Zika virus is similar to other known flavivirus structures, except for the ~10 amino acids that surround the Asn(154) glycosylation site in each of the 180 envelope glycoproteins that make up the icosahedral shell. The carbohydrate moiety associated with this residue, which is recognizable in the cryo-EM electron density, may function as an attachment site of the virus to host cells. This region varies not only among Zika virus strains but also in other flaviviruses, which suggests that differences in this region may influence virus transmission and disease. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_7543.map.gz | 3.8 GB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-7543-v30.xml emd-7543.xml | 25.1 KB 25.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_7543_fsc_1.xml emd_7543_fsc_2.xml | 33.9 KB 33.9 KB | 表示 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_7543.png | 218.2 KB | ||
その他 | emd_7543_additional_1.map.gz emd_7543_additional_2.map.gz emd_7543_half_map_1.map.gz emd_7543_half_map_2.map.gz | 543.9 MB 543.9 MB 239.3 MB 240.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7543 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7543 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_7543.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 4 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | ZIKV map at resolution of 3.1 Angstrom | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.81 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: ZIKV, unmasked half map - even
ファイル | emd_7543_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | ZIKV, unmasked half map - even | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: ZIKV, unmasked half map - odd
ファイル | emd_7543_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | ZIKV, unmasked half map - odd | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: ZIKV, masked half map - even
ファイル | emd_7543_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | ZIKV, masked half map - even | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: ZIKV, masked half map - odd
ファイル | emd_7543_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | ZIKV, masked half map - odd | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Zika virus
全体 | 名称: Zika virus (ジカ熱ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Zika virus ZIKV/H. sapiens/FrenchPolynesia/10087PF/2013
超分子 | 名称: Zika virus ZIKV/H. sapiens/FrenchPolynesia/10087PF/2013 タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 2043570 生物種: Zika virus ZIKV/H. sapiens/FrenchPolynesia/10087PF/2013 Sci species strain: ZIKV/Human/French Polynesia/10087PF/2013 ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 直径: 500.0 Å / T番号(三角分割数): 3 |
-分子 #1: E protein
分子 | 名称: E protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: isolate ZIKV/Human/French Polynesia/10087PF/2013 (ジカ熱ウイルス) |
分子量 | 理論値: 54.444051 KDa |
配列 | 文字列: IRCIGVSNRD FVEGMSGGTW VDVVLEHGGC VTVMAQDKPT VDIELVTTTV SNMAEVRSYC YEASISDMAS DSRCPTQGEA YLDKQSDTQ YVCKRTLVDR GWGNGCGLFG KGSLVTCAKF ACSKKMTGKS IQPENLEYRI MLSVHGSQHS GMIVNDTGHE T DENRAKVE ...文字列: IRCIGVSNRD FVEGMSGGTW VDVVLEHGGC VTVMAQDKPT VDIELVTTTV SNMAEVRSYC YEASISDMAS DSRCPTQGEA YLDKQSDTQ YVCKRTLVDR GWGNGCGLFG KGSLVTCAKF ACSKKMTGKS IQPENLEYRI MLSVHGSQHS GMIVNDTGHE T DENRAKVE ITPNSPRAEA TLGGFGSLGL DCEPRTGLDF SDLYYLTMNN KHWLVHKEWF HDIPLPWHAG ADTGTPHWNN KE ALVEFKD AHAKRQTVVV LGSQEGAVHT ALAGALEAEM DGAKGRLSSG HLKCRLKMDK LRLKGVSYSL CTAAFTFTKI PAE TLHGTV TVEVQYAGTD GPCKVPAQMA VDMQTLTPVG RLITANPVIT ESTENSKMML ELDPPFGDSY IVIGVGEKKI THHW HRSGS TIGKAFEATV RGAKRMAVLG DTAWDFGSVG GALNSLGKGI HQIFGAAFKS LFGGMSWFSQ ILIGTLLMWL GLNTK NGSI SLMCLALGGV LIFLSTAVSA |
-分子 #2: M protein
分子 | 名称: M protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: isolate ZIKV/Human/French Polynesia/10087PF/2013 (ジカ熱ウイルス) |
分子量 | 理論値: 8.496883 KDa |
配列 | 文字列: AVTLPSHSTR KLQTRSQTWL ESREYTKHLI RVENWIFRNP GFALAAAAIA WLLGSSTSQK VIYLVMILLI APAYS |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 12 mM Tris-HCl, pH 8, 120 mM NaCl, 1 mM EDTA |
グリッド | メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 倍率(補正後): 30864 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 18000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
温度 | 最低: 100.0 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 7420 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 7676 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 5.0 µm / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2085 / 平均露光時間: 11.0 sec. / 平均電子線量: 33.3 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
-原子モデル構築 1
詳細 | Real space followed by reciprocal space |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
得られたモデル | PDB-6co8: |