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万見
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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7515
タイトルSubtomogram averages of budding-arrested nucleocapsid-like particles (NCLPs) inside CHIKV-infected human cells.
マップデータSubtomogram average of budding-arrested nucleocapsid-like particles (NCLPs) inside CHIKV-infected human cells.
試料Budding-arrestedChikungunya virus nucleocapsid-like particle != Chikungunya virus

Budding-arrestedChikungunya virus nucleocapsid-like particle

  • ウイルス: Chikungunya virus (チクングニヤウイルス)
生物種Chikungunya virus (チクングニヤウイルス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 36.0 Å
データ登録者Galaz-Montoya JG / Jin J / Sherman MB
引用ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2018
タイトル: Neutralizing Antibodies Inhibit Chikungunya Virus Budding at the Plasma Membrane.
著者: Jing Jin / Jesús G Galaz-Montoya / Michael B Sherman / Stella Y Sun / Cynthia S Goldsmith / Eileen T O'Toole / Larry Ackerman / Lars-Anders Carlson / Scott C Weaver / Wah Chiu / Graham Simmons /
要旨: Neutralizing antibodies (NAbs) are traditionally thought to inhibit virus infection by preventing virion entry into target cells. In addition, antibodies can engage Fc receptors (FcRs) on immune ...Neutralizing antibodies (NAbs) are traditionally thought to inhibit virus infection by preventing virion entry into target cells. In addition, antibodies can engage Fc receptors (FcRs) on immune cells to activate antiviral responses. We describe a mechanism by which NAbs inhibit chikungunya virus (CHIKV), the most common alphavirus infecting humans, by preventing virus budding from infected human cells and activating IgG-specific Fcγ receptors. NAbs bind to CHIKV glycoproteins on the infected cell surface and induce glycoprotein coalescence, preventing budding of nascent virions and leaving structurally heterogeneous nucleocapsids arrested in the cytosol. Furthermore, NAbs induce clustering of CHIKV replication spherules at sites of budding blockage. Functionally, these densely packed glycoprotein-NAb complexes on infected cells activate Fcγ receptors, inducing a strong, antibody-dependent, cell-mediated cytotoxicity response from immune effector cells. Our findings describe a triply functional antiviral pathway for NAbs that might be broadly applicable across virus-host systems, suggesting avenues for therapeutic innovation through antibody design.
履歴
登録2018年3月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年5月16日-
マップ公開2019年1月9日-
更新2019年5月15日-
現状2019年5月15日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
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  • 表面レベル: 2
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7515_1.png

emd_7515_2.png

emd_7515_3.png

emd_7515_4.png

emd_7515_5.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7515.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Subtomogram average of budding-arrested nucleocapsid-like particles (NCLPs) inside CHIKV-infected human cells.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 7.16 Å
密度
表面レベル登録者による: 2.0 / ムービー #1: 2
最小 - 最大-1.130406 - 10.189989000000001
平均 (標準偏差)0.17448513 (±0.8805925)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-919-919-29
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 916.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z7.167.167.16
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z916.480916.480916.480
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ208208208
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-919-919-29
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-1.13010.1900.174

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添付データ

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追加マップ: Subtomogram average of budding-arrested nucleocapsid-like particles (NCLPs) inside...

ファイルemd_7515_additional_1.map
注釈Subtomogram average of budding-arrested nucleocapsid-like particles (NCLPs) inside CHIKV-infected human cells.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Subtomogram average of budding-arrested nucleocapsid-like particles (NCLPs) inside...

ファイルemd_7515_additional_2.map
注釈Subtomogram average of budding-arrested nucleocapsid-like particles (NCLPs) inside CHIKV-infected human cells.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Subtomogram average of budding-arrested nucleocapsid-like particles (NCLPs) inside...

ファイルemd_7515_additional_3.map
注釈Subtomogram average of budding-arrested nucleocapsid-like particles (NCLPs) inside CHIKV-infected human cells.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Subtomogram average of budding-arrested nucleocapsid-like particles (NCLPs) inside...

ファイルemd_7515_additional_4.map
注釈Subtomogram average of budding-arrested nucleocapsid-like particles (NCLPs) inside CHIKV-infected human cells.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Budding-arrestedChikungunya virus nucleocapsid-like particle

全体名称: Budding-arrestedChikungunya virus nucleocapsid-like particle
要素
  • ウイルス: Chikungunya virus (チクングニヤウイルス)

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超分子 #1: Chikungunya virus

超分子名称: Chikungunya virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 37124 / 生物種: Chikungunya virus / Sci species strain: 181/clone 25 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 698.0 Å / T番号(三角分割数): 4

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE
詳細Neutralizing antibody treated U2OS cells that were infected with CHIKV vaccine strain 181/clone 25

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2200FS
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: In-column Omega Filter
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-20 (5k x 3k)
平均露光時間: 0.6 sec. / 平均電子線量: 1.0 e/Å2

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画像解析

抽出トモグラム数: 20 / 使用した粒子像数: 1163 / ソフトウェア - 名称: EMAN2 (ver. 2.21)
CTF補正ソフトウェア - 名称: EMAN2 (ver. 2.21)
詳細: Not all images were CTF corrected; only those images and those tiltseries with clear CTF ripples in the power spectrum.
最終 3次元分類クラス数: 11 / 平均メンバー数/クラス: 63
詳細: Of 1163 extracted NCLP subtomograms, 763 were classified by size deriving their radius from radial density profile plots computed from spherically averaged subtomograms. Of these, 378 were ...詳細: Of 1163 extracted NCLP subtomograms, 763 were classified by size deriving their radius from radial density profile plots computed from spherically averaged subtomograms. Of these, 378 were part of the final 5 converging averages uploaded to the EMDB.
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN2 (ver. 2.21)
詳細: Initial models were created (reference-free, symmetry-free) using hierarchical ascendant classification. NCLPs within different size classes were iteratively refined until convergence (gold- ...詳細: Initial models were created (reference-free, symmetry-free) using hierarchical ascendant classification. NCLPs within different size classes were iteratively refined until convergence (gold-standard, symmetry-free).
最終 再構成使用したクラス数: 5 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 36.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN2 (ver. 2.21) / 使用したサブトモグラム数: 378
詳細IMOD was used to align the tiltseries. ICON-GPU was used to reconstruct the aligned tiltseries into tomograms.
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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