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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7488
タイトルThe tether and tether head complex and I1 dynein complex region extracted from the cryo-electron tomography and subtomographic average (1622 axonemal repeats) of isolated Tetrahymena wild type cilia
マップデータThe tether and tether head complex and I1 dynein complex region extracted from the cryo-electron tomography and subtomographic average (1622 axonemal repeats) of isolated Tetrahymena wild type cilia
試料
  • 細胞器官・細胞要素: The tether and tether head complex and I1 dynein complex region extracted from the cryo-electron tomography and subtomographic average (1622 axonemal repeats) of isolated Tetrahymena wild type cilia
生物種Tetrahymena thermophila (真核生物)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 33.0 Å
データ登録者Fu G / Wang Q / Phan N / Urbanska P / Joachimiak E / Lin J / Wloga D / Nicastro D
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number
National Institutes of Health/National Human Genome Research InstituteR01GM083122 米国
引用ジャーナル: Mol Biol Cell / : 2018
タイトル: The I1 dynein-associated tether and tether head complex is a conserved regulator of ciliary motility.
著者: Gang Fu / Qian Wang / Nhan Phan / Paulina Urbanska / Ewa Joachimiak / Jianfeng Lin / Dorota Wloga / Daniela Nicastro /
要旨: Motile cilia are essential for propelling cells and moving fluids across tissues. The activity of axonemal dynein motors must be precisely coordinated to generate ciliary motility, but their ...Motile cilia are essential for propelling cells and moving fluids across tissues. The activity of axonemal dynein motors must be precisely coordinated to generate ciliary motility, but their regulatory mechanisms are not well understood. The tether and tether head (T/TH) complex was hypothesized to provide mechanical feedback during ciliary beating because it links the motor domains of the regulatory I1 dynein to the ciliary doublet microtubule. Combining genetic and biochemical approaches with cryoelectron tomography, we identified FAP44 and FAP43 (plus the algae-specific, FAP43-redundant FAP244) as T/TH components. WT-mutant comparisons revealed that the heterodimeric T/TH complex is required for the positional stability of the I1 dynein motor domains, stable anchoring of CK1 kinase, and proper phosphorylation of the regulatory IC138-subunit. T/TH also interacts with inner dynein arm d and radial spoke 3, another important motility regulator. The T/TH complex is a conserved regulator of I1 dynein and plays an important role in the signaling pathway that is critical for normal ciliary motility.
履歴
登録2018年3月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年3月14日-
マップ公開2018年3月21日-
更新2022年3月16日-
現状2022年3月16日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 126
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(円筒半径に従い着色)
  • 表面レベル: 126
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7488.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 516.6 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈The tether and tether head complex and I1 dynein complex region extracted from the cryo-electron tomography and subtomographic average (1622 axonemal repeats) of isolated Tetrahymena wild type cilia
ボクセルのサイズX=Y=Z: 9.997 Å
密度
表面レベルムービー #1: 126
最小 - 最大83.131744 - 182.80363
平均 (標準偏差)125.71721 (±11.8173685)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-30-39-32
サイズ406055
Spacing604055
セルA: 599.82 Å / B: 399.88 Å / C: 549.83496 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z9.9979.9979.997
M x/y/z604055
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z599.820399.880549.835
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ139118109
NX/NY/NZ123164187
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-39-30-32
NC/NR/NS604055
D min/max/mean83.132182.804125.717

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : The tether and tether head complex and I1 dynein complex region e...

全体名称: The tether and tether head complex and I1 dynein complex region extracted from the cryo-electron tomography and subtomographic average (1622 axonemal repeats) of isolated Tetrahymena wild type cilia
要素
  • 細胞器官・細胞要素: The tether and tether head complex and I1 dynein complex region extracted from the cryo-electron tomography and subtomographic average (1622 axonemal repeats) of isolated Tetrahymena wild type cilia

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超分子 #1: The tether and tether head complex and I1 dynein complex region e...

超分子名称: The tether and tether head complex and I1 dynein complex region extracted from the cryo-electron tomography and subtomographic average (1622 axonemal repeats) of isolated Tetrahymena wild type cilia
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物) / : wild type

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態tissue

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度
30.0 mMHEPES
25.0 mMKCl
5.0 mMMgSO4
1.0 mMEGTA
0.1 mMEDTAエチレンジアミン四酢酸

詳細: Solutions were freshly made before use.
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 101.325 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 100 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: back-side blotting for 1.5-2.5 seconds before plunging.
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: Sigma-Aldrich / 直径: 10 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 8.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 6.0 µm / 倍率(公称値): 13500
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF 2000
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 1000 (2k x 2k)
平均電子線量: 1.5 e/Å2
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 33.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMOD
ソフトウェア - 詳細: fiducial alignment and weighted backprojection
使用した粒子像数: 720

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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