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- EMDB-7473: Subparticle refinement of HSV-1 capsid vertex region. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7473
タイトルSubparticle refinement of HSV-1 capsid vertex region.
マップデータSubparticle refinement of HSV-1 capsid vertex region with associated tegument proteins.
試料
  • ウイルス: Human herpesvirus 1 strain KOS (ヘルペスウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: major capsid protein (MCP, VP5)
    • タンパク質・ペプチド: small capsid protein (SCP, VP26)
    • タンパク質・ペプチド: capsid triplex subunit 1 (VP19C)
    • タンパク質・ペプチド: capsid triplex subunit 2 (VP23)
    • タンパク質・ペプチド: tegument protein pUL17
    • タンパク質・ペプチド: tegument protein pUL25
    • タンパク質・ペプチド: tegument protein pUL36
機能・相同性
機能・相同性情報


chromosome organization => GO:0051276 / T=16 icosahedral viral capsid / deNEDDylase activity / viral genome packaging / viral tegument / viral capsid assembly / viral DNA genome replication / viral release from host cell / viral process / viral penetration into host nucleus ...chromosome organization => GO:0051276 / T=16 icosahedral viral capsid / deNEDDylase activity / viral genome packaging / viral tegument / viral capsid assembly / viral DNA genome replication / viral release from host cell / viral process / viral penetration into host nucleus / カプシド / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Herpesvirus large tegument protein deneddylase / Herpesvirus UL36 tegument protein / Herpesvirus UL35 / Herpesvirus UL35 family / Large tegument protein deneddylase / Herpesvirus tegument ubiquitin-specific protease (htUSP) domain profile. / Herpesvirus large tegument protein, USP domain / Herpesvirus tegument protein, N-terminal conserved region / Herpesvirus capsid vertex component 1 / Herpesvirus UL17 protein ...Herpesvirus large tegument protein deneddylase / Herpesvirus UL36 tegument protein / Herpesvirus UL35 / Herpesvirus UL35 family / Large tegument protein deneddylase / Herpesvirus tegument ubiquitin-specific protease (htUSP) domain profile. / Herpesvirus large tegument protein, USP domain / Herpesvirus tegument protein, N-terminal conserved region / Herpesvirus capsid vertex component 1 / Herpesvirus UL17 protein / Herpesvirus UL25 / Herpesvirus UL25 family / Herpesvirus capsid protein 2 / Herpesvirus capsid shell protein 1 / Herpesvirus VP23 like capsid protein / Herpesvirus capsid shell protein VP19C / Herpesvirus major capsid protein / Herpesvirus major capsid protein, upper domain superfamily / Herpes virus major capsid protein / Papain-like cysteine peptidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Triplex capsid protein 1 / Capsid vertex component 1 / Triplex capsid protein 2 / Major capsid protein / Capsid vertex component 2 / Large tegument protein deneddylase / Small capsomere-interacting protein
類似検索 - 構成要素
生物種Human herpesvirus 1 strain KOS (ヘルペスウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Dai XH / Zhou ZH
資金援助 米国, 6件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Dental and Craniofacial Research (NIH/NIDCR)DE025567 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI094386 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM071940 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1U24GM116792 米国
National Institutes of Health/Office of the Director1S10OD018111 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DBI-1338135 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2018
タイトル: Structure of the herpes simplex virus 1 capsid with associated tegument protein complexes.
著者: Xinghong Dai / Z Hong Zhou /
要旨: Herpes simplex viruses (HSVs) rely on capsid-associated tegument complex (CATC) for long-range axonal transport of their genome-containing capsids between sites of infection and neuronal cell bodies. ...Herpes simplex viruses (HSVs) rely on capsid-associated tegument complex (CATC) for long-range axonal transport of their genome-containing capsids between sites of infection and neuronal cell bodies. Here we report cryo-electron microscopy structures of the HSV-1 capsid with CATC up to 3.5-angstrom resolution and atomic models of multiple conformers of capsid proteins VP5, VP19c, VP23, and VP26 and tegument proteins pUL17, pUL25, and pUL36. Crowning every capsid vertex are five copies of heteropentameric CATC, each containing a pUL17 monomer supporting the coiled-coil helix bundle of a pUL25 dimer and a pUL36 dimer, thus positioning their flexible domains for potential involvement in nuclear capsid egress and axonal capsid transport. Notwithstanding newly discovered fold conservation between triplex proteins and bacteriophage λ protein gpD and the previously recognized bacteriophage HK97 gp5-like fold in VP5, HSV-1 capsid proteins exhibit extraordinary diversity in forms of domain insertion and conformational polymorphism, not only for interactions with tegument proteins but also for encapsulation of large genomes.
履歴
登録2018年2月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年3月14日-
マップ公開2018年3月14日-
更新2019年12月25日-
現状2019年12月25日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 4.58
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 4.58
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7473.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7473.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Subparticle refinement of HSV-1 capsid vertex region with associated tegument proteins.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.03 Å
密度
表面レベル登録者による: 2.5 / ムービー #1: 4.58
最小 - 最大-7.806808 - 12.466985
平均 (標準偏差)-0.0000000077 (±1)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 395.52 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.031.031.03
M x/y/z384384384
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z395.520395.520395.520
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ281156
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS384384384
D min/max/mean-7.80712.467-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Human herpesvirus 1 strain KOS

全体名称: Human herpesvirus 1 strain KOS (ヘルペスウイルス)
要素
  • ウイルス: Human herpesvirus 1 strain KOS (ヘルペスウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: major capsid protein (MCP, VP5)
    • タンパク質・ペプチド: small capsid protein (SCP, VP26)
    • タンパク質・ペプチド: capsid triplex subunit 1 (VP19C)
    • タンパク質・ペプチド: capsid triplex subunit 2 (VP23)
    • タンパク質・ペプチド: tegument protein pUL17
    • タンパク質・ペプチド: tegument protein pUL25
    • タンパク質・ペプチド: tegument protein pUL36

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超分子 #1: Human herpesvirus 1 strain KOS

超分子名称: Human herpesvirus 1 strain KOS / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Cultured in Vero cells. / NCBI-ID: 10306 / 生物種: Human herpesvirus 1 strain KOS / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 200 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: capsid / 直径: 1300.0 Å / T番号(三角分割数): 16

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分子 #1: major capsid protein (MCP, VP5)

分子名称: major capsid protein (MCP, VP5) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: MCP forms the hexons and pentons of the capsid. / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human herpesvirus 1 strain KOS (ヘルペスウイルス)
株: KOS
配列文字列: MAAPNRDPPG YRYAAAMVPT GSLLSTIEVA SHRRLFDFFS RVRS DANSL YDVEFDALLG SYCNTLSLVR FLELGLSVAC VCTKFPELAY MNEGRVQFEV HQP LIARDG PHPIEQPTHN YMTKIIDRRA LNAAFSLATE AIALLTGEAL DGTGIGAHRQ LR AIQQLAR ...文字列:
MAAPNRDPPG YRYAAAMVPT GSLLSTIEVA SHRRLFDFFS RVRS DANSL YDVEFDALLG SYCNTLSLVR FLELGLSVAC VCTKFPELAY MNEGRVQFEV HQP LIARDG PHPIEQPTHN YMTKIIDRRA LNAAFSLATE AIALLTGEAL DGTGIGAHRQ LR AIQQLAR NVQAVLGAFE RGTADQMLHV LLEKAPPLAL LLPMQRYLDN GRLATRVARA T LVAELKRS FCETSFFLGK AGHRREAVEA WLVDLTTATQ PSVAVPRLTH ADTRGRPVDG VLVTTAPIK QRLLQSFLKV EDTEADVPVT YGEMVLNGAN LVTALVMGKA VRSLDDVGR HLLEMQEEQL DLNRQTLDEL ESAPQTTRVR ADLVSIGEKL VFLEALEKRI YAATNVPY P LVGAMDLTFV LPLGLFNPVM ERFAAHAGDL VPAPGHPDPR AFPPRQLFFW GKDRQVL RL SLEHAIGTVC HPSLMNVDAA VGGLNRDPVE AANPYGAYVA APAGPAADMQ QLFLNA WGQ RLAHGRVRWV AEGQMTPEQF MQPDNANLAL ELHPAFDFFV GVADVELPGG DVPPA GPGE IQATWRVVNG NLPLALCPAA FRDARGLELG VGRHAMAPAT IAAVRGAFDD RNYP AVFYL LQAAIHGSEH VFCALARLVV QCITSYWNNT RCAAFVNDYS LVSYVVTYLG GDL PEECMA VYRDLVAHVE ALAQLVDDFT LTGPELGGQA QAELNHLMRD PALLPPLVWD CD ALMRRAA LDRHRDCRVS AGGHDPVYAA ACNVATADFN RNDGQLLHNT QARAADAADD R PHRGADWT VHHKIYYYVM VPAFSRGRCC TAGVRFDRVY ATLQNMVVPE IAPGEECPSD PVTDPAHPL HPANLVANTV NAMFHNGRVV VDGPAMLTLQ VLAHNMAERT TALLCSAAP DAGANTASTT NMRIFDGALH AGILLMAPQH LDHTIQNGDY FYPLPVHALF AGADHVAN A PNFPPALRDL SRQVPLVPPA LGANYFSSIR QPVVQHVRES AAGENALTYA LMAGYFK IS PVALHHQLKT GLHPGFGFTV VRQDRFVTEN VLFSERASEA YFLGQLQVAR HETGGG VNF TLTQPRGNVD LGVGYTAVVA TATVRNPVTD MGNLPQNFYL GRGAPPLLDN AAAVY LRNA VVAGNRLGPA QPVPVFGCAQ VPRRAGMDHG QDAVCEFIAT PVSTDVNYFR RPCN PRGRA AGGVYAGDKE GDVTALMYDH GQSDPSRAFA ATANPWASQR FSYGDLLYNG AYH LNGASP VLSPCFKFFT SADIAAKHRC LERLIVETGS AVSTATAASD VQFKRPPGCR EL VEDPCGL FQEAYPLTCA SDPALLRSAR NGEAHARETH FAQYLVYDAS PLKGLAL

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分子 #2: small capsid protein (SCP, VP26)

分子名称: small capsid protein (SCP, VP26) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: SCP binds on top of the MCP in hexons. / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human herpesvirus 1 strain KOS (ヘルペスウイルス)
株: KOS
配列文字列:
MAVPQFHRPS TVTTDSVRAL GMRGLVLATN NSQFIMDNNH PHPQ GTQGA VREFLRGQAA ALTDLGLAHA NNTFTPQPMF AGDAPAAWLR PAFGLRRTYS PFV VREPST PGTP

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分子 #3: capsid triplex subunit 1 (VP19C)

分子名称: capsid triplex subunit 1 (VP19C) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3
詳細: Complexed 1:2 with capsid triplex subunit 2 to form triplexes on the capsid shell.
光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human herpesvirus 1 strain KOS (ヘルペスウイルス)
株: KOS
配列文字列: MKTNPLPATP SVWGGSTVEL PPTTRDTAGQ GLLRRVLRPP ISRR DGPGL PRGSGPRRAA STLWLLGLDG TDAPPGALTP NDDTEQALDK ILRGTMRGGA ALI GSPRHH LTRQVILTDL CQPNADRAGT LLLALRHPAD LPHLAHQRAP PGRQTERLGE AW GQLMEAT ...文字列:
MKTNPLPATP SVWGGSTVEL PPTTRDTAGQ GLLRRVLRPP ISRR DGPGL PRGSGPRRAA STLWLLGLDG TDAPPGALTP NDDTEQALDK ILRGTMRGGA ALI GSPRHH LTRQVILTDL CQPNADRAGT LLLALRHPAD LPHLAHQRAP PGRQTERLGE AW GQLMEAT ALGSGRAESG CTRAGLVSFN FLVAACAASY DARDAADAVR AHVTANYRGT R VGARLDRF SECLRAMVHT HVFPHEVMRF FGGLVSWVTQ DELASVTAVC AGPQEAAHTG HPGRPRSAV ILPACAFVDL DAELGLGGPG AAFLYLVFTY RQRRDQELCC VYVIKSQLP PRGLEPALER LFGRLRITNT IHGTEDMTPP APNRNPDFPL AGLAANPQTP RCSAGQVT N PQFADRLYRW QPDLRGRPTA RTCTYAAFAE LGMMPEDSPR CLHRTERFGA VSVPVVI LE GVVWRPGEWR ACA

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分子 #4: capsid triplex subunit 2 (VP23)

分子名称: capsid triplex subunit 2 (VP23) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4
詳細: Complexed 2:1 with capsid triplex subunit 1 to form triplexes on the capsid shell.
光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human herpesvirus 1 strain KOS (ヘルペスウイルス)
株: KOS
配列文字列: MLADGFETDI AIPSGISRPD AAALQRCEGR VVFLPTIRRQ LTLA DVAHE SFVSGGVSPD TLGLLLAYRR RFPAVITRVL PTRIVACPLD VGLTHAGTVN LRN TSPVDL CNGDPISLVP PVFEGQATDV RLDSLDLTLR FPVPLPSPLA REIVARLVAR GI RDLNPSP ...文字列:
MLADGFETDI AIPSGISRPD AAALQRCEGR VVFLPTIRRQ LTLA DVAHE SFVSGGVSPD TLGLLLAYRR RFPAVITRVL PTRIVACPLD VGLTHAGTVN LRN TSPVDL CNGDPISLVP PVFEGQATDV RLDSLDLTLR FPVPLPSPLA REIVARLVAR GI RDLNPSP RNPGGLPDLN VLYYNGSRLS LLADVQQLGP VNAELRSLVL NMVYSITEGT T IILTLIPR LFALSAQDGY VNALLQMQSV TREAAQLIHP EAPALMQDGE RRLPLYEALV AWLTHAGQL GDTLALAPVV RVCTFDGAAV VRSGDMAPVI RYP

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分子 #5: tegument protein pUL17

分子名称: tegument protein pUL17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5
詳細: Component of the capsid-associated tegument complex (CATC). Each CATC contains one pUL17 subunit.
光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human herpesvirus 1 strain KOS (ヘルペスウイルス)
株: KOS
配列文字列: MNAHLANEVQ YDLGHGPGRP SSLVHVIISS ECLAAAGIPL AALM RGRPG LGTAANFQVE IQTRAHATGD CTPWCTAFAA YVPADAVGEL LAPVVPAHPG LLP RASSAG GLFVSLPVVC DAQGVYDPYA VAALRLAWGS GASCARVILF SYDELVPPNT RY AADSTRI ...文字列:
MNAHLANEVQ YDLGHGPGRP SSLVHVIISS ECLAAAGIPL AALM RGRPG LGTAANFQVE IQTRAHATGD CTPWCTAFAA YVPADAVGEL LAPVVPAHPG LLP RASSAG GLFVSLPVVC DAQGVYDPYA VAALRLAWGS GASCARVILF SYDELVPPNT RY AADSTRI MRVCRHLCRY VALLGAAAPP AAKEAAAHLS MGLGESASPR PQPLARPHAG A PADPPIVG ASDPPISPEE QLTAPGGDTT AAQDVSIAQE NEEILALVQR AVQDVTRRHP VRARTGRAA CGVASGLRQG ALVHQAVSGG AMGAADADAV LAGLEPPGGG RFVAPAPHG PGGEDILNDV LTLTPGTAKP RSLVEWLDRG WEALAGGDRP DWLWSRRSIS VVLRHHYG T KQRFVVVSYE NSVAWGGRRA RPPLLSSALA TALTEACAAE RVVRPHQLSP AGQAELL LR FPALEVPLRH PRPVLPPFDI AAEVAFTARI HLACLRALGQ AIRAALQGGP RISQRL RYD FGPDQRAWLG EVTRRFPILL ENLMRAVEGT APDAFFHTAY ALAVLAHLGG RGGRG RRVV PLGDDLPARF ADSDGHYVFD YYSTSGDTLR LNNRPIAVAM DGDVSKREQS KCRF MEAVP STAPRRVCEQ YLPGESYAYL CLGFNRRLCG IVVFPGGFAF TINIAAYLSL SDP VARAAV LRFCRKVSSG NGRSR

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分子 #6: tegument protein pUL25

分子名称: tegument protein pUL25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6
詳細: Component of the capsid-associated tegument complex (CATC). Each CATC contains two pUL25 subunits.
光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human herpesvirus 1 strain KOS (ヘルペスウイルス)
株: KOS
配列文字列: MDPYCPFDAL DVWEHRRFIV ADSRNFITPE FPRDFWMSPV FNLP RETAA EQVVVLQAQR TAAAAALENA AMQAAELPVD IERRLRPIER NVHEIAGALE ALE TAAAAA EEADAARGDE PAGGGDGGAP PGLAVAEMEV QIVRNDPPLR YDTNLPVDLL HM VYAGRGA ...文字列:
MDPYCPFDAL DVWEHRRFIV ADSRNFITPE FPRDFWMSPV FNLP RETAA EQVVVLQAQR TAAAAALENA AMQAAELPVD IERRLRPIER NVHEIAGALE ALE TAAAAA EEADAARGDE PAGGGDGGAP PGLAVAEMEV QIVRNDPPLR YDTNLPVDLL HM VYAGRGA TGSSGVVFGT WYRTIQDRTI TDFPLTTRSA DFRDGRMSKT FMTALVLSLQ A CGRLYVGQ RHYSAFECAV LCLYLLYRNT HGAADDSDRA PVTFGDLLGR LPRYLACLAA VIGTEGGRP QYRYRDDKLP KTQFAAGGGR YEHGALASHI VIATLMHHGV LPAAPGDVP RDASTHVNPD GVAHHDDINR AAAAFLSRGH NLFLWEDQTL LRATANTITA LGVIQRLL A NGNVYADRLN NRLQLGMLIP GAVPSEAIAR GASGSDSGAI KSGDNNLEAL CANYVLP LY RADPAVELTQ LFPGLAALCL DAQAGRPVGS TRRVVDMSSG ARQAALVRLT ALELIN RTR TNPTPVGEVI HAHDALAIQY EQGLGLLAQQ ARIGLGSNTK RFSAFNVSSD YDMLY FLCL GFIPQYLSAV

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分子 #7: tegument protein pUL36

分子名称: tegument protein pUL36 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7
詳細: Component of the capsid-associated tegument complex (CATC). Each CATC contains two pUL36 subunits.
光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human herpesvirus 1 strain KOS (ヘルペスウイルス)
株: KOS
配列文字列: MIAGTPPHST MERGGDRDIV VTGARNQFAP DLEPGGSVSC MRSS LSFLS LIFDVGPRDV LSAEAIEGCL VEGGEWTRAT AGPGPPRMCS IVELPNFLEY PGA RGGLRC VFSRVYGEVG FFGEPAAGLL ETQCPAHTFF AGPWALRPLS YTLLTIGPLG MG LFRDGDT ...文字列:
MIAGTPPHST MERGGDRDIV VTGARNQFAP DLEPGGSVSC MRSS LSFLS LIFDVGPRDV LSAEAIEGCL VEGGEWTRAT AGPGPPRMCS IVELPNFLEY PGA RGGLRC VFSRVYGEVG FFGEPAAGLL ETQCPAHTFF AGPWALRPLS YTLLTIGPLG MG LFRDGDT AYLFDPHGLP EGTPAFIAKV RAGDMYPYLT YYTRDRPDVR WAGAMVFFVP S GPEPAAPA DLTAAALHLY GASETYLQDE AFSERRVAIT HPLRGEIAGL GEPCVGVGPR EGVGGPGPH PPTAAQSPPP TRARRDDRAS ETSRGTAGPS AKPEAKRPNR APDDVWAVA LKGTPPTDPP SADPPSADPP SAIPPPPPSA PKTPAAEAAE EDDDDMRVLE MGVVPVGR H RARYSAGLPK RRRPTWTPPS SVEDLTSGEK TKRSAPPAKT KKKSTPKGKT PVGAAVP AS VPEPVLASAP PDPAGPPVAE AGEDDGPTVP ASSQALEALK TRRSPEPPGA DLAQLF EAH PNVAATAVKF TACSAALARE VAACSRLTIS ALRSPYPASP GLLELCVIFF FERVL AFLI ENGARTHTQA GVAGPAAALL EFTLNMLPWK TAVGDFLAST RLSLADVAAH LPLV QHVLD ENSLIGRLAL AKLILVARDV IRETDAFYGE LADLELQLRA APPANLYTRL GEW LLERSQ AHPDTLFAPA TPTHPEPLLY RVQALAKFAR GEEIRVEAED RQMREALDAL AR GVDAVSQ HAGPLGVMPA PAGAAPQGAP RPPPLGPEAV QVRLEEVRTQ ARRAIEGAVK E YFYRGAVY SAKALQASDN NDRRFHVASA AVVPVVQLLE SLPVFDQHTR DIAQRAAIPA PPPIATSPT AILLRDLIQR GQTLDAPEDL AAWLSVLTDA ANQGLIERKP LDELARSIR DINDQQARRS SGLAELRRFD ALDAALGQQL DSDAAFVPAP GASPYPDDGG LSPEATRM A EEALRQARAM DAAKLTAELA PDARARLRER ARSLEAMLEG ARERAKVARD AREKFLH KL QGVLRPLPDF VGLKACPAVL ATLRASLPAG WSDLPEAVRG APPEVTAALR ADMWGL LGQ YRDALEHPTP DTATALSGLH PSFVVVLKNL FADAPETPFL LQFFADHAPI IAHAV SNAI NAGSAAVATA DPASTVDAAV RAHRVLVDAV TALGAAASDP ASPLAFLAAM ADSA AGYVK ATRLALDARV AIAQLTTLGS AAADLVVQVR RAANQPEGEH ASLIQAATRA TTG ARESLA GHEGRFGGLL HAEGTAGDHS PSGRALQELG KVIGATRRRA DELEAATADL RE KMAAQRA RSSHERWAAD VEAVLDRVES GAEFDVVELR RLQALAGTHG YNPRDFRKRA E QALGTNAK AVTLALETAL AFNPYTPENQ RHPMLPPLAA IHRIDWSAAF GAAADTYADM FRVDTEPLA RLLRLAGGLL ERAQANDGFI DYHEAVLHLS EDLGGVPALR QYVPFFQKG YAEYVDIRDR LDALRADARR AIGSVALDLA AAAEEISAVR NDPAAAAELV RAGVTLPC P SEDALVACVA ALERVDQSPV KDTAYADYVA FVTRQDLADT KDAVVRAKQQ RAEATER VT AGLREVLAAR ERRAQLEAEG LANLKTLLKV VAVPATVAKT LDQARSAEEI ADQVEI LVD QTEKARELDV QAVAWLEHAQ RTFETHPLSA ASGDGPGLLT RQGARLQALF DTRRR VEAL RRSLEEAEAE WDEVWGRFGR VRGGAWKSPE GFRAACEQLR ALQDTTNTVS GLRA QRDYE RLPAKYQGVL GAKSAERAGA VEELGGRVAQ HADLSARLRD EVVPRVAWEM NFD TLGGLL AEFDAVAGDL APWAVEEFRG ARELIQRRMG LYSAYAKATG QTGAGAAAAP AP LLVDLRA LDARARASAP PGQEADPQML RRRGEAYLRV SGGPGPLVLR EATSTLDRPF A PSFLVPDG TPLQYALCFP AVTDKLGALL MCPEAACIRP PLPTDTLESA STVTAMYVLT VINRLQLAL SDAQAANFQL FGRFVRHRQA RWGASMDAAA ELYVALVATT LTREFGCRW AQLEWGGDAA APGPPLGPQS STRHRVSFNE NDVLVALVAS SPEHIYTFWR LDLVRQHE Y MHLTLPRAFQ NAADSMLFVQ RLTPHPDARI RVLPAFSAGG PPTRGLMFGT RLADWRR GK LSETDPLAPW RSVPELGTER GAALGKLSPA QALAAVSVLG RMCLPSTALV ALWTCM FPD DYTEYDSFDA LLTARLESGQ TLSPSGGREA SPPAPPNALY RPTGQHVAVP AAATH RTPA ARVTAMDLVL AAVLLGAPVV VALRNTTAFS RESELELCLT LFDSRARGPD AALR DAVSS DIETWAVRLL HADLNPIENA CLAAQLPRLS ALIAERPLAR GPPCLVLVDI SMT PVAVLW ENPDPPGPPD VRFVGSEATE ELPFVAGGED VLAASATDED PFLARAILGR PF DASLLSG ELFPGHPVYQ RAPDDQSPSV PNPTPGPVDL VGAEGSLGPG SLAPTLFTDA T PGEPVPPR MWAWIHGLEE LASDDSGGPA PLLAPDPLSP TADQSVPTSQ CAPRPPGPAV TAREARPGV PAESTRPAPV GPRDDFRRLP SPQSSPAPPD ATAPRPPASS RASAASSSG SRARRHRRAR SLARATQASA TTQGWRPPAL PDTVAPVTDF ARPPAPPKPP EPAPHALV S GVPLPLGPQA AGQASPALPI DPVPPPVATG TVLPGGENRR PPLTSGPAPT PPRVPVG GP QRRLTRPAVA SLSESRESLP SPWDPADPTA PVLGRNPAEP TSSSPAGPSP PPPAVQ PVA PPPTSGPPPT YLTLEGGVAP GGPVSRRPTT RQPVATPTTS ARPRGHLTVS RLSAP QPQP QPQPQPQPQP QPQPQPQPQP QPQPQPQPQP QPQPQPQPQP QPQPQPQPQP QPQP QPQPQ PQPQPQNGHV APGEYPAVRF RAPQNRPSVP ASASSTNPRT GSSLSGVSSW ASS LALHID ATPPPVSLLQ TLYVSDDEDS DATSLFLSDS EAEALDPLPG EPHSPITNEP FS ALSADDS QEVTRLQFGP PPVSANAVLS RRYVQRTGRS ALAVLIRACY RLQQQLQRTR R ALLHHSDA VLTSLHHVRM LLG

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 構成要素 - 式: PBS / 構成要素 - 名称: phosphate buffered saline
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 298 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: The sample was manually blotted and frozen with a homemade plunger..

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 倍率（補正後）: 24271 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 14000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
温度最低: 79.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 7676 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 7420 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 2.5 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-26 / 撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 7356 / 平均露光時間: 13.0 sec. / 平均電子線量: 25.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 45530
詳細: Particles were boxed with ETHAN, and then manually examined.
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 3)
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

6038

初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C5 (5回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
詳細: Subparticles of the vertex region were boxed out from the virion images using method described in Ilca et al, Nat Commun 6, 8843 (2015). These subparticles were treated as single particles ...詳細: Subparticles of the vertex region were boxed out from the virion images using method described in Ilca et al, Nat Commun 6, 8843 (2015). These subparticles were treated as single particles and refined locally with Relion.
使用した粒子像数: 545340

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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