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基本情報

エントリ情報
データベース: EMDB / ID: 7406
タイトルSingle Molecule 3D Image of a Hole-Hole Homodimer Species Generated in the Production of a Bispecific Recombinant IgG1 (No. 053)
マップデータSingle Molecule 3D Image of a Hole-Hole Homodimer Species Generated in the Production of a Bispecific Recombinant IgG1 (No. 053)
試料IgG1 hole-hole homodimer:
由来unidentified (未定義)
実験手法電子線トモグラフィー法 / ネガティブ染色法 / 12.12Å分解能
データ登録者Lei D / Liu J / Liu H / Lei M / Ren G
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Single Molecule 3D Image of a Hole-Hole Homodimer Species Generated in the Production of a Bispecific Recombinant IgG1
著者: Lei D / Liu J / Liu H / Lei M / Ren G
日付登録: 2018年1月25日 / ヘッダ(付随情報) 公開: 2018年2月14日 / マップ公開: 2019年1月30日 / 最新の更新: 2019年1月30日

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 0.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(半径に従い着色)
  • 表面レベル: 0.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップデータ

ファイルemd_7406.map.gz (map file in CCP4 format, 8389 KB)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
128 pix
2.96 Å/pix.
= 378.88 Å
128 pix
2.96 Å/pix.
= 378.88 Å
128 pix
2.96 Å/pix.
= 378.88 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.96 Å
密度
表面のレベル:0.2 (ムービー #1)
最小 - 最大-0.23114479 - 1.6773193
平均 (標準偏差)0.0021202867 (0.04936177)
詳細

EMDB XML:

空間群番号1
マップ形状
Axis orderXYZ
Dimensions128128128
Origin0.043.00.0
Limit127.0170.0127.0
Spacing128128128
セルA=B=C: 378.88 Å
α=β=γ: 90.0 deg.

CCP4マップヘッダ:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.962.962.96
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z378.880378.880378.880
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ
NX/NY/NZ
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS4300
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-0.2311.6770.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 IgG1 hole-hole homodimer

全体名称: IgG1 hole-hole homodimer / 構成要素数: 1

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構成要素 #1: タンパク質, IgG1 hole-hole homodimer

タンパク質名称: IgG1 hole-hole homodimer / 組換発現: No
由来生物種: unidentified (未定義)
由来(合成)発現系: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
発現系の細胞: ovary

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実験情報

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試料調製

試料試料の状態: 粒子 / 実験手法: ネガティブ染色法
試料溶液緩衝液: Dulbecco's phosphate buffered saline (DPBS) / pH: 7
染色The grid was stained with 1% (w/v) uranyl formate
急速凍結凍結剤: NONE

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電子顕微鏡撮影

撮影顕微鏡: ZEISS LIBRA120PLUS
電子銃電子線源: LAB6 / 加速電圧: 120 kV / 照射量: 70.7 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズ倍率: 80000.0 X (公称値) / Cs: 2.2 mm / 撮影モード: BRIGHT FIELD / エネルギーフィルター: In-column Omega Filter
試料ホルダモデル: OTHER
カメラディテクター: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)

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画像解析

解析実験手法: 電子線トモグラフィー法 / セクションの数: 61
詳細: X-ray speckles in images were removed before CTF correction.
3次元再構成アルゴリズム: FOURIER SPACE / 分解能: 12.12 Å / 分解能の算定法: FSC 0.5 CUT-OFF
詳細: The 3D reconstruction was performed by using Individual-Particle Electron Tomography (IPET). The obtained 3D map was Gaussian low-pass filtered to 2 nm. Image of the 3D map was taken in Chimera with the 'hide dust' function activated.
FSC曲線
(分解能の算定)

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万見について

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お知らせ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報: Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク: PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

すべてのお知らせ

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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