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- EMDB-7347: CRISPR RNA-guided surveillance complex, pre-nicking -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7347
タイトルCRISPR RNA-guided surveillance complex, pre-nicking
マップデータCRISPR RNA-guided surveillance complex with Cas3 bound in its pre-nicking state
試料
  • 複合体: CRISPR RNA-guided surveillance complex with Cas3 bound in its pre-nicking state
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated helicase, Cas3 family
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated protein, Cse1 family
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated protein, Cse4 family
    • タンパク質・ペプチド: Uncharacterized protein
    • RNA: crRNA
    • DNA: Target strand
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated protein, Cas5e family
    • DNA: Nontarget strand
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated protein, Cse3 family
  • リガンド: FE (III) ION
キーワードCRISPR-Cas (CRISPR) / Cascade / Cas3 / DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / DNA BINDING PROTEIN-DNA-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of CRISPR repeat elements / helicase activity / defense response to virus / hydrolase activity / RNA binding / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cas3, C-terminal / Cas3 C-terminal domain / CRISPR-associated protein, CT1975 / CT1975-like protein / CRISPR-associated protein, CasD / Helicase Cas3, CRISPR-associated, core / CRISPR-associated protein Cse2 / Cse2 superfamily / CRISPR-associated protein Cse2 (CRISPR_cse2) / CRISPR-associated protein Cse1 ...Cas3, C-terminal / Cas3 C-terminal domain / CRISPR-associated protein, CT1975 / CT1975-like protein / CRISPR-associated protein, CasD / Helicase Cas3, CRISPR-associated, core / CRISPR-associated protein Cse2 / Cse2 superfamily / CRISPR-associated protein Cse2 (CRISPR_cse2) / CRISPR-associated protein Cse1 / CRISPR-associated protein Cse1 (CRISPR_cse1) / CRISPR-associated protein Cse3 / CRISPR / CRISPR_assoc / CRISPR-associated Cas3-type HD domain / CRISPR-associated Cas3-type HD domain superfamily / Cas3, HD domain / HD Cas3-type domain profile. / CRISPR-associated protein, Cas5 / CRISPR-associated protein (Cas_Cas5) / CRISPR-associated protein Cas5, N-terminal / helicase superfamily c-terminal domain / Helicase, C-terminal / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
CRISPR-associated helicase, Cas3 family / CRISPR-associated protein, Cse1 family / CRISPR-associated protein, Cse2 family / CRISPR-associated protein, Cse4 family / CRISPR-associated protein, Cas5e family / CRISPR-associated protein, Cse3 family
類似検索 - 構成要素
生物種Thermobifida fusca (strain YX) (バクテリア) / Thermobifida fusca (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.66 Å
データ登録者Xiao Y / Luo M
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118174 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM102543 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2018
タイトル: Structure basis for RNA-guided DNA degradation by Cascade and Cas3.
著者: Yibei Xiao / Min Luo / Adam E Dolan / Maofu Liao / Ailong Ke /
要旨: Type I CRISPR-Cas system features a sequential target-searching and degradation process on double-stranded DNA by the RNA-guided Cascade (CRISPR associated complex for antiviral defense) complex and ...Type I CRISPR-Cas system features a sequential target-searching and degradation process on double-stranded DNA by the RNA-guided Cascade (CRISPR associated complex for antiviral defense) complex and the nuclease-helicase fusion enzyme Cas3, respectively. Here, we present a 3.7-angstrom-resolution cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of the Type I-E Cascade/R-loop/Cas3 complex, poised to initiate DNA degradation. Cas3 distinguishes Cascade conformations and only captures the R-loop-forming Cascade, to avoid cleaving partially complementary targets. Its nuclease domain recruits the nontarget strand (NTS) DNA at a bulged region for the nicking of single-stranded DNA. An additional 4.7-angstrom-resolution cryo-EM structure captures the postnicking state, in which the severed NTS retracts to the helicase entrance, to be threaded for adenosine 5'-triphosphate-dependent processive degradation. These snapshots form the basis for understanding RNA-guided DNA degradation in Type I-E CRISPR-Cas systems.
履歴
登録2018年1月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年2月7日-
マップ公開2018年6月27日-
更新2023年11月29日-
現状2023年11月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6c66
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7347.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7347.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈CRISPR RNA-guided surveillance complex with Cas3 bound in its pre-nicking state
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.24 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.03 / ムービー #1: 0.04
最小 - 最大-0.10162261 - 0.21208328
平均 (標準偏差)-0.00003452048 (±0.009961365)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 317.44 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.241.241.24
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z317.440317.440317.440
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.1020.212-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : CRISPR RNA-guided surveillance complex with Cas3 bound in its pre...

全体名称: CRISPR RNA-guided surveillance complex with Cas3 bound in its pre-nicking state
要素
  • 複合体: CRISPR RNA-guided surveillance complex with Cas3 bound in its pre-nicking state
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated helicase, Cas3 family
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated protein, Cse1 family
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated protein, Cse4 family
    • タンパク質・ペプチド: Uncharacterized protein
    • RNA: crRNA
    • DNA: Target strand
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated protein, Cas5e family
    • DNA: Nontarget strand
    • タンパク質・ペプチド: CRISPR-associated protein, Cse3 family
  • リガンド: FE (III) ION

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超分子 #1: CRISPR RNA-guided surveillance complex with Cas3 bound in its pre...

超分子名称: CRISPR RNA-guided surveillance complex with Cas3 bound in its pre-nicking state
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#9
由来(天然)生物種: Thermobifida fusca (strain YX) (バクテリア)

+
分子 #1: CRISPR-associated helicase, Cas3 family

分子名称: CRISPR-associated helicase, Cas3 family / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermobifida fusca (strain YX) (バクテリア) / 株: YX
分子量理論値: 104.039219 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MPEHDSTDDK HGIPPLDLRF WAKERGLRGK TYPLVCHSLD AAAAALVLWN EYLSPGLRDT IASSMETDEE HAGHCIAFWA GLHDIGKLT REFQQQIAID LSAYPGEELS GEQRSHAAAT GKWLPFALPS LGYPNGGLVT GLVAQMLGGH HGTFHPHPSF Q SRNPLAEF ...文字列:
MPEHDSTDDK HGIPPLDLRF WAKERGLRGK TYPLVCHSLD AAAAALVLWN EYLSPGLRDT IASSMETDEE HAGHCIAFWA GLHDIGKLT REFQQQIAID LSAYPGEELS GEQRSHAAAT GKWLPFALPS LGYPNGGLVT GLVAQMLGGH HGTFHPHPSF Q SRNPLAEF GFSSPHWEKQ RHALLHAVFD ATGRPTPPDM LDGPTASVVC GLVILADWLV SQEDFLLERL TSLPADGSAS AL RAHFETS LRRIPSLLDA AGLRPITVPP ATFTESFPHL SKPNGLQASL AKHLPCLCTG PGLVLITAPM GEGKTEAAYH VAD LLGKAT GRPGRFLALP TMATADQMHT RLKEYARYRV ENTDLPRSST LALLHSMAWL NPDYAPADLP GVSKVLSNLG HRDP FAATD WLMGRKRGLL APWAVGTIDQ ALMAVLRAKH NALRLFGLAG KVVVVDEAHA VDPYMQVLLE QLLRWLGTLD VPVVL LSAT LHHSIANSLV KAYLEGARGR RWNRSEPQPV SEVSYPGWLH VDARIGKVTR SSDVDPLPIA TTPRKPLEVR LVDVPV KEG ALNRSTVLAK ELTPLVKQGG CAAIICTTVA EAQGVYDLLS QWFATLGEDA PDLYLLHSRF PNRQRTEITA TIVDLFG KE GAQSGRRPTR GAVLVATQVV EQSLDLDVDL MISDLAPVSL LLQRAGRCWR HEHLGIINRP QWAKQPELVV LTPEQNGD A DRAPWFPRSW TSVYPLALLQ RTYTLLRRRN GAPVQIPEDV QQLVDDVYDD DSLAEDLEAD MERMGEELAQ RGLARNAVI PDPDDAEDNL NGLTEFSFDV DEHVLATRFG AGSVRVLCYY VDTAGNRWLD PECTVEFPEQ GTGREGRFTM ADCRDLVART IPVRMGPWA SQLTEDNHPP EAWRESFYLR DLVLIPQRVT DEGAVLPTET GGREWLLDPC KGLIF

UniProtKB: CRISPR-associated helicase, Cas3 family

+
分子 #2: CRISPR-associated protein, Cse1 family

分子名称: CRISPR-associated protein, Cse1 family / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermobifida fusca (strain YX) (バクテリア) / 株: YX
分子量理論値: 61.433297 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MLSVALCFLV GGAIPSPPSF DVTIAPWLIA RSRDVLAAPE MLGLRDVLIR SHELSDVEIP LPPGAAVLWR ILALITARIT GLDQPPNKN PKRKWQARRS QILSKGRLDP EAVDAYFADY SERFDLFHPE RPWLQDPRLR EECPKTSGVN KLAWGRTAGE N QVWLGGHH ...文字列:
MLSVALCFLV GGAIPSPPSF DVTIAPWLIA RSRDVLAAPE MLGLRDVLIR SHELSDVEIP LPPGAAVLWR ILALITARIT GLDQPPNKN PKRKWQARRS QILSKGRLDP EAVDAYFADY SERFDLFHPE RPWLQDPRLR EECPKTSGVN KLAWGRTAGE N QVWLGGHH HDLDPHPLDS AEAVWHLLAT LGYGPSGMCT ARVVRGRSER NVTAGPLRGT VSYHPLGRTL FESLILNIPY PG TGAADLA FWEQPELNDP LGLPEESAGL AGILRLDHFR HAVLLHPSPD GSHVVDAWVT WAWRERNISP ELDPYLIYQT SKE GRVYPR PAEAERAIWR DLDALLHYGE DGNYRPTILD NCTPLAQVPQ EVLDSLRLRA FGFDQDGQAR DKQWFTATTP AVLR WLADR ETDDNENARI VRRITLARKA AEALGRRLEK ACKEAWKESN SPSSTSSGTN AKTETGVGPW VQHGMSRYWA KAEPV FWNI VYDRPAQGYT PGMAGPGNAF NLVALAAYDE VTGPYCERPR VAKVVERHRS TLFSNWTPKQ DKEAA

UniProtKB: CRISPR-associated protein, Cse1 family

+
分子 #3: CRISPR-associated protein, Cse4 family

分子名称: CRISPR-associated protein, Cse4 family / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermobifida fusca (strain YX) (バクテリア) / 株: YX
分子量理論値: 41.043043 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MTFVDIHAIQ TLPYSNINRD DLGSPKTVVY GGKERTRVSS QSWKRAVRHE VEARLGDKAV RTRRIISEIA KRLRERGWDA DLADAGARQ VVLSVGKKSG IKLEKEKDSE APATSVLFYL PVPAIDELAA IADEHRDAVA KEAAKKTPKG ILPADRITEV L KSRNVSVN ...文字列:
MTFVDIHAIQ TLPYSNINRD DLGSPKTVVY GGKERTRVSS QSWKRAVRHE VEARLGDKAV RTRRIISEIA KRLRERGWDA DLADAGARQ VVLSVGKKSG IKLEKEKDSE APATSVLFYL PVPAIDELAA IADEHRDAVA KEAAKKTPKG ILPADRITEV L KSRNVSVN LFGRMLAELP STEVDGAVQF AHAFTVHGTT VEVDFFTAVD DIPKENDHGS GHMNAGQFSA GTFYRYANVN LD RLVENTG DAQTARTAVA EFLRAFLSTV PSGKQNATAA MTLPDLVHIA VRFDRPISFA PAFETALYGS DGYTLRACQE LNN YAERLR EVWPDDAIRG YATVENKTDL AALGERYDSY PALIDAMVAA AFEGERE

UniProtKB: CRISPR-associated protein, Cse4 family

+
分子 #4: Uncharacterized protein

分子名称: Uncharacterized protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermobifida fusca (strain YX) (バクテリア) / 株: YX
分子量理論値: 27.446613 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MNSDYILQHA DALVKRVSKL IVNEPAARAA LRRGVGLAPE DPRMLAAHRV VAPYVPVPTD YDVDRRRAAS LWDVHAVERA FYAVAAIMA AQPRSARDQE AEATEEQTGE PQDSEALTEP TPAEESSATK DGKPDRRPNL GVSLAQAVFD KGLNADSTEQ R LHLIARQN ...文字列:
MNSDYILQHA DALVKRVSKL IVNEPAARAA LRRGVGLAPE DPRMLAAHRV VAPYVPVPTD YDVDRRRAAS LWDVHAVERA FYAVAAIMA AQPRSARDQE AEATEEQTGE PQDSEALTEP TPAEESSATK DGKPDRRPNL GVSLAQAVFD KGLNADSTEQ R LHLIARQN LDGVHRHLPR LVLYLRSDQV HIDWGILIRD LARWGHTPRH VAREWVQDYH RTLETLTRQA EQKNKNNTTD EE AEAA

UniProtKB: CRISPR-associated protein, Cse2 family

+
分子 #7: CRISPR-associated protein, Cas5e family

分子名称: CRISPR-associated protein, Cas5e family / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermobifida fusca (strain YX) (バクテリア) / 株: YX
分子量理論値: 28.27926 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSGFLLRLAG PMQSWGEHSM FGERDTLPYP SRSGLIGMFA AAQGVRRGDP LDRYKELKFT VRVDRPGVRL VDFHTIGGGL PKERTVPTA AGERRDPKKA TIVTSRSYLA DAVFTVAVTG PEADTIADAL AAPYWQPYLG RRAFVPDPLL VLRRRVADPV R ELVEAVPL ...文字列:
MSGFLLRLAG PMQSWGEHSM FGERDTLPYP SRSGLIGMFA AAQGVRRGDP LDRYKELKFT VRVDRPGVRL VDFHTIGGGL PKERTVPTA AGERRDPKKA TIVTSRSYLA DAVFTVAVTG PEADTIADAL AAPYWQPYLG RRAFVPDPLL VLRRRVADPV R ELVEAVPL PHRRVEEDAA TVLVDLIYEE GEYPDTRTLT VLNDVPLSFD SKSRRYSTRQ IRVVPTEVPA TLVAGPGRDY QN KLFTYVK QCAEEAA

UniProtKB: CRISPR-associated protein, Cas5e family

+
分子 #9: CRISPR-associated protein, Cse3 family

分子名称: CRISPR-associated protein, Cse3 family / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermobifida fusca (strain YX) (バクテリア) / 株: YX
分子量理論値: 26.327938 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MTWLTKIVPD LRYRQTRADF RTAGNLHRKL IRLSSDLGEE RIANPRQQSG LLFRIEETRN ELYLLVQSHS PLRVDRLGPG YHGVQMRNL DPFLARLDKG SRVRYRIVAS PTKRLGRSEN NTQRLGLKEP PKKPREYTWA LRGAAAEEWW HSRAAANGLE L LSTYAQTL ...文字列:
MTWLTKIVPD LRYRQTRADF RTAGNLHRKL IRLSSDLGEE RIANPRQQSG LLFRIEETRN ELYLLVQSHS PLRVDRLGPG YHGVQMRNL DPFLARLDKG SRVRYRIVAS PTKRLGRSEN NTQRLGLKEP PKKPREYTWA LRGAAAEEWW HSRAAANGLE L LSTYAQTL DDVRDPGTAD RSRKIRHPAV RFDGEAVISD VDAVRHAVLN GIGRGKSYGC GLLSLALIEE GEHG

UniProtKB: CRISPR-associated protein, Cse3 family

+
分子 #5: crRNA

分子名称: crRNA / タイプ: rna / ID: 5 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Thermobifida fusca (バクテリア)
分子量理論値: 19.790793 KDa
配列文字列:
AUGGACCGCC AGUGAUAAGU GGAAUGCCAU GUGGGCUGUC GUGAGCCCCA CGCACGUGGG G

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分子 #6: Target strand

分子名称: Target strand / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Thermobifida fusca (バクテリア)
分子量理論値: 16.801725 KDa
配列文字列: (DG)(DC)(DG)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DG)(DC) (DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DC)(DC)(DA)(DC) (DA)(DT)(DG)(DG)(DC)(DA)(DT)(DT)(DC) (DC)(DA)(DC)(DT)(DT)(DA)(DT)(DC)(DA)(DC) (DT) (DG)(DG)(DC)(DT)(DT) ...文字列:
(DG)(DC)(DG)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DG)(DC) (DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DC)(DC)(DA)(DC) (DA)(DT)(DG)(DG)(DC)(DA)(DT)(DT)(DC) (DC)(DA)(DC)(DT)(DT)(DA)(DT)(DC)(DA)(DC) (DT) (DG)(DG)(DC)(DT)(DT)(DC)(DG)(DT) (DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG)

+
分子 #8: Nontarget strand

分子名称: Nontarget strand / タイプ: dna / ID: 8 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Thermobifida fusca (バクテリア)
分子量理論値: 17.09992 KDa
配列文字列: (DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DA)(DC)(DG) (DA)(DA)(DG)(DC)(DC)(DA)(DG)(DT)(DG)(DA) (DT)(DA)(DA)(DG)(DT)(DG)(DG)(DA)(DA) (DT)(DG)(DC)(DC)(DA)(DT)(DG)(DT)(DG)(DG) (DG) (DC)(DT)(DG)(DT)(DC) ...文字列:
(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DA)(DC)(DG) (DA)(DA)(DG)(DC)(DC)(DA)(DG)(DT)(DG)(DA) (DT)(DA)(DA)(DG)(DT)(DG)(DG)(DA)(DA) (DT)(DG)(DC)(DC)(DA)(DT)(DG)(DT)(DG)(DG) (DG) (DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DG)(DC)(DC) (DT)(DG)(DG)(DA)(DC)(DG)(DC)

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分子 #10: FE (III) ION

分子名称: FE (III) ION / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 2 / 式: FE
分子量理論値: 55.845 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 10 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 5 mM DTT
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 85 % / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 2.7 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 倍率（公称値）: 31000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / ホルダー冷却材: NITROGEN
温度最低: 80.0 K / 最高: 105.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 実像数: 1428 / 平均電子線量: 8.0 e/Å2
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

粒子像選択選択した数: 322268
初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: SPIDER
最終 3次元分類クラス数: 6 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.66 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 使用した粒子像数: 51889

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-6c66:
CRISPR RNA-guided surveillance complex, pre-nicking

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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