[日本語] English
万見
- EMDB-7343: Ebola nucleoprotein nucleocapsid-like assembly and the asymmetric unit -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7343
タイトルEbola nucleoprotein nucleocapsid-like assembly and the asymmetric unit
マップデータEbola nucleoprotein nucleocapsid-like assembly
試料
  • 複合体: eNP nucleocapsid-like assembly
    • タンパク質・ペプチド: Nucleoprotein核タンパク質
キーワードEbola (エボラ出血熱) / nucleoprotein (核タンパク質) / nucleocapsid (カプシド) / helical reconstruction / RNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


viral RNA genome packaging / helical viral capsid / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / ribonucleoprotein complex / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Ebola nucleoprotein / Ebola nucleoprotein
類似検索 - ドメイン・相同性
核タンパク質 / 核タンパク質
類似検索 - 構成要素
生物種Zaire ebolavirus (エボラウイルス)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.8 Å
データ登録者Su Z / Wu C / Pintilie GD / Chiu W / Amarasinghe GK / Leung DW
資金援助 米国, 7件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM103832 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM103422 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM12400701 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19AI109664 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01AI120943 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM080139 米国
Defense Threat Reduction Agency (DTRA)HDTRA1-16-1-0033 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2015
タイトル: An Intrinsically Disordered Peptide from Ebola Virus VP35 Controls Viral RNA Synthesis by Modulating Nucleoprotein-RNA Interactions.
著者: Daisy W Leung / Dominika Borek / Priya Luthra / Jennifer M Binning / Manu Anantpadma / Gai Liu / Ian B Harvey / Zhaoming Su / Ariel Endlich-Frazier / Juanli Pan / Reed S Shabman / Wah Chiu / ...著者: Daisy W Leung / Dominika Borek / Priya Luthra / Jennifer M Binning / Manu Anantpadma / Gai Liu / Ian B Harvey / Zhaoming Su / Ariel Endlich-Frazier / Juanli Pan / Reed S Shabman / Wah Chiu / Robert A Davey / Zbyszek Otwinowski / Christopher F Basler / Gaya K Amarasinghe /
要旨: During viral RNA synthesis, Ebola virus (EBOV) nucleoprotein (NP) alternates between an RNA-template-bound form and a template-free form to provide the viral polymerase access to the RNA template. In ...During viral RNA synthesis, Ebola virus (EBOV) nucleoprotein (NP) alternates between an RNA-template-bound form and a template-free form to provide the viral polymerase access to the RNA template. In addition, newly synthesized NP must be prevented from indiscriminately binding to noncognate RNAs. Here, we investigate the molecular bases for these critical processes. We identify an intrinsically disordered peptide derived from EBOV VP35 (NPBP, residues 20-48) that binds NP with high affinity and specificity, inhibits NP oligomerization, and releases RNA from NP-RNA complexes in vitro. The structure of the NPBP/ΔNPNTD complex, solved to 3.7 Å resolution, reveals how NPBP peptide occludes a large surface area that is important for NP-NP and NP-RNA interactions and for viral RNA synthesis. Together, our results identify a highly conserved viral interface that is important for EBOV replication and can be targeted for therapeutic development.
履歴
登録2018年1月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年2月14日-
マップ公開2018年3月7日-
更新2024年3月13日-
現状2024年3月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6c54
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6c54
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7343.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7343.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 70.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Ebola nucleoprotein nucleocapsid-like assembly
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.4 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.06 / ムービー #1: 0.06
最小 - 最大-0.16373856 - 0.30754635
平均 (標準偏差)0.0022737961 (±0.0146839395)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ264264264
Spacing264264264
セルA=B=C: 633.60004 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.42.42.4
M x/y/z264264264
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z633.600633.600633.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-288-288-288
NX/NY/NZ576576576
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS264264264
D min/max/mean-0.1640.3080.002

-
添付データ

-
追加マップ: Ebola nucleoprotein asymmetric unit

ファイルemd_7343_additional.map
注釈Ebola nucleoprotein asymmetric unit
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Ebola nucleoprotein asymmetric unit

ファイルemd_7343_additional_1.map
注釈Ebola nucleoprotein asymmetric unit
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : eNP nucleocapsid-like assembly

全体名称: eNP nucleocapsid-like assembly
要素
  • 複合体: eNP nucleocapsid-like assembly
    • タンパク質・ペプチド: Nucleoprotein核タンパク質

-
超分子 #1: eNP nucleocapsid-like assembly

超分子名称: eNP nucleocapsid-like assembly / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Zaire ebolavirus (エボラウイルス)

-
分子 #1: Nucleoprotein

分子名称: Nucleoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Zaire ebolavirus (エボラウイルス)
分子量理論値: 48.14259 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: LTAGLSVQQG IVRQRVIPVY QVNNLEEICQ LIIQAFEAGV DFQESADSFL LMLCLHHAYQ GDYKLFLESG AVKYLEGHGF RFEVKKRDG VKRLEELLPA VSSGKNIKRT LAAMPEEETT EANAGQFLSF ASLFLPKLVV GEKACLEKVQ RQIQVHAEQG L IQYPTAWQ ...文字列:
LTAGLSVQQG IVRQRVIPVY QVNNLEEICQ LIIQAFEAGV DFQESADSFL LMLCLHHAYQ GDYKLFLESG AVKYLEGHGF RFEVKKRDG VKRLEELLPA VSSGKNIKRT LAAMPEEETT EANAGQFLSF ASLFLPKLVV GEKACLEKVQ RQIQVHAEQG L IQYPTAWQ SVGHMMVIFR LMRTNFLIKF LLIHQGMHMV AGHDANDAVI SNSVAQARFS GLLIVKTVLD HILQKTERGV RL HPLARTA KVKNEVNSFK AALSSLAKHG EYAPFARLLN LSGVNNLEHG LFPQLSAIAL GVATAHGSTL AGVNVGEQYQ QLR EAATEA EKQLQQYAES RELDHLGLDD QEKKILMNFH QKKNEISFQQ TNAMVTLRKE RLAKLTEAIT AASLPKTSGH YDDD DDIPF PGPINDDDNP GHQDDDPTDS QDTTIPDV

UniProtKB: 核タンパク質

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

-
試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 構成要素 - 濃度: 12.0 mM / 構成要素 - 式: PBS / 構成要素 - 名称: Phosphate-buffered saline / 詳細: 150 mM NaCl, 3 mM KCl, 10 mM Na2HPO4, 2 mM KH2PO4
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 40 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 3200FSC
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 4.7 mm / 倍率（公称値）: 30000
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: In-column Omega Filter
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 30 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 30 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: JEOL 3200FSC CRYOHOLDER / ホルダー冷却材: NITROGEN
温度最低: 86.0 K / 最高: 86.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-32 / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 1266 / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 24.0 e/Å2

-
画像解析

Segment selection選択した数: 200685
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2-beta)
最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 2.65 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -8.53 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2-beta) / 使用した粒子像数: 169526

-
原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 276 / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient
得られたモデル

PDB-6c54:
Ebola nucleoprotein nucleocapsid-like assembly and the asymmetric unit

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る