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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-7290 | |||||||||
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タイトル | Drosophila Dicer-2 bound to blunt dsRNA | |||||||||
マップデータ | Drosophila Dicer-2 bound to blunt dsRNA substrate | |||||||||
試料 |
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キーワード | Dicer (Dicer) / Dcr2 / Dcr-2 / dmDcr-2 / Dicer-2 (Dicer) / helicase (ヘリカーゼ) / dsRNA (リボ核酸) / RNA (リボ核酸) / RNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / rna binding protein-rna complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 bidentate ribonuclease III activity / positive regulation of Toll signaling pathway / dsRNA transport / dosage compensation by hyperactivation of X chromosome / global gene silencing by mRNA cleavage / ribonuclease III / deoxyribonuclease I activity / apoptotic DNA fragmentation / detection of virus / RISC-loading complex ...bidentate ribonuclease III activity / positive regulation of Toll signaling pathway / dsRNA transport / dosage compensation by hyperactivation of X chromosome / global gene silencing by mRNA cleavage / ribonuclease III / deoxyribonuclease I activity / apoptotic DNA fragmentation / detection of virus / RISC-loading complex / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / RISC complex assembly / ribonuclease III activity / siRNA processing / siRNA binding / ATP-dependent activity, acting on RNA / positive regulation of innate immune response / RISC complex / heterochromatin formation / positive regulation of defense response to virus by host / locomotory behavior / helicase activity / mRNA 3'-UTR binding / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / cellular response to virus / defense response to virus / perinuclear region of cytoplasm / ATP hydrolysis activity / RNA binding / ATP binding / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) / unidentified (未定義) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Shen PS / Sinha NK | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2018 タイトル: Dicer uses distinct modules for recognizing dsRNA termini. 著者: Niladri K Sinha / Janet Iwasa / Peter S Shen / Brenda L Bass / 要旨: Invertebrates rely on Dicer to cleave viral double-stranded RNA (dsRNA), and Dicer-2 distinguishes dsRNA substrates by their termini. Blunt termini promote processive cleavage, while 3' overhanging ...Invertebrates rely on Dicer to cleave viral double-stranded RNA (dsRNA), and Dicer-2 distinguishes dsRNA substrates by their termini. Blunt termini promote processive cleavage, while 3' overhanging termini are cleaved distributively. To understand this discrimination, we used cryo-electron microscopy to solve structures of Dicer-2 alone and in complex with blunt dsRNA. Whereas the Platform-PAZ domains have been considered the only Dicer domains that bind dsRNA termini, unexpectedly, we found that the helicase domain is required for binding blunt, but not 3' overhanging, termini. We further showed that blunt dsRNA is locally unwound and threaded through the helicase domain in an adenosine triphosphate-dependent manner. Our studies reveal a previously unrecognized mechanism for optimizing antiviral defense and set the stage for the discovery of helicase-dependent functions in other Dicers. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_7290.map.gz | 23.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-7290-v30.xml emd-7290.xml | 12.5 KB 12.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_7290.png | 45.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-7290.cif.gz | 6.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7290 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7290 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_7290.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Drosophila Dicer-2 bound to blunt dsRNA substrate | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.193 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Drosophila Dicer-2 bound to blunt dsRNA
全体 | 名称: Drosophila Dicer-2 bound to blunt dsRNA |
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要素 |
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-超分子 #1: Drosophila Dicer-2 bound to blunt dsRNA
超分子 | 名称: Drosophila Dicer-2 bound to blunt dsRNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) |
-分子 #1: Dicer-2, isoform A
分子 | 名称: Dicer-2, isoform A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ribonuclease III |
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由来(天然) | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) |
分子量 | 理論値: 198.074797 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: GPMEDVEIKP RGYQLRLVDH LTKSNGIVYL PTGSGKTFVA ILVLKRFSQD FDKPIESGGK RALFMCNTVE LARQQAMAVR RCTNFKVGF YVGEQGVDDW TRGMWSDEIK KNQVLVGTAQ VFLDMVTQTY VALSSLSVVI IDECHHGTGH HPFREFMRLF T IANQTKLP ...文字列: GPMEDVEIKP RGYQLRLVDH LTKSNGIVYL PTGSGKTFVA ILVLKRFSQD FDKPIESGGK RALFMCNTVE LARQQAMAVR RCTNFKVGF YVGEQGVDDW TRGMWSDEIK KNQVLVGTAQ VFLDMVTQTY VALSSLSVVI IDECHHGTGH HPFREFMRLF T IANQTKLP RVVGLTGVLI KGNEITNVAT KLKELEITYR GNIITVSDTK EMENVMLYAT KPTEVMVSFP HQEQVLTVTR LI SAEIEKF YVSLDLMNIG VQPIRRSKSL QCLRDPSKKS FVKQLFNDFL YQMKEYGIYA ASIAIISLIV EFDIKRRQAE TLS VKLMHR TALTLCEKIR HLLVQKLQDM TYDDDDDNVN TEEVIMNFST PKVQRFLMSL KVSFADKDPK DICCLVFVER RYTC KCIYG LLLNYIQSTP ELRNVLTPQF MVGRNNISPD FESVLERKWQ KSAIQQFRDG NANLMICSSV LEEGIDVQAC NHVFI LDPV KTFNMYVQSK GRARTTEAKF VLFTADKERE KTIQQIYQYR KAHNDIAEYL KDRVLEKTEP ELYEIKGHFQ DDIDPF TNE NGAVLLPNNA LAILHRYCQT IPTDAFGFVI PWFHVLQEDE RDRIFGVSAK GKHVISINMP VNCMLRDTIY SDPMDNV KT AKISAAFKAC KVLYSLGELN ERFVPKTLKE RVASIADVHF EHWNKYGDSV TATVNKADKS KDRTYKTECP LEFYDALP R VGEICYAYEI FLEPQFESCE YTEHMYLNLQ TPRNYAILLR NKLPRLAEMP LFSNQGKLHV RVANAPLEVI IQNSEQLEL LHQFHGMVFR DILKIWHPFF VLDRRSKENS YLVVPLILGA GEQKCFDWEL MTNFRRLPQS HGSNVQQREQ QPAPRPEDFE GKIVTQWYA NYDKPMLVTK VHRELTPLSY MEKNQQDKTY YEFTMSKYGN RIGDVVHKDK FMIEVRDLTE QLTFYVHNRG K FNAKSKAK MKVILIPELC FNFNFPGDLW LKLIFLPSIL NRMYFLLHAE ALRKRFNTYL NLHLLPFNGT DYMPRPLEID YS LKRNVDP LGNVIPTEDI EEPKSLLEPM PTKSIEASVA NLEITEFENP WQKYMEPVDL SRNLLSTYPV ELDYYYHFSV GNV CEMNEM DFEDKEYWAK NQFHMPTGNI YGNRTPAKTN ANVPALMPSK PTVRGKVKPL LILQKTVSKE HITPAEQGEF LAAI TASSA ADVFDMERLE ILGASFLKLS ATLYLASKYS DWNEGTLTEV KSKLVSNRNL LFCLIDADIP KTLNTIQFTP RYTWL PPGI SLPHNVLALW RENPEFAKII GPHNLRDLAL GDEESLVKGN CSDINYNRFV EGCRANGQSF YAGADFSSEV NFCVGL VTI PNKVIADTLE ALLGVIVKNY GLQHAFKMLE YFKICRADID KPLTQLLNLE LGGKKMRANV NTTEIDGFLI NHYYLEK NL GYTFKDRRYL LQALTHPSYP TNRITGSYQE LEFIGAAILD FLISAYIFEN NTKMNPGALT DLRSALVNNT TLACICVR H RLHFFILAEN AKLSEIISKF VNFQESQGHR VTNYVRILLE EADVQPTPLD LDDELDMTEL PHANKCISQE AEKGVPPKG EFNMSTNVDV PKALGDVLEA LIAAVYLDCR DLQRTWEVIF NLFEPELQEF TRKVPINHIR QLVEHKHAKP VFSSPIVEGE TVMVSCQFT CMEKTIKVYG FGSNKDQAKL SAAKHALQQL SKCDA UniProtKB: Endoribonuclease Dcr-2 |
-分子 #2: RNA (5'-R(*GP*GP*AP*GP*GP*UP*AP*GP*UP*AP*GP*GP*UP*UP*GP*UP*AP*UP*...
分子 | 名称: RNA (5'-R(*GP*GP*AP*GP*GP*UP*AP*GP*UP*AP*GP*GP*UP*UP*GP*UP*AP*UP*AP*GP*UP*AP*GP*U)-3') タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: unidentified (未定義) |
分子量 | 理論値: 16.781023 KDa |
配列 | 文字列: GGAGGUAGUA GGUUGUAUAG UAGUAAGACC AGACCCUAGA CCAAUUCAUG CC |
-分子 #3: RNA (5'-R(*AP*CP*UP*AP*CP*UP*AP*UP*AP*CP*AP*AP*CP*CP*UP*AP*C)-3')
分子 | 名称: RNA (5'-R(*AP*CP*UP*AP*CP*UP*AP*UP*AP*CP*AP*AP*CP*CP*UP*AP*C)-3') タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: unidentified (未定義) |
分子量 | 理論値: 16.528768 KDa |
配列 | 文字列: GGCAUGAAUU GGUCUAGGGU CUGGUCUUAC UACUAUACAA CCUACUACCU CC |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI 20 |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 1.2 e/Å2 |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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初期 角度割当 | タイプ: OTHER |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 19445 |