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万見
- EMDB-7101: TPX2_mini decorated GMPCPP-microtubule -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7101
タイトルTPX2_mini decorated GMPCPP-microtubule
マップデータTPX2_mini decorated GMPCPP- microtubule
試料
  • 複合体: TPX2_mini decorated GMPCPP-microtubule
    • 複合体: Tubulinチューブリン
      • タンパク質・ペプチド: Tubulin alpha-1B chain
      • タンパク質・ペプチド: Tubulin beta chain
    • 複合体: Targeting protein for Xklp2
      • タンパク質・ペプチド: Targeting protein for Xklp2
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATEグアノシン三リン酸
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER
キーワードmitosis (有糸分裂) / GanGTP / nucleation (核生成) / CELL CYCLE (細胞周期)
機能・相同性
機能・相同性情報


microtubule nucleation / negative regulation of microtubule depolymerization / axon hillock / importin-alpha family protein binding / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Hedgehog 'off' state / Cilium Assembly / Intraflagellar transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin ...microtubule nucleation / negative regulation of microtubule depolymerization / axon hillock / importin-alpha family protein binding / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Hedgehog 'off' state / Cilium Assembly / Intraflagellar transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / RHOH GTPase cycle / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Kinesins / PKR-mediated signaling / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Separation of Sister Chromatids / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / Aggrephagy / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / RHO GTPases activate IQGAPs / RHO GTPases Activate Formins / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / MHC class II antigen presentation / COPI-mediated anterograde transport / 細胞結合 / activation of protein kinase activity / mitotic spindle assembly / regulation of mitotic spindle organization / AURKA Activation by TPX2 / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / structural constituent of cytoskeleton / 紡錘体 / spindle / microtubule cytoskeleton organization / 紡錘体 / microtubule cytoskeleton / mitotic cell cycle / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / 微小管 / molecular adaptor activity / 細胞分裂 / GTPase activity / apoptotic process / GTP binding / protein kinase binding / 核質 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
TPX2 / Aurora-A binding / TPX2, C-terminal / TPX2 central domain / Targeting protein for Xklp2 (TPX2) domain / Aurora-A binding / Cell cycle regulated microtubule associated protein / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Alpha tubulin / Beta tubulin, autoregulation binding site ...TPX2 / Aurora-A binding / TPX2, C-terminal / TPX2 central domain / Targeting protein for Xklp2 (TPX2) domain / Aurora-A binding / Cell cycle regulated microtubule associated protein / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Alpha tubulin / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / チューブリン / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Tubulin beta chain / Tubulin alpha-1B chain / Targeting protein for Xklp2
類似検索 - 構成要素
生物種sus scrofa (ブタ) / Homo sapiens (ヒト) / Sus scrofa (ブタ)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Zhang R / Nogales E
資金援助 米国, 英国, 5件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM051487 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
Cancer Research UKFC001163 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)FC001163 英国
Wellcome TrustFC001163 英国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: Structural insight into TPX2-stimulated microtubule assembly.
著者: Rui Zhang / Johanna Roostalu / Thomas Surrey / Eva Nogales /
要旨: During mitosis and meiosis, microtubule (MT) assembly is locally upregulated by the chromatin-dependent Ran-GTP pathway. One of its key targets is the MT-associated spindle assembly factor TPX2. The ...During mitosis and meiosis, microtubule (MT) assembly is locally upregulated by the chromatin-dependent Ran-GTP pathway. One of its key targets is the MT-associated spindle assembly factor TPX2. The molecular mechanism of how TPX2 stimulates MT assembly remains unknown because structural information about the interaction of TPX2 with MTs is lacking. Here, we determine the cryo-electron microscopy structure of a central region of TPX2 bound to the MT surface. TPX2 uses two flexibly linked elements ('ridge' and 'wedge') in a novel interaction mode to simultaneously bind across longitudinal and lateral tubulin interfaces. These MT-interacting elements overlap with the binding site of importins on TPX2. Fluorescence microscopy-based in vitro reconstitution assays reveal that this interaction mode is critical for MT binding and facilitates MT nucleation. Together, our results suggest a molecular mechanism of how the Ran-GTP gradient can regulate TPX2-dependent MT formation.
履歴
登録2017年11月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年11月15日-
マップ公開2017年11月22日-
更新2024年3月13日-
現状2024年3月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3.7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 3.7
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6bjc
  • 表面レベル: 3.7
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6bjc
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7101.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7101.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈TPX2_mini decorated GMPCPP- microtubule
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.33 Å
密度
表面レベル登録者による: 3.7 / ムービー #1: 3.7
最小 - 最大-12.16531 - 25.345735999999999
平均 (標準偏差)-0.016123138 (±0.93212706)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 680.96 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.331.331.33
M x/y/z512512512
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z680.960680.960680.960
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS512512512
D min/max/mean-12.16525.346-0.016

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : TPX2_mini decorated GMPCPP-microtubule

全体名称: TPX2_mini decorated GMPCPP-microtubule
要素
  • 複合体: TPX2_mini decorated GMPCPP-microtubule
    • 複合体: Tubulinチューブリン
      • タンパク質・ペプチド: Tubulin alpha-1B chain
      • タンパク質・ペプチド: Tubulin beta chain
    • 複合体: Targeting protein for Xklp2
      • タンパク質・ペプチド: Targeting protein for Xklp2
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATEグアノシン三リン酸
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER

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超分子 #1: TPX2_mini decorated GMPCPP-microtubule

超分子名称: TPX2_mini decorated GMPCPP-microtubule / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3

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超分子 #2: Tubulin

超分子名称: Tubulin / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: sus scrofa (ブタ) / 器官: brain

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超分子 #3: Targeting protein for Xklp2

超分子名称: Targeting protein for Xklp2 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Tubulin alpha-1B chain

分子名称: Tubulin alpha-1B chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 器官: brain
分子量理論値: 50.204445 KDa
配列文字列: MRECISIHVG QAGVQIGNAC WELYCLEHGI QPDGQMPSDK TIGGGDDSFN TFFSETGAGK HVPRAVFVDL EPTVIDEVRT GTYRQLFHP EQLITGKEDA ANNYARGHYT IGKEIIDLVL DRIRKLADQC TGLQGFLVFH SFGGGTGSGF TSLLMERLSV D YGKKSKLE ...文字列:
MRECISIHVG QAGVQIGNAC WELYCLEHGI QPDGQMPSDK TIGGGDDSFN TFFSETGAGK HVPRAVFVDL EPTVIDEVRT GTYRQLFHP EQLITGKEDA ANNYARGHYT IGKEIIDLVL DRIRKLADQC TGLQGFLVFH SFGGGTGSGF TSLLMERLSV D YGKKSKLE FSIYPAPQVS TAVVEPYNSI LTTHTTLEHS DCAFMVDNEA IYDICRRNLD IERPTYTNLN RLISQIVSSI TA SLRFDGA LNVDLTEFQT NLVPYPRIHF PLATYAPVIS AEKAYHEQLS VAEITNACFE PANQMVKCDP RHGKYMACCL LYR GDVVPK DVNAAIATIK TKRSIQFVDW CPTGFKVGIN YQPPTVVPGG DLAKVQRAVC MLSNTTAIAE AWARLDHKFD LMYA KRAFV HWYVGEGMEE GEFSEAREDM AALEKDYEEV GVDSVEGEGE EEGEEY

UniProtKB: Tubulin alpha-1B chain

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分子 #2: Tubulin beta chain

分子名称: Tubulin beta chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 器官: brain
分子量理論値: 49.90777 KDa
配列文字列: MREIVHIQAG QCGNQIGAKF WEVISDEHGI DPTGSYHGDS DLQLERINVY YNEAAGNKYV PRAILVDLEP GTMDSVRSGP FGQIFRPDN FVFGQSGAGN NWAKGHYTEG AELVDSVLDV VRKESESCDC LQGFQLTHSL GGGTGSGMGT LLISKIREEY P DRIMNTFS ...文字列:
MREIVHIQAG QCGNQIGAKF WEVISDEHGI DPTGSYHGDS DLQLERINVY YNEAAGNKYV PRAILVDLEP GTMDSVRSGP FGQIFRPDN FVFGQSGAGN NWAKGHYTEG AELVDSVLDV VRKESESCDC LQGFQLTHSL GGGTGSGMGT LLISKIREEY P DRIMNTFS VVPSPKVSDT VVEPYNATLS VHQLVENTDE TYCIDNEALY DICFRTLKLT TPTYGDLNHL VSATMSGVTT CL RFPGQLN ADLRKLAVNM VPFPRLHFFM PGFAPLTSRG SQQYRALTVP ELTQQMFDAK NMMAACDPRH GRYLTVAAVF RGR MSMKEV DEQMLNVQNK NSSYFVEWIP NNVKTAVCDI PPRGLKMSAT FIGNSTAIQE LFKRISEQFT AMFRRKAFLH WYTG EGMDE MEFTEAESNM NDLVSEYQQY QDATADEQGE FEEEGEEDEA

UniProtKB: Tubulin beta chain

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分子 #3: Targeting protein for Xklp2

分子名称: Targeting protein for Xklp2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 85.811328 KDa
組換発現生物種: Spodoptera aff. frugiperda 2 RZ-2014 (蝶・蛾)
配列文字列: MSQVKSSYSY DAPSDFINFS SLDDEGDTQN IDSWFEEKAN LENKLLGKNG TGGLFQGKTP LRKANLQQAI VTPLKPVDNT YYKEAEKEN LVEQSIPSNA CSSLEVEAAI SRKTPAQPQR RSLRLSAQKD LEQKEKHHVK MKAKRCATPV IIDEILPSKK M KVSNNKKK ...文字列:
MSQVKSSYSY DAPSDFINFS SLDDEGDTQN IDSWFEEKAN LENKLLGKNG TGGLFQGKTP LRKANLQQAI VTPLKPVDNT YYKEAEKEN LVEQSIPSNA CSSLEVEAAI SRKTPAQPQR RSLRLSAQKD LEQKEKHHVK MKAKRCATPV IIDEILPSKK M KVSNNKKK PEEEGSAHQD TAEKNASSPE KAKGRHTVPC MPPAKQKFLK STEEQELEKS MKMQQEVVEM RKKNEEFKKL AL AGIGQPV KKSVSQVTKS VDFHFRTDER IKQHPKNQEE YKEVNFTSEL RKHPSSPARV TKGCTIVKPF NLSQGKKRTF DET VSTYVP LAQQVEDFHK RTPNRYHLRS KKDDINLLPS KSSVTKICRD PQTPVLQTKH RARAVTCKST AELEAEELEK LQQY KFKAR ELDPRILEGG PILPKKPPVK PPTEPIGFDL EIEKRIQERE SKKKTEDEHF EFHSRPCPTK ILEDVVGVPE KKVLP ITVP KSPAFALKNR IRMPTKEDEE EDEPVVIKAQ PVPHYGVPFK PQIPEARTVE ICPFSFDSRD KERQLQKEKK IKELQK GEV PKFKALPLPH FDTINLPEKK VKNVTQIEPF CLETDRRGAL KAQTWKHQLE EELRQQKEAA CFKARPNTVI SQEPFVP KK EKKSVAEGLS GSLVQEPFQL ATEKRAKERQ ELEKRMAEVE AQKAQQLEEA RLQEEEQKKE ELARLRRELV HKANPIRK Y QGLEIKSSDQ PLTVPVSPKF STRFHC

UniProtKB: Targeting protein for Xklp2

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分子 #4: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 6 / 式: GTP
分子量理論値: 523.18 Da
Chemical component information

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM / グアノシン三リン酸

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分子 #5: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 12 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #6: PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 6 / 式: G2P
分子量理論値: 521.208 Da
Chemical component information

ChemComp-G2P:
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / GMPCPP / GMP-CPP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態helical array

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試料調製

緩衝液pH: 6.8 / 詳細: BRB80
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 4C / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 288 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II / 詳細: blot for 4 seconds before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 0.01 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 4 / 実像数: 2000 / 平均露光時間: 6.0 sec. / 平均電子線量: 27.6 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: FREALIGN
最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 9.03 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -25.74 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: FREALIGN / 使用した粒子像数: 85000

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-6bjc:
TPX2_mini decorated GMPCPP-microtubule

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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