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- EMDB-7089: HIV-1 Envelope SOSIP trimer clone PC64M4c054 in complex with auto... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7089
タイトルHIV-1 Envelope SOSIP trimer clone PC64M4c054 in complex with autologous PCT64-13C Fab at 13.2 A resolution
マップデータUnsharpened map from Relion 3D auto-refinement filtered at FSC=0.143 resolution
試料
  • 複合体: HIV-1 Envelope Glycoprotein SOSIP.664 clone PC64M4c054 in complex with autologous Fab PCT64-13C
    • タンパク質・ペプチド: HIV-1 Envelope Glycoprotein SOSIP.664 clone PC64M4c054
    • タンパク質・ペプチド: Immunoglobulin G PCT64-13C Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: Immunoglobulin G PCT64-13C Light Chain
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 13.2 Å
データ登録者Rantalainen K / Berndsen ZT / Ward AB
引用ジャーナル: Immunity / : 2017
タイトル: HIV Envelope Glycoform Heterogeneity and Localized Diversity Govern the Initiation and Maturation of a V2 Apex Broadly Neutralizing Antibody Lineage.
著者: Elise Landais / Ben Murrell / Bryan Briney / Sasha Murrell / Kimmo Rantalainen / Zachary T Berndsen / Alejandra Ramos / Lalinda Wickramasinghe / Melissa Laird Smith / Kemal Eren / Natalia de ...著者: Elise Landais / Ben Murrell / Bryan Briney / Sasha Murrell / Kimmo Rantalainen / Zachary T Berndsen / Alejandra Ramos / Lalinda Wickramasinghe / Melissa Laird Smith / Kemal Eren / Natalia de Val / Mengyu Wu / Audrey Cappelletti / Jeffrey Umotoy / Yolanda Lie / Terri Wrin / Paul Algate / Po-Ying Chan-Hui / Etienne Karita / / / Andrew B Ward / Ian A Wilson / Dennis R Burton / Davey Smith / Sergei L Kosakovsky Pond / Pascal Poignard /
要旨: Understanding how broadly neutralizing antibodies (bnAbs) to HIV envelope (Env) develop during natural infection can help guide the rational design of an HIV vaccine. Here, we described a bnAb ...Understanding how broadly neutralizing antibodies (bnAbs) to HIV envelope (Env) develop during natural infection can help guide the rational design of an HIV vaccine. Here, we described a bnAb lineage targeting the Env V2 apex and the Ab-Env co-evolution that led to development of neutralization breadth. The lineage Abs bore an anionic heavy chain complementarity-determining region 3 (CDRH3) of 25 amino acids, among the shortest known for this class of Abs, and achieved breadth with only 10% nucleotide somatic hypermutation and no insertions or deletions. The data suggested a role for Env glycoform heterogeneity in the activation of the lineage germline B cell. Finally, we showed that localized diversity at key V2 epitope residues drove bnAb maturation toward breadth, mirroring the Env evolution pattern described for another donor who developed V2-apex targeting bnAbs. Overall, these findings suggest potential strategies for vaccine approaches based on germline-targeting and serial immunogen design.
履歴
登録2017年10月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年11月22日-
マップ公開2017年12月6日-
更新2017年12月6日-
現状2017年12月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 0.00748
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図(円筒半径に従い着色)
  • 表面レベル: 0.00748
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7089.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Unsharpened map from Relion 3D auto-refinement filtered at FSC=0.143 resolution
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.03 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.00748 / ムービー #1: 0.00748
最小 - 最大-0.0038574429 - 0.024345513
平均 (標準偏差)0.00011015015 (±0.0017716205)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 329.59998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.031.031.03
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z329.600329.600329.600
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.0040.0240.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_7089_msk_1.map
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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ハーフマップ: unfiltered half map from Relion 3D auto-refinement

ファイルemd_7089_half_map_1.map
注釈unfiltered half map from Relion 3D auto-refinement
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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ハーフマップ: unfiltered half map from Relion 3D auto-refinement

ファイルemd_7089_half_map_2.map
注釈unfiltered half map from Relion 3D auto-refinement
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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試料の構成要素

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全体 : HIV-1 Envelope Glycoprotein SOSIP.664 clone PC64M4c054 in complex...

全体名称: HIV-1 Envelope Glycoprotein SOSIP.664 clone PC64M4c054 in complex with autologous Fab PCT64-13C
要素
  • 複合体: HIV-1 Envelope Glycoprotein SOSIP.664 clone PC64M4c054 in complex with autologous Fab PCT64-13C
    • タンパク質・ペプチド: HIV-1 Envelope Glycoprotein SOSIP.664 clone PC64M4c054
    • タンパク質・ペプチド: Immunoglobulin G PCT64-13C Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: Immunoglobulin G PCT64-13C Light Chain

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超分子 #1: HIV-1 Envelope Glycoprotein SOSIP.664 clone PC64M4c054 in complex...

超分子名称: HIV-1 Envelope Glycoprotein SOSIP.664 clone PC64M4c054 in complex with autologous Fab PCT64-13C
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Fab generated by proteolytic cleavage of IgG antibody
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 275 KDa

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分子 #1: HIV-1 Envelope Glycoprotein SOSIP.664 clone PC64M4c054

分子名称: HIV-1 Envelope Glycoprotein SOSIP.664 clone PC64M4c054
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDAMKRGLCC VLLLCGAVFV SPSQEIHARF RRGARANNLW VTVYYGVPVW RDAETTLFCA SDAKAYDTEV HNVWATHACV PTDPSPQEIH LANVTEKFNM WKNSMVEQMH TDIISLWDES LKPCVKLTPL CITLNCTNIT RKNVTGGNLT EDGKEELKNC SFNATTELRN ...文字列:
MDAMKRGLCC VLLLCGAVFV SPSQEIHARF RRGARANNLW VTVYYGVPVW RDAETTLFCA SDAKAYDTEV HNVWATHACV PTDPSPQEIH LANVTEKFNM WKNSMVEQMH TDIISLWDES LKPCVKLTPL CITLNCTNIT RKNVTGGNLT EDGKEELKNC SFNATTELRN KRQKVHSLFY RLDLVELNEG NSSNSNTSMY RLINCNTSAI TQACPKVSFE PIPIHYCAPA GFAILKCREE EFNGTGPCKN VSTVQCTHGI KPVVSTQLLL NGSLAEGTVK IRCENISNNA KTILVQLTTP VRINCTRPNN NTRTSIRIGP GQSFYATGDI IGDIRKAYCN VSGSEWKEAL GKVVVQLRSH FNKTITFASS SGGDLEITTH SFNCGGEFFY CNTSSLFNST WDGNSTTNST QEPNGTITLP CRIKQIINMW QRTGQAMYAP PIPGKIRCDS NITGLILTRD GENNNTESET FRPEGGDMRN NWRSELYKYK VVKIDPLGVA PTGCKRRVVE RRRRRRAVGI GAVLFGFLGA AGSTMGAASL TLTVQARQLL SGIVQQQSNL LRAPEAQQHL LRLTVWGIKQ LQARVLAVER YLSDQQLLGI WGCSGKLICC TTVPWNSSWS NKSQDEIWNN MTWLQWDKEI SNYTDTIYYL IEKSQNQQEV NEKDLLALD

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分子 #2: Immunoglobulin G PCT64-13C Heavy Chain

分子名称: Immunoglobulin G PCT64-13C Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
EVQLVESGGG LVKPGGSLRL SCAASGFTFT NAWLDWVRQA PGKGLEWVGR IKSKTDGGTT DHAAPVKGRF TISRDDSKNT VYLQMNSLKI EDTAVYYCTT GVETYDFWSG YDDHYYDYYF KDVWGKGTTV TVSS

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分子 #3: Immunoglobulin G PCT64-13C Light Chain

分子名称: Immunoglobulin G PCT64-13C Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
EIVLTQSPGT LSLSPGERAT LSCRASQSVS NNYLAWYQQK PGQAPRLLIY GASSRATGIP DRFSGSGSG TDFTLTISRL EPEDFAVYYC QQSARSFTFG PGTKVDIK

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
詳細: TBS + DDM (added to a final concentration of 0.06 mM prior to vitrification)
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.7794 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8687 µm / 倍率(公称値): 29000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-43 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 100 / 平均露光時間: 0.2 sec. / 平均電子線量: 2.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 12343
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf (ver. 1.06)
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 13.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) / 使用した粒子像数: 2651

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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