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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-7078 | |||||||||
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タイトル | Model for extended volume of truncated monomeric Cytohesin-3 (Grp1; amino acids 63-399) E161A Arf6 Q67L fusion protein | |||||||||
マップデータ | Extended volume for truncated monomeric Cytohesin-3 (Grp1; amino acids 63-399) E161A 6GS Arf6 Q67L fusion protein, | |||||||||
試料 |
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キーワード | Guanine nucleotide exchange factor (グアニンヌクレオチド交換因子) / Arf GTPase / Fusion protein (融合タンパク質) / Inositol 1 (イノシトール) / 3 / 4 / 5-tetrakisphosphate / LIPID BINDING PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Intra-Golgi traffic / erythrocyte apoptotic process / maintenance of postsynaptic density structure / regulation of ARF protein signal transduction / Golgi vesicle transport / regulation of dendritic spine development / establishment of epithelial cell polarity / negative regulation of receptor-mediated endocytosis / protein localization to endosome / negative regulation of dendrite development ...Intra-Golgi traffic / erythrocyte apoptotic process / maintenance of postsynaptic density structure / regulation of ARF protein signal transduction / Golgi vesicle transport / regulation of dendritic spine development / establishment of epithelial cell polarity / negative regulation of receptor-mediated endocytosis / protein localization to endosome / negative regulation of dendrite development / ruffle assembly / negative regulation of protein localization to cell surface / regulation of Rac protein signal transduction / positive regulation of keratinocyte migration / positive regulation of focal adhesion disassembly / regulation of filopodium assembly / endocytic recycling / thioesterase binding / MET receptor recycling / filopodium membrane / protein localization to cell surface / Flemming body / TBC/RABGAPs / cortical actin cytoskeleton organization / positive regulation of actin filament polymerization / hepatocyte apoptotic process / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / 分裂溝 / regulation of presynapse assembly / synaptic vesicle endocytosis / endocytic vesicle / positive regulation of cell adhesion / bicellular tight junction / signaling adaptor activity / vesicle-mediated transport / ruffle / guanyl-nucleotide exchange factor activity / cellular response to nerve growth factor stimulus / 低分子量GTPアーゼ / G protein activity / liver development / protein localization to plasma membrane / positive regulation of protein secretion / positive regulation of protein localization to plasma membrane / 接着結合 / intracellular protein transport / positive regulation of neuron projection development / recycling endosome membrane / GDP binding / presynapse / Clathrin-mediated endocytosis / nervous system development / 細胞皮質 / early endosome membrane / postsynapse / 細胞分化 / 細胞接着 / エンドソーム / 細胞周期 / 細胞分裂 / focal adhesion / GTPase activity / glutamatergic synapse / GTP binding / ゴルジ体 / extracellular exosome / 核質 / 生体膜 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 35.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Das S / Malaby AW | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2018 タイトル: Structural Dynamics Control Allosteric Activation of Cytohesin Family Arf GTPase Exchange Factors. 著者: Andrew W Malaby / Sanchaita Das / Srinivas Chakravarthy / Thomas C Irving / Osman Bilsel / David G Lambright / 要旨: Membrane dynamic processes including vesicle biogenesis depend on Arf guanosine triphosphatase (GTPase) activation by guanine nucleotide exchange factors (GEFs) containing a catalytic Sec7 domain and ...Membrane dynamic processes including vesicle biogenesis depend on Arf guanosine triphosphatase (GTPase) activation by guanine nucleotide exchange factors (GEFs) containing a catalytic Sec7 domain and a membrane-targeting module such as a pleckstrin homology (PH) domain. The catalytic output of cytohesin family Arf GEFs is controlled by autoinhibitory interactions that impede accessibility of the exchange site in the Sec7 domain. These restraints can be relieved through activator Arf-GTP binding to an allosteric site comprising the PH domain and proximal autoinhibitory elements (Sec7-PH linker and C-terminal helix). Small-angle X-ray scattering and negative-stain electron microscopy were used to investigate the structural organization and conformational dynamics of cytohesin-3 (Grp1) in autoinhibited and active states. The results support a model in which hinge dynamics in the autoinhibited state expose the activator site for Arf-GTP binding, while subsequent C-terminal helix unlatching and repositioning unleash conformational entropy in the Sec7-PH linker to drive exposure of the exchange site. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_7078.map.gz | 328.9 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-7078-v30.xml emd-7078.xml | 13.9 KB 13.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_7078.png | 18.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-7078.cif.gz | 5.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7078 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7078 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_7078.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Extended volume for truncated monomeric Cytohesin-3 (Grp1; amino acids 63-399) E161A 6GS Arf6 Q67L fusion protein, | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.5 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Truncated monomeric Cytohesin-3 (Grp1; amino acids 63-399) E161A ...
全体 | 名称: Truncated monomeric Cytohesin-3 (Grp1; amino acids 63-399) E161A 6GS Arf6 Q67L fusion protein |
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要素 |
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-超分子 #1: Truncated monomeric Cytohesin-3 (Grp1; amino acids 63-399) E161A ...
超分子 | 名称: Truncated monomeric Cytohesin-3 (Grp1; amino acids 63-399) E161A 6GS Arf6 Q67L fusion protein タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
-分子 #1: Cytohesin-3,ADP-ribosylation factor 6
分子 | 名称: Cytohesin-3,ADP-ribosylation factor 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 60.307855 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MGHHHHHHGS TTQRNKQIAM GRKKFNMDPK KGIQFLIEND LLQSSPEDVA QFLYKGEGLN KTVIGDYLGE RDDFNIKVLQ AFVELHEFA DLNLVQALRQ FLWSFRLPGE AQKIDRMMEA FASRYCLCNP GVFQSTDTCY VLSFAIIMLN TSLHNHNVRD K PTAERFIT ...文字列: MGHHHHHHGS TTQRNKQIAM GRKKFNMDPK KGIQFLIEND LLQSSPEDVA QFLYKGEGLN KTVIGDYLGE RDDFNIKVLQ AFVELHEFA DLNLVQALRQ FLWSFRLPGE AQKIDRMMEA FASRYCLCNP GVFQSTDTCY VLSFAIIMLN TSLHNHNVRD K PTAERFIT MNRGINEGGD LPEELLRNLY ESIKNEPFKI PEDDGNDLTH TFFNPDREGW LLKLGGRVKT WKRRWFILTD NC LYYFEYT TDKEPRGIIP LENLSIREVE DPRKPNCFEL YNPSHKGQVI KACKTEADGR VVEGNHVVYR ISAPSPEEKE EWM KSIKAS ISRDPFYDML ATRKRRIANK KGKVLSKIFG NKEMRILMLG LDAAGKTTIL YKLKLGQSVT TIPTVGFNVE TVTY KNVKF NVWDVGGLDK IRPLWRHYYT GTQGLIFVVD CADRDRIDEA RQELHRIIND REMRDAIILI FANKQDLPDA MKPHE IQEK LGLTRIRDRN WYVQPSCATS GDGLYEGLTW LTSNYK UniProtKB: Cytohesin-3, ADP-ribosylation factor 6 |
-分子 #2: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子 | 名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: GTP |
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分子量 | 理論値: 523.18 Da |
Chemical component information | ChemComp-GTP: |
-分子 #3: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #4: INOSITOL-(1,3,4,5)-TETRAKISPHOSPHATE
分子 | 名称: INOSITOL-(1,3,4,5)-TETRAKISPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: 4IP |
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分子量 | 理論値: 500.075 Da |
Chemical component information | ChemComp-4IP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 詳細: 20 mM Tris, pH 8.0, 150 mM NaCl, 2 mM MgCl2, 0.1% 2-mercaptoethanol, and 0.001 mM IP4 |
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染色 | タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Formate / 詳細: Stained with 0.75% (w/v) uranyl formate |
グリッド | 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI 12 |
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電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 倍率(公称値): 60000 |
詳細 | Gatan Erlang Shen 785 camera used for collecting images |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: OTHER / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 369 / 平均電子線量: 20.0 e/Å2 詳細: Gatan Erlang Shen 785 camera used for collecting images |
-画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 10000 / 詳細: EMAN2 based manual particle picking |
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初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
初期 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
最終 3次元分類 | クラス数: 80 / 平均メンバー数/クラス: 91 / ソフトウェア - 名称: EMAN (ver. 2) |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
最終 再構成 | 使用したクラス数: 71 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 35.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN (ver. 2) / 使用した粒子像数: 6504 |
詳細 | The images were X-ray corrected |