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- EMDB-7059: The cryo-EM structure of a bacterial class I transcription activa... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7059
タイトルThe cryo-EM structure of a bacterial class I transcription activation complex
マップデータClass I transcription activation complex
試料
  • 細胞器官・細胞要素: The complex of class-I bacterial transcription activation complex
    • タンパク質・ペプチド: x 7種
    • DNA: x 2種
    • RNA: x 1種
  • リガンド: x 3種
キーワードtranscription (転写 (生物学)) / RNA polymerase (RNAポリメラーゼ) / catabolite activator protein / cAMP (CAMP) / TRANSCRIPTION-TRANSFERASE-DNA-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


sigma factor antagonist complex / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / cAMP binding / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ ...sigma factor antagonist complex / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / cAMP binding / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / response to heat / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Transcription regulator HTH, Crp-type, conserved site / Crp-type HTH domain signature. / helix_turn_helix, cAMP Regulatory protein / Crp-type HTH domain profile. / Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain / RNA polymerase sigma factor 70, non-essential domain / Sigma-70, non-essential region / RNA polymerase sigma factor 70, region 1.1 / Sigma-70 factor, region 1.1 superfamily ...Transcription regulator HTH, Crp-type, conserved site / Crp-type HTH domain signature. / helix_turn_helix, cAMP Regulatory protein / Crp-type HTH domain profile. / Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain / RNA polymerase sigma factor 70, non-essential domain / Sigma-70, non-essential region / RNA polymerase sigma factor 70, region 1.1 / Sigma-70 factor, region 1.1 superfamily / Sigma-70 factor, region 1.1 / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Sigma-70 factors family signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / RmlC-like jelly roll fold / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase subunit omega / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RNA polymerase sigma factor RpoD / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / cAMP-activated global transcriptional regulator CRP
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌) / Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / Escherichia coli O45:K1 (strain S88 / ExPEC) (大腸菌) / Escherichia coli O45:K1 (大腸菌) / Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Liu B / Hong C
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM22778 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2017
タイトル: Structural basis of bacterial transcription activation.
著者: Bin Liu / Chuan Hong / Rick K Huang / Zhiheng Yu / Thomas A Steitz /
要旨: In bacteria, the activation of gene transcription at many promoters is simple and only involves a single activator. The cyclic adenosine 3',5'-monophosphate receptor protein (CAP), a classic ...In bacteria, the activation of gene transcription at many promoters is simple and only involves a single activator. The cyclic adenosine 3',5'-monophosphate receptor protein (CAP), a classic activator, is able to activate transcription independently through two different mechanisms. Understanding the class I mechanism requires an intact transcription activation complex (TAC) structure at a high resolution. Here we report a high-resolution cryo-electron microscopy structure of an intact class I TAC containing a CAP dimer, a σ-RNA polymerase (RNAP) holoenzyme, a complete class I CAP-dependent promoter DNA, and a de novo synthesized RNA oligonucleotide. The structure shows how CAP wraps the upstream DNA and how the interactions recruit RNAP. Our study provides a structural basis for understanding how activators activate transcription through the class I recruitment mechanism.
履歴
登録2017年10月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年11月1日-
マップ公開2017年11月15日-
更新2024年3月13日-
現状2024年3月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.13
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 原子モデル: PDB-6b6h
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7059.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7059.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Class I transcription activation complex
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.35 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.13 / ムービー #1: 0.13
最小 - 最大-0.079181686 - 0.36147064
平均 (標準偏差)0.004876344 (±0.022157894)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 270.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.351.351.35
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z270.000270.000270.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-0.0790.3610.005

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : The complex of class-I bacterial transcription activation complex

全体名称: The complex of class-I bacterial transcription activation complex
要素
  • 細胞器官・細胞要素: The complex of class-I bacterial transcription activation complex
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit alphaポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit betaポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'ポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit omegaポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase sigma factor RpoD
    • タンパク質・ペプチド: cAMP-activated global transcriptional regulator CRP
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit alphaポリメラーゼ
    • DNA: SYNTHETIC NONTEMPLATE STRAND DNA (88-MER)
    • DNA: SYNTHETIC TEMPLATE STRAND DNA (88-MER)
    • RNA: NASCENT RNA 3-MER
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE

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超分子 #1: The complex of class-I bacterial transcription activation complex

超分子名称: The complex of class-I bacterial transcription activation complex
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#10
詳細: A CAP dimer, a sigma70-RNA polymerase holoenzyme, an intact CAP-dependent promoter DNA, and a de novo synthesized RNA oligonucleotide
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 590 KDa

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分子 #1: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ポリメラーゼ
由来(天然)生物種: Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)
分子量理論値: 36.55868 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MQGSVTEFLK PRLVDIEQVS STHAKVTLEP LERGFGHTLG NALRRILLSS MPGCAVTEVE IDGVLHEYST KEGVQEDILE ILLNLKGLA VRVQGKDEVI LTLNKSGIGP VTAADITHDG DVEIVKPQHV ICHLTDENAS ISMRIKVQRG RGYVPASTRI H SEEDERPI ...文字列:
MQGSVTEFLK PRLVDIEQVS STHAKVTLEP LERGFGHTLG NALRRILLSS MPGCAVTEVE IDGVLHEYST KEGVQEDILE ILLNLKGLA VRVQGKDEVI LTLNKSGIGP VTAADITHDG DVEIVKPQHV ICHLTDENAS ISMRIKVQRG RGYVPASTRI H SEEDERPI GRLLVDACYS PVERIAYNVE AARVEQRTDL DKLVIEMETN GTIDPEEAIR RAATILAEQL EAFVDLRDVR QP EVKEEKP EFDPILLRPV DDLELTVRSA NCLKAEAIHY IGDLVQRTEV ELLKTPNLGK KSLTEIKDVL ASRGLSLGMR LEN WPPASI ADE

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

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分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ポリメラーゼ
由来(天然)生物種: Escherichia coli O45:K1 (strain S88 / ExPEC) (大腸菌)
株: S88 / ExPEC
分子量理論値: 150.820875 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MVYSYTEKKR IRKDFGKRPQ VLDVPYLLSI QLDSFQKFIE QDPEGQYGLE AAFRSVFPIQ SYSGNSELQY VSYRLGEPVF DVQECQIRG VTYSAPLRVK LRLVIYEREA PEGTVKDIKE QEVYMGEIPL MTDNGTFVIN GTERVIVSQL HRSPGVFFDS D KGKTHSSG ...文字列:
MVYSYTEKKR IRKDFGKRPQ VLDVPYLLSI QLDSFQKFIE QDPEGQYGLE AAFRSVFPIQ SYSGNSELQY VSYRLGEPVF DVQECQIRG VTYSAPLRVK LRLVIYEREA PEGTVKDIKE QEVYMGEIPL MTDNGTFVIN GTERVIVSQL HRSPGVFFDS D KGKTHSSG KVLYNARIIP YRGSWLDFEF DPKDNLFVRI DRRRKLPATI ILRALNYTTE QILDLFFEKV IFEIRDNKLQ ME LVPERLR GETASFDIEA NGKVYVEKGR RITARHIRQL EKDDVKLIEV PVEYIAGKVV AKDYIDESTG ELICAANMEL SLD LLAKLS QSGHKRIETL FTNDLDHGPY ISETLRVDPT NDRLSALVEI YRMMRPGEPP TREAAESLFE NLFFSEDRYD LSAV GRMKF NRSLLREEIE GSGILSKDDI IDVMKKLIDI RNGKGEVDDI DHLGNRRIRS VGEMAENQFR VGLVRVERAV KERLS LGDL DTLMPQDMIN AKPISAAVKE FFGSSQLSQF MDQNNPLSEI THKRRISALG PGGLTRERAG FEVRDVHPTH YGRVCP IET PEGPNIGLIN SLSVYAQTNE YGFLETPYRK VTDGVVTDEI HYLSAIEEGN YVIAQANSNL DEEGHFVEDL VTCRSKG ES SLFSRDQVDY MDVSTQQVVS VGASLIPFLE HDDANRALMG ANMQRQAVPT LRADKPLVGT GMERAVAVDS GVTAVAKR G GVVQYVDASR IVIKVNEDEM YPGEAGIDIY NLTKYTRSNQ NTCINQMPCV SLGEPVERGD VLADGPSTDL GELALGQNM RVAFMPWNGY NFEDSILVSE RVVQEDRFTT IHIQELACVS RDTKLGPEEI TADIPNVGEA ALSKLDESGI VYIGAEVTGG DILVGKVTP KGETQLTPEE KLLRAIFGEK ASDVKDSSLR VPNGVSGTVI DVQVFTRDGV EKDKRALEIE EMQLKQAKKD L SEELQILE AGLFSRIRAV LVAGGVEAEK LDKLPRDRWL ELGLTDEEKQ NQLEQLAEQY DELKHEFEKK LEAKRRKITQ GD DLAPGVL KIVKVYLAVK RRIQPGDKMA GRHGNKGVIS KINPIEDMPY DENGTPVDIV LNPLGVPSRM NIGQILETHL GMA AKGIGD KINAMLKQQQ EVAKLREFIQ RAYDLGADVR QKVDLSTFSD EEVMRLAENL RKGMPIATPV FDGAKEAEIK ELLK LGDLP TSGQIRLYDG RTGEQFERPV TVGYMYMLKL NHLVDDKMHA RSTGSYSLVT QQPLGGKAQF GGQRFGEMEV WALEA YGAA YTLQEMLTVK SDDVNGRTKM YKNIVDGNHQ MEPGMPESFN VLLKEIRSLG INIELEDE

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

+
分子 #3: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ポリメラーゼ
由来(天然)生物種: Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)
分子量理論値: 155.366781 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKDLLKFLKA QTKTEEFDAI KIALASPDMI RSWSFGEVKK PETINYRTFK PERDGLFCAR IFGPVKDYEC LCGKYKRLKH RGVICEKCG VEVTQTKVRR ERMGHIELAS PTAHIWFLKS LPSRIGLLLD MPLRDIERVL YFESYVVIEG GMTNLERQQI L TEEQYLDA ...文字列:
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UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

+
分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit omega / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ポリメラーゼ
由来(天然)生物種: Escherichia coli O45:K1 (大腸菌) / 株: S88 / ExPEC
分子量理論値: 10.249547 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MARVTVQDAV EKIGNRFDLV LVAARRARQM QVGGKDPLVP EENDKTTVIA LREIEEGLIN NQILDVRERQ EQQEQEAAEL QAVTAIAEG RR

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

+
分子 #5: RNA polymerase sigma factor RpoD

分子名称: RNA polymerase sigma factor RpoD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 72.206266 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MRGSHHHHHH TDQFTMEQNP QSQLKLLVTR GKEQGYLTYA EVNDHLPEDI VDSDQIEDII QMINDMGIQV MEEAPDADDL MLAENTADE DAAEAAAQVL SSVESEIGRT TDPVRMYMRE MGTVELLTRE GEIDIAKRIE DGINQVQCSV AEYPEAITYL L EQYDRVEA ...文字列:
MRGSHHHHHH TDQFTMEQNP QSQLKLLVTR GKEQGYLTYA EVNDHLPEDI VDSDQIEDII QMINDMGIQV MEEAPDADDL MLAENTADE DAAEAAAQVL SSVESEIGRT TDPVRMYMRE MGTVELLTRE GEIDIAKRIE DGINQVQCSV AEYPEAITYL L EQYDRVEA EEARLSDLIT GFVDPNAEED LAPTATHVGS ELSQEDLDDD EDEDEEDGDD DSADDDNSID PELAREKFAE LR AQYVVTR DTIKAKGRSH ATAQEEILKL SEVFKQFRLV PKQFDYLVNS MRVMMDRVRT QERLIMKLCV EQCKMPKKNF ITL FTGNET SDTWFNAAIA MNKPWSEKLH DVSEEVHRAL QKLQQIEEET GLTIEQVKDI NRRMSIGEAK ARRAKKEMVE ANLR LVISI AKKYTNRGLQ FLDLIQEGNI GLMKAVDKFE YRRGYKFSTY ATWWIRQAIT RSIADQARTI RIPVHMIETI NKLNR ISRQ MLQEMGREPT PEELAERMLM PEDKIRKVLK IAKEPISMET PIGDDEDSHL GDFIEDTTLE LPLDSATTES LRAATH DVL AGLTAREAKV LRMRFGIDMN TDYTLEEVGK QFDVTRERIR QIEAKALRKL RHPSRSEVLR SFLDD

UniProtKB: RNA polymerase sigma factor RpoD

+
分子 #6: cAMP-activated global transcriptional regulator CRP

分子名称: cAMP-activated global transcriptional regulator CRP / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)
分子量理論値: 23.672439 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MVLGKPQTDP TLEWFLSHCH IHKYPSKSTL IHQGEKAETL YYIVKGSVAV LIKDEEGKEM ILSYLNQGDF IGELGLFEEG QERSAWVRA KTACEVAEIS YKKFRQLIQV NPDILMRLSA QMARRLQVTS EKVGNLAFLD VTGRIAQTLL NLAKQPDAMT H PDGMQIKI ...文字列:
MVLGKPQTDP TLEWFLSHCH IHKYPSKSTL IHQGEKAETL YYIVKGSVAV LIKDEEGKEM ILSYLNQGDF IGELGLFEEG QERSAWVRA KTACEVAEIS YKKFRQLIQV NPDILMRLSA QMARRLQVTS EKVGNLAFLD VTGRIAQTLL NLAKQPDAMT H PDGMQIKI TRQEIGQIVG CSRETVGRIL KMLEDQNLIS AHGKTIVVYG TR

UniProtKB: cAMP-activated global transcriptional regulator CRP

+
分子 #7: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ポリメラーゼ
由来(天然)生物種: Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)
分子量理論値: 8.346699 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
DPILLRPVDD LELTVRSANC LKAEAIHYIG DLVQRTEVEL LKTPNLGKKS LTEIKDVLAS RGLSLGMRLE NWPPA

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

+
分子 #8: SYNTHETIC NONTEMPLATE STRAND DNA (88-MER)

分子名称: SYNTHETIC NONTEMPLATE STRAND DNA (88-MER) / タイプ: dna / ID: 8 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 27.133393 KDa
配列文字列: (DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DT)(DG)(DT)(DG)(DA) (DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DA)(DT)(DC)(DA)(DC) (DA)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DG)(DG)(DC) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC) (DT) (DT)(DG)(DA)(DC)(DA) ...文字列:
(DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DT)(DG)(DT)(DG)(DA) (DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DA)(DT)(DC)(DA)(DC) (DA)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DG)(DG)(DC) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC) (DT) (DT)(DG)(DA)(DC)(DA)(DT)(DC)(DC) (DC)(DA)(DC)(DC)(DT)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT) (DA)(DT) (DG)(DC)(DT)(DA)(DT)(DA)(DA) (DT)(DG)(DT)(DG)(DT)(DG)(DC)(DA)(DG)(DT) (DC)(DT)(DG) (DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG) (DC)(DG)

+
分子 #9: SYNTHETIC TEMPLATE STRAND DNA (88-MER)

分子名称: SYNTHETIC TEMPLATE STRAND DNA (88-MER) / タイプ: dna / ID: 9 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 27.217404 KDa
配列文字列: (DC)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DC)(DA) (DG)(DA)(DC)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG)(DG) (DA)(DT)(DT)(DA)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA) (DT)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DA)(DG)(DG)(DT) (DG) (DG)(DG)(DA)(DT)(DG) ...文字列:
(DC)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DC)(DA) (DG)(DA)(DC)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG)(DG) (DA)(DT)(DT)(DA)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA) (DT)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DA)(DG)(DG)(DT) (DG) (DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA) (DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DG) (DC)(DC)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA) (DT)(DG)(DT)(DG)(DA)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG) (DA)(DT)(DC) (DA)(DC)(DA)(DT)(DT)(DT) (DT)(DA)

+
分子 #10: NASCENT RNA 3-MER

分子名称: NASCENT RNA 3-MER / タイプ: rna / ID: 10 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 1.134619 KDa
配列文字列:
(GTP)AG

+
分子 #11: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #12: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #13: ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 2 / 式: CMP
分子量理論値: 329.206 Da
Chemical component information

ChemComp-CMP:
ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / cAMP / 環状アデノシン一リン酸

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度3 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称
20.0 mMTrisトリスヒドロキシメチルアミノメタン
5.0 mMMgCl2
0.1 mMEDTAエチレンジアミン四酢酸
50.0 mMNaCl塩化ナトリウム
5.0 mMDTT

詳細: 20 mM TRIS pH 7.5, 50 mM sodium chloride, 0.1mM EDTA, 5 mM MgCl2, 5 mM DTT
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.038 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 3 second blotting.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2.6 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.2 µm / 倍率（補正後）: 37037 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 0.01 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.3 µm / 倍率（公称値）: 81000
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
温度最低: 80.0 K / 最高: 80.0 K
詳細Cs corrector
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 7676 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 7420 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2382 / 平均露光時間: 0.25 sec. / 平均電子線量: 1.37 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 835000
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4ipl

初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 161000
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: correlation coefficient
得られたモデル

PDB-6b6h:
The cryo-EM structure of a bacterial class I transcription activation complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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