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- EMDB-7034: Improved cryoEM structure of human adenovirus type 5 with atomic ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7034
タイトルImproved cryoEM structure of human adenovirus type 5 with atomic details of minor proteins VI and VII
マップデータhuman adenovirus type 5
試料Human adenovirus 5 != Human adenovirus C serotype 5

Human adenovirus 5

  • ウイルス: Human adenovirus C serotype 5 (ヒトアデノウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Hexon protein
    • タンパク質・ペプチド: Penton protein
    • タンパク質・ペプチド: Pre-hexon-linking protein IIIa
    • タンパク質・ペプチド: Pre-hexon-linking protein VIII
    • タンパク質・ペプチド: Hexon-interlacing protein
    • タンパク質・ペプチド: Pre-protein VI
    • タンパク質・ペプチド: Pre-histone-like nucleoprotein
    • タンパク質・ペプチド: Pre-protein VI
機能・相同性
機能・相同性情報


hexon binding / protein transport along microtubule / viral capsid, decoration / T=25 icosahedral viral capsid / lysis of host organelle involved in viral entry into host cell / viral procapsid / host cell nucleolus / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / viral release from host cell ...hexon binding / protein transport along microtubule / viral capsid, decoration / T=25 icosahedral viral capsid / lysis of host organelle involved in viral entry into host cell / viral procapsid / host cell nucleolus / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / viral release from host cell / ウイルスのライフサイクル / viral penetration into host nucleus / カプシド / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell cytoplasm / 細胞接着 / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / virion attachment to host cell / DNA binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Adenoviral core protein VII / Adenoviral core protein VII / Pre-hexon-linking protein IIIa / Hexon-associated protein IX / Pre-hexon-linking protein IIIa, N-terminal / Hexon-associated protein (IIIa) / Adenovirus hexon-associated protein (IX) / Pre-hexon-linking protein VIII / Adenovirus hexon associated protein, protein VIII / Adenovirus Pll, hexon, subdomain 2 ...Adenoviral core protein VII / Adenoviral core protein VII / Pre-hexon-linking protein IIIa / Hexon-associated protein IX / Pre-hexon-linking protein IIIa, N-terminal / Hexon-associated protein (IIIa) / Adenovirus hexon-associated protein (IX) / Pre-hexon-linking protein VIII / Adenovirus hexon associated protein, protein VIII / Adenovirus Pll, hexon, subdomain 2 / Minor capsid protein VI / Minor capsid protein VI / Adenovirus hexon protein / Adenovirus Pll, hexon, N-terminal / Adenovirus Pll, hexon, C-terminal / Hexon, adenovirus major coat protein, N-terminal domain / Hexon, adenovirus major coat protein, C-terminal domain / Adenovirus penton base protein / Adenovirus penton base protein / Group II dsDNA virus coat/capsid protein / Adenoviral fibre protein, knob / Adenoviral fibre protein (knob domain) / Adenoviral fibre protein, repeat/shaft region / Adenoviral fibre protein (repeat/shaft region) / Adenovirus fibre protein / Attachment protein shaft domain superfamily / Adenovirus pIV-like, attachment domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Hexon-interlacing protein / Hexon protein / Pre-hexon-linking protein IIIa / Penton protein / Pre-hexon-linking protein VIII / Pre-protein VI / Pre-histone-like nucleoprotein / 繊維
類似検索 - 構成要素
生物種HAdV-5 (ヒトアデノウイルス) / Human adenovirus C serotype 5 (ヒトアデノウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Dai XH / Wu L / Sun R / Zhou ZH
資金援助 米国, 7件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM071940 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI094386 米国
National Institutes of Health/National Institute of Dental and Craniofacial Research (NIH/NIDCR)DE025567 米国
National Institutes of Health/Office of the Director1S10OD018111 米国
National Institutes of Health/National Center for Advancing Translational Sciences (NIH/NCATS)UL1TR001881 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DBI-1338135 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1U24GM116792 米国
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2017
タイトル: Atomic Structures of Minor Proteins VI and VII in Human Adenovirus.
著者: Xinghong Dai / Lily Wu / Ren Sun / Z Hong Zhou /
要旨: Human adenoviruses (Ad) are double-stranded DNA (dsDNA) viruses associated with infectious diseases, but they are better known as tools for gene delivery and oncolytic anticancer therapy. Atomic ...Human adenoviruses (Ad) are double-stranded DNA (dsDNA) viruses associated with infectious diseases, but they are better known as tools for gene delivery and oncolytic anticancer therapy. Atomic structures of Ad provide the basis for the development of antivirals and for engineering efforts toward more effective applications. Since 2010, atomic models of human Ad5 have been derived independently from photographic film cryo-electron microscopy (cryo-EM) and X-ray crystallography studies, but discrepancies exist concerning the assignment of cement proteins IIIa, VIII, and IX. To clarify these discrepancies, we employed the technology of direct electron counting to obtain a cryo-EM structure of human Ad5 at 3.2-Å resolution. Our improved structure unambiguously confirms our previous cryo-EM models of proteins IIIa, VIII, and IX and explains the likely cause of conflict in the crystallography models. The improved structure also allows the identification of three new components in the cavity of hexon-the cleaved N terminus of precursor protein VI (pVIn), the cleaved N terminus of precursor protein VII (pVIIn2), and mature protein VI. The binding of pVIIn2-and, by extension, that of genome-condensing pVII-to hexons is consistent with the previously proposed dsDNA genome-capsid coassembly for adenoviruses, which resembles that of single-stranded RNA (ssRNA) viruses but differs from the well-established mechanism of pumping dsDNA into a preformed protein capsid exemplified by tailed bacteriophages and herpesviruses. Adenovirus is a double-edged sword to humans: it is a widespread pathogen but can be used as a bioengineering tool for anticancer and gene therapies. The atomic structure of the virus provides the basis for antiviral and application developments, but conflicting atomic models for the important cement proteins IIIa, VIII, and IX from conventional/film cryo-EM and X-ray crystallography studies have caused confusion. Using cutting-edge cryo-EM technology with electron counting, we improved the structure of human adenovirus type 5 and confirmed our previous models of cement proteins IIIa, VIII, and IX, thus clarifying the inconsistent structures. The improved structure also reveals atomic details of membrane-lytic protein VI and genome-condensing protein VII and supports the previously proposed genome-capsid coassembly mechanism for adenoviruses.
履歴
登録2017年9月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年9月27日-
マップ公開2017年9月27日-
更新2019年11月27日-
現状2019年11月27日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6b1t
  • 表面レベル: 3
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6b1t
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7034.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7034.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈human adenovirus type 5
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度
表面レベル登録者による: 3 / ムービー #1: 3
最小 - 最大-11.581982 - 16.747877
平均 (標準偏差)0.004020501 (±0.87556183)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-640-640-640
サイズ128012801280
Spacing128012801280
セルA=B=C: 1088.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.850.850.85
M x/y/z128012801280
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1088.0001088.0001088.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-640-640-640
NC/NR/NS128012801280
D min/max/mean-11.58216.7480.004

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Human adenovirus 5

全体名称: Human adenovirus 5 (ヒトアデノウイルス)
要素
  • ウイルス: Human adenovirus C serotype 5 (ヒトアデノウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Hexon protein
    • タンパク質・ペプチド: Penton protein
    • タンパク質・ペプチド: Pre-hexon-linking protein IIIa
    • タンパク質・ペプチド: Pre-hexon-linking protein VIII
    • タンパク質・ペプチド: Hexon-interlacing protein
    • タンパク質・ペプチド: Pre-protein VI
    • タンパク質・ペプチド: Pre-histone-like nucleoprotein
    • タンパク質・ペプチド: Pre-protein VI

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超分子 #1: Human adenovirus C serotype 5

超分子名称: Human adenovirus C serotype 5 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Cultured in HEK293T cells and purified from media / NCBI-ID: 28285 / 生物種: Human adenovirus C serotype 5 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 150 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: capsid / 直径: 900.0 Å / T番号(三角分割数): 25

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分子 #1: Hexon protein

分子名称: Hexon protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: HAdV-5 (ヒトアデノウイルス)
分子量理論値: 108.107617 KDa
配列文字列: MATPSMMPQW SYMHISGQDA SEYLSPGLVQ FARATETYFS LNNKFRNPTV APTHDVTTDR SQRLTLRFIP VDREDTAYSY KARFTLAVG DNRVLDMAST YFDIRGVLDR GPTFKPYSGT AYNALAPKGA PNPCEWDEAA TALEINLEEE DDDNEDEVDE Q AEQQKTHV ...文字列:
MATPSMMPQW SYMHISGQDA SEYLSPGLVQ FARATETYFS LNNKFRNPTV APTHDVTTDR SQRLTLRFIP VDREDTAYSY KARFTLAVG DNRVLDMAST YFDIRGVLDR GPTFKPYSGT AYNALAPKGA PNPCEWDEAA TALEINLEEE DDDNEDEVDE Q AEQQKTHV FGQAPYSGIN ITKEGIQIGV EGQTPKYADK TFQPEPQIGE SQWYETEINH AAGRVLKKTT PMKPCYGSYA KP TNENGGQ GILVKQQNGK LESQVEMQFF STTEATAGNG DNLTPKVVLY SEDVDIETPD THISYMPTIK EGNSRELMGQ QSM PNRPNY IAFRDNFIGL MYYNSTGNMG VLAGQASQLN AVVDLQDRNT ELSYQLLLDS IGDRTRYFSM WNQAVDSYDP DVRI IENHG TEDELPNYCF PLGGVINTET LTKVKPKTGQ ENGWEKDATE FSDKNEIRVG NNFAMEINLN ANLWRNFLYS NIALY LPDK LKYSPSNVKI SDNPNTYDYM NKRVVAPGLV DCYINLGARW SLDYMDNVNP FNHHRNAGLR YRSMLLGNGR YVPFHI QVP QKFFAIKNLL LLPGSYTYEW NFRKDVNMVL QSSLGNDLRV DGASIKFDSI CLYATFFPMA HNTASTLEAM LRNDTND QS FNDYLSAANM LYPIPANATN VPISIPSRNW AAFRGWAFTR LKTKETPSLG SGYDPYYTYS GSIPYLDGTF YLNHTFKK V AITFDSSVSW PGNDRLLTPN EFEIKRSVDG EGYNVAQCNM TKDWFLVQML ANYNIGYQGF YIPESYKDRM YSFFRNFQP MSRQVVDDTK YKDYQQVGIL HQHNNSGFVG YLAPTMREGQ AYPANFPYPL IGKTAVDSIT QKKFLCDRTL WRIPFSSNFM SMGALTDLG QNLLYANSAH ALDMTFEVDP MDEPTLLYVL FEVFDVVRVH RPHRGVIETV YLRTPFSAGN ATT

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分子 #2: Penton protein

分子名称: Penton protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: HAdV-5 (ヒトアデノウイルス)
分子量理論値: 63.356602 KDa
配列文字列: MRRAAMYEEG PPPSYESVVS AAPVAAALGS PFDAPLDPPF VPPRYLRPTG GRNSIRYSEL APLFDTTRVY LVDNKSTDVA SLNYQNDHS NFLTTVIQNN DYSPGEASTQ TINLDDRSHW GGDLKTILHT NMPNVNEFMF TNKFKARVMV SRLPTKDNQV E LKYEWVEF ...文字列:
MRRAAMYEEG PPPSYESVVS AAPVAAALGS PFDAPLDPPF VPPRYLRPTG GRNSIRYSEL APLFDTTRVY LVDNKSTDVA SLNYQNDHS NFLTTVIQNN DYSPGEASTQ TINLDDRSHW GGDLKTILHT NMPNVNEFMF TNKFKARVMV SRLPTKDNQV E LKYEWVEF TLPEGNYSET MTIDLMNNAI VEHYLKVGRQ NGVLESDIGV KFDTRNFRLG FDPVTGLVMP GVYTNEAFHP DI ILLPGCG VDFTHSRLSN LLGIRKRQPF QEGFRITYDD LEGGNIPALL DVDAYQASLK DDTEQGGGGA GGSNSSGSGA EEN SNAAAA AMQPVEDMND HAIRGDTFAT RAEEKRAEAE AAAEAAAPAA QPEVEKPQKK PVIKPLTEDS KKRSYNLISN DSTF TQYRS WYLAYNYGDP QTGIRSWTLL CTPDVTCGSE QVYWSLPDMM QDPVTFRSTR QISNFPVVGA ELLPVHSKSF YNDQA VYSQ LIRQFTSLTH VFNRFPENQI LARPPAPTIT TVSENVPALT DHGTLPLRNS IGGVQRVTIT DARRRTCPYV YKALGI VSP RVLSSRTF

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分子 #3: Pre-hexon-linking protein IIIa

分子名称: Pre-hexon-linking protein IIIa / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: HAdV-5 (ヒトアデノウイルス)
分子量理論値: 65.322805 KDa
配列文字列: MMQDATDPAV RAALQSQPSG LNSTDDWRQV MDRIMSLTAR NPDAFRQQPQ ANRLSAILEA VVPARANPTH EKVLAIVNAL AENRAIRPD EAGLVYDALL QRVARYNSGN VQTNLDRLVG DVREAVAQRE RAQQQGNLGS MVALNAFLST QPANVPRGQE D YTNFVSAL ...文字列:
MMQDATDPAV RAALQSQPSG LNSTDDWRQV MDRIMSLTAR NPDAFRQQPQ ANRLSAILEA VVPARANPTH EKVLAIVNAL AENRAIRPD EAGLVYDALL QRVARYNSGN VQTNLDRLVG DVREAVAQRE RAQQQGNLGS MVALNAFLST QPANVPRGQE D YTNFVSAL RLMVTETPQS EVYQSGPDYF FQTSRQGLQT VNLSQAFKNL QGLWGVRAPT GDRATVSSLL TPNSRLLLLL IA PFTDSGS VSRDTYLGHL LTLYREAIGQ AHVDEHTFQE ITSVSRALGQ EDTGSLEATL NYLLTNRRQK IPSLHSLNSE EER ILRYVQ QSVSLNLMRD GVTPSVALDM TARNMEPGMY ASNRPFINRL MDYLHRAAAV NPEYFTNAIL NPHWLPPPGF YTGG FEVPE GNDGFLWDDI DDSVFSPQPQ TLLELQQREQ AEAALRKESF RRPSSLSDLG AAAPRSDASS PFPSLIGSLT STRTT RPRL LGEEEYLNNS LLQPQREKNL PPAFPNNGIE SLVDKMSRWK TYAQEHRDVP GPRPPTRRQR HDRQRGLVWE DDDSAD DSS VLDLGGSGNP FAHLRPRLGR MF

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分子 #4: Pre-hexon-linking protein VIII

分子名称: Pre-hexon-linking protein VIII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: HAdV-5 (ヒトアデノウイルス)
分子量理論値: 24.71059 KDa
配列文字列: MSKEIPTPYM WSYQPQMGLA AGAAQDYSTR INYMSAGPHM ISRVNGIRAH RNRILLEQAA ITTTPRNNLN PRSWPAALVY QESPAPTTV VLPRDAQAEV QMTNSGAQLA GGFRHRVRSP GQGITHLTIR GRGIQLNDES VSSSLGLRPD GTFQIGGAGR P SFTPRQAI ...文字列:
MSKEIPTPYM WSYQPQMGLA AGAAQDYSTR INYMSAGPHM ISRVNGIRAH RNRILLEQAA ITTTPRNNLN PRSWPAALVY QESPAPTTV VLPRDAQAEV QMTNSGAQLA GGFRHRVRSP GQGITHLTIR GRGIQLNDES VSSSLGLRPD GTFQIGGAGR P SFTPRQAI LTLQTSSSEP RSGGIGTLQF IEEFVPSVYF NPFSGPPGHY PDQFIPNFDA VKDSADGYD

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分子 #5: Hexon-interlacing protein

分子名称: Hexon-interlacing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: HAdV-5 (ヒトアデノウイルス)
分子量理論値: 14.468134 KDa
配列文字列:
MSTNSFDGSI VSSYLTTRMP PWAGVRQNVM GSSIDGRPVL PANSTTLTYE TVSGTPLETA ASAAASAAAA TARGIVTDFA FLSPLASSA ASRSSARDDK LTALLAQLDS LTRELNVVSQ QLLDLRQQVS ALKASSPPNA V

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分子 #6: Pre-protein VI

分子名称: Pre-protein VI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: HAdV-5 (ヒトアデノウイルス)
分子量理論値: 3.584953 KDa
配列文字列:
MEDINFASLA PRHGSRPFMG NWQDIGTSNM SGG

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分子 #7: Pre-histone-like nucleoprotein

分子名称: Pre-histone-like nucleoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: HAdV-5 (ヒトアデノウイルス)
分子量理論値: 1.198438 KDa
配列文字列:
GLRFPSKMFG G

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分子 #8: Pre-protein VI

分子名称: Pre-protein VI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: HAdV-5 (ヒトアデノウイルス)
分子量理論値: 23.460559 KDa
配列文字列: AFSWGSLWSG IKNFGSTVKN YGSKAWNSST GQMLRDKLKE QNFQQKVVDG LASGISGVVD LANQAVQNKI NSKLDPRPPV EEPPPAVET VSPEGRGEKR PRPDREETLV TQIDEPPSYE EALKQGLPTT RPIAPMATGV LGQHTPVTLD LPPPADTQQK P VLPGPTAV ...文字列:
AFSWGSLWSG IKNFGSTVKN YGSKAWNSST GQMLRDKLKE QNFQQKVVDG LASGISGVVD LANQAVQNKI NSKLDPRPPV EEPPPAVET VSPEGRGEKR PRPDREETLV TQIDEPPSYE EALKQGLPTT RPIAPMATGV LGQHTPVTLD LPPPADTQQK P VLPGPTAV VVTRPSRASL RRAASGPRSL RPVASGNWQS TLNSIVGLGV QSLKRRRCF

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC4H11NO3Tris-HClトリスヒドロキシメチルアミノメタン
150.0 mMNaCl塩化ナトリウムsodium chloride塩化ナトリウム
1.0 mMMgCl2magnesium chloride
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II
詳細Purified virion

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 81000
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: Gatan Image Filter
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
温度最低: 80.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 7676 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 7420 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 2.5 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-32 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5608 / 平均露光時間: 9.0 sec. / 平均電子線量: 25.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 96375
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND3
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

5172
EMDB 未公開エントリ

初期 角度割当タイプ: COMMON LINE / ソフトウェア - 名称: IMIRS
最終 角度割当タイプ: COMMON LINE / ソフトウェア - 名称: IMIRS
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: eLite3D / 使用した粒子像数: 53000

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient
得られたモデル

PDB-3izo:
Model of the fiber tail and its interactions with the penton base of human adenovirus by cryo-electron microscopy

PDB-6b1t:
Improved cryoEM structure of human adenovirus type 5 with atomic details of minor proteins VI and VII

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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