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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-7029 | ||||||||||||||||||
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タイトル | CryoEM map from poorly ordered myosin thick filaments isolated from asynchronous flight muscle of the large waterbug Lethocerus indicus | ||||||||||||||||||
マップデータ | Primary map | ||||||||||||||||||
試料 |
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生物種 | Lethocerus indicus (タイワンタガメ) | ||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.4 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Taylor KA / Taylor D / Hu Z / Edwards RJ | ||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 5件
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引用 | ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2017 タイトル: Coupling between myosin head conformation and the thick filament backbone structure. 著者: Zhongjun Hu / Dianne W Taylor / Robert J Edwards / Kenneth A Taylor / 要旨: The recent high-resolution structure of the thick filament from Lethocerus asynchronous flight muscle shows aspects of thick filament structure never before revealed that may shed some light on how ...The recent high-resolution structure of the thick filament from Lethocerus asynchronous flight muscle shows aspects of thick filament structure never before revealed that may shed some light on how striated muscles function. The phenomenon of stretch activation underlies the function of asynchronous flight muscle. It is most highly developed in flight muscle, but is also observed in other striated muscles such as cardiac muscle. Although stretch activation is likely to be complex, involving more than a single structural aspect of striated muscle, the thick filament itself, would be a prime site for regulatory function because it must bear all of the tension produced by both its associated myosin motors and any externally applied force. Here we show the first structural evidence that the arrangement of myosin heads within the interacting heads motif is coupled to the structure of the thick filament backbone. We find that a change in helical angle of 0.16° disorders the blocked head preferentially within the Lethocerus interacting heads motif. This observation suggests a mechanism for how tension affects the dynamics of the myosin heads leading to a detailed hypothesis for stretch activation and shortening deactivation, in which the blocked head preferentially binds the thin filament followed by the free head when force production occurs. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_7029.map.gz | 285.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-7029-v30.xml emd-7029.xml | 15.1 KB 15.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_7029_fsc.xml | 16.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_7029.png | 165.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7029 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7029 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6so3MU M: このマップから作成された原子モデル U: あてはまらない、座標系が異なる*YM |
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類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_7029.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 307.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Primary map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.223 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Lethocerus flight muscle myosin filament
全体 | 名称: Lethocerus flight muscle myosin filament |
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要素 |
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-超分子 #1: Lethocerus flight muscle myosin filament
超分子 | 名称: Lethocerus flight muscle myosin filament / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Lethocerus indicus (タイワンタガメ) / 器官: Dorsal longitudinal flight muscle / 組織: striated muscle / Organelle: myofibril |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 6.8 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 詳細: Gatan Solarus 950.M plasma cleaner |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
詳細 | All specimen and sample preparation details may be found in Z. Hu, D. W. Taylor, M. K. Reedy, R. J. Edwards, K. A. Taylor, Structure of myosin filaments from relaxed Lethocerus flight muscle by cryo-EM at 6 Angstrom resolution. Sci. Adv. 2, e1600058 (2016). Can also be found in the Specimen section of EMD-3301 |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
詳細 | All data collection details may be found in Z. Hu, D. W. Taylor, M. K. Reedy, R. J. Edwards, K. A. Taylor, Structure of myosin filaments from relaxed Lethocerus flight muscle by cryo-EM at 6 Angstrom resolution. Sci. Adv. 2, e1600058 (2016). Can also be found in the Specimen section of EMD-3301 |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-20 (5k x 3k) 検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-48 / 平均露光時間: 1.5 sec. / 平均電子線量: 65.0 e/Å2 詳細: All specimen and sample preparation details may be found in Z. Hu, D. W. Taylor, M. K. Reedy, R. J. Edwards, K. A. Taylor, Structure of myosin filaments from relaxed Lethocerus flight muscle ...詳細: All specimen and sample preparation details may be found in Z. Hu, D. W. Taylor, M. K. Reedy, R. J. Edwards, K. A. Taylor, Structure of myosin filaments from relaxed Lethocerus flight muscle by cryo-EM at 6 Angstrom resolution. Sci. Adv. 2, e1600058 (2016). Can also be found in the Specimen section of EMD-3301 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: RIGID BODY FIT |
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得られたモデル | PDB-6so3: |