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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7029
タイトルCryoEM map from poorly ordered myosin thick filaments isolated from asynchronous flight muscle of the large waterbug Lethocerus indicus
マップデータPrimary map
試料
  • 複合体: Lethocerus flight muscle myosin filament
生物種Lethocerus indicus (タイワンタガメ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.4 Å
データ登録者Taylor KA / Taylor D / Hu Z / Edwards RJ
資金援助 米国, 5件
OrganizationGrant number
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM030598 米国
American Heart Association15PRE25090150 米国
NIH/NIAMSR01 AR014317 米国
NIH/Office of the DirectorS10 OD018142 米国
NIH/NCRRS10 RR25080 米国
引用ジャーナル: J Struct Biol / : 2017
タイトル: Coupling between myosin head conformation and the thick filament backbone structure.
著者: Zhongjun Hu / Dianne W Taylor / Robert J Edwards / Kenneth A Taylor /
要旨: The recent high-resolution structure of the thick filament from Lethocerus asynchronous flight muscle shows aspects of thick filament structure never before revealed that may shed some light on how ...The recent high-resolution structure of the thick filament from Lethocerus asynchronous flight muscle shows aspects of thick filament structure never before revealed that may shed some light on how striated muscles function. The phenomenon of stretch activation underlies the function of asynchronous flight muscle. It is most highly developed in flight muscle, but is also observed in other striated muscles such as cardiac muscle. Although stretch activation is likely to be complex, involving more than a single structural aspect of striated muscle, the thick filament itself, would be a prime site for regulatory function because it must bear all of the tension produced by both its associated myosin motors and any externally applied force. Here we show the first structural evidence that the arrangement of myosin heads within the interacting heads motif is coupled to the structure of the thick filament backbone. We find that a change in helical angle of 0.16° disorders the blocked head preferentially within the Lethocerus interacting heads motif. This observation suggests a mechanism for how tension affects the dynamics of the myosin heads leading to a detailed hypothesis for stretch activation and shortening deactivation, in which the blocked head preferentially binds the thin filament followed by the free head when force production occurs.
履歴
登録2017年9月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年10月11日-
マップ公開2017年10月11日-
更新2020年11月25日-
現状2020年11月25日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 0.012
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(円筒半径に従い着色)
  • 表面レベル: 0.012
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6so3
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7029.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 307.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Primary map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.223 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.032 / ムービー #1: 0.012
最小 - 最大-0.056497645 - 0.18061732
平均 (標準偏差)0.00056291226 (±0.009138624)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ432432432
Spacing432432432
セルA=B=C: 528.336 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.2231.2231.223
M x/y/z432432432
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z528.336528.336528.336
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ320320320
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS432432432
D min/max/mean-0.0560.1810.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Lethocerus flight muscle myosin filament

全体名称: Lethocerus flight muscle myosin filament
要素
  • 複合体: Lethocerus flight muscle myosin filament

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超分子 #1: Lethocerus flight muscle myosin filament

超分子名称: Lethocerus flight muscle myosin filament / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Lethocerus indicus (タイワンタガメ) / 器官: Dorsal longitudinal flight muscle / 組織: striated muscle / Organelle: myofibril

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 6.8
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 詳細: Gatan Solarus 950.M plasma cleaner
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細All specimen and sample preparation details may be found in Z. Hu, D. W. Taylor, M. K. Reedy, R. J. Edwards, K. A. Taylor, Structure of myosin filaments from relaxed Lethocerus flight muscle by cryo-EM at 6 Angstrom resolution. Sci. Adv. 2, e1600058 (2016). Can also be found in the Specimen section of EMD-3301

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
詳細All data collection details may be found in Z. Hu, D. W. Taylor, M. K. Reedy, R. J. Edwards, K. A. Taylor, Structure of myosin filaments from relaxed Lethocerus flight muscle by cryo-EM at 6 Angstrom resolution. Sci. Adv. 2, e1600058 (2016). Can also be found in the Specimen section of EMD-3301
撮影フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-20 (5k x 3k)
検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-48 / 平均露光時間: 1.5 sec. / 平均電子線量: 65.0 e/Å2
詳細: All specimen and sample preparation details may be found in Z. Hu, D. W. Taylor, M. K. Reedy, R. J. Edwards, K. A. Taylor, Structure of myosin filaments from relaxed Lethocerus flight muscle ...詳細: All specimen and sample preparation details may be found in Z. Hu, D. W. Taylor, M. K. Reedy, R. J. Edwards, K. A. Taylor, Structure of myosin filaments from relaxed Lethocerus flight muscle by cryo-EM at 6 Angstrom resolution. Sci. Adv. 2, e1600058 (2016). Can also be found in the Specimen section of EMD-3301
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 100000
詳細: All specimen and sample preparation details may be found in Z. Hu, D. W. Taylor, M. K. Reedy, R. J. Edwards, K. A. Taylor, Structure of myosin filaments from relaxed Lethocerus flight muscle ...詳細: All specimen and sample preparation details may be found in Z. Hu, D. W. Taylor, M. K. Reedy, R. J. Edwards, K. A. Taylor, Structure of myosin filaments from relaxed Lethocerus flight muscle by cryo-EM at 6 Angstrom resolution. Sci. Adv. 2, e1600058 (2016). Can also be found in the Specimen section of EMD-3301
CTF補正ソフトウェア - 名称: ACE, CTFFIND3
詳細: All specimen and sample preparation details may be found in Z. Hu, D. W. Taylor, M. K. Reedy, R. J. Edwards, K. A. Taylor, Structure of myosin filaments from relaxed Lethocerus flight muscle ...詳細: All specimen and sample preparation details may be found in Z. Hu, D. W. Taylor, M. K. Reedy, R. J. Edwards, K. A. Taylor, Structure of myosin filaments from relaxed Lethocerus flight muscle by cryo-EM at 6 Angstrom resolution. Sci. Adv. 2, e1600058 (2016). Can also be found in the Specimen section of EMD-3301
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Map from EMD-3301 low pass filtered to 60 angstrom
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: EMAN
ソフトウェア - 詳細: STARTCSYM routine, which uses the common line method
最終 3次元分類クラス数: 4 / 平均メンバー数/クラス: 25000
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.2)
ソフトウェア - 詳細: IHRSR implementation by Clemens et al., Cell 160, 940?951 (2015).
最終 再構成使用したクラス数: 2 / 想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.2)
ソフトウェア - 詳細: IHRSR implementation by Clemens et al., Cell 160, 940?951 (2015).
使用した粒子像数: 50000
詳細All specimen and sample preparation details may be found in Z. Hu, D. W. Taylor, M. K. Reedy, R. J. Edwards, K. A. Taylor, Structure of myosin filaments from relaxed Lethocerus flight muscle by cryo-EM at 6 Angstrom resolution. Sci. Adv. 2, e1600058 (2016). Can also be found in the Specimen section of EMD-3301
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-6so3:
The interacting head motif in insect flight muscle myosin thick filaments

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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