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- EMDB-7025: Cryo-EM structure of of the large subunit of Leishmania ribosome ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7025
タイトルCryo-EM structure of of the large subunit of Leishmania ribosome bound to paromomycin
マップデータprimary map
試料
  • 複合体: Leishmania donovani 91S ribosome LSU
    • タンパク質・ペプチド: x 42種
    • RNA: x 8種
  • リガンド: x 3種
機能・相同性
機能・相同性情報


maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / cytosolic ribosome / large ribosomal subunit / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex ...maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / cytosolic ribosome / large ribosomal subunit / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex / RNA binding / 生体膜 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L28e / Ribosomal protein L23 / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / Ribosomal protein L29e / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e / Ribosomal L29e protein family / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal protein L44e ...Ribosomal protein L28e / Ribosomal protein L23 / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / Ribosomal protein L29e / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e / Ribosomal L29e protein family / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal protein L27e / Ribosomal protein L27e superfamily / Ribosomal L38e protein family / 60S ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L30e, conserved site / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L34Ae / Ribosomal L27e protein family / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L30/YlxQ / Ribosomal protein L34e / Ribosomal protein L37ae / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein L35A / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L36e domain superfamily / Ribosomal L40e family / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L35A superfamily / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / Ribosomal protein L7A/L8 / Ribosomal protein L10e signature. / 60S ribosomal protein L4, C-terminal domain / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / Ribosomal L37ae protein family / Ribosomal protein L35Ae / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal protein L39e, conserved site / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / 60S ribosomal protein L4 C-terminal domain / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / Ribosomal protein L31e / Ribosomal protein L31e domain superfamily / Ribosomal_L31e / Ribosomal protein L30e signature 1. / Ribosomal protein L21e / Ribosomal protein L21e, conserved site / Ribosomal protein L21 superfamily / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / Ribosomal protein L30e signature 2. / 60S ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L4/L1e, eukaryotic/archaeal, conserved site / Ribosomal protein L37e, conserved site / Ribosomal protein L37e / Ribosomal protein L39e signature. / Ribosomal protein L21e / Ribosomal_L15e / Ribosomal protein L15e / Ribosomal protein L15e core domain superfamily / Ribosomal protein L31e / Ribosomal protein L37ae/L37e / Ribosomal protein L6, conserved site-2 / Ribosomal protein L7, eukaryotic / Ribosomal protein L30, N-terminal / Ribosomal L30 N-terminal domain / Ribosomal protein L39e / Ribosomal protein L39e domain superfamily / Ribosomal_L19e / Ribosomal protein L19/L19e / Ribosomal protein L19/L19e, domain 1 / Ribosomal protein L19/L19e superfamily / Ribosomal protein L4, eukaryotic and archaeal type / Ribosomal protein L19e / Ribosomal protein L18e / Ribosomal L39 protein / Ribosomal protein L37e / Ribosomal protein L22/L17, eukaryotic/archaeal / Ribosomal L15 / Ribosomal protein L14e domain / Ribosomal protein L14 / Ribosomal protein L5 eukaryotic/L18 archaeal / Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18 / Ribosomal protein L14 / Ribosomal protein L6 signature 2. / Ribosomal protein L14, KOW motif / Ribosomal protein L1e signature. / Ribosomal protein L21e signature. / Ribosomal protein L7, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L7/L30 / Ribosomal protein L37e signature. / Ribosomal protein L32e
類似検索 - ドメイン・相同性
60S ribosomal protein L28, putative / 60S ribosomal protein L39, putative / 60S ribosomal protein L37a / 60S ribosomal protein L21, putative / 60S ribosomal protein L36, putative / 60S ribosomal protein L30 / 60S ribosomal protein L27A/L29, putative / 60S ribosomal protein L34, putative / Ribosomal protein L35Ae family protein / 60S ribosomal protein L23, putative ...60S ribosomal protein L28, putative / 60S ribosomal protein L39, putative / 60S ribosomal protein L37a / 60S ribosomal protein L21, putative / 60S ribosomal protein L36, putative / 60S ribosomal protein L30 / 60S ribosomal protein L27A/L29, putative / 60S ribosomal protein L34, putative / Ribosomal protein L35Ae family protein / 60S ribosomal protein L23, putative / Ribosomal protein L15 / 60S ribosomal protein L22, putative / 60S ribosomal protein L5, putative / 60S ribosomal subunit protein L31, putative / 60S ribosomal protein L44, putative / Ubiquitin-60S ribosomal protein L40 / 60S ribosomal protein L18a / 60S ribosomal protein L11 (L5, L16) / 60S ribosomal protein L10, putative / Ribosomal protein L1a, putative / 60S ribosomal protein L23a, putative / 60S ribosomal protein L17, putative / 60S ribosomal protein L9, putative / 60S ribosomal protein L18, putative / Ribosomal L38e family protein / Ribosomal L27e family protein / 60S ribosomal protein L29 / 60S ribosomal protein L7 family protein / 60S_ribosomal_protein_L35_putative/GeneDB:LmjF.26.2330/GeneDB:LmjF.26.2340 / Ribosomal protein L19e family protein / 60S_ribosomal_protein_L32/GeneDB:LmjF.21.1720 / Ribosomal protein L38, putative / 60S ribosomal protein L10, putative / 60S ribosomal protein L19, putative / 60S ribosomal protein L23a, putative / 60S ribosomal protein L7a / Large ribosomal subunit protein eL28 / 60S ribosomal protein L44, putative / 60S ribosomal protein L39, putative / 60S ribosomal protein L36, Putative / 60S ribosomal protein L9, putative / 60S ribosomal protein L32 / 60S ribosomal protein L37a / 60S ribosomal protein L11 (L5, L16) / 60S ribosomal protein L17, putative / 60S ribosomal protein L7, putative / 60S ribosomal protein L35, putative / Ribosomal protein L1a, putative / Ribosomal protein L15 / Ubiquitin-60S ribosomal protein L40 / Ribosomal L27e family protein / Ribosomal protein L35Ae family protein / 60S ribosomal protein L21, putative / 60S ribosomal protein L30 / 60S ribosomal protein L18a / 60S ribosomal protein L5, putative / 60S ribosomal subunit protein L31, putative / 60S ribosomal protein L27A/L29, putative / 60S ribosomal protein L23, putative / Large ribosomal subunit protein eL22 / 60S ribosomal protein L29 / Large ribosomal subunit protein eL34 / 60S ribosomal protein L18, putative / Large ribosomal subunit protein eL37 / Probable 60S ribosomal protein L14
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Shalev-Benami M / Zhang Y / Rozenberg H / Nobe Y / Taoka M / Matzov D / Zimmerman E / Bashan A / Isobe T / Jaffe CL ...Shalev-Benami M / Zhang Y / Rozenberg H / Nobe Y / Taoka M / Matzov D / Zimmerman E / Bashan A / Isobe T / Jaffe CL / Yonath A / Skiniotis G
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Atomic resolution snapshot of Leishmania ribosome inhibition by the aminoglycoside paromomycin.
著者: Moran Shalev-Benami / Yan Zhang / Haim Rozenberg / Yuko Nobe / Masato Taoka / Donna Matzov / Ella Zimmerman / Anat Bashan / Toshiaki Isobe / Charles L Jaffe / Ada Yonath / Georgios Skiniotis /
要旨: Leishmania is a single-celled eukaryotic parasite afflicting millions of humans worldwide, with current therapies limited to a poor selection of drugs that mostly target elements in the parasite's ...Leishmania is a single-celled eukaryotic parasite afflicting millions of humans worldwide, with current therapies limited to a poor selection of drugs that mostly target elements in the parasite's cell envelope. Here we determined the atomic resolution electron cryo-microscopy (cryo-EM) structure of the Leishmania ribosome in complex with paromomycin (PAR), a highly potent compound recently approved for treatment of the fatal visceral leishmaniasis (VL). The structure reveals the mechanism by which the drug induces its deleterious effects on the parasite. We further show that PAR interferes with several aspects of cytosolic translation, thus highlighting the cytosolic rather than the mitochondrial ribosome as the primary drug target. The results also highlight unique as well as conserved elements in the PAR-binding pocket that can serve as hotspots for the development of novel therapeutics.
履歴
登録2017年9月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年11月1日-
マップ公開2017年12月6日-
更新2022年4月13日-
現状2022年4月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.065
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.065
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6az3
  • 表面レベル: 0.065
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6az3
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7025.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7025.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈primary map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.02 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.065 / ムービー #1: 0.065
最小 - 最大-0.40696242 - 0.62841886
平均 (標準偏差)0.0002886674 (±0.02751031)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 391.68 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.021.021.02
M x/y/z384384384
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z391.680391.680391.680
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS384384384
D min/max/mean-0.4070.6280.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Leishmania donovani 91S ribosome LSU

全体名称: Leishmania donovani 91S ribosome LSU
要素
  • 複合体: Leishmania donovani 91S ribosome LSU
    • タンパク質・ペプチド: ribosomal protein uL2
    • タンパク質・ペプチド: ribosomal protein uL3
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein L1a, putativeリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L11 (L5, L16)リボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L9, putativeリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: ribosomal protein eL6
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L7a
    • タンパク質・ペプチド: ribosomal protein uL13
    • タンパク質・ペプチド: ribosomal protein eL13
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L23, putativeリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: Probable 60S ribosomal protein L14
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L27A/L29, putativeリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein L15
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L10, putativeリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L5, putativeリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L18, putativeリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein L19e family proteinリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L18a
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L21, putativeリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L17, putativeリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L22, putativeリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L23a, putativeリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: ribosomal protein uL24
    • タンパク質・ペプチド: ribosomal protein eL24
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal L27e family protein
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L28, putativeリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 60S_ribosomal_protein_L35_putative/GeneDB:LmjF.26.2330/GeneDB:LmjF.26.2340
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L29
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L7 family proteinリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L30
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal subunit protein L31, putativeリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 60S_ribosomal_protein_L32/GeneDB:LmjF.21.1720
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein L35Ae family proteinリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L34, putativeリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L36, putativeリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L37
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal L38e family protein
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L39, putativeリボソーム
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
    • タンパク質・ペプチド: ribosomal protein eL41
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L37a
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L44, putativeリボソーム
    • RNA: rRNA alpha
    • RNA: rRNA beta
    • RNA: rRNA gamma
    • RNA: rRNA delta
    • RNA: rRNA epsilon
    • RNA: rRNA zeta
    • RNA: rRNA 5.8S
    • RNA: rRNA 5S
  • リガンド: PAROMOMYCINパロモマイシン
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: water水

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超分子 #1: Leishmania donovani 91S ribosome LSU

超分子名称: Leishmania donovani 91S ribosome LSU / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#50
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)

+
分子 #1: ribosomal protein uL2

分子名称: ribosomal protein uL2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
分子量理論値: 27.520994 KDa
配列文字列: GKTVLSCRKG NGSVYQVHGH KRLGPAKLRI LDYAERHGYM RGVVKSIEHE AGRGAALARV EFRHPYKFRR VKELMVAPEG MFTGQSVFC GQKAPLAIGN VLPLGQITEG CIVCNVEAKP GDRGTLARAS GDYCIIISHN HETGRTRLKL PSGQKKSVPS T SRAMIGII ...文字列:
GKTVLSCRKG NGSVYQVHGH KRLGPAKLRI LDYAERHGYM RGVVKSIEHE AGRGAALARV EFRHPYKFRR VKELMVAPEG MFTGQSVFC GQKAPLAIGN VLPLGQITEG CIVCNVEAKP GDRGTLARAS GDYCIIISHN HETGRTRLKL PSGQKKSVPS T SRAMIGII SGGGRIEKPV LKAGNSFYRF RGKRNCWPKV RGVARNPVEH PHGGGNHQHI GHPSTVSRHS PPGQKVGLIA AR RTGRIRG GKAVKGA

+
分子 #2: ribosomal protein uL3

分子名称: ribosomal protein uL3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
分子量理論値: 45.741395 KDa
配列文字列: SHCKFEHPRH GHLGFLPRKR SRQIRGRARA FPKDDATQKP HLTSFMVFKA GMTHIVRDVD RPGSKVNKKE VVEPVTILEA PPMVIVGIV GYRQTPVGLK TIGTVWAHHT SVEFRRRYYK NWKQSAQLAF SRQKQFANTK EGKVAEARTL NAFAKKASVI R VIAHTQLR ...文字列:
SHCKFEHPRH GHLGFLPRKR SRQIRGRARA FPKDDATQKP HLTSFMVFKA GMTHIVRDVD RPGSKVNKKE VVEPVTILEA PPMVIVGIV GYRQTPVGLK TIGTVWAHHT SVEFRRRYYK NWKQSAQLAF SRQKQFANTK EGKVAEARTL NAFAKKASVI R VIAHTQLR KLRNHRVGVK KAHVQEIQIN GGNVAAKIAL AKSLLEKEVR VDSVFQQSEA CDVCSVTKGH GTEGVVKRWG VA CLPRKTH RGLRKVACIG AWHPARVMYT VARAGQHGYH HRTQLNKKIY QIGRSVAVEP NQATTTYDLT AKTITPMGGF VGY GTVRND YVMLKGSVSG PRRRVMTLRR PMAPQTSRHL KEKIVLKFID TSSKIGHGRF QTKKEKNQWF GPLKKDRIRR EERL RK

+
分子 #3: Ribosomal protein L1a, putative

分子名称: Ribosomal protein L1a, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
分子量理論値: 40.523211 KDa
配列文字列: RPSVSVYSAS SDSVVGTCPL PAVFTAPIRN DIVKFVHTNM AKNSRQAYAV NRLSGMNHSA HSWGTGRAVA RIPRISGGGT STSGAGAFG NMCRGGRMFA PTKIFRRWHR KINLHQKRFA VVSALAASSV PSLVMSRGHR IDNVPEVPLV VEDSIQGYEK T KEAMAFLK ...文字列:
RPSVSVYSAS SDSVVGTCPL PAVFTAPIRN DIVKFVHTNM AKNSRQAYAV NRLSGMNHSA HSWGTGRAVA RIPRISGGGT STSGAGAFG NMCRGGRMFA PTKIFRRWHR KINLHQKRFA VVSALAASSV PSLVMSRGHR IDNVPEVPLV VEDSIQGYEK T KEAMAFLK AIAAIDDVNR VNDSREIRAG RGKMRNRRYV ARRGPMLVMP NNKGTRAFRN IFGLDLANVS ALNLLHLAPG GH VGRFVIW TKSAFEQLDK IFGTFTEASA VKKGFTLPAP MLTNTDVTRI MQSEEVRRVL KPKKLQAKKA SRYQTPTNGI KNR RLRLRL NPYVKRETAA AKGMRNVANR DARRKAKMAR VTKAKKAATK

+
分子 #4: 60S ribosomal protein L11 (L5, L16)

分子名称: 60S ribosomal protein L11 (L5, L16) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
分子量理論値: 19.245344 KDa
配列文字列:
ANPMREIVVK KLCINICVGE SGDRLTRASK VLEQLCEQTP VLSRARLTVR TFGIRRNEKI AVHCTVRGKK AEELLEKGLK VKEFELKSY NFSDTGSFGF GIDEHIDLGI KYDPSTGIYG MDFYVVLGRR GERVAHRKRK CSRVGHSHHV TKEEAMKWFE K VHDGIIFQ

+
分子 #5: 60S ribosomal protein L9, putative

分子名称: 60S ribosomal protein L9, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
分子量理論値: 21.118717 KDa
配列文字列:
VKVKSLCTLQ IPEGVTVDVK GRKVTVTGKR GTLTKDLTHL QLDLRVDKKN RTFTVIRWFG SKIPIACLNT TKAHVQNMIT GVTKGYRFK VRCAYAHFPI NVSVDGQNIE VRNFLGEKRV RRQLVPSSVK VSQTDPSKVK DEIIFDGNDL EQVSREAAVL H QMCLVKKK DIRKFLDGIY VQTKTNIE

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分子 #6: ribosomal protein eL6

分子名称: ribosomal protein eL6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
分子量理論値: 21.208869 KDa
配列文字列: MAATKSAASA AKRKAAKKVS RKSPEYTTLR KSCAPGVIAI ILAGRFRGRR AVILKQLPHN GPLVVSGPMK YNGVPIRRID SRYVIATST KVDISSVDTA PITPEVFQRP KAEKLTKSEG DFMGDKQKAR AEKAAKKTSK AGKKTPVSDA RAQLQKKIDA A LIAAIKKD ...文字列:
MAATKSAASA AKRKAAKKVS RKSPEYTTLR KSCAPGVIAI ILAGRFRGRR AVILKQLPHN GPLVVSGPMK YNGVPIRRID SRYVIATST KVDISSVDTA PITPEVFQRP KAEKLTKSEG DFMGDKQKAR AEKAAKKTSK AGKKTPVSDA RAQLQKKIDA A LIAAIKKD AQGKEKAGYL RSVFTVKPGD APHRWNW

+
分子 #7: 60S ribosomal protein L7a

分子名称: 60S ribosomal protein L7a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
株: BPK282A1
分子量理論値: 39.175203 KDa
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MTVRSSPTAN LYLTYLLLSC PICTSPFPFA TLIRTHLHHR VAPAFAFLLF FGCAHVCACV LARLLLPYFH STFSASISRR AEKSMPGKE VKKATQPAKA ASPYKKPAVA SHFAARPKNF GIGQDVPYAR DLSRFMRWPT FVTMQRKKRV LQRRLKVPPA L NQFTKVLD RASRNEALKL IKKYAPETRK ARRERLHKAA EEKKKDPKKT VSTRAPLAVV TGLQEVTRAI EKKQARMVVI AN NVDPVEL VLWMPNLCRA NKIPYAIVKD MARLGDAIGR KTATCVAITD VNAEDEATLK NLIRSVNARF LSRSDVIRRQ WGG LQLSLR SRAELRKKHA RNAGVDAAAI IQ

+
分子 #8: ribosomal protein uL13

分子名称: ribosomal protein uL13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
分子量理論値: 25.346008 KDa
配列文字列: AFPSRKDASR AQRKSAKKHR PEIIVIDLKD HVLGRAAAVV AKQLLLGKKI TVVRCEQLNI AGTEIRNKIK YLQYLRKRKL TNPTKGPFH HRAPSDVFVR TVRSMLPRYT KRGMKALNSL VAYEGIPPNV VRTGGRVVIP RAQRHVCYRS ERPYTVLGNM C KHVGWKYS ...文字列:
AFPSRKDASR AQRKSAKKHR PEIIVIDLKD HVLGRAAAVV AKQLLLGKKI TVVRCEQLNI AGTEIRNKIK YLQYLRKRKL TNPTKGPFH HRAPSDVFVR TVRSMLPRYT KRGMKALNSL VAYEGIPPNV VRTGGRVVIP RAQRHVCYRS ERPYTVLGNM C KHVGWKYS DVVANLEKAR VEKASRHHEK QAKLREAWKA ARKEALAKMP KHNVEVLKKF GYA

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分子 #9: ribosomal protein eL13

分子名称: ribosomal protein eL13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
分子量理論値: 23.897861 KDa
配列文字列: PKGNNAIPHV HQKKHWNPCS SQKGNVKVFL NQPAQKHRRR RLRLLKAKKV FPRPLKALRP QVNCPTVRHN MKRRLGRGFS PAELKAAGL NPQYAATIGI RVDSRRKNKS EEGMNVNVQR LKTYMSKLVL FPMNHKKVQK GEASEEEVKA ATQDRSRFGD A AVGAVVYP ...文字列:
PKGNNAIPHV HQKKHWNPCS SQKGNVKVFL NQPAQKHRRR RLRLLKAKKV FPRPLKALRP QVNCPTVRHN MKRRLGRGFS PAELKAAGL NPQYAATIGI RVDSRRKNKS EEGMNVNVQR LKTYMSKLVL FPMNHKKVQK GEASEEEVKA ATQDRSRFGD A AVGAVVYP SAETPRAVSA EEKSMCVYAF LKKNHSAVRF FGARSARAAR KEAA

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分子 #10: 60S ribosomal protein L23, putative

分子名称: 60S ribosomal protein L23, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
分子量理論値: 14.421971 KDa
配列文字列:
ANVKGCRFRV SVALPVGAVV NCADNTGAKN LYVISVKGYH GRLNRLPSAA LGDMVMCSVK KGKPELRKKV LNAVIIRQRK SWRRKDGTV IYFEDNAGVI VNPKGEMKGS GIAGPVAKES ADLWPKISTH APAIV

+
分子 #11: Probable 60S ribosomal protein L14

分子名称: Probable 60S ribosomal protein L14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
分子量理論値: 17.038955 KDa
配列文字列:
KSHYICAGRL VRILRGPRQD RVGVIVDIVD ANRVLVENPE DAKMWRHVQN LKNVEPLKYC VSVSRNCSAK ALKDALASSK ALEKYAKTR TAARVEAKKA CAASTDFERY QLRVARRSRA HWARKVFDEK DAKTPVSWHK VALKKMQKKA

+
分子 #12: 60S ribosomal protein L27A/L29, putative

分子名称: 60S ribosomal protein L27A/L29, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
分子量理論値: 16.034684 KDa
配列文字列:
PTRFKKCRHQ RGSTFCGYGR VGKHRKHESG RGNAGGMHHH RINFDKYHPG YFGKLGMDHY HRKKNPMWKP TINLNNLSRL IAAEEAAKA TKGGTLPVVD LQSSGYAKLL GNGHIQVPCI VKARYVSKLA DKKIRKAGGA VVLQA

+
分子 #13: Ribosomal protein L15

分子名称: Ribosomal protein L15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
分子量理論値: 24.366773 KDa
配列文字列: GAFMYLNELW KKKSSDVMRF IQRIRSWEFR HQHTVVRLRR PTRPEKARML GYKTKQGFCV FRVRVRRGGR KRPVHKGITY GKPKTSGVL GMKLNKNNQA VAEQRLGKRF GNLRVLNSYW VNMDSTFKWY EVIAVDPMCK TIRRDPRINW IVNSVHKHRE Q RGLTSAGR ...文字列:
GAFMYLNELW KKKSSDVMRF IQRIRSWEFR HQHTVVRLRR PTRPEKARML GYKTKQGFCV FRVRVRRGGR KRPVHKGITY GKPKTSGVL GMKLNKNNQA VAEQRLGKRF GNLRVLNSYW VNMDSTFKWY EVIAVDPMCK TIRRDPRINW IVNSVHKHRE Q RGLTSAGR KHRGLRHKGH KASKLRPSYR AAWRRNNRIV FLRKR

+
分子 #14: 60S ribosomal protein L10, putative

分子名称: 60S ribosomal protein L10, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
分子量理論値: 24.607186 KDa
配列文字列: MARRPSRCYR FCKNKPYPKS RFCRGVPDPK IRNFDIGRRR ATVDEFPVCI HVVSRELEQI ASEALEAARI QANKYMVKRA NKDVFHMRT RAHPFHVLRI NKMLSCAGAD RLQTGMRGAF GKPNGVCARV RIGQILLSMR TKEAYVPQAF EALRRAKMKF P GRQIIVMS ...文字列:
MARRPSRCYR FCKNKPYPKS RFCRGVPDPK IRNFDIGRRR ATVDEFPVCI HVVSRELEQI ASEALEAARI QANKYMVKRA NKDVFHMRT RAHPFHVLRI NKMLSCAGAD RLQTGMRGAF GKPNGVCARV RIGQILLSMR TKEAYVPQAF EALRRAKMKF P GRQIIVMS KYWGFTNILR TEYEALRDAG KLEQRGTHCK LIAPKGKITM RNVMA

+
分子 #15: 60S ribosomal protein L5, putative

分子名称: 60S ribosomal protein L5, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
分子量理論値: 34.100633 KDa
配列文字列: MPFVKVVKNK AYFKRFQVKY RRRREGKTDY HARRQMVLQD KTKFGSPKYR LVVRITNKDI IAQIVQAKIV GDEVVMAAYA HELPAFGIE HGLTNYAAAY ATGLLLARRT LAKLGIADKF QGAKEADGSY SAVRTKKDDE GDDEERFPFK AILDVGLART T TGARVFGV ...文字列:
MPFVKVVKNK AYFKRFQVKY RRRREGKTDY HARRQMVLQD KTKFGSPKYR LVVRITNKDI IAQIVQAKIV GDEVVMAAYA HELPAFGIE HGLTNYAAAY ATGLLLARRT LAKLGIADKF QGAKEADGSY SAVRTKKDDE GDDEERFPFK AILDVGLART T TGARVFGV LKGAVDGGMA VPHRPNRFPG YNKEKSSLDA KVHRDRIFGK HVAEYLKQVK EEASSNPDEK CVQFSRYMAA KV LPESIEG MYKKAHAAIR ADPSKSLPKK AKKEGVAHKS YKTKKLSGAE KRAAAKAKVA AIRERLGK

+
分子 #16: 60S ribosomal protein L18, putative

分子名称: 60S ribosomal protein L18, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
分子量理論値: 21.939883 KDa
配列文字列: GVDLTGISKK SRVIRHHTYS TNPYIKLLIK LYKFLAKRTS SGFNKVVYQR LIKSRSNRAP ISLSRIAVVM KRKAVFTAKS KAAPIAVVV GDVLDDVRMA RIPAMRVCAL RFSKSARQSI VAAGGECLTF DQLAMIAPTG KNTYLLRGRK SGRESVRHFG A SGVPGSHS ...文字列:
GVDLTGISKK SRVIRHHTYS TNPYIKLLIK LYKFLAKRTS SGFNKVVYQR LIKSRSNRAP ISLSRIAVVM KRKAVFTAKS KAAPIAVVV GDVLDDVRMA RIPAMRVCAL RFSKSARQSI VAAGGECLTF DQLAMIAPTG KNTYLLRGRK SGRESVRHFG A SGVPGSHS KPYATNRGKE TKRGRRTGRS YKRKAFRHV

+
分子 #17: Ribosomal protein L19e family protein

分子名称: Ribosomal protein L19e family protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
分子量理論値: 22.901018 KDa
配列文字列: VSLKLQARLA SSILGCGRAR VWLDPNEAVE IQNANSRKSV RKLIKDGFII RKPVKVHSRA RWRKMKEAKD MGRHNGVGRR EGSREARMP SKELWMRRLR ILRRLLRKYR ADKKIDRHVY RDLYVRAKGN VFRNKRNLVE HIHKIKNEKK KERQLAEQLA A KHLRDEQN ...文字列:
VSLKLQARLA SSILGCGRAR VWLDPNEAVE IQNANSRKSV RKLIKDGFII RKPVKVHSRA RWRKMKEAKD MGRHNGVGRR EGSREARMP SKELWMRRLR ILRRLLRKYR ADKKIDRHVY RDLYVRAKGN VFRNKRNLVE HIHKIKNEKK KERQLAEQLA A KHLRDEQN RNKARKQELR KREKERERAR R

+
分子 #18: 60S ribosomal protein L18a

分子名称: 60S ribosomal protein L18a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
分子量理論値: 20.703172 KDa
配列文字列:
VKPHLRHYQV VGRESPSEKN PEPTVYKFEV FAPNFVVAKS RFWRMMRVKN KVKATHGDVL SCKVVKDAKL VARNYLVDIA YYSQRCGYT RMVKEFRDVS KTGAVSQAYH DLASRHRARY HNIEVLNVKS IPDHEVKHLS IAQYHAPNLS FPLLQRRIKA A RKDRAIFV KKNTKRAVVA

+
分子 #19: 60S ribosomal protein L21, putative

分子名称: 60S ribosomal protein L21, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
分子量理論値: 17.437443 KDa
配列文字列:
VHSYGYKSGT RHLFAKKFRK HGAPSVSTIL TNIKVGDYVD VVADSAVREG MPHKYYHGRT GIVWNVTPRG VGVIINKPVR TRTLRKRIC VRFEHVRKSR CQEAFKAKEH QFQAYLAAKK AGKALPPLKK SSRMGGIVRP KNVEVLARRV ADYEA

+
分子 #20: 60S ribosomal protein L17, putative

分子名称: 60S ribosomal protein L17, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
分子量理論値: 17.828902 KDa
配列文字列:
THYSRKPQVS SKSAKAKVSD LRCHYKNTFE TANVINGMPL RKAQQLYRQV LAKTRCIPFK RYNGKIGRTA QAKEWGQTKG RWPRKSVVA MMSLLKNAEA NAIEKGLDPN QMVIKHVQVD QAARMRRRTY RAHGRITPYM CSPCHVQLFM SEKKE

+
分子 #21: 60S ribosomal protein L22, putative

分子名称: 60S ribosomal protein L22, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
分子量理論値: 14.042504 KDa
配列文字列:
VAVRAKVGSR SYVRQKQLAK GKKVFKIDCS IPAADGIFSE DVLGNFEQFF QDNTKLNGRK GKLSDKVRLS MNDNVLTIST TMAYRKKYF KYLTKKFLKK KDLRDWIRIL ATGKGTYQLK YF

+
分子 #22: 60S ribosomal protein L23a, putative

分子名称: 60S ribosomal protein L23a, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
分子量理論値: 13.461783 KDa
配列文字列:
AKSYTRPQFR RPHTYRKPAM AKPSNRVTVE SKDIAAFSVI RYPLTTDKAM KKIEENNTLT FIVDSRANKT EIKKAMRKLY QVKAVKVNT LIRPDGLKKA YIRLSAAHDA LDTANKIGL

+
分子 #23: ribosomal protein uL24

分子名称: ribosomal protein uL24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
分子量理論値: 13.874408 KDa
配列文字列:
ASIKCGSRRK ARRAHFQAPS HVRRVLMSAP LSKELRAKYN VRAMPVRKDD EVIVKRGTFK GREGKVTACY RLKWVILIDK VNREKANGS TVAVGIHPSN VEITKLKLTH HRKSILERKD RS

+
分子 #24: ribosomal protein eL24

分子名称: ribosomal protein eL24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
分子量理論値: 7.988512 KDa
配列文字列:
MRTIECEFSH FAVHPGHGRR YVPFAFLSTK PVLTFSRPKC FALYMRKKNP RFIPWTRTYR RIHRK

+
分子 #25: Ribosomal L27e family protein

分子名称: Ribosomal L27e family protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
分子量理論値: 15.223005 KDa
配列文字列:
KFLKPGKVVI VTAGRYAGHK AVIVQNSDIA TKERPYGRAL LAGIKKYPKK VVRGMSKQTI ARRSQVGVFL RVVNHKHFLP TRYNVDMSK ELRGKINVSD ASKRSRSKRL VRHVFQARYN AGSSMWFFQR LRF

+
分子 #26: 60S ribosomal protein L28, putative

分子名称: 60S ribosomal protein L28, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
分子量理論値: 15.525923 KDa
配列文字列:
SHSVDLQWIL VRQNSRFLQK RGGIRMSNDP FNNNGNWTKR HCGFLNEKAA VVKPAKGGAI CVTVKDGSSN NKPRQTYRKT VHAAGVRAS DVSRAVAAVR PDLADVSFRR ARRMACIASR TAKVAAARKA RSEKIKFSRK S

+
分子 #27: 60S_ribosomal_protein_L35_putative/GeneDB:LmjF.26.2330/GeneDB:Lmj...

分子名称: 60S_ribosomal_protein_L35_putative/GeneDB:LmjF.26.2330/GeneDB:LmjF.26.2340
タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
分子量理論値: 14.987824 KDa
配列文字列:
SHHMKIKDLR EKSKDDLLKT LTEYKKELSQ LRVVQQTGGA ETRLGRIRPI RKSIARILTV LNQNERSNLK MFYADRKLRC KTPKVLRAK LTHRRRLALK ENEKNRKTSR QMRQAHKFPK RVYAVK

+
分子 #28: 60S ribosomal protein L29

分子名称: 60S ribosomal protein L29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
分子量理論値: 7.788074 KDa
配列文字列:
AKSKNHTNHN QSSKNHRNGI KGPMPLHLHN SKRGSWLPAL VNARRVRKHN QKAALKKRRE RIAAFAAK

+
分子 #29: 60S ribosomal protein L7 family protein

分子名称: 60S ribosomal protein L7 family protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
分子量理論値: 26.313074 KDa
配列文字列: AAFKQQQTEN FKKAVVARKA AKAALKKTAY LRARKYSREY RGAEKKLVTL RRQAASHGNY YLEAKPKVAV VTRIRGIAKV NPKQRKILQ LLRLRQIFNT VFVKMNKPME NMLRAVEPYI AYGYPSLATV RAMVYKRGYL KINGQRVKIT DNQMIKDKYN N ADIVCAED ...文字列:
AAFKQQQTEN FKKAVVARKA AKAALKKTAY LRARKYSREY RGAEKKLVTL RRQAASHGNY YLEAKPKVAV VTRIRGIAKV NPKQRKILQ LLRLRQIFNT VFVKMNKPME NMLRAVEPYI AYGYPSLATV RAMVYKRGYL KINGQRVKIT DNQMIKDKYN N ADIVCAED MVNQIYTCGK HFRTVTHGMW PFKLAPPAGG MRQKRRHFVE GGDYGNRDTL INRFLARMI

+
分子 #30: 60S ribosomal protein L30

分子名称: 60S ribosomal protein L30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
分子量理論値: 10.122675 KDa
配列文字列:
VDTINAKLQL VMKSGKYVLG TQQALTTLRQ GRSKLIVISN NCPPIRRAEV EYYCTLSKTP IHHYSGNNLD LGTACGKHFR TCVLSVTNV GDS

+
分子 #31: 60S ribosomal subunit protein L31, putative

分子名称: 60S ribosomal subunit protein L31, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
分子量理論値: 13.503024 KDa
配列文字列:
TRASLRKRTG RKPDAVSMEA TIHLSKLLKK KTFSKRAPLA IKRIKAFVGR LMKTKDNRID ASLNTYIWHK GVKGVPGRVR VLIQRKSET TEGNKHKHFY TVISNVPVAS FKGLTTKTVE

+
分子 #32: 60S_ribosomal_protein_L32/GeneDB:LmjF.21.1720

分子名称: 60S_ribosomal_protein_L32/GeneDB:LmjF.21.1720 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
分子量理論値: 15.02965 KDa
配列文字列:
VKPTVSKAIV KKRTKRFTRH RYELFPQLSS SWRKPRGEDS PVRRRYKGQK AMPNKGYGSD RATKYITPSG FRSFPINNVE DLYMLVMQN RKYAGVISHT VGARKRKAIA RKAMELDVRL ANGNAKLRKI A

+
分子 #33: Ribosomal protein L35Ae family protein

分子名称: Ribosomal protein L35Ae family protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
分子量理論値: 14.336777 KDa
配列文字列:
KTSRVNRNRK APRLYMKGTL AGYTRGLHGQ TKQTALVRVE NVNTREDATW YVGKRVCYVY HGKKVKRCVR WSKAPARRST TRALWGRVT RPHGNAGMMR VKFNGASVPA SAIGRRIRVY LYPSQI

+
分子 #34: 60S ribosomal protein L34, putative

分子名称: 60S ribosomal protein L34, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
分子量理論値: 14.640328 KDa
配列文字列:
CPRVQYRRRM HYATRGNRMK MVRTPGNKLV MQKRAKRSQG IHTPWVLGHK RLGGTKALRH IDARLASRHE KSVSRAYGGV LSHDQVRDR VVRAFLVEEQ RIVKQALKEH SKMKLSHKRT ANKKKS

+
分子 #35: 60S ribosomal protein L36, putative

分子名称: 60S ribosomal protein L36, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
分子量理論値: 11.050092 KDa
配列文字列:
APTPRTGIIA GFNKGHVTTR RPRQPSPNDR FAVPHKHLRA VKAIIADLVG LSPLEKRVQE FLRVGKEKRA LKYCKKRLGD FTAAKKKRS KMEEALRH

+
分子 #36: 60S ribosomal protein L37

分子名称: 60S ribosomal protein L37 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
分子量理論値: 9.531135 KDa
配列文字列:
TKGTTSMGQR HGRTHILCRR CGRNSYHVQW ERCAACAYPR ASRRRYNWSV KAIKRRRTGT GRCRYLKVVN RRIANHFKTP

+
分子 #37: Ribosomal L38e family protein

分子名称: Ribosomal L38e family protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 37 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
分子量理論値: 8.761474 KDa
配列文字列:
PREIKTLKEF LAICSRKDAR CVKVKHNPSA TKFKVRCSRY LYTLVVNDKK KADKIERSIH PSVKKIAVTA RSHAKT

+
分子 #38: 60S ribosomal protein L39, putative

分子名称: 60S ribosomal protein L39, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 38 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
分子量理論値: 6.373649 KDa
配列文字列:
GRFKPLAVKK KYAKKMNQNK PVPYWIRLRT GNRIKWNEKR RHWRRTKLNY

+
分子 #39: Ubiquitin-60S ribosomal protein L40

分子名称: Ubiquitin-60S ribosomal protein L40 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 39 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
分子量理論値: 5.912278 KDa
配列文字列:
MEPTLVALAK KYNWEKKVCR RCYARLPVRA TNCRKKACGH CSNLRMKKKL

+
分子 #40: ribosomal protein eL41

分子名称: ribosomal protein eL41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 40 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
分子量理論値: 4.2593 KDa
配列文字列:
GTVSRPRGMR PKWHKKRIKR LKLRRRRMRQ RSK

+
分子 #41: 60S ribosomal protein L37a

分子名称: 60S ribosomal protein L37a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 41 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
分子量理論値: 10.092869 KDa
配列文字列:
AKRTVKMGVM GRYGTRYGAN PRKRAKKLEV SQHAKHFCSF CGKFAFRRKA VGIWRCDGCS KTVAGGAYTL STPNNSTVRS TVRRLRELA K

+
分子 #42: 60S ribosomal protein L44, putative

分子名称: 60S ribosomal protein L44, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 42 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
分子量理論値: 11.141353 KDa
配列文字列:
VNYPKKKVMH CGDARCNAHK SFKVVQYKAG KARLFARGKR RYDRKQSGYG GQTKPVFHKK AKTTKKIVLK LQCSGCKSIR QVVLKRTKH FELNDKK

+
分子 #43: rRNA alpha

分子名称: rRNA alpha / タイプ: rna / ID: 43 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
分子量理論値: 575.707562 KDa
配列文字列: AGACCUGAGU GUGGCAGGAC UACCCGCCGA ACUUAAGCAU AUUAC(OMU)CAGC GGAGGAAAAG AAAACA(A2M)CCG UG AUUCUCU CAGUGAGCGG CGAGCGAAGA GGGAACGAAC UCGUUGCCGA AUCGGGUCUU ACAAGGCCUU GAGUUGUGGC ACA AAUAUC ...文字列:
AGACCUGAGU GUGGCAGGAC UACCCGCCGA ACUUAAGCAU AUUAC(OMU)CAGC GGAGGAAAAG AAAACA(A2M)CCG UG AUUCUCU CAGUGAGCGG CGAGCGAAGA GGGAACGAAC UCGUUGCCGA AUCGGGUCUU ACAAGGCCUU GAGUUGUGGC ACA AAUAUC AUUUCGUGGU UGGUGCAGGA GUGGCGAAAU UCAAGCGCAA AGCAAACCCG UUGCUGAAUA CAACCCUUCA UGUG (A2M)GUAU UGAGCCAAAG AAGGUGUUAG CCCAUUGAGC CAUAAACCUG AGCGCCUCAU GAACUGUAUU AAGCGAGUAG C ACUGUUUG GGAAUGCAGU GUCAAGUUGG CAGGUAUUUG UCUGCCAAAG UUAAAUACAG AGUAGGAAGA CCGAUAGCGA AC AAGUAGC GUGAGCGAAA GUUUGAAAAG CACUUUGGAA AGAGAGUGA(A2M) AUAGAACCUG AAGUCGUGAC AAAGACAAU GGAAGUACCU CCAUUUCAAC GGCCAGAACC AGCCCUACUG CAUUAUCCUG UCGGGGGUCA AAAUCCGGCG GGCAACGAAG UGCAAGAAU UUUGGGUCUU GGUGAAAUGA GCGGAGUAUU UGAGCUGUGC ACGGCGCAAG CCGCACGCAC UGGUUUCUUC U CCGUGAUG CUCCAUGUUG GCGAUGGAAA UGGGGUGCCC CCACCCGUCU UGA(A2M)AC(A2M)CGG ACCAAGGAGU (OMC)A(A2M)ACAGAC GCGCAAGGGA GGAGAUAUGG UUGCCAGUAC UUCUCUCGUA CUGAAAGGGA GAUGCAAAAU GCA UCUGUG GUGUGCACAC GUCAAAUCCG UUUGAUUUGC CCAACACCGA CCGGCCCUCC GUGGGUUGCG UUGGAGUGUG CC (OMU)G(OMU)UUGG ACCC(OMG)A(A2M)AGG UGGUGAACUA UGCCUGAACA AGGUGAAGCC CGGGGAAACC CAGGUGG AG GCCUGUAGCG AUGCUG(A2M)CGU GCAAAUCGCU CGUAUGAUUU GGGU(A2M)UCG(OMG)A GCGAAAGACU CAUCGA ACC ACCUAGUAGC UGGUUCACAU CGAAGUUUCC CUCAGGAUAG CUGGUGCUAG UAGAAGUAUU GUGCGGUAAA GCAAAUG AU UAGAGGCAUU GGUGUUCUUA GAAUAUCGAC CUAUUCUCAA ACUUUAAA(OMU)G UGCAAACAAA CCGUGCCUUA GCCA ACUGC AAGGCCGGAA AGAAAAGAAU UAGAGGCACC AAGUGGGCCU UCUUCGGUAA GC(OMG)GAGCAGG CGAUGCGGAA U GAACCGCU UAGGGAUAUG UGGCGUCAAA ACUUAUGGGC UCAUUC(OMU)CGA UACGUGAAAA GGGUGUUGGU GGAUUGGA C AGUUGGACGG UGGCCAUGGA AGUCGGCAUC CGCUAAGGAG UGUGUAACAA CUCACCAACC GAAUCCACCG GCCCCGAAA AUGGA(OMU)GACG CUUAAGCCCA AUUAGUGAUU GCCCAUUAUU CCUUUGGUAA GGGCGGAAAC AAACUCUUGG AGAAAG UGU AGCCCUUCCG AUGUAGAUGU GGCCUGGAGG UUAGGACGAA GCUUAUGGCG UGAGCCUAAG AUGGACCGGC CUCUAGU GC A(OMG)AU(OMC)UUGGU UGGCGU(A2M)(OMG)CA AAGAUCUAAC GGAGAUAUAC UCAACAUGCA ACGUUGGAUA CU GGAGCGG GGAAGGAUUU CGUGCCAACG GCACUCGUAC ACGA(OMG)UUGUU CGGAAACUGA GCACAACGUU AUAUCGU (OMU)U UGUUAGGAAA GUGAAGGUGU GUCGGCGGCA GCUGCUUUCG GGUAGCUGUU CGACUGGCCA UAACUGAAAA GGGG CAACA GAGAACCUGG GAUUAUAUUC CAAAAAGAAA UUGCAUGUGG G

+
分子 #44: rRNA beta

分子名称: rRNA beta / タイプ: rna / ID: 44 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
分子量理論値: 492.460781 KDa
配列文字列: CCCAACUGCA GACCGUACUC AUCACCGCAU CAGGUCCCCA AGCAUAGAAU GCUCUGGUAC AUAGAGAAA(OMG) G(OMU) ACACUCA GGGAAGUCGG CAAAAUAGAU GCGUAAGUUC GCAAGAAGCA UUGGCUCUGA GGGCAAAGUC AGAGAAAACC GGA AGGCCA ...文字列:
CCCAACUGCA GACCGUACUC AUCACCGCAU CAGGUCCCCA AGCAUAGAAU GCUCUGGUAC AUAGAGAAA(OMG) G(OMU) ACACUCA GGGAAGUCGG CAAAAUAGAU GCGUAAGUUC GCAAGAAGCA UUGGCUCUGA GGGCAAAGUC AGAGAAAACC GGA AGGCCA GUGUCCUCUC GCAUGCAGCC GUUCUUCAGA UGUUGUUUUG GCGCUCGCCG CCUUAGCACG CUGAUAGCGA CUGU ACUGU CGUCUGUGAA GGCUACCUUC CCGAGGCGUC GUAACCCGGC GUCUCACUCU GGCACGGGCC GGUCUUGGCG GGUUC ACGC UCGCCUUGUG CCGCGUCCCA CAAAUUGCCA ACUCAGAACU G(OMC)UUACGGCG GGGAAUCCAA CUGU(A2M)UAA U UAAAACAUAG GUUUGUGAUG CAUCCAAGUG GUGUAUAUCG CAAACUGAUU UCUGCC(OMC)AGU GCUCUGAAUG UCAAC GUGA CGAGAUUCAC CGACGCGCGG GUAAACGGCG GGAGUA(A2M)CUA UGACUCUCUU AAGGUAGCCA A(A2M)UGCCUC (OMG) UCUUCCAAUU AGAGACGCGC AUGAA(OMU)GGAU UAAUG(A2M)G(A2M)UU CCCUCUGU(OMC)C CGAGUU (A2M)CU AUCUAGCGAA (A2M)CGACAGUCA AGGGAACGGA CUUG(A2M)AGGGC UAAGCGG(OMG)GA AAGAAGACCC U (OMG)UUGAGUU UG(A2M)C(OMU)CCAGU CUGGCUCUGU GCGGCGACAU CUGAGGUGUA GUAUAGGUGG AAGCGCAAGC GCAAAUGAA AUACCACCAC UCGGAACGUU GCUUCACUUA UCGAAUGAAG AGACCAAUGG GUUUAGCGUA GUCUUCGGGC U AUGCACCG UCUAGGUUUG GGAGUAAUUU UAUGGCGGUA ACCCCGUCCC CACGGGAAAG GGUGGUGUGC UUUUUUCUGC GU GCGUCUU CACGGGCGUC GCGCGGGCCC CGCUCUUUUU UAUUACGUUU CCUUCGGGGG GCGUGACUCG UGGGUACCCA ACC GUGCUG UAAACUGAAC CAACGGGAUU GCCUCGUGCA GUUCCGGAGU CUUGUUUCGA GACAUCUGCC AGAUGGGGAG UUUG GCUG(OMG) GGCGGCAUAU CUGUUACACG (A2M)CAACGCAGG (OMU)(OMG)UCCUAAGG CGAGCUCAGU GGGAACAGA AAUCUCACGU AGAACACAAG CGUAAAAGCU UGCUUGAUUA ACGAUU(OMU)CCA GUA(OMC)GAAUCG AGACUGCGAA AG CAAGGCC (A2M)GCGAUCCUU UGCGAAGAAU AGGAAAUAUG AACAAAUCAU ACCA(OMG)A(OMG)GUG UCAGAAUAAU U AC(OMC)ACAG(OMG) GAUAACUGGC UUGUGGCGGC CAAGCGUUCA UAGCGACGUC GCUUUUUGAU CCUUCGAUGU CGG (OMC)UCUUC CUAACCUAGC GCCGCAGAAG ACGCUAAGGG UUGGAU(OMU)(OMG)UU CACCCACUG(A2M) CAGGGAAC G UG(A2M)GCUGGGU UUAGA(OMC)CGUC GUGAGACAGG UUGGUUU(OMU)AC CCUACUUAGC UGGAAAUUGC GAGAAAA AG AUUAUCCGUG CAAAGCGGAC GUCGGGUCGU UCUUGGGCCU GGCGAGCGGU GGGUAGUACU UGGUACGCUC AUCACC

+
分子 #45: rRNA gamma

分子名称: rRNA gamma / タイプ: rna / ID: 45 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
分子量理論値: 67.56875 KDa
配列文字列: AGUGGUAA(OMU)G CGAAACACUG CCAGGUAACA AAUCAAUCCU CCCACGGUGA GCUUUCUUUU CACCAUAAUC CACAUC UCC GGCUUUGCUG GGGCUUGGGC CUUUUUACUU CUCGCGUUGU UCGGAGCGGG GGCUCAAGAU UGAAAAAUGC AGCUCUC CC ...文字列:
AGUGGUAA(OMU)G CGAAACACUG CCAGGUAACA AAUCAAUCCU CCCACGGUGA GCUUUCUUUU CACCAUAAUC CACAUC UCC GGCUUUGCUG GGGCUUGGGC CUUUUUACUU CUCGCGUUGU UCGGAGCGGG GGCUCAAGAU UGAAAAAUGC AGCUCUC CC UACGUACUGU CAUUGUUGUG AGUUCUGCGC AUUAACGCAA AAACCUGGGG UGU

+
分子 #46: rRNA delta

分子名称: rRNA delta / タイプ: rna / ID: 46 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
分子量理論値: 59.144129 KDa
配列文字列:
GUGAGAUUGU GAAGGGAUCU CGCAGGUAUC GUGAGGGAAG UAUGGGGUAG UACGAGAGGA ACUCCCAUGC CGU(OMG)CC UCU AGUUUCUGGG GUUUGUCGAA CGGCAAGUGC CCCGAAGCCA UCGCACGGUG GUUCUCGGCU GAACGCCUCU AAGCCAG AA GCCAAUCCCA AGACCAGAUG CCCAC

+
分子 #47: rRNA epsilon

分子名称: rRNA epsilon / タイプ: rna / ID: 47 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
分子量理論値: 42.869438 KDa
配列文字列:
UACGUCCCUC UCCAAACGAG AGAACAUGCA UGGGCUGGCA UGAGCGGCAU GCUUCACUUC GGUGGGGCUC GAGGGGCAUU UACGUCCCG AGGCGCUGAA CCUUGAGGCC UGAAAUUUCA UGCUCAGGGA CACA

+
分子 #48: rRNA zeta

分子名称: rRNA zeta / タイプ: rna / ID: 48 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
分子量理論値: 22.72559 KDa
配列文字列:
AUCGAAUCGC CACCUACAAG ACUGGAGCUU GCUCCCUCGA AGGCGCCAAG UAUAUUCAUG AUCACAAGAC A

+
分子 #49: rRNA 5.8S

分子名称: rRNA 5.8S / タイプ: rna / ID: 49 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
分子量理論値: 54.98957 KDa
配列文字列:
AACGUG(OMU)CGC GAUGGAUGAC UUGGCUUCCU AUUUCGUUGA AG(A2M)ACGCAGU AAAGUGCGAU AAGUGGUAUC AA UU(OMG)CAGA AUCAUUCAAU UACCGAAUCU UUGAACGCAA ACGGCGCAUG GGAGAAGCUC UAUUGUGUCA UCCCCGUGC AUGCCAUAUU CUC(A2M)GUGUCG AAC

+
分子 #50: rRNA 5S

分子名称: rRNA 5S / タイプ: rna / ID: 50 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
分子量理論値: 37.923516 KDa
配列文字列:
GAGUACGACC AUACUUGAGU GAAAACACCA UAUCCCGUCC GAUUUGUGAA GUUAAGCACU CACAGGCUCA GUUAGUACUG AGGUCAGUG AUGACUCGGG AACCCUGAGU GCCGUACUC

+
分子 #51: PAROMOMYCIN

分子名称: PAROMOMYCIN / タイプ: ligand / ID: 51 / コピー数: 10 / 式: PAR
分子量理論値: 615.628 Da
Chemical component information

ChemComp-PAR:
PAROMOMYCIN / パロモマイシン / Antimicrobial, 薬剤*YM / パロモマイシン

+
分子 #52: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 52 / コピー数: 34 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #53: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 53 / コピー数: 1019 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER / 水

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.6
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 1.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 141028

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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