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万見
- EMDB-6999: Cryo-EM structure of T=1 Penaeus vannamei nodavirus -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6999
タイトルCryo-EM structure of T=1 Penaeus vannamei nodavirus
マップデータ
試料
  • ウイルス: Penaeus vannamei nodavirus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid proteinカプシド
キーワードNodaviridae / shrimp nodavirus / VIRUS LIKE PARTICLE (ウイルス様粒子)
機能・相同性Icosahedral viral capsid protein, S domain / Viral coat protein (S domain) / T=3 icosahedral viral capsid / Viral coat protein subunit / structural molecule activity / カプシド
機能・相同性情報
生物種Penaeus vannamei nodavirus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Chen NC / Miyazaki N
資金援助 台湾, 1件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (Taiwan)105-2311-B-213-001-MY3 台湾
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2019
タイトル: The atomic structures of shrimp nodaviruses reveal new dimeric spike structures and particle polymorphism.
著者: Nai-Chi Chen / Masato Yoshimura / Naoyuki Miyazaki / Hong-Hsiang Guan / Phimonphan Chuankhayan / Chien-Chih Lin / Shao-Kang Chen / Pei-Ju Lin / Yen-Chieh Huang / Kenji Iwasaki / Atsushi ...著者: Nai-Chi Chen / Masato Yoshimura / Naoyuki Miyazaki / Hong-Hsiang Guan / Phimonphan Chuankhayan / Chien-Chih Lin / Shao-Kang Chen / Pei-Ju Lin / Yen-Chieh Huang / Kenji Iwasaki / Atsushi Nakagawa / Sunney I Chan / Chun-Jung Chen /
要旨: Shrimp nodaviruses, including (PvNV) and nodaviruses (MrNV), cause white-tail disease in shrimps, with high mortality. The viral capsid structure determines viral assembly and host specificity ...Shrimp nodaviruses, including (PvNV) and nodaviruses (MrNV), cause white-tail disease in shrimps, with high mortality. The viral capsid structure determines viral assembly and host specificity during infections. Here, we show cryo-EM structures of  = 3 and  = 1 PvNV-like particles (PvNV-LPs), crystal structures of the protrusion-domains (P-domains) of PvNV and MrNV, and the crystal structure of the ∆N-ARM-PvNV shell-domain (S-domain) in  = 1 subviral particles. The capsid protein of PvNV reveals five domains: the P-domain with a new jelly-roll structure forming cuboid-like spikes; the jelly-roll S-domain with two calcium ions; the linker between the S- and P-domains exhibiting new cross and parallel conformations; the N-arm interacting with nucleotides organized along icosahedral two-fold axes; and a disordered region comprising the basic -terminal arginine-rich motif (N-ARM) interacting with RNA. The N-ARM controls  = 3 and  = 1 assemblies. Increasing the /-termini flexibility leads to particle polymorphism. Linker flexibility may influence the dimeric-spike arrangement.
履歴
登録2018年7月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年3月20日-
マップ公開2019年3月20日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0425
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0425
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6ab5
  • 表面レベル: 0.0425
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6ab5
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6999.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6999.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.12 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0425 / ムービー #1: 0.0425
最小 - 最大-0.22813772 - 0.39708844
平均 (標準偏差)0.002641407 (±0.01784026)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-160-160-160
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 358.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.121.121.12
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z358.400358.400358.400
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-160-160-160
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.2280.3970.003

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Penaeus vannamei nodavirus

全体名称: Penaeus vannamei nodavirus (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Penaeus vannamei nodavirus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid proteinカプシド

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超分子 #1: Penaeus vannamei nodavirus

超分子名称: Penaeus vannamei nodavirus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 430911 / 生物種: Penaeus vannamei nodavirus / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Litopenaeus vannamei (バナメイエビ)

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分子 #1: Capsid protein

分子名称: Capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Penaeus vannamei nodavirus (ウイルス)
分子量理論値: 40.262168 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKRKPNSNQN NNNNRGNGNG LRRVRGGRVS RRRVVINQSN QSMPVTSNGA PLQALTSYSR PNVNKISRLG PDSDFLTSVV AKASTSIVT PADRILVKQP LSASSFPGTR ITGLSSYWER YKWLSAVARY VPAVPNTVAC QFVMYIDTDP LDDPSNISDD N QIVRQAVS ...文字列:
MKRKPNSNQN NNNNRGNGNG LRRVRGGRVS RRRVVINQSN QSMPVTSNGA PLQALTSYSR PNVNKISRLG PDSDFLTSVV AKASTSIVT PADRILVKQP LSASSFPGTR ITGLSSYWER YKWLSAVARY VPAVPNTVAC QFVMYIDTDP LDDPSNISDD N QIVRQAVS QAGSNQFNFN TSKTVPLIVR ADNQYYYTGV DKQNLRFSLQ GILYIIQVTD LINFNGELIT QDLTCGSLFL DW LVNFSIP QINPTSLTDV RVDKAVNFIK PEVSGVAEIQ TVTGLSPSTS YLLTPAFLEQ NFQSEAGIYI LSATPVEGEG TIS INMDPT VTTVSGFIKV KTDTFGTFDL SVVLTTASKK QTTGFNIIAA TS

UniProtKB: カプシド

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度6 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMHEPESHEPES
300.0 mMNaCl塩化ナトリウムsodium chloride塩化ナトリウム
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: MOLYBDENUM / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 0.01 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.75 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.25 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2806 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

2zzq

初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 3次元分類クラス数: 5 / 平均メンバー数/クラス: 50000 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 70543
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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