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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6968 | |||||||||
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タイトル | Structure of RNA polymerase complex and genome within a dsRNA virus provides insights into the mechanisms of transcription and assembly | |||||||||
マップデータ | Symmetry-mismatch structure of aquareovirus | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral inner capsid / host cytoskeleton / 7-methylguanosine mRNA capping / viral genome replication / カプシド / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / RNA helicase activity / ヘリカーゼ / hydrolase activity ...viral inner capsid / host cytoskeleton / 7-methylguanosine mRNA capping / viral genome replication / カプシド / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / RNA helicase activity / ヘリカーゼ / hydrolase activity / RNA依存性RNAポリメラーゼ / RNA-dependent RNA polymerase activity / structural molecule activity / RNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Grass carp reovirus (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Liu H / Fang Q / Cheng L | |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2018 タイトル: Structure of RNA polymerase complex and genome within a dsRNA virus provides insights into the mechanisms of transcription and assembly. 著者: Xurong Wang / Fuxian Zhang / Rui Su / Xiaowu Li / Wenyuan Chen / Qingxiu Chen / Tao Yang / Jiawei Wang / Hongrong Liu / Qin Fang / Lingpeng Cheng / 要旨: Most double-stranded RNA (dsRNA) viruses transcribe RNA plus strands within a common innermost capsid shell. This process requires coordinated efforts by RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) together ...Most double-stranded RNA (dsRNA) viruses transcribe RNA plus strands within a common innermost capsid shell. This process requires coordinated efforts by RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) together with other capsid proteins and genomic RNA. Here we report the near-atomic resolution structure of the RdRp protein VP2 in complex with its cofactor protein VP4 and genomic RNA within an aquareovirus capsid using 200-kV cryoelectron microscopy and symmetry-mismatch reconstruction. The structure of these capsid proteins enabled us to observe the elaborate nonicosahedral structure within the double-layered icosahedral capsid. Our structure shows that the RdRp complex is anchored at the inner surface of the capsid shell and interacts with genomic dsRNA and four of the five asymmetrically arranged N termini of the capsid shell proteins under the fivefold axis, implying roles for these N termini in virus assembly. The binding site of the RNA end at VP2 is different from the RNA cap binding site identified in the crystal structure of orthoreovirus RdRp λ3, although the structures of VP2 and λ3 are almost identical. A loop, which was thought to separate the RNA template and transcript, interacts with an apical domain of the capsid shell protein, suggesting a mechanism for regulating RdRp replication and transcription. A conserved nucleoside triphosphate binding site was localized in our RdRp cofactor protein VP4 structure, and interactions between the VP4 and the genomic RNA were identified. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_6968.map.gz | 2.3 GB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-6968-v30.xml emd-6968.xml | 14.4 KB 14.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_6968.png | 256.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6968 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6968 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_6968.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.7 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Symmetry-mismatch structure of aquareovirus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.932 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Grass carp reovirus
全体 | 名称: Grass carp reovirus (ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Grass carp reovirus
超分子 | 名称: Grass carp reovirus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 128987 / 生物種: Grass carp reovirus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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Host system | 生物種: Ctenopharyngodon idella (ソウギョ) |
-分子 #1: VP3
分子 | 名称: VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Grass carp reovirus (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 132.203312 KDa |
組換発現 | 生物種: Ctenopharyngodon idella (ソウギョ) |
配列 | 文字列: MPRRSARKAQ SAIASPADTN VVPAKDAPTT NSPPSTTSPN QAAADANQQQ AGIVSSQSGP NAVGDSAPSS SVNNDGDIIT RPTSDSIAA VANATKPAAV VSDPQSMKVT PIVNPSSYVC NVCNARFSTM SALSEHLRSD HRDDASTLLA TPMINNAIRS F LTAWDDIR ...文字列: MPRRSARKAQ SAIASPADTN VVPAKDAPTT NSPPSTTSPN QAAADANQQQ AGIVSSQSGP NAVGDSAPSS SVNNDGDIIT RPTSDSIAA VANATKPAAV VSDPQSMKVT PIVNPSSYVC NVCNARFSTM SALSEHLRSD HRDDASTLLA TPMINNAIRS F LTAWDDIR ILSPDVSSKS LSAYLDSAVA NGPELIIEDT GLCTSFMLLD NIPSAHLTKE LIGFTWFMQM YQMTPPLPEG AV NRIVCMT NWASLGDEGR GLEVRLPPPT DSSVHAYKTV LSRGYIDNAQ FNPLALRSNV LLMLLQFTLS NLKINKSSTF TSD VTTITS GRMIRAFEGR PELLALAYPG RAVLPTQTKN AQFLSTAIAD RIGRLDRANL IGGEVSAMVE CMELCDALTL HIRE TYIML LRSMHQDPTQ IVQIVNECAN NLLNSTIPIS LRPTILCPWF ASSEDLRLQQ VMHLVNISSN TAAALPLVEA LSTLL RSVT PLVLDPTVLT NAITTISEST TQTISPISEI LRLLQPMGND YAAFWKCIAS WAYNGLVTTV LSEDAFPDSS QSITHL PSM WKCLFLTLAG PMTSDPHSPV KVFMALANLL AQPEPIAIGV PGMHQTTPAS QFSHPGVWPP GFLNPQLINP QQAPLLR AF AEHIRANWPQ PSEFGYGSTL QGSANLFIPS NRMVYPWPNQ PLPRLTVAPT YDSAMSNWIS TTIAFFIRVV NSVNMTAT V NDLTRRTMTG VMTAMRQVKT MTPFYIQHMC PTELSVLASV TVTPPFQVPF TRLVQNDVIT NVLVARVDPA QRGDAAVDI RATHATFAAA LPVDPAAIVV AMLCGQTETN LIPSHHYGKA FAPLFASNAM FTRNQRAVIT REAFVCARSA VAQCQDAGFL VPRPLDALR QFDVTSAAAA EIMHAVNDAF KTAFDLDGAL LDGLALYGDP RIADLSAAYL QYGGNVVREH VPPGPSHIHR A LQQVESTF MAEMNLFNVA RGNLYLVQTA TNGNWSPMAP VAAPPFVRGG PNVRVVGRFG TIVPRPNGLE PQLIDDGNVP RD IAGDWVY PSDVLQVSVA VFRDYVWPMV KAGRTRVLVE LGHYVYTLHY YDPQISLDEA PILEEWLSKI NPAGIPPVPF CIP IPQVYP CITARRVHYA FTSENNNDSL FSTNAASIDT AFGENAAVSP LRWPGLVDPN YRVGTNDLPN RITLYNSLYR YNFT YPTLD GIMYVRSAT |
-分子 #2: VP2
分子 | 名称: VP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Grass carp reovirus (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 141.685438 KDa |
組換発現 | 生物種: Ctenopharyngodon idella (ソウギョ) |
配列 | 文字列: MEELFNALPQ PLQQLSLALA GEIPLTDHIF EQAASTWHVQ PRSLTYKLLD HIPFATPVVV PPSIYHSLDW SKCFAVNQDR VERIPTIDN PDDVYVPNSD IGPLLTSLHT IPDYGFLHPT IENDATTLRA ERARCASTFY KIASSQARQV KLDPIRMLGF L LLVQARPR ...文字列: MEELFNALPQ PLQQLSLALA GEIPLTDHIF EQAASTWHVQ PRSLTYKLLD HIPFATPVVV PPSIYHSLDW SKCFAVNQDR VERIPTIDN PDDVYVPNSD IGPLLTSLHT IPDYGFLHPT IENDATTLRA ERARCASTFY KIASSQARQV KLDPIRMLGF L LLVQARPR VPSGLVTDQP TRRDPTLSPA LHAIWQVMQY YKVAGVYYAP ALVVPSGAIW WIPPPGKRNV VSVQYLLTDL IS LAILAHM TDMSPTLELT GVLMYLRAAS SHSYAYTLLQ MKSVFPALSL RSMYRNKGFG GKAPAIEWTE PRSKYKFRWT GVT QLHDGL RPRSPSMDVP TLETLAKYEL VDIGHTIIRE RNAHPQHNHD SVRFVRDVMA LTSGMYLVRQ PTMSVLREYS QVPD IKDPI PPSAWTGPIG NVRYLLPSVQ GPARHLYDTW RAAARQIAQD PQWHDPLNQA IMRAQYVTAR GGSSASLKFA LKVTG IVLP EYDDSKVKKS SKIYQAAQIA RIAFMLLIAA IHAEVTMGIR NQVQRRARSI MPLNVIQQAI SAPHTLVANY INKHMN LST TSGSVVTDKV IPLILYASTP PNTVVNVDIK ACDASITYNY FLSVICGAMH EGFEVGNADA AFMGVPSTIV SDRRSPV AP YSRPISGLQT MVQHLADLYA AGFRYSVSDA FSSGNKFSFP TSTFPSGSTA TSTEHTANNS TMMEYFLNVH APSHVKSA S LKRILTDMTI QRNYVCQGDD GILLLPHEAA SKISADDMNE LLTCLRDYGQ LFGWNYDIDW SDTAEYLKLY ALMGCRIPN TSRHPPVGKE YAAPQTDEIW PSLIDIVIGH HLNGVTDVLN WREWLRFSWA FACYSSRGGY TNPRGQSFSA QYPWWTFVYL GIPPILLPG QTPFIHSCYM PPGDQGMFSI LNGWRDWLIS HASTTLPPLR HNHPVWGLSD VPSLLSQFGV YAGYHAAQHY R RPKPAPET ASSDSINQIT SDLTEYLFYD SALKARVMKG RYNWERLSSS LSLNVGSRVP SLFDVPGKWV AAGRDAEKPP PS SVEDMFT SLNRCIRRPT HSFSRLLELY LRVHVALGES IPLAIDPDVP QVAGADPAND DHWFKYTCLG DIPSATRNYF GES LFVGRV VSGLDVEAVD ATLLRLKILG APPEAFIAVL NGIGMSDSEA HQIAGRISLA NAQLVQIARV VHLSIPSSWM TLNT GPYIH HHAYDFKPGI TQPSAKSRDK SIWMSPILKL LCTSYAMTVA GPVRTSIVTE IDGSAAALSG NLRVWMRDV |
-分子 #3: Putative core protein NTPase/VP5
分子 | 名称: Putative core protein NTPase/VP5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Grass carp reovirus (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 80.381516 KDa |
組換発現 | 生物種: Ctenopharyngodon idella (ソウギョ) |
配列 | 文字列: MITIVVIPTA HFSWTDTNFL NSVDYRLTSQ PKIRDRFAVY APGWLRRQLD EFSASLTASE LLQALQTIPI PVKARCLLLP KPKRFAQWL LDVPSANIWH IPVTTLRATV ASKHPSSDVY NYIPDHVPPN AEFDTVTRRV AAGRDIYVRS TKVIGAPLCL A APAKYYAG ...文字列: MITIVVIPTA HFSWTDTNFL NSVDYRLTSQ PKIRDRFAVY APGWLRRQLD EFSASLTASE LLQALQTIPI PVKARCLLLP KPKRFAQWL LDVPSANIWH IPVTTLRATV ASKHPSSDVY NYIPDHVPPN AEFDTVTRRV AAGRDIYVRS TKVIGAPLCL A APAKYYAG YLSTHQLDGI YPENWAPDNF HKREFCLTIL PSLLGPRTFL LDVDADRDAS YPLSVLWPQL RALALKSRLL LP PVALLRR VVDPGLKPTW SADSDAAFRA LRLSRPSSAS KPVGFDFSAL PVVDIICLLE SEPDDHGRIA PGTRLTIHSV PTD LLTSLS IQEGVRYPLR QESGMFVHWV LLALLMSDDV TISGTRRSVK LETAHASARP FVHITVERCA SARIIDVRGS PAMY ANAVC LTLPKGSYKS TIIDTLPAMF SDLPILEQAA VIDSDALGDS LRPSFETQFL ERLENLDPNL LDRAVASILS PTSDT SDDA VTTVLDAFNA LYREIMTPAQ RARLPLLTQQ GRVLAFAHSD YELLSANIPI QVVRGSIPID HVVNLLARRN RVGGTA LQV LLDYCYRTQA SPLAPTPAGR LYKQLFGPWL MVPRLSEPLI KLRLVASAPA KVLRAAGWTI DGDPPLEVSC LCAYVTD RA AATALIERRL DSRALVTVGG DQLMFVEYAP PLPLVSIPRT FLLPVTYVVH WVPPQRVLLN GGNVSFTSGL EWTFDDDP Q VVTSTGV |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI ARCTICA |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 平均電子線量: 25.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期 角度割当 | タイプ: COMMON LINE |
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最終 角度割当 | タイプ: COMMON LINE |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 41000 |