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- EMDB-6932: Structure of photosystem I supercomplex with light-harvesting com... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6932
タイトルStructure of photosystem I supercomplex with light-harvesting complexes I and II光化学系I
マップデータ
試料
  • 複合体: Supercomplex of plant PSI-LHCI-LHCII from Zea Mays
    • タンパク質・ペプチド: x 20種
  • リガンド: x 13種
機能・相同性
機能・相同性情報


葉緑体 / チラコイド / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosynthesis, light harvesting / chloroplast envelope / photosystem I reaction center / 光化学系I / photosynthetic electron transport in photosystem I / : / 光化学系I ...葉緑体 / チラコイド / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosynthesis, light harvesting / chloroplast envelope / photosystem I reaction center / 光化学系I / photosynthetic electron transport in photosystem I / : / 光化学系I / 光化学系II / 色素体 / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / response to light stimulus / 光合成 / 葉緑体 / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / membrane => GO:0016020 / magnesium ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem I reaction centre subunit N, chloroplastic / Photosystem I reaction centre subunit N (PSAN or PSI-N) / : / Photosystem I PsaO / Photosystem I PsaH, reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction center subunit V / Photosystem I reaction center subunit psaK, plant / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK, plant / Photosystem I PsaG/PsaK domain, chloroplastic ...Photosystem I reaction centre subunit N, chloroplastic / Photosystem I reaction centre subunit N (PSAN or PSI-N) / : / Photosystem I PsaO / Photosystem I PsaH, reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction center subunit V / Photosystem I reaction center subunit psaK, plant / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK, plant / Photosystem I PsaG/PsaK domain, chloroplastic / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I PsaD / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / PsaD / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I reaction center subunit IV A / Photosystem I reaction center subunit II / 16kDa membrane protein / PSI-F / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / PSI subunit V / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic ...Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I reaction center subunit IV A / Photosystem I reaction center subunit II / 16kDa membrane protein / PSI-F / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / PSI subunit V / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / PSI-K / Photosystem I reaction center subunit N / PSI-G / Photosystem I reaction center subunit VI, chloroplastic / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Chlorophyll a-b binding protein 1, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I reaction center subunit IX
類似検索 - 構成要素
生物種Zea mays (トウモロコシ) / Maize (トウモロコシ) / maize (トウモロコシ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Pan XW / Ma J / Su XD / Cao P / Liu ZF / Zhang XZ / Li M
資金援助 中国, 10件
OrganizationGrant number国
National Thousand (Young) Talents Program 中国
the National Key R&D Program of China2017YFA0503702 中国
the National Key R&D Program of China2016YFA0502900 中国
the National Key R&D Program of China2017YFA0504700 中国
the Strategic Priority Research Program of CASXDB08030204 中国
the Strategic Priority Research Program of CASXDB08020302 中国
National Natural Science Foundation of China31770778 中国
the Key Research Program of Frontier Sciences of CASQYZDB-SSW-SMC005 中国
National Natural Science Foundation of China31600609 中国
National Natural Science Foundation of China31700649 中国
引用ジャーナル: Science / 年: 2018
タイトル: Structure of the maize photosystem I supercomplex with light-harvesting complexes I and II.
著者: Xiaowei Pan / Jun Ma / Xiaodong Su / Peng Cao / Wenrui Chang / Zhenfeng Liu / Xinzheng Zhang / Mei Li /
要旨: Plants regulate photosynthetic light harvesting to maintain balanced energy flux into photosystems I and II (PSI and PSII). Under light conditions favoring PSII excitation, the PSII antenna, light- ...Plants regulate photosynthetic light harvesting to maintain balanced energy flux into photosystems I and II (PSI and PSII). Under light conditions favoring PSII excitation, the PSII antenna, light-harvesting complex II (LHCII), is phosphorylated and forms a supercomplex with PSI core and the PSI antenna, light-harvesting complex I (LHCI). Both LHCI and LHCII then transfer excitation energy to the PSI core. We report the structure of maize PSI-LHCI-LHCII solved by cryo-electron microscopy, revealing the recognition site between LHCII and PSI. The PSI subunits PsaN and PsaO are observed at the PSI-LHCI interface and the PSI-LHCII interface, respectively. Each subunit relays excitation to PSI core through a pair of chlorophyll molecules, thus revealing previously unseen paths for energy transfer between the antennas and the PSI core.
履歴
登録2018年3月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年6月20日-
マップ公開2018年6月20日-
更新2019年11月6日-
現状2019年11月6日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 原子モデル: PDB-5zji
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6932.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6932.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.05 / ムービー #1: 0.05
最小 - 最大-0.11124071 - 0.29227716
平均 (標準偏差)0.0006920389 (±0.011263453)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-140-140-140
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 296.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.061.061.06
M x/y/z280280280
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z296.800296.800296.800
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-140-140-140
NC/NR/NS280280280
D min/max/mean-0.1110.2920.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Supercomplex of plant PSI-LHCI-LHCII from Zea Mays

全体名称: Supercomplex of plant PSI-LHCI-LHCII from Zea Mays
要素
  • 複合体: Supercomplex of plant PSI-LHCI-LHCII from Zea Mays
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: photosystem I subunit VII光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit II光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IV A光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit III光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit V光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit VI, chloroplastic光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit VIII光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IX光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit psaK光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit XI光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: 16kDa membrane protein
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit N光化学系I
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein 1, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
  • リガンド: CHLOROPHYLL B
  • リガンド: CHLOROPHYLL Aクロロフィルa
  • リガンド: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
  • リガンド: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
  • リガンド: BETA-CAROTENEΒ-カロテン
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: CHLOROPHYLL A ISOMER
  • リガンド: PHYLLOQUINONEフィロキノン
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER鉄・硫黄クラスター
  • リガンド: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
  • リガンド: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL

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超分子 #1: Supercomplex of plant PSI-LHCI-LHCII from Zea Mays

超分子名称: Supercomplex of plant PSI-LHCI-LHCII from Zea Mays / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#20
由来(天然)生物種: Zea mays (トウモロコシ)

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分子 #1: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Maize (トウモロコシ)
分子量理論値: 26.335127 KDa
配列文字列: MVMASSSGLR SCSAVGVPSL LAPSSRSGRL APFCANATTS GRVTMSAEWM PGQPRPAHLD GSSPGDFGFD PLGLATVPEN FERFKESEV YHCRWAMLAV PGILVPEALG LGNWVKAQEW AAVPGGQATY LGAPVPWGTL PTILVIEFVA IAFAEHQRTM E KDPEKKKY ...文字列:
MVMASSSGLR SCSAVGVPSL LAPSSRSGRL APFCANATTS GRVTMSAEWM PGQPRPAHLD GSSPGDFGFD PLGLATVPEN FERFKESEV YHCRWAMLAV PGILVPEALG LGNWVKAQEW AAVPGGQATY LGAPVPWGTL PTILVIEFVA IAFAEHQRTM E KDPEKKKY PGGAFDPLGF SKDPAKFEEY KLKEIKNGRL AMLAFVGFCV QQSAYPGTGP LENLASHLAD PWHNNIGDII IP RSISP

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分子 #2: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Maize (トウモロコシ)
分子量理論値: 29.237975 KDa
配列文字列: MALVSASSSS TTAVAALPRN GQQRASSSLF SSSSSSSFLV GKTLLRQAEA ARPSFAVRAA ADSDRPIWFP GSTPPPWLDG SLPGDFGFD PWGLGSDPES LRWNVQAELV HCRWAMLGAA GIFIPEFLTK IGVLNTPFWY TAGEQQYFTD TTTLFIIELI L IGWAEGRR ...文字列:
MALVSASSSS TTAVAALPRN GQQRASSSLF SSSSSSSFLV GKTLLRQAEA ARPSFAVRAA ADSDRPIWFP GSTPPPWLDG SLPGDFGFD PWGLGSDPES LRWNVQAELV HCRWAMLGAA GIFIPEFLTK IGVLNTPFWY TAGEQQYFTD TTTLFIIELI L IGWAEGRR WADIIKPGSV NTDPIFPSNK LTGTDVGYPG GLWFDPLGWG SGSPEKIKEL RTKEIKNGRL AMLAVMGAWF QA EYTGTGP IDNLFAHLAD PGHATIFQAF TPK

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分子 #3: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Maize (トウモロコシ)
分子量理論値: 29.011234 KDa
配列文字列: MAAQALLSGR QLLGRPVQSA VSRSSARKAP FVVRASSSPP AKQGADRQLW FASKQSLSYL DGTLPGDYGF DPLGLSDPEG TGGFIEPKW LAYGEVINGR YAMLGAVGAI APEIFGKMGI IPPETALPWF KTGVIPPAGT YNYWADSYTL FVFNMALMGF A EHRRLQDW ...文字列:
MAAQALLSGR QLLGRPVQSA VSRSSARKAP FVVRASSSPP AKQGADRQLW FASKQSLSYL DGTLPGDYGF DPLGLSDPEG TGGFIEPKW LAYGEVINGR YAMLGAVGAI APEIFGKMGI IPPETALPWF KTGVIPPAGT YNYWADSYTL FVFNMALMGF A EHRRLQDW YNPGSMGKQY FLGLEKFLAG SGDPSYPGGP LFNPLGFGKT EKEMNELKLK EIKNGRLAML AILGYFIQGL VT GVGPFQN LLDHLADPVN NNVLTSLKFH

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分子 #4: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Maize (トウモロコシ)
分子量理論値: 27.406082 KDa
配列文字列: MASVTARAPV AALRPSASLK SSSSSAAAFL GHSSRLGRTA TASPTRRSLK AEAKGEWLPG LPSPAYLDGS LPGDNGFDPL GLAEDPENL RWYVQAELVN GRWAMLGVAG MLIPEVLTKA GLINAPQWYD AGKSEYFASS STLFVIEFIL FHYVEIRRWQ D IKNPGSVN ...文字列:
MASVTARAPV AALRPSASLK SSSSSAAAFL GHSSRLGRTA TASPTRRSLK AEAKGEWLPG LPSPAYLDGS LPGDNGFDPL GLAEDPENL RWYVQAELVN GRWAMLGVAG MLIPEVLTKA GLINAPQWYD AGKSEYFASS STLFVIEFIL FHYVEIRRWQ D IKNPGSVN QDPIFKSYSL PPHECGYPGS VFNPLNFAPT LEAKEKELAN GRLAMLAFLA FLIQHNVTGK GPFDNLLQHL SD PWHNTII QTLSG

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分子 #5: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 光化学系I
由来(天然)生物種: Maize (トウモロコシ)
分子量理論値: 83.193156 KDa
配列文字列: MIIRSSEPEV KIAVDRDPIK TSFEEWARPG HFSRTIAKGP DTTTWIWNLH ADAHDFDSHT GDLEEISRKV FSAHFGQLSI IFLWLSGMY FHGARFSNYE AWLSDPTHIG PSAQVVWPIV GQEILNGDVG GGFRGIQITS GFFQIWRASG ITSELQLYCT A IGALIFAS ...文字列:
MIIRSSEPEV KIAVDRDPIK TSFEEWARPG HFSRTIAKGP DTTTWIWNLH ADAHDFDSHT GDLEEISRKV FSAHFGQLSI IFLWLSGMY FHGARFSNYE AWLSDPTHIG PSAQVVWPIV GQEILNGDVG GGFRGIQITS GFFQIWRASG ITSELQLYCT A IGALIFAS LMLFAGWFHY HKAAPKLAWF QDVESMLNHH LAGLLGLGSL SWAGHQIHVS LPINQFLDAG VDPKEIPLPH EF ILNRDLL AQLYPSFAEG ATPFFTLNWS KYAEFLSFRG GLDPITGGLW LSDIAHHHLA IAILFLIAGH MYRTNWGIGH GLK DILEAH KGPFTGQGHK GLYEILTTSW HAQLSLNLAM LGSTTIVVAH HMYSMPPYPY LATDYGTQLS LFTHHMWIGG FLIV GAAAH AAIFMVRDYD PTTRYNDLLD RVLRHRDAII SHLNWVCIFL GFHSFGLYIH NDTMSALGRP QDMFSDAAIQ LQPIF AQWI QNIHAGAPGV TAPGATTSTS LTWGGGELVA IGGKVALLPI PLGTADFLVH HIHAFTIHVT VLILLKGVLF ARSSRL IPD KANLGFRFPC DGPGRGGTCQ VSAWDHVFLG LFWMYNSISV VIFHFSWKMQ SDVWGTISDQ GIVTHITGGN FAQSSIT IN GWLRDFLWAQ ASQVIQSYGS SLSAYGLFFL GAHFVWAFSL MFLFSGRGYW QELIESIVWA HNKLKVAPAT QPRALSII Q GRAVGVTHYL LGGIATTWAF FLARIIAVG

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分子 #6: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 光化学系I
由来(天然)生物種: maize (トウモロコシ)
分子量理論値: 82.648797 KDa
配列文字列: MELRFPRFSQ GLAQDPTTRR IWFGIATAHD FESHDDITEE RLYQNIFASH FGQLAIIFLW TSGNLFHVAW QGNFESWIQD PLHVRPIAH AIWDPHFGQP AVEAFTRGGA AGPVNIAYSG VYQWWYTIGL RTNEDLYTGA LFLLFLSTLS LIGGWLHLQP K WKPSLSWF ...文字列:
MELRFPRFSQ GLAQDPTTRR IWFGIATAHD FESHDDITEE RLYQNIFASH FGQLAIIFLW TSGNLFHVAW QGNFESWIQD PLHVRPIAH AIWDPHFGQP AVEAFTRGGA AGPVNIAYSG VYQWWYTIGL RTNEDLYTGA LFLLFLSTLS LIGGWLHLQP K WKPSLSWF KNAESRLNHH LSGLFGVSSL AWTGHLVHVA IPGSRGEYVR WNNFLDVLPY PQGLGPLLTG QWNLYAQNPD SS NHLFGTT QGAGTAILTL LGGFHPQTQS LWLTDIAHHH LAIAFIFLIA GHMYRTNFGI GHSIKDLLEA HTPPGGRLGR GHK GLYDTI NNSIHFQLGL ALASLGVITS LVAQHMYSLP AYAFIAQDFT TQAALYTHHQ YIAGFIMTGA FAHGAIFFIR DYNP EQNED NVLARMLDHK EAIISHLSWA SLFLGFHTLG LYVHNDVMLA FGTPEKQILI EPIFAQWIQS AHGKTTYGFD ILLSS TNGP AFNAGRNIWL PGWLNAVNEN SNSLFLTIGP GDFLVHHAIA LGLHTTTLIL VKGALDARGS KLMPDKKDFG YSFPCD GPG RGGTCDISAW DAFYLAVFWM LNTIGWVTFY WHWKHITLWQ GNVSQFNESS TYLMGWLRDY LWLNSSQLIN GYNPFGM NS LSVWAWMFLF GHLVWATGFM FLISWRGYWQ ELIETLAWAH ERTPLANLIR WRDKPVALSI VQARLVGLAH FSVGYIFT Y AAFLIASTSG KFG

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分子 #7: photosystem I subunit VII

分子名称: photosystem I subunit VII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: maize (トウモロコシ)
分子量理論値: 8.909345 KDa
配列文字列:
MSHSVKIYDT CIGCTQCVRA CPTDVLEMIP WDGCKAKQIA SAPRTEDCVG CKRCESACPT DFLSVRVYLG PETTRSMALS Y

+
分子 #8: Photosystem I reaction center subunit II

分子名称: Photosystem I reaction center subunit II / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Maize (トウモロコシ)
分子量理論値: 21.603672 KDa
配列文字列: MAMATQASAA TRHLLAAAWA PAAKPRQLSS QLALPSSSSR GPAPLRASTE EAVEAPKGFV APQLDPSTPS PIFGGSTGGL LRKAQVEEF YVITWTSPKE QVFEMPTGGA AIMREGPNLL KLARKEQCLA LGTRLRSKYK ITYQFYRVFP NGEVQYLHPK D GVYPEKVN ...文字列:
MAMATQASAA TRHLLAAAWA PAAKPRQLSS QLALPSSSSR GPAPLRASTE EAVEAPKGFV APQLDPSTPS PIFGGSTGGL LRKAQVEEF YVITWTSPKE QVFEMPTGGA AIMREGPNLL KLARKEQCLA LGTRLRSKYK ITYQFYRVFP NGEVQYLHPK D GVYPEKVN PGREGVGQNF RSIGKNVNPI DVKFTGKATF D

+
分子 #9: Photosystem I reaction center subunit IV A

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IV A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Maize (トウモロコシ)
分子量理論値: 14.429237 KDa
配列文字列:
MASTNMASAT SRFMLAAGVP TGSSGGRVNF ASAPNRLGRR LVARADNEAA AAEAAEGEGA VATKPKAEKP PPIGPKRGAK VKILRRESY WYNGIGNVVT VDQDPNTRYP VVVRFNKVNY AGVSTNNYAL DEVSEVK

+
分子 #10: Photosystem I reaction center subunit III

分子名称: Photosystem I reaction center subunit III / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Maize (トウモロコシ)
分子量理論値: 23.833559 KDa
配列文字列: MAALAAASTA AFAAKPRARL SVACSAATGD SSSVSLASSV KTFSAALALS SVLLSSAATS PPPAAADIAG LTPCKESKAF AKREKNSIK KLTASLKKYA PDSAPALAIN ATIEKTKRRF ENYGKFGLLC GADGLPHLIV SGDQRHWGEF VTPGLLFLYI A GWIGWVGR ...文字列:
MAALAAASTA AFAAKPRARL SVACSAATGD SSSVSLASSV KTFSAALALS SVLLSSAATS PPPAAADIAG LTPCKESKAF AKREKNSIK KLTASLKKYA PDSAPALAIN ATIEKTKRRF ENYGKFGLLC GADGLPHLIV SGDQRHWGEF VTPGLLFLYI A GWIGWVGR SYLIAISGEK KPAMREIIID VELATRLLPR GFIWPVAAYR ELINGDLVVD DKDIGYY

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分子 #11: Photosystem I reaction center subunit V

分子名称: Photosystem I reaction center subunit V / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Maize (トウモロコシ)
分子量理論値: 15.329372 KDa
配列文字列:
MAATSTAAAV LSPPSVAGLR LAPSPGRARV SFRAAPAPAR RSVAARAELS SALVISLSTG VSLFLGRFVF FNFQRENVAK QVPAQNGKT HFDAGDERAK EFAALLKSND PVGFNLVDVL AWGSLGHIVA YYILATSSNG YDPNFF

+
分子 #12: Photosystem I reaction center subunit VI, chloroplastic

分子名称: Photosystem I reaction center subunit VI, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Maize (トウモロコシ)
分子量理論値: 14.948259 KDa
配列文字列:
MASLAAVSVK PVAIKGLAGS SISGRKLAVA RPSARSIRRP RAAAVVAKYG DKSVYFDLDD IGNTTGQWDL YGSDAPSPYN PLQSKFFET FAAPFTKRGL LLKFLLLGGG SLLAYVSASA SPDLLPIKKG PQEPPQPGPR GKI

+
分子 #13: Photosystem I reaction center subunit VIII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit VIII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Maize (トウモロコシ)
分子量理論値: 4.029889 KDa
配列文字列:
MTDFNLPSIF VPLVGLVFPA IAMTSLFLYV QKNKIV

+
分子 #14: Photosystem I reaction center subunit IX

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Maize (トウモロコシ)
分子量理論値: 4.74762 KDa
配列文字列:
MRDIKTYLSV APVLSTLWFG ALAGLLIEIN RLFPDALSFP FF

+
分子 #15: Photosystem I reaction center subunit psaK

分子名称: Photosystem I reaction center subunit psaK / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Maize (トウモロコシ)
分子量理論値: 13.668812 KDa
配列文字列:
MASQLSAAVP RFHGLRGYAA PRSAVAALPS VRVGRKRSSS QGIRCDYIGS ATNLIMVTTT TLMLFAGRFG LAPSANRKAT AGLKLEARD SGLQTGDPAG FTLADTLACG AVGHILGVGI VLGLKNTGAL DQIIG

+
分子 #16: Photosystem I reaction center subunit XI

分子名称: Photosystem I reaction center subunit XI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Maize (トウモロコシ)
分子量理論値: 22.347809 KDa
配列文字列: MATAYAPMAS QVMKSSLVVH SRPRGLSGAA ALTRRPGRFT VKAIQPEKAT YQVVQPINGD PFIGSLETPV TSSPLVAWYL SNLPAYRTA VSPLLRGVEV GLAHGYLLVG PFALTGPLRS TPVHGQAGAL GAAGLVAILS VCLTMYGVAS FNEGDPSTAP S LTLTGRKK ...文字列:
MATAYAPMAS QVMKSSLVVH SRPRGLSGAA ALTRRPGRFT VKAIQPEKAT YQVVQPINGD PFIGSLETPV TSSPLVAWYL SNLPAYRTA VSPLLRGVEV GLAHGYLLVG PFALTGPLRS TPVHGQAGAL GAAGLVAILS VCLTMYGVAS FNEGDPSTAP S LTLTGRKK EADKLQTSDG WAKFTGGFFF GGISGVLWAY FLLYVLDLPY FFK

+
分子 #17: 16kDa membrane protein

分子名称: 16kDa membrane protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Maize (トウモロコシ)
分子量理論値: 14.381669 KDa
配列文字列:
MHLLASCCFT RGSRVSARNP LMSRNLERNG RITCMTFPRD WLRRDLSVIG FGLIGWMGPS SVPAINGNSL TGLFFSSIGQ ELAHFPTPP PVTSQFWLWL VTWHLGLFIV LTFGQIGFKG RTEDYFEK

+
分子 #18: Photosystem I reaction center subunit N

分子名称: Photosystem I reaction center subunit N / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Maize (トウモロコシ)
分子量理論値: 15.663827 KDa
配列文字列:
MNSSFIGLKP AAAAAQATAA ASSPMKQQQV QVAPQSRRAA LLGLAAVFAV TATTAGSAKA GVFDEYLEKS KANKELNDKK RMATSAANF ARAYTVEFGS CQFPYNFTGC QDLAKQKKVP FLSDDLEIEC EGKEKFKCGS NVFWKW

+
分子 #19: Chlorophyll a-b binding protein 1, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein 1, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Maize (トウモロコシ)
分子量理論値: 24.879148 KDa
配列文字列: RKTVGKPKVA ASGSPWYGPD RVKYLGPFSG EPPSYLTGEF PGDYGWDTAG LSADPETFAK NRELEVIHSR WAMLGALGCV FPELLSRNG VKFGEAVWFK AGSQIFSEGG LDYLGNPSLI HAQSILAIWA CQVVLMGAVE GYRIAGGPLG EVVDPLYPGG S FDPLGLAD ...文字列:
RKTVGKPKVA ASGSPWYGPD RVKYLGPFSG EPPSYLTGEF PGDYGWDTAG LSADPETFAK NRELEVIHSR WAMLGALGCV FPELLSRNG VKFGEAVWFK AGSQIFSEGG LDYLGNPSLI HAQSILAIWA CQVVLMGAVE GYRIAGGPLG EVVDPLYPGG S FDPLGLAD DPEAFAELKV KELKNGRLAM FSMFGFFVQA IVTGKGPLEN LADHIADPVN NNAWAYATNF VPGN

+
分子 #20: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Maize (トウモロコシ)
分子量理論値: 24.7809 KDa
配列文字列: RR(TPO)VKSVPQS IWYGPDRPKY LGPFSEQTPS YLTGEFPGDY GWDTAGLSAD PETFARNREL EVIHSRWAML GALGCV FPE ILAKNGVKFG EAVWFKAGAQ IFSEGGLDYL GNPNLVHAQS ILAIWACQVV LMGFVEGYRV GGGPLGEGLD KVYPGGA FD ...文字列:
RR(TPO)VKSVPQS IWYGPDRPKY LGPFSEQTPS YLTGEFPGDY GWDTAGLSAD PETFARNREL EVIHSRWAML GALGCV FPE ILAKNGVKFG EAVWFKAGAQ IFSEGGLDYL GNPNLVHAQS ILAIWACQVV LMGFVEGYRV GGGPLGEGLD KVYPGGA FD PLGLADDPDT AAELKVKELK NGRLAMFSMF GFFVQAIVTG KGPIENLFDH VADPVANNAW AYATNFVPGN

+
分子 #21: CHLOROPHYLL B

分子名称: CHLOROPHYLL B / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 30 / 式: CHL
分子量理論値: 907.472 Da
Chemical component information

ChemComp-CHL:
CHLOROPHYLL B / Chlorophyll b

+
分子 #22: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 171 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A / クロロフィルa

+
分子 #23: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL

分子名称: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 11 / 式: LUT
分子量理論値: 568.871 Da
Chemical component information

ChemComp-LUT:
(3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / ルテイン

+
分子 #24: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BE...

分子名称: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 7 / 式: XAT
分子量理論値: 600.87 Da
Chemical component information

ChemComp-XAT:
(3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / 13-cis-ビオラキサンチン / ビオラキサンチン

+
分子 #25: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 26 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / β-カロチン / Β-カロテン

+
分子 #26: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 8 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM / Phosphatidylglycerol

+
分子 #27: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 27 / コピー数: 5 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #28: CHLOROPHYLL A ISOMER

分子名称: CHLOROPHYLL A ISOMER / タイプ: ligand / ID: 28 / コピー数: 1 / 式: CL0
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CL0:
CHLOROPHYLL A ISOMER / クロロフィルa

+
分子 #29: PHYLLOQUINONE

分子名称: PHYLLOQUINONE / タイプ: ligand / ID: 29 / コピー数: 2 / 式: PQN
分子量理論値: 450.696 Da
Chemical component information

ChemComp-PQN:
PHYLLOQUINONE / フィロキノン / フィロキノン

+
分子 #30: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 30 / コピー数: 3 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄 / 鉄・硫黄クラスター

+
分子 #31: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 31 / コピー数: 2 / 式: LMU
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMU:
DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE / 可溶化剤*YM

+
分子 #32: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 32 / コピー数: 2 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

+
分子 #33: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY...

分子名称: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5- ...名称: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL
タイプ: ligand / ID: 33 / コピー数: 3 / 式: NEX
分子量理論値: 600.87 Da
Chemical component information

ChemComp-NEX:
(1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: COMMON LINE
最終 角度割当タイプ: COMMON LINE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 635845

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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