+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6932 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of photosystem I supercomplex with light-harvesting complexes I and II光化学系I | |||||||||||||||||||||||||||||||||
マップデータ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 葉緑体 / チラコイド / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosynthesis, light harvesting / chloroplast envelope / photosystem I reaction center / 光化学系I / photosynthetic electron transport in photosystem I / : / 光化学系I ...葉緑体 / チラコイド / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosynthesis, light harvesting / chloroplast envelope / photosystem I reaction center / 光化学系I / photosynthetic electron transport in photosystem I / : / 光化学系I / 光化学系II / 色素体 / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / response to light stimulus / 光合成 / 葉緑体 / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / membrane => GO:0016020 / magnesium ion binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
生物種 | Zea mays (トウモロコシ) / Maize (トウモロコシ) / maize (トウモロコシ) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Pan XW / Ma J / Su XD / Cao P / Liu ZF / Zhang XZ / Li M | |||||||||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 中国, 10件
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2018 タイトル: Structure of the maize photosystem I supercomplex with light-harvesting complexes I and II. 著者: Xiaowei Pan / Jun Ma / Xiaodong Su / Peng Cao / Wenrui Chang / Zhenfeng Liu / Xinzheng Zhang / Mei Li / 要旨: Plants regulate photosynthetic light harvesting to maintain balanced energy flux into photosystems I and II (PSI and PSII). Under light conditions favoring PSII excitation, the PSII antenna, light- ...Plants regulate photosynthetic light harvesting to maintain balanced energy flux into photosystems I and II (PSI and PSII). Under light conditions favoring PSII excitation, the PSII antenna, light-harvesting complex II (LHCII), is phosphorylated and forms a supercomplex with PSI core and the PSI antenna, light-harvesting complex I (LHCI). Both LHCI and LHCII then transfer excitation energy to the PSI core. We report the structure of maize PSI-LHCI-LHCII solved by cryo-electron microscopy, revealing the recognition site between LHCII and PSI. The PSI subunits PsaN and PsaO are observed at the PSI-LHCI interface and the PSI-LHCII interface, respectively. Each subunit relays excitation to PSI core through a pair of chlorophyll molecules, thus revealing previously unseen paths for energy transfer between the antennas and the PSI core. | |||||||||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_6932.map.gz | 78 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-6932-v30.xml emd-6932.xml | 34.7 KB 34.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_6932.png | 129.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6932 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6932 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_6932.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : Supercomplex of plant PSI-LHCI-LHCII from Zea Mays
+超分子 #1: Supercomplex of plant PSI-LHCI-LHCII from Zea Mays
+分子 #1: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
+分子 #2: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
+分子 #3: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
+分子 #4: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
+分子 #5: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
+分子 #6: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
+分子 #7: photosystem I subunit VII
+分子 #8: Photosystem I reaction center subunit II
+分子 #9: Photosystem I reaction center subunit IV A
+分子 #10: Photosystem I reaction center subunit III
+分子 #11: Photosystem I reaction center subunit V
+分子 #12: Photosystem I reaction center subunit VI, chloroplastic
+分子 #13: Photosystem I reaction center subunit VIII
+分子 #14: Photosystem I reaction center subunit IX
+分子 #15: Photosystem I reaction center subunit psaK
+分子 #16: Photosystem I reaction center subunit XI
+分子 #17: 16kDa membrane protein
+分子 #18: Photosystem I reaction center subunit N
+分子 #19: Chlorophyll a-b binding protein 1, chloroplastic
+分子 #20: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
+分子 #21: CHLOROPHYLL B
+分子 #22: CHLOROPHYLL A
+分子 #23: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
+分子 #24: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BE...
+分子 #25: BETA-CAROTENE
+分子 #26: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
+分子 #27: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
+分子 #28: CHLOROPHYLL A ISOMER
+分子 #29: PHYLLOQUINONE
+分子 #30: IRON/SULFUR CLUSTER
+分子 #31: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE
+分子 #32: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
+分子 #33: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY...
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期 角度割当 | タイプ: COMMON LINE |
---|---|
最終 角度割当 | タイプ: COMMON LINE |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 635845 |