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万見
- EMDB-6919: CryoEM structure of HPV45 L1-only VLP -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6919
タイトルCryoEM structure of HPV45 L1-only VLP
マップデータ
試料HPV45 L1-only VLP != Human papillomavirus type 45

HPV45 L1-only VLP

  • ウイルス: Human papillomavirus type 45 (パピローマウイルス)
生物種Human papillomavirus type 45 (パピローマウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.0 Å
データ登録者Li SW / Li ZH / He MZ
引用ジャーナル: Emerg Microbes Infect / 年: 2018
タイトル: N-terminal truncations on L1 proteins of human papillomaviruses promote their soluble expression in Escherichia coli and self-assembly in vitro.
著者: Minxi Wei / Daning Wang / Zhihai Li / Shuo Song / Xianglin Kong / Xiaobing Mo / Yurou Yang / Maozhou He / Zhongyi Li / Bo Huang / Zhijie Lin / Huirong Pan / Qingbing Zheng / Hai Yu / Ying Gu ...著者: Minxi Wei / Daning Wang / Zhihai Li / Shuo Song / Xianglin Kong / Xiaobing Mo / Yurou Yang / Maozhou He / Zhongyi Li / Bo Huang / Zhijie Lin / Huirong Pan / Qingbing Zheng / Hai Yu / Ying Gu / Jun Zhang / Shaowei Li / Ningshao Xia /
要旨: Human papillomavirus (HPV) is the causative agent in genital warts and nearly all cervical, anogenital, and oropharyngeal cancers. Nine HPV types (6, 11, 16, 18, 31, 33, 45, 52, and 58) are ...Human papillomavirus (HPV) is the causative agent in genital warts and nearly all cervical, anogenital, and oropharyngeal cancers. Nine HPV types (6, 11, 16, 18, 31, 33, 45, 52, and 58) are associated with about 90% of cervical cancers and 90% of genital warts. HPV neutralization by vaccine-elicited neutralizing antibodies can block viral infection and prevent HPV-associated diseases. However, there is only one commercially available HPV vaccine, Gardasil 9, produced from Saccharomyces cerevisiae that covers all nine types, raising the need for microbial production of broad-spectrum HPV vaccines. Here, we investigated whether N-terminal truncations of the major HPV capsid proteins L1, improve their soluble expression in Escherichia coli. We found that N-terminal truncations promoted the soluble expression of HPV 33 (truncated by 10 amino acids [aa]), 52 (15 aa), and 58 (10 aa). The resultant HPV L1 proteins were purified in pentamer form and extensively characterized with biochemical, biophysical, and immunochemical methods. The pentamers self-assembled into virus-like particles (VLPs) in vitro, and 3D cryo-EM reconstructions revealed that all formed T = 7 icosahedral particles having 50-60-nm diameters. Moreover, we formulated a nine-valent HPV vaccine candidate with aluminum adjuvant and L1 VLPs from four genotypes used in this study and five from previous work. Immunogenicity assays in mice and non-human primates indicated that this HPV nine-valent vaccine candidate elicits neutralizing antibody titers comparable to those induced by Gardasil 9. Our study provides a method for producing a nine-valent HPV vaccine in E. coli and may inform strategies for the soluble expression of other vaccine candidates.
履歴
登録2018年2月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年10月10日-
マップ公開2018年10月10日-
更新2018年10月10日-
現状2018年10月10日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
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  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6919.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6919.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 262.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.22 Å
密度
表面レベル登録者による: 1. / ムービー #1: 1
最小 - 最大-6.883493 - 9.179427
平均 (標準偏差)-0.000000002675219 (±1.)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-205-205-205
サイズ410410410
Spacing410410410
セルA=B=C: 910.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.222.222.22
M x/y/z410410410
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z910.200910.200910.200
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-205-205-205
NC/NR/NS410410410
D min/max/mean-6.8839.179-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : HPV45 L1-only VLP

全体名称: HPV45 L1-only VLP
要素
  • ウイルス: Human papillomavirus type 45 (パピローマウイルス)

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超分子 #1: Human papillomavirus type 45

超分子名称: Human papillomavirus type 45 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 10593 / 生物種: Human papillomavirus type 45 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes
Host system生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON I (4k x 4k)
平均電子線量: 25.0 e/Å2
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: COMMON LINE
最終 角度割当タイプ: COMMON LINE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1200

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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