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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6903 | ||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Ebola virus nucleoprotein-RNA complex | ||||||||||||||||||||||||||||||
マップデータ | Ebolavirus nucleoprotein RNA complex (biological assembly) | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | ebolavirus (エボラウイルス属) / RNA (リボ核酸) / nucleoprotein (核タンパク質) / nucleocapsid (カプシド) / helical / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) | ||||||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | Ebola nucleoprotein / Ebola nucleoprotein / viral RNA genome packaging / helical viral capsid / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / ribonucleoprotein complex / RNA binding / 核タンパク質 機能・相同性情報 | ||||||||||||||||||||||||||||||
生物種 | Ebola virus - Mayinga, Zaire, 1976 (エボラウイルス) / Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物) | ||||||||||||||||||||||||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Sugita Y / Matsunami H / Kawaoka Y / Noda T / Wolf M | ||||||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 日本, 9件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2018 タイトル: Cryo-EM structure of the Ebola virus nucleoprotein-RNA complex at 3.6 Å resolution. 著者: Yukihiko Sugita / Hideyuki Matsunami / Yoshihiro Kawaoka / Takeshi Noda / Matthias Wolf / 要旨: Ebola virus causes haemorrhagic fever with a high fatality rate in humans and non-human primates. It belongs to the family Filoviridae in the order Mononegavirales, which are viruses that contain ...Ebola virus causes haemorrhagic fever with a high fatality rate in humans and non-human primates. It belongs to the family Filoviridae in the order Mononegavirales, which are viruses that contain linear, non-segmented, negative-sense, single-stranded genomic RNA. The enveloped, filamentous virion contains the nucleocapsid, consisting of the helical nucleoprotein-RNA complex, VP24, VP30, VP35 and viral polymerase. The nucleoprotein-RNA complex acts as a scaffold for nucleocapsid formation and as a template for RNA replication and transcription by condensing RNA into the virion. RNA binding and nucleoprotein oligomerization are synergistic and do not readily occur independently. Although recent cryo-electron tomography studies have revealed the overall architecture of the nucleocapsid core, there has been no high-resolution reconstruction of the nucleocapsid. Here we report the structure of a recombinant Ebola virus nucleoprotein-RNA complex expressed in mammalian cells without chemical fixation, at near-atomic resolution using single-particle cryo-electron microscopy. Our structure reveals how the Ebola virus nucleocapsid core encapsidates its viral genome, its sequence-independent coordination with RNA by nucleoprotein, and the dynamic transition between the RNA-free and RNA-bound states. It provides direct structural evidence for the role of the N terminus of nucleoprotein in subunit oligomerization, and for the hydrophobic and electrostatic interactions that lead to the formation of the helical assembly. The structure is validated as representative of the native biological assembly of the nucleocapsid core by consistent dimensions and symmetry with the full virion. The atomic model provides a detailed mechanistic basis for understanding nucleocapsid assembly and highlights key structural features that may serve as targets for anti-viral drug development. | ||||||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_6903.map.gz | 59.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-6903-v30.xml emd-6903.xml | 17.4 KB 17.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_6903_fsc.xml | 10.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_6903.png | 238 KB | ||
Filedesc metadata | emd-6903.cif.gz | 6.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6903 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6903 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_6903.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Ebolavirus nucleoprotein RNA complex (biological assembly) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.39 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Ebolavirus nucleoprotein RNA complex (biological assembly)
全体 | 名称: Ebolavirus nucleoprotein RNA complex (biological assembly) |
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要素 |
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-超分子 #1: Ebolavirus nucleoprotein RNA complex (biological assembly)
超分子 | 名称: Ebolavirus nucleoprotein RNA complex (biological assembly) タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Ebola virus - Mayinga, Zaire, 1976 (エボラウイルス) |
分子量 | 理論値: 166 KDa |
-分子 #1: Ebolavirus nucleoprotein (residues 19-406)
分子 | 名称: Ebolavirus nucleoprotein (residues 19-406) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 43.496086 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MDYHKILTAG LSVQQGIVRQ RVIPVYQVNN LEEICQLIIQ AFEAGVDFQE SADSFLLMLC LHHAYQGDYK LFLESGAVKY LEGHGFRFE VKKRDGVKRL EELLPAVSSG KNIKRTLAAM PEEETTEANA GQFLSFASLF LPKLVVGEKA CLEKVQRQIQ V HAEQGLIQ ...文字列: MDYHKILTAG LSVQQGIVRQ RVIPVYQVNN LEEICQLIIQ AFEAGVDFQE SADSFLLMLC LHHAYQGDYK LFLESGAVKY LEGHGFRFE VKKRDGVKRL EELLPAVSSG KNIKRTLAAM PEEETTEANA GQFLSFASLF LPKLVVGEKA CLEKVQRQIQ V HAEQGLIQ YPTAWQSVGH MMVIFRLMRT NFLIKFLLIH QGMHMVAGHD ANDAVISNSV AQARFSGLLI VKTVLDHILQ KT ERGVRLH PLARTAKVKN EVNSFKAALS SLAKHGEYAP FARLLNLSGV NNLEHGLFPQ LSAIALGVAT AHGSTLAGVN VGE QYQQLR EAATEAEKQL QQYAESRELD HLGLDDQEKK ILMNFHQKKN EISFQQTNAM VTLRKERLAK LT |
-分子 #2: RNA (6-MER)
分子 | 名称: RNA (6-MER) / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 1.792037 KDa |
配列 | 文字列: UUUUUU |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | helical array |
-試料調製
濃度 | 0.3 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.8 構成要素:
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グリッド | モデル: C-flat-1.2/1.3 4C / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 150 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 20 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 詳細: Gatan Solarus | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 289 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 3 second blot, 2.5uL. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 0.8 µm / 倍率(補正後): 47619 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 105000 |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
温度 | 最低: 77.0 K / 最高: 100.0 K |
アライメント法 | Coma free - Residual tilt: 0.1 mrad |
詳細 | nanoprobe, parallel beam illumination |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 7676 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 7420 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-75 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2467 / 平均露光時間: 15.0 sec. / 平均電子線量: 105.0 e/Å2 / 詳細: frame alignment and dose weighting using motioncor2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | PDB-5z9w: |