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万見
- EMDB-6846: Volta phase contrast cryotomogram of a cryosectioned prometaphase... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6846
タイトルVolta phase contrast cryotomogram of a cryosectioned prometaphase S. pombe cell, strain nda3-KM311
マップデータVolta phase contrast cryotomogram of a cryosectioned prometaphase S. pombe cell, strain nda3-KM311
試料
  • 細胞: S. pombe cell, arrested in prometaphase
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Cai S / Chen C / Tan Z / Huang Y / Shi J / Gan L
資金援助 シンガポール, 5件
OrganizationGrant number国
NUSR-154-000-515-133 シンガポール
NUSD-E12-303-154-217 シンガポール
NUSR-154-000-524-651 シンガポール
MOER-154-000-624-112 シンガポール
NUSR-154-000-558-133 シンガポール
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2018
タイトル: Cryo-ET reveals the macromolecular reorganization of mitotic chromosomes in vivo.
著者: Shujun Cai / Chen Chen / Zhi Yang Tan / Yinyi Huang / Jian Shi / Lu Gan /
要旨: Chromosomes condense during mitosis in most eukaryotes. This transformation involves rearrangements at the nucleosome level and has consequences for transcription. Here, we use cryo-electron ...Chromosomes condense during mitosis in most eukaryotes. This transformation involves rearrangements at the nucleosome level and has consequences for transcription. Here, we use cryo-electron tomography (cryo-ET) to determine the 3D arrangement of nuclear macromolecular complexes, including nucleosomes, in frozen-hydrated cells. Using 3D classification analysis, we did not find evidence that nucleosomes resembling the crystal structure are abundant. This observation and those from other groups support the notion that a subset of fission yeast nucleosomes may be partially unwrapped in vivo. In both interphase and mitotic cells, there is also no evidence of monolithic structures the size of Hi-C domains. The chromatin is mingled with two features: pockets, which are positions free of macromolecular complexes; and "megacomplexes," which are multimegadalton globular complexes like preribosomes. Mitotic chromatin is more crowded than interphase chromatin in subtle ways. Nearest-neighbor distance analyses show that mitotic chromatin is more compacted at the oligonucleosome than the dinucleosome level. Like interphase, mitotic chromosomes contain megacomplexes and pockets. This uneven chromosome condensation helps explain a longstanding enigma of mitosis: a subset of genes is up-regulated.
履歴
登録2017年11月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年10月31日-
マップ公開2018年10月31日-
更新2020年8月5日-
現状2020年8月5日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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添付画像

emd_6846.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6846.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 4.5 GB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED INTEGER (2 BYTES)
注釈Volta phase contrast cryotomogram of a cryosectioned prometaphase S. pombe cell, strain nda3-KM311
ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.6 Å
密度
最小 - 最大-4594 - 3240
平均 (標準偏差)169.5901 (±295.75626)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin0-901112
サイズ40963196184
Spacing31964096184
セルA: 14701.6 Å / B: 18841.6 Å / C: 846.39996 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Integer*27
Å/pix. X/Y/Z4.64.64.6
M x/y/z31964096184
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z14701.60018841.600846.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ352352352
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-9010112
NC/NR/NS31964096184
D min/max/mean-4594.0003240.000169.590

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : S. pombe cell, arrested in prometaphase

全体名称: S. pombe cell, arrested in prometaphase
要素
  • 細胞: S. pombe cell, arrested in prometaphase

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超分子 #1: S. pombe cell, arrested in prometaphase

超分子名称: S. pombe cell, arrested in prometaphase / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 株: nda3-KM311

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7 / 詳細: yeast-extract supplemented
グリッドモデル: C-flat-1/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE
加圧凍結法装置: OTHER
詳細: Self-pressurized freezing. The value given for _emd_high_pressure_freezing.instrument is Vitrobot cup. This is not in a list of allowed values set(['LEICA EM PACT2', 'LEICA EM PACT', 'EMS-002 ...詳細: Self-pressurized freezing. The value given for _emd_high_pressure_freezing.instrument is Vitrobot cup. This is not in a list of allowed values set(['LEICA EM PACT2', 'LEICA EM PACT', 'EMS-002 RAPID IMMERSION FREEZER', 'OTHER', 'LEICA EM HPM100', 'BAL-TEC HPM 010']) so OTHER is written into the XML file.
Cryo protectant30% dextran
切片作成ウルトラミクロトーム - 装置: Leica UC7/FC7 / ウルトラミクロトーム - 温度: 123 K / ウルトラミクロトーム - 最終 厚さ: 100 nm
位置合わせマーカーManufacturer: BBI / 直径: 10 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 30400 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 18000
特殊光学系位相板: VOLTA PHASE PLATE
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 14.0 µm / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 61 / 平均電子線量: 1.6 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / ソフトウェア - 名称: IMOD (ver. 4.9) / 使用した粒子像数: 61

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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