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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6817 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the intron-lariat spliceosome ready for disassembly from S.cerevisiae at 3.5 angstrom | |||||||||
マップデータ | Cryo-EM map of the ILS spliceosome from S.cerevisiae at 3.5 angstrom | |||||||||
試料 |
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キーワード | ILS complex / Ntr complex / disassembly (逆アセンブラ) / Prp43 / SPLICING | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of DNA ligase activity / negative regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / U2-type post-mRNA release spliceosomal complex / spliceosomal complex disassembly / mRNA branch site recognition / cellular bud site selection / post-mRNA release spliceosomal complex / cis assembly of pre-catalytic spliceosome / generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) ...negative regulation of DNA ligase activity / negative regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / U2-type post-mRNA release spliceosomal complex / spliceosomal complex disassembly / mRNA branch site recognition / cellular bud site selection / post-mRNA release spliceosomal complex / cis assembly of pre-catalytic spliceosome / generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / splicing factor binding / U4/U6 snRNP / 7-methylguanosine cap hypermethylation / pre-mRNA binding / U2-type catalytic step 1 spliceosome / pICln-Sm protein complex / Prp19 complex / spliceosomal tri-snRNP complex / small nuclear ribonucleoprotein complex / SMN-Sm protein complex / mRNA cis splicing, via spliceosome / U2-type spliceosomal complex / U2-type prespliceosome assembly / commitment complex / U2-type catalytic step 2 spliceosome / U4 snRNP / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / U2 snRNP / poly(U) RNA binding / U1 snRNP / U2-type prespliceosome / precatalytic spliceosome / spliceosomal complex assembly / Dual incision in TC-NER / DNA replication origin binding / generation of catalytic spliceosome for second transesterification step / 90S preribosome / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / protein K63-linked ubiquitination / mRNA 3'-splice site recognition / mRNA 5'-splice site recognition / DNA replication initiation / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / U5 snRNA binding / U5 snRNP / negative regulation of protein-containing complex assembly / spliceosomal snRNP assembly / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / pre-mRNA intronic binding / positive regulation of cell cycle / maturation of SSU-rRNA / U1 snRNA binding / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / ribosomal large subunit biogenesis / catalytic step 2 spliceosome / nuclear periphery / small-subunit processome / positive regulation of RNA splicing / RNA splicing / negative regulation of protein binding / helicase activity / spliceosomal complex / RING-type E3 ubiquitin transferase / mRNA splicing, via spliceosome / rRNA processing / ubiquitin-protein transferase activity / metallopeptidase activity / ubiquitin protein ligase activity / RNA helicase activity / chromosome, telomeric region / nucleic acid binding / ヘリカーゼ / 細胞周期 / DNA修復 / mRNA binding / GTPase activity / chromatin binding / クロマチン / GTP binding / 核小体 / 小胞体 / ATP hydrolysis activity / ミトコンドリア / DNA binding / RNA binding / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.46 Å | |||||||||
データ登録者 | Wan R / Yan C | |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2017 タイトル: Structure of an Intron Lariat Spliceosome from Saccharomyces cerevisiae. 著者: Ruixue Wan / Chuangye Yan / Rui Bai / Jianlin Lei / Yigong Shi / 要旨: The disassembly of the intron lariat spliceosome (ILS) marks the end of a splicing cycle. Here we report a cryoelectron microscopy structure of the ILS complex from Saccharomyces cerevisiae at an ...The disassembly of the intron lariat spliceosome (ILS) marks the end of a splicing cycle. Here we report a cryoelectron microscopy structure of the ILS complex from Saccharomyces cerevisiae at an average resolution of 3.5 Å. The intron lariat remains bound in the spliceosome whereas the ligated exon is already dissociated. The step II splicing factors Prp17 and Prp18, along with Cwc21 and Cwc22 that stabilize the 5' exon binding to loop I of U5 small nuclear RNA (snRNA), have been released from the active site assembly. The DEAH family ATPase/helicase Prp43 binds Syf1 at the periphery of the spliceosome, with its RNA-binding site close to the 3' end of U6 snRNA. The C-terminal domain of Ntr1/Spp382 associates with the GTPase Snu114, and Ntr2 is anchored to Prp8 while interacting with the superhelical domain of Ntr1. These structural features suggest a plausible mechanism for the disassembly of the ILS complex. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_6817.map.gz | 227.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-6817-v30.xml emd-6817.xml | 59.7 KB 59.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_6817.png | 86 KB | ||
Filedesc metadata | emd-6817.cif.gz | 15.5 KB | ||
その他 | emd_6817_additional_1.map.gz emd_6817_additional_2.map.gz | 4.5 MB 192.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6817 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6817 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_6817.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM map of the ILS spliceosome from S.cerevisiae at 3.5 angstrom | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.306 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: local map for the Prp43 region of the...
ファイル | emd_6817_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | local map for the Prp43 region of the ILS spliceosome from S.cerevisiae | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: local map for the Spp382 region of the...
ファイル | emd_6817_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | local map for the Spp382 region of the ILS spliceosome from S.cerevisiae | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : S. cerevisiae intron lariat spliceosome (ILS)
+超分子 #1: S. cerevisiae intron lariat spliceosome (ILS)
+分子 #1: Pre-mRNA-splicing factor 8
+分子 #3: Pre-mRNA-splicing factor SNU114
+分子 #7: Pre-mRNA-splicing factor SNT309
+分子 #8: Pre-mRNA-splicing factor SYF1
+分子 #9: Pre-mRNA-splicing factor CLF1
+分子 #10: Pre-mRNA-splicing factor CEF1
+分子 #11: Pre-mRNA-splicing factor SYF2
+分子 #12: Pre-mRNA-splicing factor BUD31
+分子 #13: Pre-mRNA-splicing factor SLT11
+分子 #14: Pre-mRNA-splicing factor CWC2
+分子 #15: Pre-mRNA-splicing factor PRP46
+分子 #16: Pre-mRNA-splicing factor CWC15
+分子 #17: Pre-mRNA-processing protein 45
+分子 #18: Protein CWC16
+分子 #19: Pre-mRNA-processing factor 17
+分子 #20: Pre-mRNA-splicing factor CWC23
+分子 #21: Pre-mRNA-splicing factor SPP382
+分子 #22: Pre-mRNA-splicing factor NTR2
+分子 #23: Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase PRP43
+分子 #24: Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B
+分子 #25: Small nuclear ribonucleoprotein E
+分子 #26: Small nuclear ribonucleoprotein F
+分子 #27: Small nuclear ribonucleoprotein G
+分子 #28: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
+分子 #29: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
+分子 #30: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
+分子 #31: U2 small nuclear ribonucleoprotein A'
+分子 #32: U2 small nuclear ribonucleoprotein B''
+分子 #33: Pre-mRNA-processing factor 19
+分子 #2: U5 snRNA
+分子 #4: U6 snRNA
+分子 #5: Intron lariat
+分子 #6: U2 snRNA
+分子 #34: RNA (intron or U6 snRNA)
+分子 #35: INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE
+分子 #36: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
+分子 #37: MAGNESIUM ION
+分子 #38: ZINC ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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グリッド | モデル: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 37.6 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: EMDB MAP EMDB ID: |
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初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) |
最終 3次元分類 | ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) |
最終 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.46 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) / 使用した粒子像数: 150363 |