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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6815 | |||||||||
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タイトル | NuA4 TEEAA-Piccolo Complex | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 PI5P Regulates TP53 Acetylation / NuA3b histone acetyltransferase complex / NuA3 histone acetyltransferase complex / NuA3a histone acetyltransferase complex / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / Sensing of DNA Double Strand Breaks / piccolo histone acetyltransferase complex / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / histone H4K16 acetyltransferase activity / peptide 2-hydroxyisobutyryltransferase activity ...PI5P Regulates TP53 Acetylation / NuA3b histone acetyltransferase complex / NuA3 histone acetyltransferase complex / NuA3a histone acetyltransferase complex / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / Sensing of DNA Double Strand Breaks / piccolo histone acetyltransferase complex / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / histone H4K16 acetyltransferase activity / peptide 2-hydroxyisobutyryltransferase activity / histone crotonyltransferase activity / SUMOylation of transcription cofactors / DNA-templated transcription elongation / positive regulation of triglyceride biosynthetic process / histone H4 acetyltransferase activity / rDNA heterochromatin formation / peptide N-acetyltransferase activity / NuA4 histone acetyltransferase complex / peptide-lysine-N-acetyltransferase activity / Estrogen-dependent gene expression / positive regulation of macroautophagy / histone acetyltransferase activity / ヒストンアセチルトランスフェラーゼ / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / methylated histone binding / meiotic cell cycle / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / transcription coregulator activity / ヌクレオソーム / regulation of cell cycle / クロマチンリモデリング / 細胞周期 / DNA修復 / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / クロマチン / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 7.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Cai G / Wang X | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018 タイトル: Architecture of the Saccharomyces cerevisiae NuA4/TIP60 complex. 著者: Xuejuan Wang / Salar Ahmad / Zhihui Zhang / Jacques Côté / Gang Cai / 要旨: The NuA4/TIP60 acetyltransferase complex is required for gene regulation, DNA repair and cell cycle progression. The limited structural information impeded understanding of NuA4/TIP60 assembly and ...The NuA4/TIP60 acetyltransferase complex is required for gene regulation, DNA repair and cell cycle progression. The limited structural information impeded understanding of NuA4/TIP60 assembly and regulatory mechanism. Here, we report the 4.7 Å cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of a NuA4/TIP60 TEEAA assembly (Tra1, Eaf1, Eaf5, actin and Arp4) and the 7.6 Å cryo-EM structure of a TEEAA-piccolo assembly (Esa1, Epl1, Yng2 and Eaf6). The Tra1 and Eaf1 constitute the assembly scaffold. The Eaf1 SANT domain tightly binds to the LBE and FATC domains of Tra1 by ionic interactions. The actin/Arp4 peripherally associates with Eaf1 HSA domain. The Eaf5/7/3 (TINTIN) and piccolo modules largely pack against the FAT and HEAT repeats of Tra1 and their association depends on Eaf1 N-terminal and HSA regions, respectively. These structures elucidate the detailed architecture and molecular interactions between NuA4 subunits and offer exciting insights into the scaffolding and regulatory mechanisms of Tra1 pseudokinase. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_6815.map.gz | 85.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-6815-v30.xml emd-6815.xml | 8.2 KB 8.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_6815.png | 51.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6815 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6815 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_6815.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : NuA4 TEEAA-Piccolo complex
全体 | 名称: NuA4 TEEAA-Piccolo complex |
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要素 |
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-超分子 #1: NuA4 TEEAA-Piccolo complex
超分子 | 名称: NuA4 TEEAA-Piccolo complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8 |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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染色 | タイプ: POSITIVE / 材質: Uranyl Formate |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
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最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 19060 |