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万見
- EMDB-6809: The CryoEM map of HPV58 VLP in complex with the Fab fragment of a... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6809
タイトルThe CryoEM map of HPV58 VLP in complex with the Fab fragment of antibody A12A3
マップデータ
試料
  • ウイルス: Human papillomavirus (パピローマウイルス)
生物種Human papillomavirus (パピローマウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.5 Å
データ登録者Li SW / Li ZH
引用ジャーナル: mBio / 年: 2017
タイトル: Crystal Structures of Two Immune Complexes Identify Determinants for Viral Infectivity and Type-Specific Neutralization of Human Papillomavirus.
著者: Zhihai Li / Daning Wang / Ying Gu / Shuo Song / Maozhou He / Jingjie Shi / Xinlin Liu / Shuangping Wei / Jinjin Li / Hai Yu / Qingbing Zheng / Xiaodong Yan / Timothy S Baker / Jun Zhang / ...著者: Zhihai Li / Daning Wang / Ying Gu / Shuo Song / Maozhou He / Jingjie Shi / Xinlin Liu / Shuangping Wei / Jinjin Li / Hai Yu / Qingbing Zheng / Xiaodong Yan / Timothy S Baker / Jun Zhang / Jason S McLellan / Shaowei Li / Ningshao Xia /
要旨: Persistent, high-risk human papillomavirus (HPV) infection is the primary cause of cervical cancer. Neutralizing antibodies elicited by L1-only virus-like particles (VLPs) can block HPV infection; ...Persistent, high-risk human papillomavirus (HPV) infection is the primary cause of cervical cancer. Neutralizing antibodies elicited by L1-only virus-like particles (VLPs) can block HPV infection; however, the lack of high-resolution structures has limited our understanding of the mode of virus infection and the requirement for type specificity at the molecular level. Here, we describe two antibodies, A12A3 and 28F10, that specifically bind to and neutralize HPV58 and HPV59, respectively, through two distinct binding stoichiometries. We show that the epitopes of A12A3 are clustered in the DE loops of two adjacent HPV58 L1 monomers, whereas 28F10 recognizes the HPV59 FG loop of a single monomer. Via structure-based mutagenesis and analysis of antibody binding, we further identified the residues HPV58 D154, S168, and N170 and HPV59 M267, Q270, E273, Y276, K278, and R283, which play critical roles in virus infection. By substituting these strategic epitope residues into other HPV genotypes, we could then redirect the type-specific binding of the antibodies to these genotypes, thus highlighting the importance of these specific residues, HPV58 R161, S168, and N308 and HPV59 Q270, E273, and D281. Overall, our findings provide molecular insights into potential structural determinants of HPV required for infectivity and type specificity. High-risk human papillomaviruses (HPVs) are considered the major causative pathogens of cancers that affect epithelial mucosa, such as cervical cancer. However, because of the lack of high-resolution structural information on the sites of neutralization, we have yet to determine the precise mode of HPV infection and how different types of HPV cause infection. Our crystal structures in this study have uncovered discrete binding stoichiometries for two different antibodies. We show that one A12A3 Fab binds to the center of one HPV58 pentamer, whereas five 28F10 Fabs bind along the top fringe of one HPV59 pentamer. Furthermore, through targeted epitope analysis, we show that 6 to 7 discontinuous residues of the L1 major capsid protein of HPV are determinants, at least in part, for virus infection and type specificity. This knowledge will help us to unravel the process of HPV infection and can potentially be used to drive the development of therapeutics that target neutralization-sensitive sites.
履歴
登録2017年8月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年10月25日-
マップ公開2017年10月25日-
更新2017年10月25日-
現状2017年10月25日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6809.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6809.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 282.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.218 Å
密度
表面レベル登録者による: 2. / ムービー #1: 2
最小 - 最大-7.2638855 - 11.711546999999999
平均 (標準偏差)-0.00000000037027 (±1.)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin555
サイズ420420420
Spacing420420420
セルA=B=C: 931.56 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.2182.2182.218
M x/y/z420420420
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z931.560931.560931.560
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS555
NC/NR/NS420420420
D min/max/mean-7.26411.712-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Human papillomavirus

全体名称: Human papillomavirus (パピローマウイルス)
要素
  • ウイルス: Human papillomavirus (パピローマウイルス)

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超分子 #1: Human papillomavirus

超分子名称: Human papillomavirus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: VLP generated by recombinantly expressed; Fab Fragment generated by proteolytic cleavage of IgG antibody;
NCBI-ID: 10566 / 生物種: Human papillomavirus / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes
Host system生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON I (4k x 4k)
平均電子線量: 25.0 e/Å2
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: COMMON LINE
最終 角度割当タイプ: COMMON LINE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 3600

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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