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- EMDB-6789: Large subunit of Mycobacterium smegmatis -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6789
タイトルLarge subunit of Mycobacterium smegmatis
マップデータ
試料
  • 複合体: Large subunit of Mycobacterium smegmatis ribosome
    • タンパク質・ペプチド: x 29種
    • RNA: x 2種
  • リガンド: x 1種
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit / 5S rRNA binding / transferase activity / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16 signature 1. / : / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. ...Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16 signature 1. / : / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L33 superfamily / : / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / L28p-like / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal protein L19 / Ribosomal proteins 50S L24/mitochondrial 39S L24 / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L21-like / L21-like superfamily / Ribosomal prokaryotic L21 protein / Ribosomal L32p protein family / Ribosomal protein L24 / Ribosomal protein L32p / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L13, bacterial-type / Ribosomal protein L23/L25, conserved site / Ribosomal protein L3, bacterial/organelle-type / Ribosomal protein L15, bacterial-type / 50S ribosomal protein uL4 / Ribosomal protein L23 signature. / Ribosomal protein L30, conserved site / Ribosomal protein L29, conserved site / Ribosomal protein L30 signature. / : / Ribosomal protein L5, N-terminal / Ribosomal protein L15, conserved site / Ribosomal protein L5, C-terminal / Ribosomal protein L5
類似検索 - ドメイン・相同性
Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL5 ...Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Uncharacterized protein / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL33B / Large ribosomal subunit protein bL9 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL25
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.08 Å
データ登録者Li Z / Ge X / Zhang Y / Zheng L / Sanyal S / Gao N
引用ジャーナル: Protein Cell / 年: 2018
タイトル: Cryo-EM structure of Mycobacterium smegmatis ribosome reveals two unidentified ribosomal proteins close to the functional centers.
著者: Zhifei Li / Xueliang Ge / Yixiao Zhang / Lvqin Zheng / Suparna Sanyal / Ning Gao /
履歴
登録2017年7月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年9月27日-
マップ公開2017年9月27日-
更新2018年4月11日-
現状2018年4月11日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.044
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.044
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5xym
  • 表面レベル: 0.044
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6789.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6789.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.32 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.044 / ムービー #1: 0.044
最小 - 最大-0.24304397 - 0.39521706
平均 (標準偏差)0.00076097535 (±0.012051829)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 369.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.321.321.32
M x/y/z280280280
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z369.600369.600369.600
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS280280280
D min/max/mean-0.2430.3950.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Large subunit of Mycobacterium smegmatis ribosome

全体名称: Large subunit of Mycobacterium smegmatis ribosome
要素
  • 複合体: Large subunit of Mycobacterium smegmatis ribosome
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L32
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L33 2リボソーム
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L34
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L35
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L36
    • RNA: 23S RNA
    • RNA: 5S RNA5SリボソームRNA
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L2
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L3
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L4
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L5
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L6
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L9
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L13
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L14
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L15
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L16
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L17
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L18
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L19
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L20
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L21
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L22
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L23
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L24
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L25
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L27
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L28
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L29
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L30
    • タンパク質・ペプチド: Uncharacterized protein bL37
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: Large subunit of Mycobacterium smegmatis ribosome

超分子名称: Large subunit of Mycobacterium smegmatis ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#31
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155

+
分子 #1: 50S ribosomal protein L32

分子名称: 50S ribosomal protein L32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155
分子量理論値: 6.467719 KDa
配列文字列:
MAVPKRRMSR ANTRSRRAQW KAEAPGLVTV SVAGQQRKVP RRLLKAARLG LVDLDKR

+
分子 #2: 50S ribosomal protein L33 2

分子名称: 50S ribosomal protein L33 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155
分子量理論値: 6.61564 KDa
配列文字列:
MARNEIRPIV KLRSTAGTGY TYVTRKNRRN DPDRIVLRKY DPVLRRHVEF REER

+
分子 #3: 50S ribosomal protein L34

分子名称: 50S ribosomal protein L34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155
分子量理論値: 5.52258 KDa
配列文字列:
MAKGKRTFQP NNRRRARVHG FRLRMRTRAG RAIVANRRSK GRRALTA

+
分子 #4: 50S ribosomal protein L35

分子名称: 50S ribosomal protein L35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155
分子量理論値: 7.298505 KDa
配列文字列:
MPKAKTHSGA SKRFRRTGTG KIVRQKANRR HLLEHKPTKR TRRLDGRTTV SAADNSRINK LLNG

+
分子 #5: 50S ribosomal protein L36

分子名称: 50S ribosomal protein L36 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155
分子量理論値: 4.341277 KDa
配列文字列:
MKVNPSVKPI CDKCRVIRRH GRVMVICSDP RHKQRQG

+
分子 #8: 50S ribosomal protein L2

分子名称: 50S ribosomal protein L2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155
分子量理論値: 30.425945 KDa
配列文字列: MGIRKYKPTT PGRRGASVSD FAEITRSTPE KSLVRPLHGK GGRNAHGRIT TRHKGGGHKR AYRVIDFRRH DKDGVNAKVA HIEYDPNRT ANIALLHYLD GEKRYIIAPQ GLKQGDVIES GANADIKPGN NLPLRNIPAG TVIHAVELRP GGGAKLARSA G VSIQLLGK ...文字列:
MGIRKYKPTT PGRRGASVSD FAEITRSTPE KSLVRPLHGK GGRNAHGRIT TRHKGGGHKR AYRVIDFRRH DKDGVNAKVA HIEYDPNRT ANIALLHYLD GEKRYIIAPQ GLKQGDVIES GANADIKPGN NLPLRNIPAG TVIHAVELRP GGGAKLARSA G VSIQLLGK EGTYAALRMP SGEIRRVDVR CRATVGEVGN AEQSNINWGK AGRMRWKGKR PTVRGVVMNP VDHPHGGGEG KT SGGRHPV SPWGKPEGRT RKPNKPSDKL IVRRRRTGKK R

+
分子 #9: 50S ribosomal protein L3

分子名称: 50S ribosomal protein L3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155
分子量理論値: 23.011393 KDa
配列文字列: MARKGILGTK LGMTQVFDEN NKVVPVTVVK AGPNVVTRIR TTERDGYSAV QLAYGEISPR KVIKPVAGQF AAAGVNPRRH VAELRLDDE AAVAEYEVGQ ELTAEIFSDG AYVDVTGTSK GKGFAGTMKR HGFRGQGAAH GAQAVHRRPG SIGGCATPGR V FKGTRMSG ...文字列:
MARKGILGTK LGMTQVFDEN NKVVPVTVVK AGPNVVTRIR TTERDGYSAV QLAYGEISPR KVIKPVAGQF AAAGVNPRRH VAELRLDDE AAVAEYEVGQ ELTAEIFSDG AYVDVTGTSK GKGFAGTMKR HGFRGQGAAH GAQAVHRRPG SIGGCATPGR V FKGTRMSG RMGNDRVTTQ NLKVHKVDAE NGVLLIKGAI PGRNGGLVVV RSAIKRGEK

+
分子 #10: 50S ribosomal protein L4

分子名称: 50S ribosomal protein L4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155
分子量理論値: 22.920949 KDa
配列文字列: MTLKVDVKTP AGKTDGSVEL PAELFDVEPN IALMHQVVTA QLAAKRQGTH STKTRGEVSG GGKKPYRQKG TGRARQGSTR APQFTGGGT VHGPKPRDYS QRTPKKMIAA ALRGALSDRA RNDRIHAVTE LVEGQTPSTK SAKTFLGTLT ENKKVLVVIG R TDEVGAKS ...文字列:
MTLKVDVKTP AGKTDGSVEL PAELFDVEPN IALMHQVVTA QLAAKRQGTH STKTRGEVSG GGKKPYRQKG TGRARQGSTR APQFTGGGT VHGPKPRDYS QRTPKKMIAA ALRGALSDRA RNDRIHAVTE LVEGQTPSTK SAKTFLGTLT ENKKVLVVIG R TDEVGAKS VRNLPGVHVI SPDQLNTYDV LNADDVVFSV EALNAYISAN SKEGASV

+
分子 #11: 50S ribosomal protein L5

分子名称: 50S ribosomal protein L5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155
分子量理論値: 21.152328 KDa
配列文字列:
MTTTEKALPR LKQRYREEIR EALQQEFNYA NVMQIPGVVK VVVNMGVGDA ARDAKLINGA INDLALITGQ KPEVRRARKS IAQFKLREG MPIGARVTLR GDRMWEFLDR LISIALPRIR DFRGLSPKQF DGTGNYTFGL NEQSMFHEID VDSIDRPRGM D ITVVTTAT NDAEGRALLR ALGFPFKEN

+
分子 #12: 50S ribosomal protein L6

分子名称: 50S ribosomal protein L6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155
分子量理論値: 19.483361 KDa
配列文字列:
MSRIGKQPVP VPSGVDVTIN GQNLSVKGPK GTLTLDVAEP ISVSRAEDGA IVVTRPDDER RSRSLHGLSR TLIANLVTGV TEGYTQKME IFGVGYRVQL KGQNLEFALG YSHPVLIEAP EGITFAVESP TKFSVSGIDK QKVGQISAVI RRLRRPDPYK G KGVRYEGE QIRRKVGKTG K

+
分子 #13: 50S ribosomal protein L9

分子名称: 50S ribosomal protein L9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155
分子量理論値: 15.949253 KDa
配列文字列:
MKLILTAEVE HLGAAGDTVE VKDGYGRNYL LPRGLAIVAS RGAERQAEEI RRARESKVIR DIEHANELKT ALEGLGDVTL SVNAAGDTG KLFGSVTAAD VVNAIKKAGG PNLDKRTVQL AKAHIKSVGT HPVTVKLHTG VEAKVSLNVV AQ

+
分子 #14: 50S ribosomal protein L13

分子名称: 50S ribosomal protein L13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155
分子量理論値: 16.146689 KDa
配列文字列:
MPTYTPKAGD TTRSWYVIDA SDVVLGRLAS AAATLLRGKH KPTFTPNVDG GDFVIVINAD KIAVSGDKLT KKFAYRHSGY PGGLRKRTI GELLEKHPTR VVENAIIGML PHNKLGRQIQ KKLKVYAGPD HPHAAQQPIP FEIKQVAQ

+
分子 #15: 50S ribosomal protein L14

分子名称: 50S ribosomal protein L14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155
分子量理論値: 13.400625 KDa
配列文字列:
MIQQESRLKV ADNTGAKEIL CIRVLGGSSR RYAGIGDVIV ATVKDAIPGG NVKRGDVVKA VVVRTVKERR RADGSYIKFD ENAAVIIKN DNDPRGTRIF GPVGRELREK KFMKIVSLAP EVL

+
分子 #16: 50S ribosomal protein L15

分子名称: 50S ribosomal protein L15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155
分子量理論値: 15.602244 KDa
配列文字列:
MSVIKLHDLK PAPGEKKAKT RVGRGEGSKG KTAGRGTKGT KARKNVPVMF EGGQMPIHMR LPKLKGFKNR FRTEYQVVNV GDINKAFPQ GGTVGVDELV AKGLVRKNSL VKVLGDGKLT VKVDVTANKF SGSAREAITA AGGSATEL

+
分子 #17: 50S ribosomal protein L16

分子名称: 50S ribosomal protein L16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155
分子量理論値: 15.77424 KDa
配列文字列:
MLIPRKVKHR KQHHPEQRGI ASGGTSVSFG DYGIQALEHA YITNRQIESA RIAINRHIKR GGKVWINIFP DRPLTKKPAE TRMGSGKGS PEWWVANVKP GRVLFELSYP DEKTARDALT RAIHKLPIKA RIVTREEQF

+
分子 #18: 50S ribosomal protein L17

分子名称: 50S ribosomal protein L17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155
分子量理論値: 21.892246 KDa
配列文字列: MPKPTKGPRL GGSSSHQSAL LANLATSLFE HGRIKTTEPK ARALRPYAEK LITHAKKGAL HNRREVMKKI RDKDVVHTLF AEIGPFYAD RNGGYTRIIK VENRKGDNAP MAVIELVREK TVTDEANRAR RAAASQAKAD ERADEKADEK AEETVEETTE A PAEESTEA ...文字列:
MPKPTKGPRL GGSSSHQSAL LANLATSLFE HGRIKTTEPK ARALRPYAEK LITHAKKGAL HNRREVMKKI RDKDVVHTLF AEIGPFYAD RNGGYTRIIK VENRKGDNAP MAVIELVREK TVTDEANRAR RAAASQAKAD ERADEKADEK AEETVEETTE A PAEESTEA AAEETVEETT EAPAEESTEA AEESEAKDDT K

+
分子 #19: 50S ribosomal protein L18

分子名称: 50S ribosomal protein L18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155
分子量理論値: 13.711728 KDa
配列文字列:
MAHKPVGQNI SEVRRNARLR RHARLRKKVA GTAEVPRLVV NRSARHIHVQ LVNDLNGTTL AAASSIEADV RAIDGDKKAH SVRVGQLIA ERAKAAGVET VVFDRGGYTY GGRIAALADA AREAGLKF

+
分子 #20: 50S ribosomal protein L19

分子名称: 50S ribosomal protein L19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155
分子量理論値: 12.892806 KDa
配列文字列:
MNTLDFVDQA SLRDDIPTFS PGDTVNVHVK VIEGSKERIQ VFKGVVIRRQ GGGISETFTV RKESYGVGVE RTFPVHSPNI DHIDVLTRG DVRRAKLYYL RELRGKKAKI KEKR

+
分子 #21: 50S ribosomal protein L20

分子名称: 50S ribosomal protein L20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155
分子量理論値: 14.494693 KDa
配列文字列:
MARVKRALNA QKKRRTVLKA SKGYRGQRSR LYRKAKEQQL HSLTYAYRDR RARKGEFRKL WISRINAAAR ANDITYNRLI QGLKAAGVE VDRKNLAELA VSDPAAFTAL VDVARAALPE DVNAPSGEAA

+
分子 #22: 50S ribosomal protein L21

分子名称: 50S ribosomal protein L21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155
分子量理論値: 11.055894 KDa
配列文字列:
MATYAIVKTG GKQYKVAAGD VVKVEKLDSE PGASVSLPVA LVVDGANVTS KADDLAKVAV TAEVLEHTKG PKIRIHKFKN KTGYHKRQG HRQQLTVLKV TGIK

+
分子 #23: 50S ribosomal protein L22

分子名称: 50S ribosomal protein L22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155
分子量理論値: 16.3536 KDa
配列文字列:
MSTVTEFPSA TAKARYVRVS ATKARRVIDL VRGKSVEEAL DILRWAPQAA SEPVAKVIAS AAANAQNNEG LDPSTLVVAT VYADEGPTA KRIRPRAQGR AFRIRKRTSH ITVIVESRPP KQKGASAASA RSRRAQGSKA AATKKSAETK EGSE

+
分子 #24: 50S ribosomal protein L23

分子名称: 50S ribosomal protein L23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155
分子量理論値: 11.047836 KDa
配列文字列:
MATITDPRDI ILAPVISEKS YGLIEDNVYT FVVHPDSNKT QIKIAIEKIF DVKVDSVNTA NRQGKRKRTR TGFGKRKSTK RAIVKLAAG SKPIDLFGAP A

+
分子 #25: 50S ribosomal protein L24

分子名称: 50S ribosomal protein L24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155
分子量理論値: 11.228946 KDa
配列文字列:
MKVHKGDTVL VISGKDKGAK GKVLVAYPDR NKVLVEGVNR IKKHTAVSAN ERGASSGGIV TQEAPIHVSN VMVVDSDGKP TRVGYRIDD ETGKKVRIAK TNGKDI

+
分子 #26: 50S ribosomal protein L25

分子名称: 50S ribosomal protein L25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155
分子量理論値: 22.571078 KDa
配列文字列: MAKTANIPNK LTANVRTRTG KGASRQARRD GKVPAVLYGH GTDPQHLELN ARDFAAVLRS HGTNAILTLD IEGTEQLALT KALDVHPIR RNIQHADLLV VQRGEKVTVE VTVLVEGDAT PGTLVTQDAN TIEIEAEALS IPEQLTVSVE GVEAGTQITA G QISLPEGV ...文字列:
MAKTANIPNK LTANVRTRTG KGASRQARRD GKVPAVLYGH GTDPQHLELN ARDFAAVLRS HGTNAILTLD IEGTEQLALT KALDVHPIR RNIQHADLLV VQRGEKVTVE VTVLVEGDAT PGTLVTQDAN TIEIEAEALS IPEQLTVSVE GVEAGTQITA G QISLPEGV NLISDPELLV VNVVEAPSAE ALEEEGAGET GAAEAPAEEA PAEEPAE

+
分子 #27: 50S ribosomal protein L27

分子名称: 50S ribosomal protein L27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155
分子量理論値: 9.249582 KDa
配列文字列:
MAHKKGASSS RNGRDSAAQR LGVKRFGGQV VKAGEILVRQ RGTHFHPGVN VGRGGDDTLF ALAPGAVEFG AKRGRKTVNI VPVARPEA

+
分子 #28: 50S ribosomal protein L28

分子名称: 50S ribosomal protein L28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155
分子量理論値: 6.891016 KDa
配列文字列:
MAAVCDICGK GPGFGKSVSH SHRRTSRRWN PNIQPVRAVT RPGGNKQRIN ACTSCIKAGK VSRA

+
分子 #29: 50S ribosomal protein L29

分子名称: 50S ribosomal protein L29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155
分子量理論値: 8.790895 KDa
配列文字列:
MAVGTTPGEL RELTDDELKD KLRESKEELF NLRFQMATGQ LSNNRRLRTV RQEIARVYTV LRERELGLAS GPAGEES

+
分子 #30: 50S ribosomal protein L30

分子名称: 50S ribosomal protein L30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155
分子量理論値: 7.022147 KDa
配列文字列:
MAELKITQVR STIGARWKQR ESLRTLGLKK IRQSVVREDN AQTRGLINTV HHLVEVEEVG K

+
分子 #31: Uncharacterized protein bL37

分子名称: Uncharacterized protein bL37 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155
分子量理論値: 2.841375 KDa
配列文字列:
MAKRGRKKRD RKHSKANHGK RPNA

+
分子 #6: 23S RNA

分子名称: 23S RNA / タイプ: rna / ID: 6 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155
分子量理論値: 1.026283438 MDa
配列文字列: UUGUAAGUGU UUAAGGGCGC AUGGUGGAUG CCUUGGCACU GGGAGCCGAU GAAGGACGUA GGAGGCUGCG AUAAGCCUCG GGGAGCUGU CAACCGAGCG UUGAUCCGAG GAUGUCCGAA UGGGGAAACC CGGCACGAGU GAUGUCGUGU CACCAGGCGC U GAAUAUAU ...文字列:
UUGUAAGUGU UUAAGGGCGC AUGGUGGAUG CCUUGGCACU GGGAGCCGAU GAAGGACGUA GGAGGCUGCG AUAAGCCUCG GGGAGCUGU CAACCGAGCG UUGAUCCGAG GAUGUCCGAA UGGGGAAACC CGGCACGAGU GAUGUCGUGU CACCAGGCGC U GAAUAUAU AGGCGUCUGG GGGGAACGCG GGGAAGUGAA ACAUCUCAGU ACCCGUAGGA AGAGAAAACA AAAUGUGAUU CC GUGAGUA GUGGCGAGCG AAAGCGGAGG AUGGCUAAAC CGUAUGCAUG UGAUACCGGG UAGGGGUUGU GUGUGCGGGG UUG UGGGAC CUAUCUUUCC GGCUCUACCU GGCUGGAGGG CAGUGAGAAA AUGUUGUGGU UAGCGGAAAU GGCUUGGGAU GGCC UGCCG UAGACGGUGA GAGCCCGGUA CGUGAAAACC CGACGUCUGU CUUGAUGGUG UUCCCGAGUA GCAGCGGGCC CGUGG AAUC UGCUGUGAAU CUGCCGGGAC CACCCGGUAA GCCUGAAUAC UUCCCAGUGA CCGAUAGCGG AUUAGUACCG UGAGGG AAU GGUGAAAAGU ACCCCGGGAG GGGAGUGAAA GAGUACCUGA AACCGUGCGC UUACAAUCCG UCAGAGCCCU CGACGUG UC GUGGGGUGAU GGCGUGCCUU UUGAAGAAUG AGCCUGCGAG UCAGGGACAU GUCGCGAGGU UAACCCGGGU GGGGUAGC C GCAGCGAAAG CGAGUCUGAA UAGGGCGUAU CCACACAAGA GUGUGUGGUG UAGUGGUGUG UUCUGGACCC GAAGCGGAG UGAUCUACCC AUGGCCAGGG UGAAGCGCGG GUAAGACCGC GUGGAGGCCC GAACCCACUU AGGUUGAAGA CUGAGGGGAU GAGCUGUGG GUAGGGGUGA AAGGCCAAUC AAACUCCGUG AUAGCUGGUU CUCCCCGAAA UGCAUUUAGG UGCAGCGUCG C AUGUUUCU UGCCGGAGGU AGAGCUACUG GAUGGCCGAU GGGCCCCACA GGGUUACUGA CGUCAGCCAA ACUCCGAAUG CC GGUAAGU CCAAGAGUGC GGCAGUGGGA CGGCGGGGGA UAAGCUCCGU GCGUCGAGAG GGAAACAGCC CAGAUCGCCG GCU AAGGCC CCUAAGCGUG UGCUAAGUGG AAAAGGAUGU GCAGUCGCGA AGACAACCAG GAGGUUGGCU UAGAAGCAGC CACC CUUGA AAGAGUGCGU AAUAGCUCAC UGGUCAAGUG AUUGUGCGCC GAUAAUGUAG CGGGGCUCAA GCACACCGCC GAAGC CGCG GCAGCCAACG UGUUGGCUGG GUAGGGGAGC GUCCUGCAUC CGGUGAAGCC GCCGAGUGAU CGAGUGGUGG AGGGUG UGG GAGUGAGAAU GCAGGCAUGA GUAGCGAUUA GGCAAGUGAG AACCUUGCCC GCCGAAAGAC CAAGGGUUCC UGGGCCA GG CCAGUCCGCC CAGGGUGAGU CGGGACCUAA GGCGAGGCCG ACAGGCGUAG UCGAUGGACA ACGGGUUGAU AUUCCCGU A CCCGUGUAUG UGCGUCCAUG AUGAAUCAGC GGUACUAACC AUCCAAAACC ACCGUGACCG CACCUUUCGG GGUGUGGCG UUGGUGGGGC UGCAUGGGAC CUUCGUUGGU AGUAGUCAAG CGAUGGGGUG ACGCAGGAAG GUAGCCGUAC CGGUCAGUGG UAAUACCGG GGUAAGCCUG UAGGGAGUCA GAUAGGUAAA UCCGUCUGGC AUAUAUCCUG AGAGGUGAUG CAUAGCCGAG U GAGGCGAA UUCGGUGAUC CUAUGCUGCC GAGAAAAGCC UCUAGCGAGG ACAUACACGG CCCGUACCCC AAACCAACAC AG GUGGUCA GGUAGAGAAU ACUAAGGCGU ACGAGUGAAC UAUGGUUAAG GAACUCGGCA AAAUGCCCCC GUAACUUCGG GAG AAGGGG GACCCACAUG GCGUGUAAGC CUUUACGGCC CAAGCGUGAG UGGGUGGCAC AAACCAGUGA GAAGCGACUG UUUA CUAAA AACACAGGUC CGUGCGAAGU CGCAAGACGA UGUAUACGGA CUGACGCCUG CCCGGUGCUG GAAGGUUAAG AGGAC CCGU UAACUCCCUU UGGGGGUGAA GCGGAGAAUU UAAGCCCCAG UAAACGGCGG UGGUAACUAU AACCAUCCUA AGGUAG CGA AAUUCCUUGU CGGGUAAGUU CCGACCUGCA CGAAUGGCGU AACGACUUCU CAACUGUCUC AACCAUAGAC UCGGCGA AA UUGCACUACG AGUAAAGAUG CUCGUUACGC GCGGCAGGAC GAAAAGACCC CGGGACCUUC ACUACAACUU GGUAUUGG U GCUCGAUACG GUUUGUGUAG GAUAGGUGGG AGACUGUGAA GCUCACACGC CAGUGUGGGU GGAGUCGUUG UUGAAAUAC CACUCUGAUC GUAUUGGGCC UCUAACCUCG GACCGUAUAU CCGGUUCAGG GACAGUGCCU GGUGGGUAGU UUAACUGGGG CGGUUGCCU CCUAAAAUGU AACGGAGGCG CCCAAAGGUU CCCUCAACCU GGACGGCAAU CAGGUGUUGA GUGUAAGUGC A CAAGGGAG CUUGACUGCG AGACGGACAU GUCGAGCAGG GACGAAAGUC GGGACUAGUG AUCCGGCACC UCUGAGUGGA AG GGGUGUC GCUCAACGGA UAAAAGGUAC CCCGGGGAUA ACAGGCUGAU CUUCCCCAAG AGUCCAUAUC GACGGGAUGG UUU GGCACC UCGAUGUCGG CUCGUCGCAU CCUGGGGCUG GAGCAGGUCC CAAGGGUUGG GCUGUUCGCC CAUUAAAGCG GCAC GCGAG CUGGGUUUAG AACGUCGUGA GACAGUUCGG UCUCUAUCCG CCGCGCGCGU CAGAAGCUUG AGGAAACCUG UCCCU AGUA CGAGAGGACC GGGACGGACG AACCUCUGGU AUACCAGUUG UCCCACCAGG GGCACGGCUG GAUAGCCACG UUCGGA CAG GAUAACCGCU GAAAGCAUCU AAGCGGGAAA CCUCUUCCAA GACCAGGCUU CUCACCCUCU AGGAGGGAUA AGGCCCC CC GCAGACCACG GGAUUGAUAG ACCAGACCUG GAAGCCUAGU AAUAGGUGCA GGGAACUGGC ACUAACCGGC CGAAAACU U ACAACACCCC AUAAUCGUUG UAAGAAGAAA ACAUUGACGC ACC

+
分子 #7: 5S RNA

分子名称: 5S RNA / タイプ: rna / ID: 7 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155
分子量理論値: 38.038777 KDa
配列文字列:
GUUACGGCGG UCCAUAGCGG CAGGGAAACG CCCGGUCCCA UCCCGAACCC GGAAGCUAAG CCUGCCAGCG CCGAUGAUAC UACCCUUCC GGGUGGAAAA GUAGGACACC GCCGAACAC

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分子 #32: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 32 / コピー数: 146 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.6
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 2.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.08 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 71351
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る