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- EMDB-6780: Small subunit of Toxoplasma gondii ribosome -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6780
タイトルSmall subunit of Toxoplasma gondii ribosome
マップデータ
試料
  • 複合体: Small subunit of Toxoplasma gondii ribosome
    • RNA: x 1種
    • タンパク質・ペプチド: x 33種
機能・相同性
機能・相同性情報


葉緑体 / ribosomal small subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / small ribosomal subunit / membrane => GO:0016020 / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / RNA binding ...葉緑体 / ribosomal small subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / small ribosomal subunit / membrane => GO:0016020 / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Ribosomal protein S12e / S27a-like superfamily / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S25 / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S30 / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S27a ...: / Ribosomal protein S12e / S27a-like superfamily / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S25 / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S30 / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S19e / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / Ribosomal protein S6, eukaryotic / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein S7e / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal S17 / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S19e / 40S Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S17, archaeal/eukaryotic / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S28e conserved site / Ribosomal protein S6/S6e/A/B/2, conserved site / Ribosomal protein S28e / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S4e, N-terminal / Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal / Ribosomal_S17 N-terminal / Plectin/S10, N-terminal / Ribosomal protein S3Ae / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein S7e / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S4, KOW domain / Ribosomal protein S5/S7, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S4e / Ribosomal protein S4e, central region / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S13/S15, N-terminal / Ribosomal protein S15P / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S4/S9, eukaryotic/archaeal / RS4NT (NUC023) domain / Ribosomal protein S27 / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S28e / Ribosomal family S4e / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S4e signature. / Ribosomal S24e conserved site / Ribosomal protein S24e signature. / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S6e signature. / Ribosomal protein S28e signature. / Ribosomal protein S8e/ribosomal biogenesis NSA2 / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / 50S ribosomal protein L30e-like / Ubiquitin domain / Ribosomal protein S2 signature 2. / Ribosomal protein S14, conserved site / K Homology domain, type 2 / Ribosomal protein S3, C-terminal / Ribosomal protein S3, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein S15/S19, conserved site / KHドメイン / Ribosomal protein S19/S15 / Ribosomal protein S19/S15, superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
40S ribosomal protein S3, putative / 40S ribosomal protein S29, putative / Ribosomal protein RPS28 / Ribosomal protein RPS15A / 40S ribosomal protein S24 / Ribosomal protein RPS19 / 40S ribosomal protein S21 / 40S ribosomal protein S13, putative / Ribosomal protein RPS27 / 40s ribosomal protein S14, putative ...40S ribosomal protein S3, putative / 40S ribosomal protein S29, putative / Ribosomal protein RPS28 / Ribosomal protein RPS15A / 40S ribosomal protein S24 / Ribosomal protein RPS19 / 40S ribosomal protein S21 / 40S ribosomal protein S13, putative / Ribosomal protein RPS27 / 40s ribosomal protein S14, putative / Ribosomal protein RPS16 / 40S ribosomal protein S8 / 40s ribosomal protein S20, putative / 40S ribosomal protein S3a / Ribosomal protein RPS23 / 40S ribosomal protein S18, putative / 40S ribosomal protein S11, putative / 40S ribosomal protein S7 / 40S ribosomal protein S26 / 40S ribosomal protein S5, putative / Ribosomal-ubiquitin protein RPS27A / 40S ribosomal protein S9, putative / 40S ribosomal protein S15, putative / 40S ribosomal protein S30 / 40S ribosomal protein S6 / Ribosomal protein RPS10 / 40s ribosomal protein s17, putative / 40S ribosomal protein S2, putative / 40S ribosomal protein S12 / Uncharacterized protein / 40S ribosomal protein S4 / 40S ribosomal protein SA / 40S ribosomal protein S25
類似検索 - 構成要素
生物種Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.35 Å
データ登録者LI Z / Guo Q / Zheng L / Ji Y / Xie Y / Lai D / Lun Z / Suo X / Gao N
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2017
タイトル: Cryo-EM structures of the 80S ribosomes from human parasites Trichomonas vaginalis and Toxoplasma gondii.
著者: Zhifei Li / Qiang Guo / Lvqin Zheng / Yongsheng Ji / Yi-Ting Xie / De-Hua Lai / Zhao-Rong Lun / Xun Suo / Ning Gao /
要旨: As an indispensable molecular machine universal in all living organisms, the ribosome has been selected by evolution to be the natural target of many antibiotics and small-molecule inhibitors. High- ...As an indispensable molecular machine universal in all living organisms, the ribosome has been selected by evolution to be the natural target of many antibiotics and small-molecule inhibitors. High-resolution structures of pathogen ribosomes are crucial for understanding the general and unique aspects of translation control in disease-causing microbes. With cryo-electron microscopy technique, we have determined structures of the cytosolic ribosomes from two human parasites, Trichomonas vaginalis and Toxoplasma gondii, at resolution of 3.2-3.4 Å. Although the ribosomal proteins from both pathogens are typical members of eukaryotic families, with a co-evolution pattern between certain species-specific insertions/extensions and neighboring ribosomal RNA (rRNA) expansion segments, the sizes of their rRNAs are sharply different. Very interestingly, rRNAs of T. vaginalis are in size comparable to prokaryotic counterparts, with nearly all the eukaryote-specific rRNA expansion segments missing. These structures facilitate the dissection of evolution path for ribosomal proteins and RNAs, and may aid in design of novel translation inhibitors.
履歴
登録2017年7月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年8月30日-
マップ公開2017年8月30日-
更新2018年10月24日-
現状2018年10月24日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5xxu
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6780.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6780.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.32 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.03 / ムービー #1: 0.03
最小 - 最大-0.11514145 - 0.20913129
平均 (標準偏差)0.000327257 (±0.0049943044)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 422.40002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.321.321.32
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z422.400422.400422.400
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.1150.2090.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_6780_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Small subunit of Toxoplasma gondii ribosome

全体名称: Small subunit of Toxoplasma gondii ribosome
要素
  • 複合体: Small subunit of Toxoplasma gondii ribosome
    • RNA: 18S RNA
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein uS2
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein eS1
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein uS5
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein uS3
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein eS4
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein uS7
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein eS6
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein eS7
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein eS8
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein uS4
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein eS10
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein uS17
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein eS12
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein uS15
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein uS11
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein uS19
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein uS9
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein eS17
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein uS13
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein eS19
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein uS10
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein eS21
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein uS8
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein uS12
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein eS24
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein eS25
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein eS26
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein eS27
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein eS28
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein uS14
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein eS30
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein eS31
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein eL41

+
超分子 #1: Small subunit of Toxoplasma gondii ribosome

超分子名称: Small subunit of Toxoplasma gondii ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)

+
分子 #1: 18S RNA

分子名称: 18S RNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 576.630812 KDa
配列文字列: AACCUGGUUG AUCCUGCCAG UAGUCAUAUG CUUGUCUUAA AGAUUAAGCC AUGCAUGUCU AAGUAUAAGC UUUUAUACGG CUAAACUGC GAAUGGCUCA UUAAAACAGU UAUAGUUUAU UUGAUGGUCU UUACUACAUG GAUAACCGUG GUAAUUCUAU G GCUAAUAC ...文字列:
AACCUGGUUG AUCCUGCCAG UAGUCAUAUG CUUGUCUUAA AGAUUAAGCC AUGCAUGUCU AAGUAUAAGC UUUUAUACGG CUAAACUGC GAAUGGCUCA UUAAAACAGU UAUAGUUUAU UUGAUGGUCU UUACUACAUG GAUAACCGUG GUAAUUCUAU G GCUAAUAC CUGCGCACAU GCCUCUUCCC CUGGAAGGCA GUGUUUAUUA GAUACAGAAC CAACCCACCU UCCGGUGGUC CU CAGGUGA UUCAUAGUAA CCGAACGGAU CGCGUUGACU UCGGUCUGCG ACGGAUCAUU CAAGUUUCUG ACCUAUCAGC UUU CGACGG UACUGUAAUG GACUACCGUG GCAGUGACGG GUAACGGGGA AUUAGGGUUC GAUUCCGGAG AGGGAGCCUG AGAA ACGGC UACCACAUCU AAGGAAGGCA GCAGGCGCGC AAAUUACCCA AUCCUGAUUC AGGGAGGUAG UGACAAGAAA UAACA ACAC UGGAAAUUUC AUUUCUAGUG AUUGGAAUGA UAGGAAUCCA AACCCCUUUC AGAGUAACAA UUGGAGGGCA AGUCUG GUG CCAGCAGCCG CGGUAAUUCC AGCUCCAAUA GCGUAUAUUA AAGUUGUUGC AGUUAAAAAG CUCGUAGUUG GAUUUCU GC UGGAAGGCCA GUCCGCCCUC AGGGGUGUGC ACUUGGUGAA UUCUAGCAUC CUUCUGGAUU UCUCCACACU UCAUUGUG U GGAGUUUUUU CCAGGACUUU UACUUUGAGA AAAUUAGAGU GUUUCAAGCA GGCUUGUCGC CUUGAAUACU GCAGCAUGG AAUAAUAAGA UAGGAUUUCG GCCCUAUUUU GUUGGUUUCU AGGACUGAAG UAAUGAUUAA UAGGGACGGU UGGGGGCAUU CGUAUUUAA CUGUCAGAGG UGAAAUUCUU AGAUUUGUUA AAGACGAACU ACUGCGAAAG CAUUUGCCAA AGAUGUUUUC A UUAAUCAA GAACGAAAGU UAGGGGCUCG AAGACGAUCA GAUACCGUCG UAGUCUUAAC CAUAAACUAU GCCGACUAGA GA UAGGAAA ACGUCAUGCU UGACUUCUCC UGCACCUUAU GAGAAACCAA AGUCUUUGGG UUCUGGGGGG AGUAUGGUCG CAA GGCUGA AACUUAAAGG AAUUGACGGA AGGGCACCAC CAGGCGUGGA GCCUGCGGCU UAAUUUGACU CAACACGGGG AAAC UCACC AGGUCCAGAC AUAGGAAGGA UUGACAGAUU GAUAGCUCUU UCUUGAUUCU AUGGGUGGUG GUGCAUGGCC GUUCU UAGU UGGUGGAGUG AUUUGUCUGG UUAAUUCCGU UAACGAACGA GACCUUAACC UGCUAAAUAG GAUCAGGAAC UUCGUG UUC UUGUAUCACU UCUUAGAGGG ACUUUGCGUG UCUAACGCAA GGAAGUUUGA GGCAAUAACA GGUCUGUGAU GCCCUUA GA UGUUCUGGGC UGCACGCGCG CUACACUGAU GCAUCCAACG AGUUUAUAAC CUUGGCCGAU AGGUCUAGGU AAUCUUGU G AGUAUGCAUC GUGAUGGGGA UAGAUUAUUG CAAUUAUUAA UCUUCAACGA GGAAUGCCUA GUAGGCGCAA GUCAGCACG UUGCGCCGAU UACGUCCCUG CCCUUUGUAC ACACCGCCCG UCGCUCCUAC CGAUUGAGUG UUCCGGUGAA UUAUUCGGAC CGUUUUGUG GCGCGUUCGU GCCCGAAAUG GGAAGUUUUG UGAACCUUAA CACUUAGAGG AAGGAGAAGU CGUAACAAGG U UUCCGUAG GUGAACCUGC GGAAGGAUCA UUC

+
分子 #2: Ribosomal protein uS2

分子名称: Ribosomal protein uS2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 31.546902 KDa
配列文字列: MAADKQAKLS LQEDSIAKML ICKAHIGTKN VEHKMRPYVF KSTSEGIHLI NLAKTWEKIL MAARVIVAIE NPADVLVISA RPYGSRAVL KFSQYVGAQA IAGRWTPGML TNQITQKFME PRLLIVTDPR TDAQAVRESA YANVPVIALC DTDSPLEHVD I CIPCNNKG ...文字列:
MAADKQAKLS LQEDSIAKML ICKAHIGTKN VEHKMRPYVF KSTSEGIHLI NLAKTWEKIL MAARVIVAIE NPADVLVISA RPYGSRAVL KFSQYVGAQA IAGRWTPGML TNQITQKFME PRLLIVTDPR TDAQAVRESA YANVPVIALC DTDSPLEHVD I CIPCNNKG KESIALMYWL LAREVLYLRG ELPSRSVPWD VMVDMFLWRD PEEFERKERL EDEEAAPHTA QADATQWGAD AA AADWKQA GADWTGPAAG GAGGEWDQSA VAAEGEWGGG RPGVAVGEPW

+
分子 #3: Ribosomal protein eS1

分子名称: Ribosomal protein eS1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 29.425625 KDa
配列文字列: MAIGKNKRMS KGKKGGKKKI GDPFLKKEWY DLKAPTLFNV RNFGKTLVTK SQGTKLAVDG LRGRVYEVNL ADLNNDEDQG FRKIKLCCE DIQGRNCLTD FHGMDMTRDK ICSLVRKCHS LIEAFVDVTT LDGYTLRMFC IAFTKRRPEQ VKSTCYAQTS Q IRAIRKKM ...文字列:
MAIGKNKRMS KGKKGGKKKI GDPFLKKEWY DLKAPTLFNV RNFGKTLVTK SQGTKLAVDG LRGRVYEVNL ADLNNDEDQG FRKIKLCCE DIQGRNCLTD FHGMDMTRDK ICSLVRKCHS LIEAFVDVTT LDGYTLRMFC IAFTKRRPEQ VKSTCYAQTS Q IRAIRKKM MTIMSAEASK CQLRDLVKKF IPESIGKDIE NACKGIFPLQ NVFIRKVKML KKPKFDLTKL MELHGEAEDV GR KVQAESG EAQNTLTAET KA

+
分子 #4: Ribosomal protein uS5

分子名称: Ribosomal protein uS5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 29.385004 KDa
配列文字列: MAERGSFGRG FGRGGGRGRG RGRGRGRGGA EDDLKDWVPI TKLGRLVRDG KISSIEEIYL FSLPIKEYQI IDHFFQPGNC AAPLKDDVM KIMPVQKQTR AGQRTRFKAF VAVGDSNGHC GLGVKCAKEV ATAIRGAIIA AKLSLVPVRR GYWGNKIGEP H TVPMKVSG ...文字列:
MAERGSFGRG FGRGGGRGRG RGRGRGRGGA EDDLKDWVPI TKLGRLVRDG KISSIEEIYL FSLPIKEYQI IDHFFQPGNC AAPLKDDVM KIMPVQKQTR AGQRTRFKAF VAVGDSNGHC GLGVKCAKEV ATAIRGAIIA AKLSLVPVRR GYWGNKIGEP H TVPMKVSG RCGSVRVRLI PAPRGTHIVG APTTKKILGF AGIKDCFSNS KGSTKTRGNF MKALFDALSQ TYGYLTPELW TP TVYTKSP YQEWSDYLAR TTKDSAVSRP LA

+
分子 #5: Ribosomal protein uS3

分子名称: Ribosomal protein uS3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 26.117539 KDa
配列文字列: MASTGNTCKK RKFVKDGVFQ AELNEFLSCT LSEDGYSGVE VRVTPIRTEI IIRATRTREV LGDKGRRIRE LTSVVQKRFG FAPDSVELF AERVENRGLC AMAQAESLRY KLLKGLAVRR ACYGVLRHIM ESGAKGCEVV VSGKLRAQRA KSMKFKDGYL I STGEPSKM ...文字列:
MASTGNTCKK RKFVKDGVFQ AELNEFLSCT LSEDGYSGVE VRVTPIRTEI IIRATRTREV LGDKGRRIRE LTSVVQKRFG FAPDSVELF AERVENRGLC AMAQAESLRY KLLKGLAVRR ACYGVLRHIM ESGAKGCEVV VSGKLRAQRA KSMKFKDGYL I STGEPSKM FVDQAIRSVQ LRQGVLGVRV KIMLPHDPEG KRGPANPLPD TIIVMDPKPE IPVVQPEEMD EGVLGPM

+
分子 #6: Ribosomal protein eS4

分子名称: Ribosomal protein eS4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 30.204713 KDa
配列文字列: MARGPRKHLK RIAAPHHWML DKLTGHYAPR PSPGPHKLRE SAPLVVLLRN RLRYALTYRE VMMIVMQRLI KVDNKVRTDQ CYPAGFMDV ISIEKTKENF RMLFDTKGRF VPHPIREEEA SYKLCRVKKV VVGPKGVPAL ITHDGRTMRY PHPSIKAHDC I RLDLNTGK ...文字列:
MARGPRKHLK RIAAPHHWML DKLTGHYAPR PSPGPHKLRE SAPLVVLLRN RLRYALTYRE VMMIVMQRLI KVDNKVRTDQ CYPAGFMDV ISIEKTKENF RMLFDTKGRF VPHPIREEEA SYKLCRVKKV VVGPKGVPAL ITHDGRTMRY PHPSIKAHDC I RLDLNTGK IVDTLKFEAG NMAMVTGGHN VGRVGVIVHR ERHLGGFDII HLRDAKNNEF ATRISNVFVI GKGEKAWISL PK EKGIRLS IMENRQVLLK KQQMNN

+
分子 #7: Ribosomal protein uS7

分子名称: Ribosomal protein uS7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 21.650238 KDa
配列文字列: MATEAKLFGR WSYDDVNVSD LSLVDYIAVK DKACVFVPHT AGRYQKKRFR KAMCPIVERL VNSMMMHGRN NGKKTLSVRI VRHAFEIIH LMTDKNPIQV FVNAVENGGP REDSTRIGSA GVVRRQAVDV SPLRRVNQAI YLICTGARLA AFRNIKTIAE C LADEIMNC ...文字列:
MATEAKLFGR WSYDDVNVSD LSLVDYIAVK DKACVFVPHT AGRYQKKRFR KAMCPIVERL VNSMMMHGRN NGKKTLSVRI VRHAFEIIH LMTDKNPIQV FVNAVENGGP REDSTRIGSA GVVRRQAVDV SPLRRVNQAI YLICTGARLA AFRNIKTIAE C LADEIMNC AKESSNAYAI KKKDEIERVA KANR

+
分子 #8: Ribosomal protein eS6

分子名称: Ribosomal protein eS6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 29.027504 KDa
配列文字列: MKLNLANPQA GMQKTVEVDD EKKLLPFFEK RMGAEVAGDS IGDEFKGYIF RISGGNDKQG FPMMQGVLVN HRVRLLFRKG MKCYRQRRT GEKKRKSVRG SIVGPDLAVL NLVLVKKGPE TIPGLTDAER PRRLGPKRAN NIRKLFNLSK DQDVRKYVVR R QIEGKKKT ...文字列:
MKLNLANPQA GMQKTVEVDD EKKLLPFFEK RMGAEVAGDS IGDEFKGYIF RISGGNDKQG FPMMQGVLVN HRVRLLFRKG MKCYRQRRT GEKKRKSVRG SIVGPDLAVL NLVLVKKGPE TIPGLTDAER PRRLGPKRAN NIRKLFNLSK DQDVRKYVVR R QIEGKKKT KAPKIQRLIT KTRVQRKRAY LAKQRRSVIK SREEAKAYKD VLSAYKHELR KKRADVVAKK KAQAAAAPKP AE VKVVKAK AATAKKGGK

+
分子 #9: Ribosomal protein eS7

分子名称: Ribosomal protein eS7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 22.631727 KDa
配列文字列: MMNFKKKIVK PQGVEPTEIE NEVAKCLFDI ETSSQSDLKG DVRHLVISSV KEVEVPQGRK KAFVVFVPHA VYQKTVKKIQ GRLVQELEK KLKKHVVLVA QRTMLPLDFK RKGLKVRPRS RTLTAVQDGM LEDIVSPTEI VGKRMRVRVD NTKMLKVFLD P RDKQKDNI ...文字列:
MMNFKKKIVK PQGVEPTEIE NEVAKCLFDI ETSSQSDLKG DVRHLVISSV KEVEVPQGRK KAFVVFVPHA VYQKTVKKIQ GRLVQELEK KLKKHVVLVA QRTMLPLDFK RKGLKVRPRS RTLTAVQDGM LEDIVSPTEI VGKRMRVRVD NTKMLKVFLD P RDKQKDNI EDKLETFAAV YKKLTNKDAV FSFPQHVY

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分子 #10: Ribosomal protein eS8

分子名称: Ribosomal protein eS8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 23.615604 KDa
配列文字列: MGISRDRRHK HRRTGGRMPV HQKKRKFELG RPPAMTKLGP KRVRPVRCRG GNMKYRALRL DTGNYSWSSQ KIAKKTRLLG VVYNASNNE LVRTNTLVKN SIVAIDATPF KAWFRSFYGL DLGKKKAGQE EEGSRKVSKH TLCLQNKHRQ QGVPKLDPLL E EQFNTGRL ...文字列:
MGISRDRRHK HRRTGGRMPV HQKKRKFELG RPPAMTKLGP KRVRPVRCRG GNMKYRALRL DTGNYSWSSQ KIAKKTRLLG VVYNASNNE LVRTNTLVKN SIVAIDATPF KAWFRSFYGL DLGKKKAGQE EEGSRKVSKH TLCLQNKHRQ QGVPKLDPLL E EQFNTGRL LACISSRPGQ SGRADGYILE GEELMFYKRK MDKKKHK

+
分子 #11: Ribosomal protein uS4

分子名称: Ribosomal protein uS4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 21.731396 KDa
配列文字列:
MTKSYRTYSK TARSPKRPFE KERLDQEMKL LGEYGLKNKR EVWRVQYALA KIRSAARELL TLEEKDPRRV FQGTALLRRM VRLGLLGES EQKLDYVLGL TVAKFLERRL QTKVFKLGLA KSIHHARVLI RQRHIRVGKH IVDIPSFMVR VDSEKHVDYA I TSPFGGGR PGRVKRRSLK GGNAEGGDDE

+
分子 #12: Ribosomal protein eS10

分子名称: Ribosomal protein eS10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 17.428098 KDa
配列文字列:
MTVPGMKFSL IPKANRKAIY EYLFKEGVIV VQKNGKIERH PEVPVPNLHV MMTLRSLQTK KFVEEKFNWQ HNYYFLTNEG IEFLRTYLH LPPTVFPSTL TKKSTGRPTR GAGEGMGEGG DMNGDWRPRG GFGRGRGRMG DRPDRAERAP RYA

+
分子 #13: Ribosomal protein uS17

分子名称: Ribosomal protein uS17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 18.715984 KDa
配列文字列:
MATADVQTER AFQKQDGVSS LGRLHLTGQK KRTQRYWKDV GLGFQTPRLA KESKYVDKKC PFTGNVSIRG RVIKGMVIST KMKRAVVIR RNYLHFVPKY SRFEKRHKNV TCHLSPCFEQ VKEGDIVTAG QCRPLSKTIR FNVLKVEKNQ VFGNVRKQFR L F

+
分子 #14: Ribosomal protein eS12

分子名称: Ribosomal protein eS12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 15.419675 KDa
配列文字列:
MSDVESVADE VVAPVEEEEE VKDLMTAIRK VLKNALIHDG LVRGLHEVAK ALDAKKAQVC FLSESCSEPA YKKLVQGLCK EHGIPLLDV TDSKELGEWA GLCKVDKDGT ARKVVGASCV CVTDFGEESE ALTFLQNHIK TLS

+
分子 #15: Ribosomal protein uS15

分子名称: Ribosomal protein uS15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 17.211363 KDa
配列文字列:
MGRMYGPGKG MSASALPWRR KPPTWLKIKP SDVEEHIAKL AKKGQTPSQI GVTLRDSFGV PQVKSVTGNK ILRILKLQGL APELPEDLY YLIKKAVSVR KHLERNRKDK DAKFRLILVE SRIHRLARYY KRTKQLPATW KYQSATASAL VA

+
分子 #16: Ribosomal protein uS11

分子名称: Ribosomal protein uS11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 16.330598 KDa
配列文字列:
MAPKKSAKAA TGEEGEAQGS GLGPATRDGE IVFGVAHIYA SFNDTFIHVT DLSGRETLVR VTGGMKVKAD RDESSPYAAM MAAADVAAR CKELGISAVH VKVRAAGGTR SKTPGPGAQS ALRALARSGL RIGRIEDVTP IPTDSTRRKS GRRGRRL

+
分子 #17: Ribosomal protein uS19

分子名称: Ribosomal protein uS19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 17.190223 KDa
配列文字列:
MADAGDAAAN QPKRRTFRTF SYRGVELDKL LDMKMEDLLE LFRARQRRKF QRGIKRKATT LMKKLRISKK NCAFGEKPEP VNTHLRDLV VVPEMIGSVV GVYNGKQFIN VEIKPEMVGY YLGEFSISYK PVRHGKPGIG ATHSSRFIPL K

+
分子 #18: Ribosomal protein uS9

分子名称: Ribosomal protein uS9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 16.587488 KDa
配列文字列:
MADIGKRPKK RVQTFGRKKN AVAVALCTQG KGLLRVNGCP LEHLQPEALK VKAFEPLLLL GKERFQDVDI RVRVSGGGYV AQIYAIRQA IAKAVVAFNQ KYVDEATKKE VRDILVAYDR SLIVADPRRC EPKKFGGPGA RARYQKSYR

+
分子 #19: Ribosomal protein eS17

分子名称: Ribosomal protein eS17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 15.256675 KDa
配列文字列:
MGRVRTRTVK RAARQIVEKY YAKLTLDFQI NKKISEEVAV IPSKRMRNRV AGFVTHLMKR IQKGPVRGIS LKLQEEERER RMDFVPERS EVDVATITVD QDTADMLRAL DINLPNVVVP SAGRPSNNQN RRN

+
分子 #20: Ribosomal protein uS13

分子名称: Ribosomal protein uS13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 17.761662 KDa
配列文字列:
MSIQVSNNQD FQHILRILNT NVDGREKVVV ALTAIRGIGR RVSNLICKKA DIDTNKRAGE LTADEISKVV AIASTPQQFK IPTWFLNRQ KDVKDGKHKH VVANGLDTVW REDLERLKKM RLHRGLRHYW GLKVRGQHTK TTGRHGRTVG VAKKKGC

+
分子 #21: Ribosomal protein eS19

分子名称: Ribosomal protein eS19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 18.414312 KDa
配列文字列:
MSNPAYLYET PLETRVHTVK DVKADAFIAL YANHLKKRGR FQLPKWIDYV KTAHAKELAP YDPDWLYIRA AAILRHLYIR PDCGVGGFR KVFSCRQRRG VRPNHTSKAS GKIIRYILQQ FEEMGLVESD PEKPGRRLTK NGQRELDVIA RQCAKPAVAS D

+
分子 #22: Ribosomal protein uS10

分子名称: Ribosomal protein uS10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 25.943293 KDa
配列文字列: MHVFSDVCAR PGSPEKTDRR RIFCAKVPTK RRKKCVFCVF EASPELCAFS ALPPHVTRDN RCLSVSLSVS RLPSSSRALP PAPASSSHS SCPRSQPLPG LLLFLKSSEG EPQKAKMSKL MKGGLEGEEQ RLHRIRITLT SKDLKSIERV CTELINGAKE K NLQVAGPV ...文字列:
MHVFSDVCAR PGSPEKTDRR RIFCAKVPTK RRKKCVFCVF EASPELCAFS ALPPHVTRDN RCLSVSLSVS RLPSSSRALP PAPASSSHS SCPRSQPLPG LLLFLKSSEG EPQKAKMSKL MKGGLEGEEQ RLHRIRITLT SKDLKSIERV CTELINGAKE K NLQVAGPV RLPVKTLRIT TRKSPCGEGT NTWDRFELRI YKRLIDLHSP SDVVKQITSI NIDPGVEVEV TIIDM

+
分子 #23: Ribosomal protein eS21

分子名称: Ribosomal protein eS21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 9.049265 KDa
配列文字列:
MQNDEGRIVD LYIPRKCSAT GRLIPAKEHG AVQINVGQVD EHGRYTGEYH AVAISGAVRQ RGESDACLNR LMHEKGLLSF AK

+
分子 #24: Ribosomal protein uS8

分子名称: Ribosomal protein uS8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 14.973676 KDa
配列文字列:
MVRMNVLADC LKTLVNAEKR GRRQVLIRPS SKVIIKFLQC MQRRGYIGDF EIVDDHRAGK IVIELLGRIN KCGVISPRFD IQVDKIEQF CSNLLPSRQF GHLVLTTAYG IMDHEEARRK HTGGKILGYF F

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分子 #25: Ribosomal protein uS12

分子名称: Ribosomal protein uS12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 15.837605 KDa
配列文字列:
MGKPNGIRTA RKLRSRRRVQ KWADKTYKKA HLGTRWKANP FGGSSHAKGI VVEKLGIEAK QPNSAIRKCV RVQLIKNGKK ITAFVPRDG SLNYIDENDE VLVAGFGRSG HAVGDIPGVR FKVVKVAGAS LLALFKEKKE KPRT

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分子 #26: Ribosomal protein eS24

分子名称: Ribosomal protein eS24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 15.23091 KDa
配列文字列:
MADSGAFSLR FRKLKTNPLL QRKQFGVDIL HPSRGSVSKK ELVEKIAKQF RVSDSQSIVV FGLKTAFGGG RSSGFAMIYD NPNAAKKFE NRFRLVRLGY VEAKPTKGRR AYKELKNRRK KVRGKEKAKC SGAAKK

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分子 #27: Ribosomal protein eS25

分子名称: Ribosomal protein eS25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 18.707014 KDa
配列文字列:
MRELRRLYGY MFRKDRQFFE IARFLIRVNS RVPVPAYGFQ HVSLCFVPVC RFTMAPKEKK TKEQIAAAAA AGSRKNKKKW SKGKSKDKL NHSVLFDKAT YDKLLADIPK ARLITPHTVC ERLKVNASLA RQAIRYLKDQ GLIKIVGEHH HSQYIYTRNT S A

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分子 #28: Ribosomal protein eS26

分子名称: Ribosomal protein eS26 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 12.75363 KDa
配列文字列:
MPTKRRNGGR AKHGRGHSAV VRCSNCGRSC PKDKAIKRFN VRNIVDASSQ RDLREASVYN TYTLPKLYIK QCYCVSCAIH SRVVRVRSV EQRKVRENPQ RRPQGGQQGQ GNN

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分子 #29: Ribosomal protein eS27

分子名称: Ribosomal protein eS27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 9.10585 KDa
配列文字列:
MEIDLLHPDP KVEASKHKLK RLIPNPNSFF MDVKCPGCLQ ITTVFSHAQT VVLCGSCNIM LCQPTGGKCK LTEGCSFRKK VE

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分子 #30: Ribosomal protein eS28

分子名称: Ribosomal protein eS28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 7.601858 KDa
配列文字列:
MEQPKLAKVE KVLGRTGSRG GVLQVRVTFM ADETDLAGRS LIRNVKGPVR EGDILALLET EREARRLR

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分子 #31: Ribosomal protein uS14

分子名称: Ribosomal protein uS14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 6.533824 KDa
配列文字列:
MTNLFNTRPK KFGPGSRQCR VCFNRHGMVR KYGLMMCRQC FRERANQIGF VKYR

+
分子 #32: Ribosomal protein eS30

分子名称: Ribosomal protein eS30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 6.6198 KDa
配列文字列:
MGKVHGSLAR AGKVKNQTPK VAKKEKKKPP TGRAKKRQQF NRRFTTSVGR KRGPNAQTQ

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分子 #33: Ribosomal protein eS31

分子名称: Ribosomal protein eS31 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 17.353152 KDa
配列文字列:
MQIFVLSVGG DTLALEVAPT STIRDVKEQL QARQGIEADD QRLCFGLHAL EDDETLGELG VEEECTLYQS LELLGAGKKR KKKTYTKPK KQKHKKKKVK LAVLKFYKVD GNDKVTRLRK ECPRETCGAG VFMAAHKNRT YCGRCGLTYI LNAEE

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分子 #34: Ribosomal protein eL41

分子名称: Ribosomal protein eL41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 5.120324 KDa
配列文字列:
MAHGASRYKK ARAKMRWKWK KKRTRRLQRK RRKMRQRSR

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 2.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.35 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 108162
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る