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- EMDB-6778: Large subunit of Toxoplasma gondii ribosome -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6778
タイトルLarge subunit of Toxoplasma gondii ribosome
マップデータ
試料
  • 複合体: Large subunit of Toxoplasma gondii ribosome
    • RNA: x 3種
    • タンパク質・ペプチド: x 41種
生物種Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.17 Å
データ登録者Li Z / Guo Q / Zheng L / Ji Y / Xie Y / Lai D / Lun Z / Suo X / Gao N
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2017
タイトル: Cryo-EM structures of the 80S ribosomes from human parasites Trichomonas vaginalis and Toxoplasma gondii.
著者: Zhifei Li / Qiang Guo / Lvqin Zheng / Yongsheng Ji / Yi-Ting Xie / De-Hua Lai / Zhao-Rong Lun / Xun Suo / Ning Gao /
要旨: As an indispensable molecular machine universal in all living organisms, the ribosome has been selected by evolution to be the natural target of many antibiotics and small-molecule inhibitors. High- ...As an indispensable molecular machine universal in all living organisms, the ribosome has been selected by evolution to be the natural target of many antibiotics and small-molecule inhibitors. High-resolution structures of pathogen ribosomes are crucial for understanding the general and unique aspects of translation control in disease-causing microbes. With cryo-electron microscopy technique, we have determined structures of the cytosolic ribosomes from two human parasites, Trichomonas vaginalis and Toxoplasma gondii, at resolution of 3.2-3.4 Å. Although the ribosomal proteins from both pathogens are typical members of eukaryotic families, with a co-evolution pattern between certain species-specific insertions/extensions and neighboring ribosomal RNA (rRNA) expansion segments, the sizes of their rRNAs are sharply different. Very interestingly, rRNAs of T. vaginalis are in size comparable to prokaryotic counterparts, with nearly all the eukaryote-specific rRNA expansion segments missing. These structures facilitate the dissection of evolution path for ribosomal proteins and RNAs, and may aid in design of novel translation inhibitors.
履歴
登録2017年7月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年8月30日-
マップ公開2017年8月30日-
更新2017年10月18日-
現状2017年10月18日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5xxb
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6778.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6778.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.32 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.04 / ムービー #1: 0.04
最小 - 最大-0.21132639 - 0.35448036
平均 (標準偏差)0.0006059298 (±0.009347305)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 422.40002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.321.321.32
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z422.400422.400422.400
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.2110.3540.001

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_6778_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Large subunit of Toxoplasma gondii ribosome

全体名称: Large subunit of Toxoplasma gondii ribosome
要素
  • 複合体: Large subunit of Toxoplasma gondii ribosome
    • RNA: 25S RNA
    • RNA: 5S RNA5SリボソームRNA
    • RNA: 5.8S RNA
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein uL2
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein uL3
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein uL4
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein uL18
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein eL6
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein uL30
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein eL8
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein uL6
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein uL16
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein uL5
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein eL13
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein eL14
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein eL15
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein uL13
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein uL22
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein eL18
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein eL19
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein eL20
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein eL21
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein eL22
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein uL14
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein eL24
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein uL23
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein uL24
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein eL27
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein uL15
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein eL29
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein eL30
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein eL31
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein eL32
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein eL33
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein eL34
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein uL29
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein eL36
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein eL37
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein eL38
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein eL39
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein eL40
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein eL42
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein eL43
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein eL28

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超分子 #1: Large subunit of Toxoplasma gondii ribosome

超分子名称: Large subunit of Toxoplasma gondii ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)

+
分子 #1: 25S RNA

分子名称: 25S RNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 1.120153125 MDa
配列文字列: AUCAGACCUG AAAUCAGGCG AGGUUACCCG CUGAACUUAA GCAUAUUAUU AAGCGGAGGA GAAGAAAAUA ACUAUGAUUC CCUUAGUAA CGGCGAGUGA ACCGGGAUCA GCUCAAAGUG GAAAUCAACU GCUCUUUCCG AGCUGUUGAC UUGUAGCCUC G AGAGGCGU ...文字列:
AUCAGACCUG AAAUCAGGCG AGGUUACCCG CUGAACUUAA GCAUAUUAUU AAGCGGAGGA GAAGAAAAUA ACUAUGAUUC CCUUAGUAA CGGCGAGUGA ACCGGGAUCA GCUCAAAGUG GAAAUCAACU GCUCUUUCCG AGCUGUUGAC UUGUAGCCUC G AGAGGCGU UACCAGUGGA AGCGCAGGGU UAAGUUUCUU GGGAAAGAAC AUCAUAGAGG GUGAGAAUCC CGUCCUUCCC CU GCGUUUU UUGUUCCACG UACGGUACGC UUUUAUAGAG UCGCGUUCAU CGGGAUUUGA GCGCAAAAUG UGUGGUAGGU UUC ACAUAA AGCUAAGUAC UGGCGCGAGA CCGAUAGCAA ACAAGUACCG UGAGGGAAAG AUGAAAAGUU CUUUGGAAAG AGAG UUAAA AGUGCCUGAA AUUGCUGAAA AGGAAGCGAU UGGGACCUUU UUGAUUCCAA GAAGUGCCGC CGGUUUGCCA UCUAU CCCU UUGCCUUCUC UCUCUCACCA GGUUUAGGCU UUGGUUUCUU GAUGUAUUUC CGGUUCAUCU UUUUGGAGAG GUCAGC AUC AGCUACUCGG AAUUGAUUUC GUUCAAAGAA GGUAGGUUCC UUGUGGACCG UUAUAUCUUU GUUCUUUCCU UUUCCUU GU GGCUGAGGAG UGUUCCUGUU UCCGAGCUCC ACUUUCGAGU ACUCGGUUUC UGUGAUGCUG GCUUAAUCGG UUCCAACC G ACCCGUCUUG AAACACGGAC CAAGGAGUCU AACAUAUGUG CGAGUAUGCG GGUUUUACUC CUGUAUGCGC AAUGAAAGU GAGAGUAGGG AGAUUUUGCU UUGCCAUUCU UCGCACCUAC GACCGACCAC GAUCUCUGAG AGAGGUUUGA GUUGGAGCAU AUCUGUUAG GACCCGAAAG AUGGUGAACU AUGCCUGAGU AGAAUGAAGU CAGGGGAAAC CCUGAUGGAG GUUCGUAGCG A UACUGACG UGCAAAUCGU UCGUCAAACU UGGGUAUAGG GGCGAAAGAC UAAUCGAACC AUCUAGUAGC UGGUUUCUUC CG AAGUUUC UCUCAGGAUA GCUGGAGUUU UGUUAGUUUU AUCAGGUAAA GCGAAUGAUU AGAGGCAUCG GGGGCGCGUC GCC CUCGAC CUAUUCUCAA ACUUUAAAUG GGUAAGAUCC AGUGGUUACU UCAUUGAACU GCUGGGAUUA AUAUGAACUC CAAG UGGGC CAUUUUUGGU AAGCAGAACU GGCGAUGAGG GAUGCUCCUA ACGCUUGGUU AAGGUGCCAA AAUGCUCGCU CAUCA GAUA CCAUAAAAGG UGUUGGUUCA UUUUGACAGC AGGACGGUGG UCAUGGAAGU CGAAAUCCGC UAAGGAGUGU GUAACA ACU CACCUGCCGA AUGAACCAGC CCUGAAAAUG GAUGGCGCUG AAGCGGGCUA CCGAUACCAG GCCAUUGCUA CUAAUUA UC ACUCGACCUU UUGUAGCAAU GAGUAGGAAG ACGUGGGGAU UGUGACGAAG CGUUCGGCGU AAGCCUGCGU GGAACAGU C UCUAGUGCAG AUCUUGGUGG UAGUAGCAAA UAUUCAAAUG AGAACUUUGA AGACUGAAGU GGAGAAGGGU UCCAUGUGA ACAGCAAUUG GACAUGGGUU AGCCGGUCCU AAGCGACAGC UUAACUGCGU AUACGUUAGG UUUCUUUACC UCGUUUCGCG AAAGGGAAU CGGGUUAAUA UUCCCGAGCC AGGACGUGGA UACUGUACGG UAACGUAAGU GAACUCCUCG ACGCAGGCAG G UGCUCCGG GAAGCGUUGU CUUUGCUUUU UAACAGCCUU UUCUUUUAUA CCCUGGAAUC AGUUUAGCUG GAGAUAGGGU UA GCUGGCU GGUAGAGCAC CUUGGUUUCC AAGGUGUCCG GUGCGCUCCU GACUGCCCUU GAAAAGAGGA GGGAAAGUUG UUA UUUACA CCCCUGGCCG UACCAAUAAC CGCAUCAGGU CUCCAAGGUU AGUAGCCUCU GGUCGAUAGA AUAAGGUAGA UAAG GGAAG UCGGCAAAAU AGAUCCGUAA CUUCGGGAAA AGGAUUGGCU CUGAGGGCUG GGUACAUUGC GCCCCAGUGG CCUGU AUUU GACGGAGCUU GGGACUGCUU CAUGCUUCGC GGCGUGUUGC GGACCCGAGC ACUGUCUGUA UUGCGCUCUG GGGAAA AGG UCCAUCUCCC UUUCCGGGGU CUUGGGCUGU GCGUGUACGG UGAACAGCUA ACUCAGAACU GGAGCGGACA AGGGGAA UC CGACUGUUUA AUUAAAACAA AGCAUUGCGA UGGCCAUAAC UGGUGUUGAC GCAAUGUGAU UUCUGCCCAG UGCUCUGA A UGUCAAUGUG AUGAAAUUCA AUCAAGCGCG GGUAAACGGC GGGAGUAACU AUGACUCUCU UAAGGUAGCC AAAUGCCUC GUCAUCUAAU UAGUGACGCG CAUGAAUGGA UUAACGAGAU UCCCACUGUC CCUAUCUACU AUCUAGCGAA ACCACAGCCA AGGGAACGG GCUUGGCAGA AUCAGCGGGG AAAGAAGACC CUGUUGAGCU UGACUCUAGU CCGACUUUGU GAAAUGACUU A GGAGGUGU AGCAUAAGUG GGAGCUUCGG CGCUCGUGAA AUACCACUAC UCUUAAUGUC GUUUUACUUA UUCCGUUAAG UU GAGACUC AUGCUCUGCA UGUGUUUUGG UUUUAAGGUG GCUUUUGCCG CUGAUCUACG CGGAAGACAC AGUCAGGUUG GGA GUUUGG CUGGGGCGGC ACAUCUGUGA AACAAUAGCG CAGGUGUCCU AAGGCAAGCU CAAUGAGAAC AGAAAUCUCA UGUU GACCA AAAGGGGAAA AGCUUGCUUG AUUUUGAUUU UCAGUACGAA UACAAACUGU GAAAGCAUGG CCUAUCGAUC CUUUA GGUC UGAGAAACUU UCAGCUAGAG GUGUCAGAAA AGUUACCACA GGGAUAACUG GCUUGUGGCA GCCAAGCGUU CAUAGC GAC GUUGCUUUUU GAUCCUUCGA UGUCGGCUCU UCCUAUCAUU GAGACGCAGA AGUCUCAAAG UGUCGGAUUG UUCACCC GC CAAUAGGGAA CGUGAGCUGG GUUUAGACCG UCGUGAGACA GGUUAGUUUU ACCCUACUGA UGACUUGAUA CUGCGACA G UAAUCCAACU UAGUACGAGA GGAACAGUUG GGUCGGAUAC UUGGUAAAUG CGGCUAGCUG AAAAGCUAGU GCCGCGACG CUACCAUCCG UUGGAUUAUG ACUGAACGCC UCUAAGUCAG AAUCCAUGCU GGAUAUGCAG UGUUAUUCAC CGCCUCCUUU GUUUCAUGC AAUGAUACAG GCCUCUGGCC UGCUUCUCAU CAAAGCCCUC CGCUUCAUGC UUUUGGGCGA GAAUCUCAAU U UCUAACAU UGGAGGUGAU ACAUCCAUUG CAGACGACUU UGUUGCAACC GGGUAUUGUA AGUAUGAGAG UAGGCUUGUC UA CGAUCUA CUAAGAUUUU UCCUGCGUUG UUCGAUGUGG

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分子 #2: 5S RNA

分子名称: 5S RNA / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 39.921641 KDa
配列文字列:
GCUGUCGGUC AUACUGCGUC GAAUACACCG GAUCCCUUCA GACCUCCGAA GUUAAGCGGC GCAAGGCCCG GUUAGUACUU GGGUGGGGG ACUCCCAGGG AAUACCCUCG GGUGCUGACA GCUUU

+
分子 #3: 5.8S RNA

分子名称: 5.8S RNA / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 50.78798 KDa
配列文字列:
AAAUUUUCAG CAAUGGAUGU CUUGGCUCGC GCAACGAUGA AGGACGCAGC GAACUGCGAA ACGCAAUGUG AAUUGCAGAA UUCAGUGAA UCAUCAGAUU UCUGAACGCA AAUGGCACCU UGGGGAUAUU CUCCUUGGUA CGUCUGUUUC AGUGUCUUU

+
分子 #4: Ribosomal protein uL2

分子名称: Ribosomal protein uL2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 28.314898 KDa
配列文字列: MGRVIRAQRK GRGSVFRAHT HKRKGEAKLR PLDFAERRGY IKGLVKDILH DPGRGAPLAE VSFRDAYRYK LNKQRMVAVE GMYTGQFIY CGKNAALTIG NILPLNKMPE GTVVSNVEEK AGDRGTLART SGTYATIVGH SDDGSKTRIR LPSGARKTVS G YSRGMVGI ...文字列:
MGRVIRAQRK GRGSVFRAHT HKRKGEAKLR PLDFAERRGY IKGLVKDILH DPGRGAPLAE VSFRDAYRYK LNKQRMVAVE GMYTGQFIY CGKNAALTIG NILPLNKMPE GTVVSNVEEK AGDRGTLART SGTYATIVGH SDDGSKTRIR LPSGARKTVS G YSRGMVGI VAGGGRIDKP MLKAGNAYHK YKVKRNCWPK VRGVAMNPVE HPHGGGNHQH IGHPSTVSRM AAPGQKVGLI AA RRTGLLR GGRKTKLAGK SQE

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分子 #5: Ribosomal protein uL3

分子名称: Ribosomal protein uL3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 44.150738 KDa
配列文字列: MSHRKFERPR HGSLGFLPRK RCKRHRGKVK AFPKDDPSKP PHLTAFMGYK AGMTHVVREL DKPGSKLHKK EIVEAVTVVD TPPMVCVGV VGYIETPRGL RALVTVWAGH LSDECKRRFY KNWYKSKRKA FTKYAKRYGD NNKMEAELTR MKNYCSVIRA I CHTQPSKT ...文字列:
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分子 #6: Ribosomal protein uL4

分子名称: Ribosomal protein uL4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 45.837258 KDa
配列文字列: MATARPLVSV YKPEDGTASG TSLMPSVFLS PLRPDLVRFV HTNMAKNRRQ PYGVAPNAGY QTSAESWGTG RAVSRIPRVP GGGTHRAGQ AAFGNMCRGG GMFAPNKTWR RWHRKVNVTQ KRHAVASAVA ATGLPALVMA RGHRIDEVPE LPLVVSEKLE K VSKTREAV ...文字列:
MATARPLVSV YKPEDGTASG TSLMPSVFLS PLRPDLVRFV HTNMAKNRRQ PYGVAPNAGY QTSAESWGTG RAVSRIPRVP GGGTHRAGQ AAFGNMCRGG GMFAPNKTWR RWHRKVNVTQ KRHAVASAVA ATGLPALVMA RGHRIDEVPE LPLVVSEKLE K VSKTREAV KILETLGCTA ELERVRASAK KLRAGKGKMR GRRTHMRRGP LVVYAEDNGV TRAFRNIPGV ELCKVDSLNL LQ LAPGGAL GRFCLYTASA FKRLQLLFGR HTGTGTAQLK KGYHLPRALM SNADLSRIVN SEEIQRVVRP ARVAPQKKRG QKK NLLKNH AVLCRVNPAA RNLKILARLA QTEGTKQRAL VLRKKQANRE EHKKHRQSAR RFAAEIRQAF SDKMAAELEA AARR KAEEA GAIAQASAEE E

+
分子 #7: Ribosomal protein uL18

分子名称: Ribosomal protein uL18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 35.408742 KDa
配列文字列: MAFVKALKNK AYFKRYQVKY RRRRQGKTDY AARRALVLQD RNKYNAHKHR LVVRLTNKRI ICQVVYSTIE GDRVLATAES TELPRYGVK IGLTNYAAAY CTGLLLARRV LKQLGMSETF EGVEATGEEY HIEENFGERR PFKVLLDVGI VRTTVGNRVF G AMKGAADG ...文字列:
MAFVKALKNK AYFKRYQVKY RRRRQGKTDY AARRALVLQD RNKYNAHKHR LVVRLTNKRI ICQVVYSTIE GDRVLATAES TELPRYGVK IGLTNYAAAY CTGLLLARRV LKQLGMSETF EGVEATGEEY HIEENFGERR PFKVLLDVGI VRTTVGNRVF G AMKGAADG GLHVPHGIKK FPGYSKPEGE GEGSYDPEAH RARILGLHVA DYMRQLKEED PEKYSAQFSQ YIKNKIEADD IE AMYKNAH AQIRKNPDAV KKERAANVQN VRQGNVIKTA KGQYVRHVKL TKAQRRERVQ QKIAMIAEQM AEA

+
分子 #8: Ribosomal protein eL6

分子名称: Ribosomal protein eL6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 21.563535 KDa
配列文字列: MAPTAAALAK KRLRTRKPKR QLYKSPAGAA KRMAKLRSSI TPGTVLILLS GGHRGKRVVF LKQLAPSGLL LVTGPFKVNG VPLRRVNQR YVIATTTKVD ISGVDVSSIK DEQFGASKKE KFAERKLRKK QDEGMFVQQS DSKAKQALPA QFKQLQDSVD K ALLASLSK ...文字列:
MAPTAAALAK KRLRTRKPKR QLYKSPAGAA KRMAKLRSSI TPGTVLILLS GGHRGKRVVF LKQLAPSGLL LVTGPFKVNG VPLRRVNQR YVIATTTKVD ISGVDVSSIK DEQFGASKKE KFAERKLRKK QDEGMFVQQS DSKAKQALPA QFKQLQDSVD K ALLASLSK DKLLTQYLKT RFTLRGNMRP HEMKF

+
分子 #9: Ribosomal protein uL30

分子名称: Ribosomal protein uL30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 30.187777 KDa
配列文字列: MADRYSVKLL RPMEGVPVPE RTKTKIARDV KLLNKMKQAK EAHAKKVHAQ RHALKMRTYK YVSEYRKERE NLIKLKREAK AKGGFYKEP EAKVILATRI KGINKLAPKP KMILRLFRLR QLHNAVFIKV NKATIEMLKA VQPFITYGYP TLKTIRQLIY K RGYAKVGK ...文字列:
MADRYSVKLL RPMEGVPVPE RTKTKIARDV KLLNKMKQAK EAHAKKVHAQ RHALKMRTYK YVSEYRKERE NLIKLKREAK AKGGFYKEP EAKVILATRI KGINKLAPKP KMILRLFRLR QLHNAVFIKV NKATIEMLKA VQPFITYGYP TLKTIRQLIY K RGYAKVGK PGAHSRIRLQ ANDIVSQHLG KYGIHGVEDL VHEIYTCGPY FKQANNFLWP FKLNSPRKGF TSKRHGYNEP RK GDWGNRE EMINELVQRM I

+
分子 #10: Ribosomal protein eL8

分子名称: Ribosomal protein eL8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 31.095934 KDa
配列文字列: MASMKKGSAA AKGSSGGKKK LPAAPLAGKS GKKVQKSPIF AKTPRSFRVG GNIQPRRDLS RFVKWPKYIL LQRQRRVLMQ RLKVPPAIN QFTHTLDKNQ TSQLMRLLAK YKPETRAEKK QRLLQEAERQ SAGGAAGGKK PVMIKYGINH VTDLIEIKKA K LVVIAHDV ...文字列:
MASMKKGSAA AKGSSGGKKK LPAAPLAGKS GKKVQKSPIF AKTPRSFRVG GNIQPRRDLS RFVKWPKYIL LQRQRRVLMQ RLKVPPAIN QFTHTLDKNQ TSQLMRLLAK YKPETRAEKK QRLLQEAERQ SAGGAAGGKK PVMIKYGINH VTDLIEIKKA K LVVIAHDV TPVELVCFIP QLCRKKEVPY CIVKGKSRLG QLVHQKNCPV LAIDNVRKED QAELEAQCKI YRAMFNDNSE VR RRWGGGI NGIKSQHAQQ KKEKLINIEL KKKMGLQLA

+
分子 #11: Ribosomal protein uL6

分子名称: Ribosomal protein uL6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 21.459178 KDa
配列文字列: MKSVYACETI TIPAGVTVDV KSRVVTVKGK YGEITRAFRH LPVDIQKTKS GNRLKVEMWY GTCTDLSCIR TLCSHIKNMF TGVMKKFQY KMRFVYAHFP INVNISGNGT VVEIRNFLGE KRVRIVKMLP GVKCEKATNV KDEIALTGTD VELVSRSAAL I HQSTLVRR ...文字列:
MKSVYACETI TIPAGVTVDV KSRVVTVKGK YGEITRAFRH LPVDIQKTKS GNRLKVEMWY GTCTDLSCIR TLCSHIKNMF TGVMKKFQY KMRFVYAHFP INVNISGNGT VVEIRNFLGE KRVRIVKMLP GVKCEKATNV KDEIALTGTD VELVSRSAAL I HQSTLVRR KDIRKFLDGI YVSETSTVEQ DA

+
分子 #12: Ribosomal protein uL16

分子名称: Ribosomal protein uL16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 24.846014 KDa
配列文字列: MGRRPARCYR YCKNKPYPKS RFCRGVPDAK IRIYDAGRKR ADVDEFPGVA HLVSDEYEQI SSEALEAARV CANKYMIKNC GKDNFHLRI RVHPFHVLRI NKMLSCAGAD RLQTGMRGAF GKPMGLVARV DIGQILMSIR TRESNVATAV TALRRAAFKF P GRQKVFVS ...文字列:
MGRRPARCYR YCKNKPYPKS RFCRGVPDAK IRIYDAGRKR ADVDEFPGVA HLVSDEYEQI SSEALEAARV CANKYMIKNC GKDNFHLRI RVHPFHVLRI NKMLSCAGAD RLQTGMRGAF GKPMGLVARV DIGQILMSIR TRESNVATAV TALRRAAFKF P GRQKVFVS NKWGFTKFTK VEYKKWQAEG RIVSDGVGAK WISTKGPLAN TFPSAADITL PVA

+
分子 #13: Ribosomal protein uL5

分子名称: Ribosomal protein uL5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 20.240361 KDa
配列文字列:
MVKKGEENPM RKIRIEKLTL NICVGESGDR LTRAARVLEQ LTGQRPQFSK ARFTIRSFGI RRNEKIACYV TVRGKKAEDI LEKGLKVKE YELKKKNFSD SGNFGFGIQE HIDLGIKYDP STGIYGMDFY VQLTRPGNRV AHRKRARGRV GHSHRVTKED S IKWFQQTY DGIVLNH

+
分子 #14: Ribosomal protein eL13

分子名称: Ribosomal protein eL13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 39.757371 KDa
配列文字列: MQVDTGFTKS ISVHWSLLPL SSDSVGLHNF LSRPQNMRCD ITRGVDESSI FRCGSRLLLF RRVTAGGARL AQRKGNSTAF RGAPYGCST LHPDNFLLFL SVSLSQISAS WTQHLGRASA EHLLVPAISW RKQSLSVVCF SSVKMVSKNN VLPNVHLHKW W QRYVKTWF ...文字列:
MQVDTGFTKS ISVHWSLLPL SSDSVGLHNF LSRPQNMRCD ITRGVDESSI FRCGSRLLLF RRVTAGGARL AQRKGNSTAF RGAPYGCST LHPDNFLLFL SVSLSQISAS WTQHLGRASA EHLLVPAISW RKQSLSVVCF SSVKMVSKNN VLPNVHLHKW W QRYVKTWF NQPGRKQSRR LRRQEKAAKL GVVPSGLLRP IVHPPTQRYN LKVRAGRGFT LEELKSVGLS PRVALSIGVA VD HRRRNRS AESLNANVTR LKAYLAKLVL FQRGSKAKKG LAGIPADTPK SQIQNVKHVK ISTAMPIPKA SKRCKPRAIT AEE QKFMAY ATLRKALRDC KNVGKHEKKL AAEKEANQK

+
分子 #15: Ribosomal protein eL14

分子名称: Ribosomal protein eL14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 15.492432 KDa
配列文字列:
MGLFTRYYQP GRLCVVQYGP DAGKLCFVVD IINQTRVLVD GAGVTGVKRQ SMPVRRIALT DQYLKIPRSV RSATLKKALE KDDVIAKFN QSSWGKRRLA KEQRANMSDF DRFKLMVILK QRRKVMQQKL KSLKK

+
分子 #16: Ribosomal protein eL15

分子名称: Ribosomal protein eL15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 24.387846 KDa
配列文字列: MGAYKYLEEL WKKKQSDVLR FLLRVRTWEY RQLPAVHRCT QSTRPDKARR LGYKKKQGFV IYRVRVRRGD RKKQVHKGIV YGKPKNQGV RKQKSTRNLR AVAEEKVGRK ICGGLRVLNS YWVGQDAVYK YYEVILVDPA HNAIRNDPRI NWLCKPVMKH R ECRGLTSA ...文字列:
MGAYKYLEEL WKKKQSDVLR FLLRVRTWEY RQLPAVHRCT QSTRPDKARR LGYKKKQGFV IYRVRVRRGD RKKQVHKGIV YGKPKNQGV RKQKSTRNLR AVAEEKVGRK ICGGLRVLNS YWVGQDAVYK YYEVILVDPA HNAIRNDPRI NWLCKPVMKH R ECRGLTSA GKKYRGLRTK GSGAARLRPS RRACWKKRQA VRLRRYR

+
分子 #17: Ribosomal protein uL13

分子名称: Ribosomal protein uL13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 31.757688 KDa
配列文字列: MWALRMYRLI FCATRGRPRR ACVGSFRRTE EISSFLCLLF FCCLERRSSE KRVQLSKDLF TRRFSKMTFK KVVVIDCQGH LLGRLASVV AKELLKGQQI ICVRCEDINI SGSLHRNRLK YQRFLRLRMN SNPRRGPYHL RAPSRILWRT IRGMLRHKVE R GQKALARL ...文字列:
MWALRMYRLI FCATRGRPRR ACVGSFRRTE EISSFLCLLF FCCLERRSSE KRVQLSKDLF TRRFSKMTFK KVVVIDCQGH LLGRLASVV AKELLKGQQI ICVRCEDINI SGSLHRNRLK YQRFLRLRMN SNPRRGPYHL RAPSRILWRT IRGMLRHKVE R GQKALARL QVYEGVPTMV ERKKRMVVPS ALRIVRLKPK RNFCRLGDLS SQVGWSHGDL VARLEEKRKT RSSAYYQKKK ER TKMQTEA KQFAQTTLPK DQVAFLQQYG HA

+
分子 #18: Ribosomal protein uL22

分子名称: Ribosomal protein uL22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 22.319188 KDa
配列文字列: MVKYAKEPSN ENKCCKAFGQ DLRVHFKNTH ATVQAIKKDK KGNPMKLSAA KKFLEDVMEK KRCVPFRKFT GCIGRKAQAK EFKHTQGRW PVKSCKFVLD LLRNAESNAE MKNLDVDNLV IEHIQVNRAP KGRRRTYRAH GRINPYMSQP CHIEVILREQ E QAVEKPSV ...文字列:
MVKYAKEPSN ENKCCKAFGQ DLRVHFKNTH ATVQAIKKDK KGNPMKLSAA KKFLEDVMEK KRCVPFRKFT GCIGRKAQAK EFKHTQGRW PVKSCKFVLD LLRNAESNAE MKNLDVDNLV IEHIQVNRAP KGRRRTYRAH GRINPYMSQP CHIEVILREQ E QAVEKPSV EGVKAKTIRL TKKALARSRV RVGGGSN

+
分子 #19: Ribosomal protein eL18

分子名称: Ribosomal protein eL18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 21.223158 KDa
配列文字列:
MGIDLERNGR KKKGGRRTVK SQNPYLRLLV KLYQFLARRT NSRFNAVVLK RLMNPKRLKA PMSLSKLARH MKGKEDHIAV LVGSVTDDI RMVHAPKLTV CALRFSETAR RRLEKAGGEC LTFDQLALRR PKGSKCVLLR AATKSREADK HFGAAPGTPG S KARPYVRS TGRKFEKARG RRKSRGYKN

+
分子 #20: Ribosomal protein eL19

分子名称: Ribosomal protein eL19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 22.221574 KDa
配列文字列:
MSLQLQKRLA ASILKCGRRR VWMDPNEASD ISMANSRFSI RKLVKDNLII RKAVAVHSRY RVRLYHEAKR AGRHMGKGKR KGTREARLP AKVLWMRRQR VLRRLLKKYR DSKKIDKHMY HSMYMRCKGN QFKNKRVLIE AIHNEKNLKL KEKALQEQLE A RKSKAAAQ KEKRRMKELK KEADSPASA

+
分子 #21: Ribosomal protein eL20

分子名称: Ribosomal protein eL20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 21.372252 KDa
配列文字列:
MKADPTLQQK ISQYQVVGRK QPTEAEPNPS LFRMRLFARN KVLAVSKFWY LLKKMKKVKK STGEILAVNE IREKRPTFVK NFGVWLRYD SRTGTHNMYK EVRDISQNGA VSQLYAEMAG RHRALPSNIQ IIRVAEIKAS QCRRAHMQQL FDSKLKLPAI R RIFPTPKD KKSVFCARKP TLFLH

+
分子 #22: Ribosomal protein eL21

分子名称: Ribosomal protein eL21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 17.932977 KDa
配列文字列:
MPTSFGKRAR TRQKFSKGFR RHGMPAVSRL LVIHKKGDYV DIVCDPSVQK GMPYSYYHGR TGIVFNVTQR AVGVEVNKVV GNRVIKKRI HVRLEHVRKS RCNELFLRRV KENDAAHHEA HLKGESIKTK RQIPGPKPGC FVSGTMEVLE PAPFVESY

+
分子 #23: Ribosomal protein eL22

分子名称: Ribosomal protein eL22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 15.103659 KDa
配列文字列:
MAKAHMRAAG SGRGAGGKKG AAAKPVKVKF TVDCQKPVDD NIIEAKGLER FLQTHIKVDG KCNNLGDRVQ VSREKAKVFV TAELPFSKR YIKYLTKKYL KKQMLRDFMR VVSSRDTVYE LRYFQMPQED ETAA

+
分子 #24: Ribosomal protein uL14

分子名称: Ribosomal protein uL14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 14.842553 KDa
配列文字列:
MKRGRGGVGG SKMRVTLGLP VGALINCCDN SGAKNLYIIA VKGWGSCLNR LPACSLGDLV LATVKKGKPD LRKKVHMAII VRQRRAWRR AEGYFIYFED NAGVVANNKG EMKGSAVTGP VGKECAELWP KISAAATAIC

+
分子 #25: Ribosomal protein eL24

分子名称: Ribosomal protein eL24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 17.644857 KDa
配列文字列:
MSAVKTTIKT DMCSFSEYRI YPGRGQRFVA KDGKVHTFIH RKEASLFRQK IKPVKLHWTL VWRRMNKKGG KDAVNKRRSR KATKTVQKA IVGLSLEDIK RTRAQKPETK AKSATAVKDA KEKSKKSKAA GVRPQSGPAQ KVQIPKQQKQ ATRGRK

+
分子 #26: Ribosomal protein uL23

分子名称: Ribosomal protein uL23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 18.600809 KDa
配列文字列:
MAPKAGASAG AKASAKKAVA GKVKKAQQAA KGLKASSSFK KARVRTNVHF FRPHTLRKSR QPKVVRRCYE AATCTFPKLA KTDKYTIVR QPLTTESAMK KIEETNTLVF LVDPRSNKRQ IKQAVKELYD VDTQRVNTLI RPDGLKKAYV RLTSDYDALD V ANKIGII

+
分子 #27: Ribosomal protein uL24

分子名称: Ribosomal protein uL24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 16.353228 KDa
配列文字列:
MKFSSQVSSS RRKSRKAHFS APSSVRRKIM TAPLCKELRK KYNVRSLPIR KDDEVMVVRG HHHDREGKVT KVYRKKWVIH IERVTRDKA NGETVTIGIH PSKVVITKAK LDKDRKALLE RKSRATTKGK YTEKDVAMSQ VD

+
分子 #28: Ribosomal protein eL27

分子名称: Ribosomal protein eL27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 16.841355 KDa
配列文字列:
MVKLLKSGRV VVVLNGRHAG KKGVVVNTWE GSKERQFAFC LVAGIEKAPL KVHKKMPAKK IEKRMRVKPF LKYINVNHLM PTRYTVSSD MDVKTMVPED AMRTVDDRKA AKKGLKKIFY EKFTNPVNEK VGKVSKDLLF LRKKLRF

+
分子 #29: Ribosomal protein uL15

分子名称: Ribosomal protein uL15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 16.384355 KDa
配列文字列:
MTTRLRKTRK RRGHVSAGYG RVGKHRKHPG GRGKAGGMHH MRINYDKYHP GYFGKVGMRH YHLLKNQYTC PTVNVDKLWS LVSPATLEK AEQSKDKAAV IDVTKSGYFK VLGKGDLPKI PVIVKARFFS KIAEKKIKAA GGACVLTG

+
分子 #30: Ribosomal protein eL29

分子名称: Ribosomal protein eL29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 6.387679 KDa
配列文字列:
MAKSKNHTNH NQNKKAHRNG IKKPQRKRKM STKGMCPKFL RNQRACKRGM MKSD

+
分子 #31: Ribosomal protein eL30

分子名称: Ribosomal protein eL30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 11.682658 KDa
配列文字列:
MAKKAKKSGS EGINSRLQLV MKSGKVNLGC KTAIHALRTG KAKLIIISNN CPALRKSEIE YYAMLSKCGV HHYHGDNNEL GTACGKLFR VSCLAVTDPG DSDIIRSVE

+
分子 #32: Ribosomal protein eL31

分子名称: Ribosomal protein eL31 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 14.389729 KDa
配列文字列:
MKGTTRKAQN KSLQPVCRDY TIHLHKLIHG IQFKKRAPRA LREIRRFAQK TMHTKDVRID TKLNKFIWSG GIRNVPRRVR VRIARRRND DEDSKEKFYT LVQHVPVASF ENLKTEYVNE E

+
分子 #33: Ribosomal protein eL32

分子名称: Ribosomal protein eL32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 15.652334 KDa
配列文字列:
MAPVSTVKRS IVKKRVKSFP RFQSDRYKRV KSSWRKPKGI DCRVRRKFKG TNTMPNIGYG SNKKTRHMLP NGFFKFLVSS PKDIELLLM HNTKFAAEIA HNISSRKRRE ILERADQLNV LVLNRSARLD TAEDE

+
分子 #34: Ribosomal protein eL33

分子名称: Ribosomal protein eL33 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 12.873091 KDa
配列文字列:
MKKSGTKQPV RLYVRGIVLG YKRSKVNQYP SCSLLQLEGV NDRKDTQFYL GKRVAYVYKA KTEKQGSKYR VIWGRIRRPH GNGGIVRAK FRSNLPPSSI AGRVRVFLYP SNI

+
分子 #35: Ribosomal protein eL34

分子名称: Ribosomal protein eL34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 15.427309 KDa
配列文字列:
MAPRLVYRRH NHYATGSNRV RRVRTPGAKV VFHNVGKQPS RPKCGNCHRA LPGIPAVAPH RLRLLKKRER TVHRAYGGSR CHACVRERI VRAFLVEEQK CVKQVLQVKE KQKKDEMKAE SKKSKQKKSS KTAKA

+
分子 #36: Ribosomal protein uL29

分子名称: Ribosomal protein uL29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 14.231108 KDa
配列文字列:
MVKIRAYELR GKSQKELVKQ LEDLKKELAQ LRVAKVTGSA ASKLSKVTEV RKGIARVLTV YTQKQREEAR AAFKGKKFIP NDLRAKKTR AIRRRLTASQ TRKMTVRKMK RTQNVPKRKF ALIA

+
分子 #37: Ribosomal protein eL36

分子名称: Ribosomal protein eL36 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 37 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 11.437687 KDa
配列文字列:
MSGIAVGLKR GYVVTKKATP ARPSRRPRKL SPRMSSIREI IRQVAGFAPY ERRIIELLKI GTAATTKRAL KFAKKRLGTH RRGKGKREE LQNVVSAQRR KA

+
分子 #38: Ribosomal protein eL37

分子名称: Ribosomal protein eL37 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 38 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 11.25621 KDa
配列文字列:
MGKAGKGTGS FGKRHGKTHF LCIRCGRRAY HTQKKTCGAC GYPNAKKRTY NWSEKAKRRH TTGTGRCRHL KDMPRRAKNN FREGTKATP VKKRKTQQK

+
分子 #39: Ribosomal protein eL38

分子名称: Ribosomal protein eL38 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 39 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 9.606386 KDa
配列文字列:
MAKEIRDLRK FLLTARRPDA KRVTIVRQHK KPRATGGGAS TVTKFKIRCS RYLYTFVVED REKAQKLEGS LPPSLEKVSI PGKK

+
分子 #40: Ribosomal protein eL39

分子名称: Ribosomal protein eL39 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 40 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 6.172519 KDa
配列文字列:
MGSIKGLSLK KHLGRKQKQN RPIPPWIRMR TGSKIRYNAK RRHWRRTKLG M

+
分子 #41: Ribosomal protein eL40

分子名称: Ribosomal protein eL40 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 41 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 14.714291 KDa
配列文字列:
MQIFVKTLTG KTITLDVEPS DTIENVKAKI QDKEGIPPDQ QRLIFAGKQL EDGRTLSDYN IQKESTLHLV LRLRGGIIEP SLALLAQKY NCEKKVCRKC YARLPPRATN CRKKKCGHSN QLRPKKKPKN

+
分子 #42: Ribosomal protein eL42

分子名称: Ribosomal protein eL42 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 42 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 12.098689 KDa
配列文字列:
MVNVPKLRNT FCKGPKCRKH QPHKVSQYKK GKDSLVVQGK RRYDRKQKGF GGQTKPIFRK KAKTTKKIVL KLECTKCKTK RLLPIKRCK SFELGAEKKS KGGPGY

+
分子 #43: Ribosomal protein eL43

分子名称: Ribosomal protein eL43 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 43 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 10.426384 KDa
配列文字列:
MAKRTKKVGV VGKYGTRYGA SLRKQVKKIE LQQHAKYSCP FCGKMATKRQ AVGIWKCRGC SKVMTGGAWT LQTAAAATVR STVARLRKQ AGEAQAA

+
分子 #44: Ribosomal protein eL28

分子名称: Ribosomal protein eL28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 44 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
分子量理論値: 14.787717 KDa
配列文字列:
MVSSELLWQC VRRNHCFIRK FNGITLSAER MNLTNKNTLK YSGIAHKQPL GLNRHGANNG CIALVTVQKC SRAMRKPTRA VQVRKFKKS KKEMSKVMKA VAERRPDLLK VANKKMKKLI RTGNSSNKKE

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 2.0 e/Å2

-
画像解析

初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.17 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 108162
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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