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- EMDB-6777: Electron cryo-microscopy structure of LbuCas13a-crRNA binary complex -

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基本情報

エントリ情報
データベース: EMDB / ID: 6777
タイトルElectron cryo-microscopy structure of LbuCas13a-crRNA binary complex
試料LbuCas13a-crRNA binary complex
由来Leptotrichia buccalis / バクテリア / レプトトリキア・ブカリス
マップデータElectron cryo-microscopy structure of LbuCas13a-crRNA binary complex
手法単粒子再構成法, 3.2Å分解能
データ登録者Zhang X / Wang Y
引用Cell, 2017, 170, 714-726.e10

Cell, 2017, 170, 714-726.e10 StrPapers
The Molecular Architecture for RNA-Guided RNA Cleavage by Cas13a.
Liang Liu / Xueyan Li / Jun Ma / Zongqiang Li / Lilan You / Jiuyu Wang / Min Wang / Xinzheng Zhang / Yanli Wang

構造検証レポートPDB-ID: 5xwy

簡易版詳細版構造検証レポートについて
日付登録: 2017年6月30日 / ヘッダ(付随情報) 公開: 2017年9月13日 / マップ公開: 2017年9月13日 / 最新の更新: 2017年9月13日

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF CHIMERAによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(半径に従い着色)
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF CHIMERAによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: : PDB-5xwy
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF CHIMERAによる作画
  • ダウンロード
3D viewer


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中心
拡大
スケール
断面手前 <=> 奥

固定: /
方向
方向 Rotation
その他 /
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添付画像

ダウンロードとリンク

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マップデータ

ファイルemd_6777.map.gz (map file in CCP4 format, 32001 KB)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
200 pix
0.82 Å/pix.
= 164. Å
200 pix
0.82 Å/pix.
= 164. Å
200 pix
0.82 Å/pix.
= 164. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spiderにより作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.82 Å
密度
表面のレベル:0.02 (by author), 0.02 (ムービー #1)
最小 - 最大-0.12865293 - 0.20330638
平均 (標準偏差)0.00039493514 (0.0066677476)
詳細

EMDB XML:

空間群番号1
マップ形状
Axis orderXYZ
Dimensions200200200
Origin000
Limit199199199
Spacing200200200
セルA=B=C: 164 Å
α=β=γ: 90 deg.

CCP4マップヘッダ:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.820.820.82
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z164.000164.000164.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ
NX/NY/NZ
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-0.1290.2030.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 LbuCas13a-crRNA binary complex

全体名称: LbuCas13a-crRNA binary complex / 構成要素数: 3

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構成要素 #1: タンパク質, LbuCas13a-crRNA binary complex

タンパク質名称: LbuCas13a-crRNA binary complex / 組換発現: No
由来生物種: Leptotrichia buccalis / バクテリア / レプトトリキア・ブカリス
: ATCC 14201
由来(合成)発現系: Escherichia coli / バクテリア / エシェリキア・コリ, 大腸菌 /

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構成要素 #2: タンパク質, A type VI-A CRISPR-Cas RNA-guided RNA ribonuclease, Cas13a

タンパク質名称: A type VI-A CRISPR-Cas RNA-guided RNA ribonuclease, Cas13a
組換発現: No
分子量理論値: 138.555156 kDa
由来(合成)発現系: Leptotrichia buccalis (strain atcc 14201 / dsm 1135 / jcm 12969 / nctc 10249 / c-1013-b) / バクテリア
: ATCC 14201 / DSM 1135 / JCM 12969 / NCTC 10249 / C-1013-b

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構成要素 #3: 核酸, RNA (59-MER)

核酸名称: RNA (59-MER) / クラス: RNA / 構造: OTHER / 合成: No
配列:
GGACCACCCC AAAAAUGAAG GGGACUAAAA CACAAAUCUA UCUGAAUAAA CUCUUCUUC
分子量理論値: 18.869348 kDa

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実験情報

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試料調製

試料の状態粒子
試料溶液pH: 7.5
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
撮影顕微鏡: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射量: 60 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズ撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ホルダモデル: OTHER
カメラディテクター: GATAN K2 (4k x 4k)

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画像解析

解析手法: 単粒子再構成法 / 投影像の数: 238758
3次元再構成分解能: 3.2 Å / 分解能の算定法: FSC 0.143 CUT-OFF

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原子モデル構築

得られたモデル

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万見について

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お知らせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator (旧版) / 万見 (旧版)

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi) / EM Navigator (旧版) / 万見 (旧版)

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2016年4月13日: Omokage検索が速くなりました

Omokage検索が速くなりました

  • データアクセスプロセスを見直し、計算時間をこれまでの半分程度に短縮しました。
  • これまで以上に、生体分子の「カタチの類似性」をお楽しみください!

関連情報: Omokage検索

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • 旧バージョンのすべての機能をこちらに移植する予定です
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: 万見 (旧版) / EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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