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万見
- EMDB-6775: Cryo-EM structure of human respiratory supercomplex I1III2IV1 -

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登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6775
タイトルCryo-EM structure of human respiratory supercomplex I1III2IV1
マップデータ
試料
  • 複合体: Human respiratory supercomplex I1III2IV1
機能・相同性
機能・相同性情報


subthalamus development / pons development / positive regulation of peptidase activity / cerebellar Purkinje cell layer development / protein insertion into mitochondrial inner membrane / Complex I biogenesis / blastocyst hatching / pyramidal neuron development / ubiquinone-6 biosynthetic process / TP53 Regulates Metabolic Genes ...subthalamus development / pons development / positive regulation of peptidase activity / cerebellar Purkinje cell layer development / protein insertion into mitochondrial inner membrane / Complex I biogenesis / blastocyst hatching / pyramidal neuron development / ubiquinone-6 biosynthetic process / TP53 Regulates Metabolic Genes / respiratory chain complex IV assembly / response to mercury ion / protein lipoylation / Mitochondrial Fatty Acid Beta-Oxidation / thalamus development / mitochondrial respirasome assembly / Cytoprotection by HMOX1 / cellular response to oxygen levels / respiratory chain complex IV / Respiratory electron transport / iron-sulfur cluster assembly complex / mitochondrial respiratory chain complex III assembly / mitochondrial large ribosomal subunit binding / respiratory gaseous exchange by respiratory system / Mitochondrial protein import / regulation of oxidative phosphorylation / Respiratory electron transport / gliogenesis / mitochondrial respiratory chain complex III / neural precursor cell proliferation / mitochondrial respiratory chain complex IV / [2Fe-2S] cluster assembly / mitochondrial respirasome / NADH dehydrogenase activity / cardiac muscle tissue development / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / response to alkaloid / oxygen sensor activity / 細胞呼吸 / シトクロムcオキシダーゼ / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinone binding / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / 酸化的リン酸化 / acyl binding / response to copper ion / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / response to glucagon / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial ribosome / electron transport coupled proton transport / iron-sulfur cluster assembly / mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport / cytochrome-c oxidase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / acyl carrier activity / azurophil granule membrane / mitochondrial translation / hypothalamus development / midbrain development / NADH:ユビキノン還元酵素 (水素イオン輸送型) / sodium ion transport / response to cobalamin / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / mitochondrial respiratory chain complex I / apoptotic mitochondrial changes / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / RHOG GTPase cycle / quinone binding / response to hyperoxia / ATP synthesis coupled electron transport / cellular response to interferon-beta / animal organ regeneration / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / enzyme regulator activity / response to cadmium ion / respirasome / 細胞呼吸 / ATP metabolic process / cellular response to retinoic acid / extrinsic apoptotic signaling pathway / response to cAMP / response to organonitrogen compound / ionotropic glutamate receptor binding / substantia nigra development / reactive oxygen species metabolic process / respiratory electron transport chain / cerebellum development / 神経発生 / response to activity / regulation of mitochondrial membrane potential / response to nicotine / synaptic membrane / generation of precursor metabolites and energy / central nervous system development / fatty acid binding / apoptotic signaling pathway
類似検索 - 分子機能
Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / Single alpha-helix domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex, 6.4kD protein / Cytochrome c oxidase, subunit 8 / Cytochrome c oxidase, subunit 8 superfamily / Cytochrome oxidase c subunit VIII / Cytochrome c oxidase subunit VIIa, metazoa / Cytochrome C oxidase, subunit VIIB / Cytochrome c oxidase subunit IV / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8kDa, N-terminal ...Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / Single alpha-helix domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex, 6.4kD protein / Cytochrome c oxidase, subunit 8 / Cytochrome c oxidase, subunit 8 superfamily / Cytochrome oxidase c subunit VIII / Cytochrome c oxidase subunit VIIa, metazoa / Cytochrome C oxidase, subunit VIIB / Cytochrome c oxidase subunit IV / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8kDa, N-terminal / Cytochrome C oxidase, subunit VIIB domain superfamily / Mitochondrial cytochrome c oxidase subunit VIc/VIIs / Cytochrome c oxidase, subunit VIIa superfamily / Mitochondrial cytochrome c oxidase subunit VIc/VIIs superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIc / Cytochrome C oxidase chain VIIB / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa, N-terminal / Globular protein, non-globular alpha/beta subunit / : / Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 / Cytochrome c oxidase, subunit VIa, conserved site / Cytochrome c oxidase subunit VIa signature. / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase subunit IV family / Cytochrome c oxidase subunit VIIc superfamily / Cytochrome c oxidase subunit IV superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome c oxidase, subunit VIa / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI / Cytochrome c oxidase, subunit VIa superfamily / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIa / Cytochrome c oxidase subunit Va / Cytochrome c oxidase, subunit VIb / Cytochrome c oxidase, subunit VIb superfamily / Cytochrome oxidase c subunit VIb / Cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome c oxidase subunit 2, C-terminal / Cytochrome c oxidase subunit III domain / Cytochrome c oxidase subunit Vb, zinc binding region signature. / Cytochrome c oxidase, subunit Vb / Cytochrome c oxidase, subunit Vb superfamily / Cytochrome c oxidase subunit Vb / Cytochrome c oxidase subunit Vb, zinc binding domain profile. / Cytochrome c oxidase subunit I domain / Cytochrome c oxidase, subunit II / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / UcrQ family / Cytochrome bc1 complex subunit Rieske, transmembrane domain superfamily / Complex1_LYR-like / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit / Cytochrome c oxidase subunit III / Cytochrome c oxidase subunit III-like / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome c oxidase, subunit III, 4-helical bundle / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 superfamily / Cytochrome c oxidase subunit III / Ubiquinol-cytochrome C reductase, UQCRX/QCR9 like / Heme-copper oxidase subunit III family profile. / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, transmembrane domain / Cytochrome c oxidase subunit III-like superfamily / Ubiquinol cytochrome reductase transmembrane region / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome oxidase subunit II transmembrane region profile. / NADH-ubiquinone oxidoreductase 1 subunit C1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase flavoprotein 3 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C1, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 3, mitochondrial / NADH:ubiquinone oxidoreductase, ESSS subunit / ESSS subunit of NADH:ubiquinone oxidoreductase (complex I) / シトクロムb / : / : / Cytochrome c/quinol oxidase subunit II / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1, NDUB1 / MNLL subunit / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Peptidase M16, zinc-binding site / Insulinase family, zinc-binding region signature. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / NADH-ubiquinone oxidoreductase, subunit 10 / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit 10 / Copper centre Cu(A)
類似検索 - ドメイン・相同性
NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8, mitochondrial / Acyl carrier protein, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 5, mitochondrial ...NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8, mitochondrial / Acyl carrier protein, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 5, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C1, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 2, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 6 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 3 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 4 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10 / シトクロムb / Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 6B1 / Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5 / Cytochrome c oxidase subunit 6C / Cytochrome c oxidase subunit 7A1, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial / Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 8B, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 3, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6 / Cytochrome c oxidase subunit 2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 11, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Gu J / Wu M / Yang M
引用ジャーナル: Cell / 年: 2017
タイトル: Architecture of Human Mitochondrial Respiratory Megacomplex IIIIIV.
著者: Runyu Guo / Shuai Zong / Meng Wu / Jinke Gu / Maojun Yang /
要旨: The respiratory megacomplex represents the highest-order assembly of respiratory chain complexes, and it allows mitochondria to respond to energy-requiring conditions. To understand its architecture, ...The respiratory megacomplex represents the highest-order assembly of respiratory chain complexes, and it allows mitochondria to respond to energy-requiring conditions. To understand its architecture, we examined the human respiratory chain megacomplex-IIIIIV (MCIIIIIV) with 140 subunits and a subset of associated cofactors using cryo-electron microscopy. The MCIIIIIV forms a circular structure with the dimeric CIII located in the center, where it is surrounded by two copies each of CI and CIV. Two cytochrome c (Cyt.c) molecules are positioned to accept electrons on the surface of the c state CIII dimer. Analyses indicate that CII could insert into the gaps between CI and CIV to form a closed ring, which we termed the electron transport chain supercomplex. The structure not only reveals the precise assignment of individual subunits of human CI and CIII, but also enables future in-depth analysis of the electron transport chain as a whole.
履歴
登録2017年6月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年9月13日-
マップ公開2017年9月13日-
更新2017年12月13日-
現状2017年12月13日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5xth
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6775.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6775.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.083 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0354 / ムービー #1: 0.04
最小 - 最大-0.091495745 - 0.38491186
平均 (標準偏差)0.00086070073 (±0.0064994423)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 519.83997 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0831.0831.083
M x/y/z480480480
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z519.840519.840519.840
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS480480480
D min/max/mean-0.0910.3850.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Human respiratory supercomplex I1III2IV1

全体名称: Human respiratory supercomplex I1III2IV1
要素
  • 複合体: Human respiratory supercomplex I1III2IV1

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超分子 #1: Human respiratory supercomplex I1III2IV1

超分子名称: Human respiratory supercomplex I1III2IV1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#68
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量実験値: 1.7 MDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
平均電子線量: 1.25 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 3.0)
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 使用した粒子像数: 167761

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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