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- EMDB-6770: Structure of the Nav1.4-beta1 complex from electric eel -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6770
タイトルStructure of the Nav1.4-beta1 complex from electric eel
マップデータexperimental map
試料
  • 細胞器官・細胞要素: voltage gated sodium channel EeNav1.4
    • タンパク質・ペプチド: Sodium channel proteinナトリウムチャネル
    • タンパク質・ペプチド: Voltage-gated sodium channel beta subunit 1
  • リガンド: N-ACETYL-D-GLUCOSAMINEN-アセチルグルコサミン
  • リガンド: BETA-D-MANNOSE
機能・相同性
機能・相同性情報


voltage-gated monoatomic ion channel activity / voltage-gated sodium channel complex / sodium channel activity / voltage-gated sodium channel activity / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / sodium channel regulator activity
類似検索 - 分子機能
Sodium channel subunit beta-1/beta-3 / Sodium ion transport-associated / Sodium ion transport-associated / Voltage gated sodium channel, alpha subunit / Voltage-gated cation channel calcium and sodium / Voltage-dependent channel domain superfamily / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Ion transport domain / Ion transport protein ...Sodium channel subunit beta-1/beta-3 / Sodium ion transport-associated / Sodium ion transport-associated / Voltage gated sodium channel, alpha subunit / Voltage-gated cation channel calcium and sodium / Voltage-dependent channel domain superfamily / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Ion transport domain / Ion transport protein / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Voltage-gated sodium channel beta subunit 1 / Sodium channel protein
類似検索 - 構成要素
生物種Electrophorus electricus (デンキウナギ) / Electric eel (デンキウナギ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å
データ登録者Yan Z / Zhou Q / Wu JP / Yan N
引用ジャーナル: Cell / 年: 2017
タイトル: Structure of the Na1.4-β1 Complex from Electric Eel.
著者: Zhen Yan / Qiang Zhou / Lin Wang / Jianping Wu / Yanyu Zhao / Gaoxingyu Huang / Wei Peng / Huaizong Shen / Jianlin Lei / Nieng Yan /
要旨: Voltage-gated sodium (Na) channels initiate and propagate action potentials. Here, we present the cryo-EM structure of EeNa1.4, the Na channel from electric eel, in complex with the β1 subunit at 4. ...Voltage-gated sodium (Na) channels initiate and propagate action potentials. Here, we present the cryo-EM structure of EeNa1.4, the Na channel from electric eel, in complex with the β1 subunit at 4.0 Å resolution. The immunoglobulin domain of β1 docks onto the extracellular L5 and L6 loops of EeNa1.4 via extensive polar interactions, and the single transmembrane helix interacts with the third voltage-sensing domain (VSD). The VSDs exhibit "up" conformations, while the intracellular gate of the pore domain is kept open by a digitonin-like molecule. Structural comparison with closed NaPaS shows that the outward transfer of gating charges is coupled to the iris-like pore domain dilation through intricate force transmissions involving multiple channel segments. The IFM fast inactivation motif on the III-IV linker is plugged into the corner enclosed by the outer S4-S5 and inner S6 segments in repeats III and IV, suggesting a potential allosteric blocking mechanism for fast inactivation.
履歴
登録2017年6月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年8月9日-
マップ公開2017年8月9日-
更新2018年10月24日-
現状2018年10月24日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5xsy
  • 表面レベル: 0.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6770.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6770.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈experimental map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.338 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.1 / ムービー #1: 0.1
最小 - 最大-0.22568451 - 0.33369038
平均 (標準偏差)0.0012356095 (±0.013148039)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 267.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.3381.3381.338
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z267.600267.600267.600
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-0.2260.3340.001

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添付データ

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ハーフマップ: half map1

ファイルemd_6770_half_map_1.map
注釈half map1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map2

ファイルemd_6770_half_map_2.map
注釈half map2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : voltage gated sodium channel EeNav1.4

全体名称: voltage gated sodium channel EeNav1.4
要素
  • 細胞器官・細胞要素: voltage gated sodium channel EeNav1.4
    • タンパク質・ペプチド: Sodium channel proteinナトリウムチャネル
    • タンパク質・ペプチド: Voltage-gated sodium channel beta subunit 1
  • リガンド: N-ACETYL-D-GLUCOSAMINEN-アセチルグルコサミン
  • リガンド: BETA-D-MANNOSE

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超分子 #1: voltage gated sodium channel EeNav1.4

超分子名称: voltage gated sodium channel EeNav1.4 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Electrophorus electricus (デンキウナギ)

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分子 #1: Sodium channel protein

分子名称: Sodium channel protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Electric eel (デンキウナギ)
分子量理論値: 208.519797 KDa
配列文字列: MARKFSSARP EMFRRFTPDS LEEIEAFTEL KKSCTLEKKE PESTPRIDLE AGKPLPMIYG DPPEDLLNIP LEDLDPFYKT QKTFIVISK GNIINRFNAE RALYIFSPFN PIRRGAIRVF VNSAFNFFIM FTIFSNCIFM TISNPPAWSK IVEYTFTGIY T FEVIVKVL ...文字列:
MARKFSSARP EMFRRFTPDS LEEIEAFTEL KKSCTLEKKE PESTPRIDLE AGKPLPMIYG DPPEDLLNIP LEDLDPFYKT QKTFIVISK GNIINRFNAE RALYIFSPFN PIRRGAIRVF VNSAFNFFIM FTIFSNCIFM TISNPPAWSK IVEYTFTGIY T FEVIVKVL SRGFCIGHFT FLRDPWNWLD FSVVTMTYIT EFIDLRNVSA LRTFRVLRAL KTITIFPGLK TIVRALIESM KQ MGDVVIL TVFSLAVFTL AGMQLFMGNL RHKCIRWPIS NVTLDYESAY NTTFDFTAYI ENEENQYFLD GALDALLCGN NSD AGKCPE GYTCMKAGRN PNYGYTNYDN FAWTFLCLFR LMLQDYWENL YQMTLRAAGK SYMVFFIMVI FLGSFYLINL ILAV VAMAY EEQNQATLAE AQEKEAEFQR AVEQLRIQQE QINDERKASL ASQLTQNQEA EITDDGDDAI KECNGKAFPL ANIRE PSSV KLSTEEQRSD SKSMDSKHSV DKPSLKHKAA STMSVFTLED LEAARRPCPP VWYKFAGFVF KWNCCGPWVF LKKWVH FVM MDPFTDLFIT LCIILNTLFM SIEHHPMNES FQSLLSAGNL VFTTIFAAEM VLKIIALDPY YYFQQTWNIF DSIIVSL SL LELGLSNMQG MSVLRSLRLL RIFKLAKSWP TLNILIKIIC NSVGALGNLT IVLAIIVFIF ALVGFQLFGK NYKEYVCK I SDDCELPRWH MNDFFHSFLI VFRALCGEWI ETMWDCMEVG GVPMCLAVYM MVIIIGNLVM LNLFLALLLS SFSSDNLSS IEEDDEVNSL QVASERISRA KNWVKIFITG TVQALVLWIQ GKKPPSDDVV GEEGDNEGKK DTLPLNYLDG EKIVDGITNC VESPTLNLP IVKGESEIEE EGLVDSSDEE DTNKKKHALN DEDSSVCSTV DYSPSEQDPL AKEEEEEEEE EPEELESKDP E ACFTEKCI WRFPFLDVDI TQGKGKIWWN LRRTCYTIVE HDYFETFIIF MILLSSGVLA FEDIYIWRRR VIKVILEYAD KV FTYVFIV EMLLKWVAYG FKRYFTDAWC WLDFVIVGAS IMGITSSLLG YEELGAIKNL RTIRALRPLR ALSRFEGMKV VVR ALLGAI PSIMNVLLVC LMFWLIFSIM GVNLFAGKFY RCINTTTDEI LPVEEVNNRS DCMALMYTNE VRWVNLKVNY DNAG MGYLS LLQVSTFKGW MDIMYAAVDS REVEDQPIYE INVYMYLYFV IFIVFGAFFT LNLFIGVIID NFNRQKQKLG GEDLF MTEE QKKYYNAMKK LGSKKAAKCI PRPSNVVQGV VYDIVTQPFT DIFIMALICI NMVAMMVESE DQSQVKKDIL SQINVI FVI IFTVECLLKL LALRQYFFTV GWNVFDFAVV VISIIGLLLS DIIEKYFVSP TLFRVIRLAR IARVLRLIRA AKGIRTL LF ALMMSLPALF NIGLLLFLIM FIFSIFGMSN FAYVKKQGGV DDIFNFETFG NSMICLFEIT TSAGWDGLLL PTLNTGPP D CDPDVENPGT DVRGNCGNPG KGITFFCSYI ILSFLVVVNM YIAIILENFG VAQEESSDLL CEDDFVMFDE TWHKFDVHG TQFLDYNDLP RFVNALQEPM RIPNPNRHKL AKMDMYVVME DKISYLDVLL AVTQEVLGDT TEMEAMRLSI QAKFKKDNPS PTFFEPVVT TLRRKEEEWA SVVIQRAFRQ YLLMRAVSHA SFLSQIKHMN EGPKDGVGSQ DSLITQKMNA LYRGNPELTM P LEQQIKPM LDKPRMPSLS VPETYPIQIP KEVTNEVILH SAPMVRQNYS YSGAIVVRES IV

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分子 #2: Voltage-gated sodium channel beta subunit 1

分子名称: Voltage-gated sodium channel beta subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Electric eel (デンキウナギ)
分子量理論値: 23.657322 KDa
配列文字列: MSAVQLLWMP VVLCVMQGRL SNGACVEVDS DTEAVVGHGF KLGCISCKMR GEVQASATVD WWFMAKGESE FSHIYSYIDM TGMVNDERF LDRLNWMGSK NTFDLQDGSI YILNVTLNDT GTYRCYFDRT LTFNYYEFRT NINKTITLNV VPKATRGTAS I LSEVMMYV ...文字列:
MSAVQLLWMP VVLCVMQGRL SNGACVEVDS DTEAVVGHGF KLGCISCKMR GEVQASATVD WWFMAKGESE FSHIYSYIDM TGMVNDERF LDRLNWMGSK NTFDLQDGSI YILNVTLNDT GTYRCYFDRT LTFNYYEFRT NINKTITLNV VPKATRGTAS I LSEVMMYV SIIGLQLWLL VEMVYCYRKI AAAGEEALRE SAAKPPLKLH P

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分子 #3: N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE

分子名称: N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 10 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da

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分子 #4: BETA-D-MANNOSE

分子名称: BETA-D-MANNOSE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 6 / 式: BMA
分子量理論値: 180.156 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.2 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 1.5 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

6698

初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 123431

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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