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- EMDB-6752: Structure of Coxsackievirus A6 (CVA6) virus procapsid particle -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6752
タイトルStructure of Coxsackievirus A6 (CVA6) virus procapsid particle
マップデータNone
試料
  • ウイルス: Coxsackievirus A6 (コクサッキーウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Genome polyprotein
    • タンパク質・ペプチド: Genome polyprotein
    • タンパク質・ペプチド: Genome polyprotein
キーワードCoxsackievirus A6 / procapsid (カプシド) / icosahedral (二十面体) / VIRUS (ウイルス)
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / ピコルナイン2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / cytoplasmic vesicle membrane / : ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / ピコルナイン2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / cytoplasmic vesicle membrane / : / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / RNA依存性RNAポリメラーゼ / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / host cell nucleus / structural molecule activity / virion attachment to host cell / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / RNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF3724, picornavirus / Protein of unknown function (DUF3724) / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 ...Protein of unknown function DUF3724, picornavirus / Protein of unknown function (DUF3724) / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / ヘリカーゼ / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / DNA/RNA polymerase superfamily / Peptidase S1, PA clan / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Coxsackievirus A6 (コクサッキーウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Zheng QB / He MZ
資金援助 中国, 米国, 6件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China31670933 中国
National Natural Science Foundation of China81401669 中国
National Science and Technology Major Projects for Major New Drugs Innovation and Development2017ZX09101005-005-003 中国
National Science and Technology Major Project of Infectious Diseases2017ZX10304402-002-003 中国
Natural Science Foundation of Fujian Province2015J05073 中国
National Institutes of HealthR37-GM33050 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Atomic structures of Coxsackievirus A6 and its complex with a neutralizing antibody.
著者: Longfa Xu / Qingbing Zheng / Shaowei Li / Maozhou He / Yangtao Wu / Yongchao Li / Rui Zhu / Hai Yu / Qiyang Hong / Jie Jiang / Zizhen Li / Shuxuan Li / Huan Zhao / Lisheng Yang / Wangheng Hou ...著者: Longfa Xu / Qingbing Zheng / Shaowei Li / Maozhou He / Yangtao Wu / Yongchao Li / Rui Zhu / Hai Yu / Qiyang Hong / Jie Jiang / Zizhen Li / Shuxuan Li / Huan Zhao / Lisheng Yang / Wangheng Hou / Wei Wang / Xiangzhong Ye / Jun Zhang / Timothy S Baker / Tong Cheng / Z Hong Zhou / Xiaodong Yan / Ningshao Xia /
要旨: Coxsackievirus A6 (CVA6) has recently emerged as a major cause of hand, foot and mouth disease in children worldwide but no vaccine is available against CVA6 infections. Here, we demonstrate the ...Coxsackievirus A6 (CVA6) has recently emerged as a major cause of hand, foot and mouth disease in children worldwide but no vaccine is available against CVA6 infections. Here, we demonstrate the isolation of two forms of stable CVA6 particles-procapsid and A-particle-with excellent biochemical stability and natural antigenicity to serve as vaccine candidates. Despite the presence (in A-particle) or absence (in procapsid) of capsid-RNA interactions, the two CVA6 particles have essentially identical atomic capsid structures resembling the uncoating intermediates of other enteroviruses. Our near-atomic resolution structure of CVA6 A-particle complexed with a neutralizing antibody maps an immune-dominant neutralizing epitope to the surface loops of VP1. The structure-guided cell-based inhibition studies further demonstrate that these loops could serve as excellent targets for designing anti-CVA6 vaccines.Coxsackievirus A6 (CVA6) causes hand, foot and mouth disease in children. Here the authors present the CVA6 procapsid and A-particle cryo-EM structures and identify an immune-dominant neutralizing epitope, which can be exploited for vaccine development.
履歴
登録2017年6月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年9月27日-
マップ公開2017年9月27日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0915
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0915
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5xs5
  • 表面レベル: 0.0915
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-5xs5
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6752.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6752.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 262.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈None
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.128 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0915 / ムービー #1: 0.0915
最小 - 最大-0.20347741 - 0.36940232
平均 (標準偏差)0.00095367606 (±0.023493862)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ410410410
Spacing410410410
セルA=B=C: 462.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.1281.1281.128
M x/y/z410410410
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z462.480462.480462.480
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS410410410
D min/max/mean-0.2030.3690.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Coxsackievirus A6

全体名称: Coxsackievirus A6 (コクサッキーウイルス)
要素
  • ウイルス: Coxsackievirus A6 (コクサッキーウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Genome polyprotein
    • タンパク質・ペプチド: Genome polyprotein
    • タンパク質・ペプチド: Genome polyprotein

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超分子 #1: Coxsackievirus A6

超分子名称: Coxsackievirus A6 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 86107 / 生物種: Coxsackievirus A6 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: Coxsackievirus A6 procapsid particle capsid / T番号(三角分割数): 1

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分子 #1: Genome polyprotein

分子名称: Genome polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Coxsackievirus A6 (コクサッキーウイルス)
株: TW-2007-00141 / 器官: homo sapiens, human
分子量理論値: 33.467273 KDa
配列文字列: NDPIANAVES AVSALADTTI SRVTAANTTA STHSLGTGRV PALQAAETGA SSNASDENLV ETRCVMNRNG VNEASVEHFY SRAGLVGVV EVKDSGTSLD GYTVWPIDVM GFVQQRRKLE LSTYMRFDAE FTFVSNLSNS TTPGMLLQYM YVPPGAPKPD G RKSYQWQT ...文字列:
NDPIANAVES AVSALADTTI SRVTAANTTA STHSLGTGRV PALQAAETGA SSNASDENLV ETRCVMNRNG VNEASVEHFY SRAGLVGVV EVKDSGTSLD GYTVWPIDVM GFVQQRRKLE LSTYMRFDAE FTFVSNLSNS TTPGMLLQYM YVPPGAPKPD G RKSYQWQT ATNPSVFAKL SDPPPQVSVP FMSPATAYQW FYDGYPTFGE HKQATNLQYG QCPNNMMGHF AIRTVSESTT GK NVHVRVY MRIKHVRAWV PRPLRSQAYM VKNYPTYSQT ITNTATDRAS ITTTDYEGGV PASPQRTS

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #2: Genome polyprotein

分子名称: Genome polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Coxsackievirus A6 (コクサッキーウイルス)
株: TW-2007-00141 / 器官: Homo sapiens, human / 組織: muscle
分子量理論値: 35.63873 KDa
配列文字列: MGAQVSTQKS GSHETRNVAT EGSTINFTNI NYYKDSYAAS ASRQDFAQDP AKFTRPVLDT IREVAAPLQS PSVEACGYSD RVAQLTVGN STITTQEAAN IVLSYGEWPE YCPSTDATAV DKPTRPDVSV NRFYTLSTKS WKTESTGWYW KFPDVLNDTG V FGQNAQFH ...文字列:
MGAQVSTQKS GSHETRNVAT EGSTINFTNI NYYKDSYAAS ASRQDFAQDP AKFTRPVLDT IREVAAPLQS PSVEACGYSD RVAQLTVGN STITTQEAAN IVLSYGEWPE YCPSTDATAV DKPTRPDVSV NRFYTLSTKS WKTESTGWYW KFPDVLNDTG V FGQNAQFH YLYRSGFCMH VQCNASKFHQ GALLVAAIPE FVIAASSPAT KPNGRGLYPD FAHTNPGKDG QEFRDPYVLD AG IPLSQAL VFPHQWINLR TNNCATIIMP YVNALPFDSA LNHSNFGLVV IPISPLKYCN GATTEVPVTL TIAPLNSEFS GLR QAIKQ

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #3: Genome polyprotein

分子名称: Genome polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Coxsackievirus A6 (コクサッキーウイルス)
器官: Homo sapiens, human / 組織: muscle
分子量理論値: 26.274836 KDa
配列文字列: GFPTELKPGT NQFLTTDDGT SPPILPGFEP TPLIHIPGEF TSLLDLCQIE TILEVNNTTG TIGVSRLLIP VRAQNNVDQL CASFQVDPG RNGPWQSTMV GQICRYYTQW SGSLKVTFMF TGSFMATGKM LIAYTPPGSA QPATREAAML GTHIVWDFGL Q SSVTLVIP ...文字列:
GFPTELKPGT NQFLTTDDGT SPPILPGFEP TPLIHIPGEF TSLLDLCQIE TILEVNNTTG TIGVSRLLIP VRAQNNVDQL CASFQVDPG RNGPWQSTMV GQICRYYTQW SGSLKVTFMF TGSFMATGKM LIAYTPPGSA QPATREAAML GTHIVWDFGL Q SSVTLVIP WISNTHFRAV KIGGVYDYYA TGIVTIWYQT NFVVPPDTPT EANIIALGAA QKNFTLKLCK DTDEIQQTAA YQ

UniProtKB: Genome polyprotein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.0 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 構成要素 - 名称: PBS
詳細: NaCl 137mmol/L, KCl 2.7mmol/L, Na2HPO4 10mmol/L, KH2PO4 2mmol/L
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 40 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.3 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.3 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 93000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-7 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 312 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 25.0 e/Å2
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 30660
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Startup model was generated by software AUTO3DEM
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 角度割当タイプ: COMMON LINE / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 使用した粒子像数: 10749
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 218.67 / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient
得られたモデル

PDB-5xs5:
Structure of Coxsackievirus A6 (CVA6) virus procapsid particle

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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