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- EMDB-6741: Structure of stacked C2S2M2-type PSII-LHCII supercomplex from Pis... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6741
タイトルStructure of stacked C2S2M2-type PSII-LHCII supercomplex from Pisum sativum
マップデータStructure of stacked C2S2M2-type PSII-LHCII supercomplex from Pisum sativum
試料
  • 複合体: C2S2M2-type PSII-LHCII supercomplex from Pisum sativum
    • タンパク質・ペプチド: x 24種
  • リガンド: x 18種
キーワードPhotosystem II (光化学系II) / PSII-LHCII / C2S2M2 / Supercomplex / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


photosynthesis, light harvesting / photosystem II assembly / photosystem II stabilization / oxygen evolving activity / photosystem II oxygen evolving complex / 光化学系II / photosystem II reaction center / photosynthetic electron transport chain / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / 光化学系I ...photosynthesis, light harvesting / photosystem II assembly / photosystem II stabilization / oxygen evolving activity / photosystem II oxygen evolving complex / 光化学系II / photosystem II reaction center / photosynthetic electron transport chain / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / 光化学系I / response to herbicide / 光化学系II / extrinsic component of membrane / photosynthetic electron transport in photosystem II / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / phosphate ion binding / 光合成 / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / calcium ion binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
PsbP, C-terminal / PsbP / Photosystem II PsbW, class 2 / Photosystem II reaction centre W protein (PsbW) / Oxygen-evolving enhancer protein 3 / Oxygen evolving enhancer protein 3 (PsbQ) / Mog1/PsbP, alpha/beta/alpha sandwich / PsbQ-like domain superfamily / Photosystem II PsbJ / Photosystem II PsbJ superfamily ...PsbP, C-terminal / PsbP / Photosystem II PsbW, class 2 / Photosystem II reaction centre W protein (PsbW) / Oxygen-evolving enhancer protein 3 / Oxygen evolving enhancer protein 3 (PsbQ) / Mog1/PsbP, alpha/beta/alpha sandwich / PsbQ-like domain superfamily / Photosystem II PsbJ / Photosystem II PsbJ superfamily / PsbJ / Photosystem II PsbX, type 1 subfamily / Photosystem II PsbO, manganese-stabilising / Manganese-stabilising protein / photosystem II polypeptide / Photosystem II reaction centre M protein (PsbM) / Photosystem II PsbM superfamily / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II PsbZ superfamily / YCF9 / Photosystem II PsbM / Photosystem II PsbX / Photosystem II reaction centre X protein (PsbX) / Photosystem II PsbT / Photosystem II PsbL / Photosystem II PsbL superfamily / Photosystem II PsbT superfamily / Photosystem II CP43 reaction centre protein superfamily / Photosystem II reaction centre T protein / PsbL protein / Photosystem II PsbK / Photosystem II CP43 reaction centre protein / Photosystem II PsbK superfamily / Photosystem II 4 kDa reaction centre component / Photosystem II CP47 reaction centre protein / Photosystem II PsbI / Photosystem II PsbI superfamily / Photosystem II reaction centre I protein (PSII 4.8 kDa protein) / Photosystem II reaction centre protein H / Photosystem II protein D1 / Photosystem II D2 protein / Photosystem II cytochrome b559, conserved site / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II cytochrome b559, beta subunit / Photosystem II cytochrome b559, N-terminal / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit, lumenal region / Photosystem II reaction centre protein H superfamily / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit superfamily / Cytochrome b559, alpha (gene psbE) and beta (gene psbF)subunits / Lumenal portion of Cytochrome b559, alpha (gene psbE) subunit / Photosystem II 10 kDa phosphoprotein / Cytochrome b559 subunits heme-binding site signature. / Photosystem antenna protein-like / Photosystem antenna protein-like superfamily / Photosystem II protein / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / PSII 6.1 kDa protein / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem II reaction center protein K / Photosystem II reaction center protein I / Photosystem II CP43 reaction center protein / Photosystem II D2 protein / Photosystem II protein D1 / Cytochrome b559 subunit alpha ...Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / PSII 6.1 kDa protein / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem II reaction center protein K / Photosystem II reaction center protein I / Photosystem II CP43 reaction center protein / Photosystem II D2 protein / Photosystem II protein D1 / Cytochrome b559 subunit alpha / Photosystem II reaction center protein J / Oxygen-evolving enhancer protein 1, chloroplastic / Oxygen-evolving enhancer protein 2, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein 8, chloroplastic / Photosystem II reaction center protein L / Cytochrome b559 subunit beta / Photosystem II reaction center protein M / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem II reaction center protein Z / Oxygen-evolving enhancer protein 3 / Photosystem II reaction center protein T / Ultraviolet-B-repressible protein / Photosystem II reaction center protein H / Photosystem II CP47 reaction center protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pisum sativum (エンドウ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Su XD / Ma J
資金援助 中国, 4件
OrganizationGrant number国
The Strategic Priority Research ProgramXDB08020302 中国
The Key Research Program of Frontier Sciences of CASQYZDB-SSW-SMC005 中国
National 973 project grant2011CBA00900 中国
National Natural Science Foundation of China31570724 and 31270793 中国
引用ジャーナル: Science / 年: 2017
タイトル: Structure and assembly mechanism of plant CSM-type PSII-LHCII supercomplex.
著者: Xiaodong Su / Jun Ma / Xuepeng Wei / Peng Cao / Dongjie Zhu / Wenrui Chang / Zhenfeng Liu / Xinzheng Zhang / Mei Li /
要旨: In plants, the photosynthetic machinery photosystem II (PSII) consists of a core complex associated with variable numbers of light-harvesting complexes II (LHCIIs). The supercomplex, comprising a ...In plants, the photosynthetic machinery photosystem II (PSII) consists of a core complex associated with variable numbers of light-harvesting complexes II (LHCIIs). The supercomplex, comprising a dimeric core and two strongly bound and two moderately bound LHCIIs (CSM), is the dominant form in plants acclimated to limited light. Here we report cryo-electron microscopy structures of two forms of CSM (termed stacked and unstacked) from at 2.7- and 3.2-angstrom resolution, respectively. In each CSM, the moderately bound LHCII assembles specifically with a peripheral antenna complex CP24-CP29 heterodimer and the strongly bound LHCII, to establish a pigment network that facilitates light harvesting at the periphery and energy transfer into the core. The high mobility of peripheral antennae, including the moderately bound LHCII and CP24, provides insights into functional regulation of plant PSII.
履歴
登録2017年5月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年9月27日-
マップ公開2017年9月27日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 17.5
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面レベル: 17.5
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  • 原子モデル: PDB-5xnl
  • 表面レベル: 17.5
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6741.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6741.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Structure of stacked C2S2M2-type PSII-LHCII supercomplex from Pisum sativum
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度
表面レベル登録者による: 17.5 / ムービー #1: 17.5
最小 - 最大-94.102500000000006 - 168.729899999999986
平均 (標準偏差)0.060884107 (±6.5817747)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-150-150-150
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 312.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.041.041.04
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z312.000312.000312.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ384384384
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-150-150-150
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-94.103168.7300.061

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : C2S2M2-type PSII-LHCII supercomplex from Pisum sativum

全体名称: C2S2M2-type PSII-LHCII supercomplex from Pisum sativum
要素
  • 複合体: C2S2M2-type PSII-LHCII supercomplex from Pisum sativum
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein 8, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Light harvesting chlorophyll a/b-binding protein Lhcb6, CP24
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II protein D1光化学系II
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II CP47 reaction center protein光化学系II
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II CP43 reaction center protein光化学系II
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II D2 protein光化学系II
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b559 subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b559 subunit beta, PsbF
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein H光化学系II
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein I, PsbI光化学系II
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein J光化学系II
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein K光化学系II
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein L光化学系II
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein M光化学系II
    • タンパク質・ペプチド: Oxygen-evolving enhancer protein 1, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Oxygen-evolving enhancer protein 2, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Oxygen-evolving enhancer protein 3
    • タンパク質・ペプチド: Light harvesting chlorophyll a/b-binding protein Lhcb4, CP29
    • タンパク質・ペプチド: Light harvesting chlorophyll a/b-binding protein Lhcb5, CP26
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein T光化学系II
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein W光化学系II
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein X光化学系II
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein Z光化学系II
  • リガンド: CHLOROPHYLL B
  • リガンド: CHLOROPHYLL Aクロロフィルa
  • リガンド: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
  • リガンド: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
  • リガンド: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: BETA-CAROTENEΒ-カロテン
  • リガンド: CA-MN4-O5 CLUSTER
  • リガンド: FE (II) ION
  • リガンド: CHLORIDE ION塩化物
  • リガンド: PHEOPHYTIN Aフェオフィチン
  • リガンド: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
  • リガンド: BICARBONATE ION炭酸水素塩
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: water水

+
超分子 #1: C2S2M2-type PSII-LHCII supercomplex from Pisum sativum

超分子名称: C2S2M2-type PSII-LHCII supercomplex from Pisum sativum
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#24
由来(天然)生物種: Pisum sativum (エンドウ)

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分子 #1: Chlorophyll a-b binding protein 8, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein 8, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pisum sativum (エンドウ)
分子量理論値: 24.952113 KDa
配列文字列: RKSATTKKVA SSGSPWYGPD RVKYLGPFSG ESPSYLTGEF PGDYGWDTAG LSADPETFSK NRELEVIHSR WAMLGALGCV FPELLSRNG VKFGEAVWFK AGSQIFSEGG LDYLGNPSLV HAQSILAIWA TQVILMGAVE GYRIAGGPLG EVVDPLYPGG S FDPLGLAD ...文字列:
RKSATTKKVA SSGSPWYGPD RVKYLGPFSG ESPSYLTGEF PGDYGWDTAG LSADPETFSK NRELEVIHSR WAMLGALGCV FPELLSRNG VKFGEAVWFK AGSQIFSEGG LDYLGNPSLV HAQSILAIWA TQVILMGAVE GYRIAGGPLG EVVDPLYPGG S FDPLGLAD DPEAFAELKV KELKNGRLAM FSMFGFFVQA IVTGKGPLEN LADHLSDPVN NNAWSYATNF VPGK

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein 8, chloroplastic

+
分子 #2: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pisum sativum (エンドウ)
分子量理論値: 26.54524 KDa
配列文字列: RKSANPLRDV VAMGTSKFTM GNDLWYGPDR VKYLGPFSAQ TPSYLTGEFP GDYGWDTAGL SADPEAFAKN RALEVIHGRW AMLGALGCI TPEVLQKWVR VDFKEPVWFK AGSQIFSEGG LDYLGNPNLV HAQSILAVLG FQIVLMGLVE GFRINGLPDV G EGNDLYPG ...文字列:
RKSANPLRDV VAMGTSKFTM GNDLWYGPDR VKYLGPFSAQ TPSYLTGEFP GDYGWDTAGL SADPEAFAKN RALEVIHGRW AMLGALGCI TPEVLQKWVR VDFKEPVWFK AGSQIFSEGG LDYLGNPNLV HAQSILAVLG FQIVLMGLVE GFRINGLPDV G EGNDLYPG GQYFDPLGLA DDPVTFAELK VKEIKNGRLA MFSMFGFFVQ AIVTGKGPLE NLLDHLDNPV ANNAWVYATK FV PGA

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

+
分子 #3: Light harvesting chlorophyll a/b-binding protein Lhcb6, CP24

分子名称: Light harvesting chlorophyll a/b-binding protein Lhcb6, CP24
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pisum sativum (エンドウ)
分子量理論値: 22.858957 KDa
配列文字列: AASAPKKSWI PGVSFGGNLV DPEWLDGSLP GDFGFDPLGL GKDPAFLKWY REAELIHGRW AMAAVLGIFV GQAWSGVPWF EAGADPNAI APFSFGTLLG TQLILMGWVE SKRWVDFFNP DSQSVEWATP WSKTAENFVN STGEQGYPGG KFFDPLSLAG T IENGVYIP ...文字列:
AASAPKKSWI PGVSFGGNLV DPEWLDGSLP GDFGFDPLGL GKDPAFLKWY REAELIHGRW AMAAVLGIFV GQAWSGVPWF EAGADPNAI APFSFGTLLG TQLILMGWVE SKRWVDFFNP DSQSVEWATP WSKTAENFVN STGEQGYPGG KFFDPLSLAG T IENGVYIP DTDKLERLKL AEIKHARLAM LAMLIFYFEA GQGKTPLGAL GL

+
分子 #4: Photosystem II protein D1

分子名称: Photosystem II protein D1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 光化学系II
由来(天然)生物種: Pisum sativum (エンドウ)
分子量理論値: 38.14743 KDa
配列文字列: MTAILERRDS ENLWGRFCNW ITSTENRLYI GWFGVLMIPT LLTATSVFII AFIAAPPVDI DGIREPVSGS LLYGNNIISG AIIPTSAAI GLHFYPIWEA ASVDEWLYNG GPYELIVLHF LLGVACYMGR EWELSFRLGM RPWIAVAYSA PVAAATAVFL I YPIGQGSF ...文字列:
MTAILERRDS ENLWGRFCNW ITSTENRLYI GWFGVLMIPT LLTATSVFII AFIAAPPVDI DGIREPVSGS LLYGNNIISG AIIPTSAAI GLHFYPIWEA ASVDEWLYNG GPYELIVLHF LLGVACYMGR EWELSFRLGM RPWIAVAYSA PVAAATAVFL I YPIGQGSF SDGMPLGISG TFNFMIVFQA EHNILMHPFH MLGVAGVFGG SLFSAMHGSL VTSSLIRETT ENESANEGYR FG QEEETYN IVAAHGYFGR LIFQYASFNN SRSLHFFLAA WPVVGIWFTA LGISTMAFNL NGFNFNQSVV DSQGRVINTW ADI INRANL GMEVMHERNA HNFPLDLA

UniProtKB: Photosystem II protein D1

+
分子 #5: Photosystem II CP47 reaction center protein

分子名称: Photosystem II CP47 reaction center protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pisum sativum (エンドウ)
分子量理論値: 56.11784 KDa
配列文字列: MGLPWYRVHT VVLNDPGRLL SVHIMHTALV AGWAGSMALY ELAVFDPSDP VLDPMWRQGM FVIPFMTRLG ITNSWGGWNI TGGTITNPG IWSYEGVAAA HIVFSGLCFL AAIWHWLYWD LEIFCDERTG KPSLDLPKIF GIHLFLAGVA CFGFGAFHVT G LFGPGIWV ...文字列:
MGLPWYRVHT VVLNDPGRLL SVHIMHTALV AGWAGSMALY ELAVFDPSDP VLDPMWRQGM FVIPFMTRLG ITNSWGGWNI TGGTITNPG IWSYEGVAAA HIVFSGLCFL AAIWHWLYWD LEIFCDERTG KPSLDLPKIF GIHLFLAGVA CFGFGAFHVT G LFGPGIWV SDPYGLTGRV QSVNPAWGVD GFDPFVPGGI ASHHIAAGTL GILAGLFHLS VRPPQRLYKG LRMGNIETVL SS SIAAVFF AAFVVAGTMW YGSATTPIEL FGPTRYQWDQ GYFQQEIYRR VSAGHVENQS LSEAWSKIPE KLAFYDYIGN NPA KGGLFR AGSMDNGDGI AVGWLGHPIF RDKEGRELFV RRMPTFFETF PVVLVDGDGI VRGDVPFRRA ESKYSVEQVG VIVE FYGGE LNGVTYSDPA TVKKYARRAQ LGEIFELDRA TLKSDGVFRS SPRGWFTFGH ASFALLFFFG HIWHGARTLF RDLFA GIDP DLDAQVEFGA FQKLGDPTTR RGL

UniProtKB: Photosystem II CP47 reaction center protein

+
分子 #6: Photosystem II CP43 reaction center protein

分子名称: Photosystem II CP43 reaction center protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pisum sativum (エンドウ)
分子量理論値: 52.035629 KDa
配列文字列: MKTLYSLRRF YHVETLFNGT LALTGRDQET TGFAWWAGNA RLINLSGKLL GAHVAHAGLI VFWAGAMNLF EVAHFVPEKP MYEQGLILL PHLATLGWGV GPGGEVIDTF PYFVSGVLHL ISSAVLGFGG IYHALLGPET LEESFPFFGY VWKDRNKMTT I LGIHLILL ...文字列:
MKTLYSLRRF YHVETLFNGT LALTGRDQET TGFAWWAGNA RLINLSGKLL GAHVAHAGLI VFWAGAMNLF EVAHFVPEKP MYEQGLILL PHLATLGWGV GPGGEVIDTF PYFVSGVLHL ISSAVLGFGG IYHALLGPET LEESFPFFGY VWKDRNKMTT I LGIHLILL GIGSFLLVFK AFYFGGIYDT WAPGGGDVRK ITNFTLSPSI LFGYLLKSPF GGEGWIVSVD DLEDIIGGHV WL GSICILG GIWHILTKPF AWARRALVWS GEAYLSYSLG ALAVFGFIAC CFVWFNNTAY PSEFYGPTGP EASQAQAFTF LVR DQRLGA NVGSAQGPTG LGKYLMRSPT GEVIFGGETM RFWDLRAPWL EPLRGPNGLD LSRLKKDIQP WQERRSAEYM THAP LGSLN SVGGVATEIN AVNYVSPRSW LATSHFVLGF FLFVGHLWHA GRARAAAAGF EKGIDRDFEP VLSMTPLN

UniProtKB: Photosystem II CP43 reaction center protein

+
分子 #7: Photosystem II D2 protein

分子名称: Photosystem II D2 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 光化学系II
由来(天然)生物種: Pisum sativum (エンドウ)
分子量理論値: 39.557199 KDa
配列文字列: MTIALGKFTK DQNDLFDIMD DWLRRDRFVF VGWSGLLLFP CAYFAVGGWF TGTTFVTSWY THGLASSYLE GCNFLTAAVS TPANSLAHS LLLLWGPEAQ GDLTRWCQLG GLWTFVALHG AFGLIGFMLR QFELARSVQL RPYNAIAFSG PIAVFVSVFL I YPLGQSGW ...文字列:
MTIALGKFTK DQNDLFDIMD DWLRRDRFVF VGWSGLLLFP CAYFAVGGWF TGTTFVTSWY THGLASSYLE GCNFLTAAVS TPANSLAHS LLLLWGPEAQ GDLTRWCQLG GLWTFVALHG AFGLIGFMLR QFELARSVQL RPYNAIAFSG PIAVFVSVFL I YPLGQSGW FFAPSFGVAA IFRFILFFQG FHNWTLNPFH MMGVAGVLGA ALLCAIHGAT VENTLFEDGD GANTFRAFNP TQ AEETYSM VTANRFWSQI FGVAFSNKRW LHFFMLFVPV TGLWMSALGV VGLALNLRAY DFVSQEIRAA EDPEFETFYT KNI LLNEGI RAWMATQDQP HENLIFPEEV LPRGNAL

UniProtKB: Photosystem II D2 protein

+
分子 #8: Cytochrome b559 subunit alpha

分子名称: Cytochrome b559 subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pisum sativum (エンドウ)
分子量理論値: 9.421555 KDa
配列文字列:
MSGSTGERSF ADIITSIRYW IIHSITIPSL FIAGWLFVST GLAYDVFGSP RPNEYFTETR QGIPLITGRF DSLEQLDEFS RSF

UniProtKB: Cytochrome b559 subunit alpha

+
分子 #9: Cytochrome b559 subunit beta, PsbF

分子名称: Cytochrome b559 subunit beta, PsbF / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pisum sativum (エンドウ)
分子量理論値: 4.488324 KDa
配列文字列:
MTIDRTYPIF TVRWLAVHGL AVPTVFFLGS ISAMQFIQR

+
分子 #10: Photosystem II reaction center protein H

分子名称: Photosystem II reaction center protein H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pisum sativum (エンドウ)
分子量理論値: 7.863094 KDa
配列文字列:
MATQTVENSS RSGPRRTAVG DLLKPLNSEY GKVAPGWGTT PLMGIAMALF AVFLSIILEI YNSSLLLDQI SMN

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein H

+
分子 #11: Photosystem II reaction center protein I, PsbI

分子名称: Photosystem II reaction center protein I, PsbI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pisum sativum (エンドウ)
分子量理論値: 4.184918 KDa
配列文字列:
MLTLKLFVYT IVIFFVSLFI FGFLSNDPGR NPGREE

+
分子 #12: Photosystem II reaction center protein J

分子名称: Photosystem II reaction center protein J / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pisum sativum (エンドウ)
分子量理論値: 4.116847 KDa
配列文字列:
MANTTGRIPL WIIGTVAGIV VIGLIGLFFY GSYSGLGSSL

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein J

+
分子 #13: Photosystem II reaction center protein K

分子名称: Photosystem II reaction center protein K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pisum sativum (エンドウ)
分子量理論値: 6.91229 KDa
配列文字列:
MLNIFSLVCI CINSALYSSS FFLGKLPEAY AFLNPIVDFM PVIPLLFFLL AFVWQAAVSF R

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein K

+
分子 #14: Photosystem II reaction center protein L

分子名称: Photosystem II reaction center protein L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pisum sativum (エンドウ)
分子量理論値: 4.4981 KDa
配列文字列:
MTQSNPNEQN VELNRTSLYW GLLLIFVLAV LFSNYFFN

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein L

+
分子 #15: Photosystem II reaction center protein M

分子名称: Photosystem II reaction center protein M / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pisum sativum (エンドウ)
分子量理論値: 3.756513 KDa
配列文字列:
MEVNILAFIA TALFILVPTA FLLIIYVKTV SQSD

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein M

+
分子 #16: Oxygen-evolving enhancer protein 1, chloroplastic

分子名称: Oxygen-evolving enhancer protein 1, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pisum sativum (エンドウ)
分子量理論値: 26.554646 KDa
配列文字列: EGAPKRLTFD EIQSKTYLEV KGTGTANQCP TIDGGVDSFS FKPGKYNAKK LCLEPTSFTV KSEGVTKNTP LAFQNTKLMT RLTYTLDEI EGPFEVSADG SVKFEEKDGI DYAAVTVQLP GGERVPFLFT IKQLVASGKP DSFSGEFLVP SYRGSSFLDP K GRGASTGY ...文字列:
EGAPKRLTFD EIQSKTYLEV KGTGTANQCP TIDGGVDSFS FKPGKYNAKK LCLEPTSFTV KSEGVTKNTP LAFQNTKLMT RLTYTLDEI EGPFEVSADG SVKFEEKDGI DYAAVTVQLP GGERVPFLFT IKQLVASGKP DSFSGEFLVP SYRGSSFLDP K GRGASTGY DNAVALPAGG RGDEEELGKE NNKSAASSKG KITLSVTQTK PETGEVIGVF ESIQPSDTDL GAKAPKDVKI QG VWYAQLE S

UniProtKB: Oxygen-evolving enhancer protein 1, chloroplastic

+
分子 #17: Oxygen-evolving enhancer protein 2, chloroplastic

分子名称: Oxygen-evolving enhancer protein 2, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pisum sativum (エンドウ)
分子量理論値: 20.287494 KDa
配列文字列:
AYGEAANVFG KAKTNTDYLP YNGDGFKLLV PAKWNPSKER EFPGQVLRYE DNFDATSNVS VLVQTTDKKS ITDYGSPEEF LSKVDYLLG KQAFFGQTDS EGGFDTNAVA VANILESSAP VIGGKQYYNI SVLTRTADGD EGGKHQLITA TVKDGKLYIC K AQAGDKRW FKGARKFVED TASSFSVA

UniProtKB: Oxygen-evolving enhancer protein 2, chloroplastic

+
分子 #18: Oxygen-evolving enhancer protein 3

分子名称: Oxygen-evolving enhancer protein 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pisum sativum (エンドウ)
分子量理論値: 16.398898 KDa
配列文字列:
EAIPIKVGGP PPLSGGLPGT LNSDEARDLK LPLKERFFIQ PLAPTEAAAR TKESAKEIVA AKKFIDQKAW PFLQNDLRLR AGYLRYDLK TIISSKPKDQ KQSLKELTDK LFQDISNLDH AAKIKSPSEA EKYYAIAVST LNDVLSKIA

UniProtKB: Oxygen-evolving enhancer protein 3

+
分子 #19: Light harvesting chlorophyll a/b-binding protein Lhcb4, CP29

分子名称: Light harvesting chlorophyll a/b-binding protein Lhcb4, CP29
タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pisum sativum (エンドウ)
分子量理論値: 27.138688 KDa
配列文字列: KPSRSAPTTD RPLWFPGAKS PEYLDGSLVG DYGFDPFGLG KPAEYLQFDL DSLDQNLAKN LAGDVIGTRT EFEDVKSTPF QPYTEVFGL QRFRECELIH GRWAMLATLG ALTVEWLTGV TWQDAGKVEL VEGSTYLGQP LPFSITTLIW IEVLVIGYIE F QRNAELDS ...文字列:
KPSRSAPTTD RPLWFPGAKS PEYLDGSLVG DYGFDPFGLG KPAEYLQFDL DSLDQNLAKN LAGDVIGTRT EFEDVKSTPF QPYTEVFGL QRFRECELIH GRWAMLATLG ALTVEWLTGV TWQDAGKVEL VEGSTYLGQP LPFSITTLIW IEVLVIGYIE F QRNAELDS EKRLYPGGKF FDPLGLAADP EKKATLQLAE IKHARLAMVA FLGFAVQAAA TGKGPLNNWA THLSDPLHTT II DTFSSS

+
分子 #20: Light harvesting chlorophyll a/b-binding protein Lhcb5, CP26

分子名称: Light harvesting chlorophyll a/b-binding protein Lhcb5, CP26
タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pisum sativum (エンドウ)
分子量理論値: 26.541545 KDa
配列文字列: ALFSKKKAAP PKKAVVSPVD DELAKWYGPD RRIFLPEGLL DRSEIPAYLT GEVPGDYGYD PFGLSKKPDD FAKYQAYELI HGRWAMLGA AGFIIPEAFN KFGANCGPEA VWFKTGALLL DGNTLNYFGK NIPINLIFAV IAEVVLVGGA EYYRIINGLN L EDKLHPGG ...文字列:
ALFSKKKAAP PKKAVVSPVD DELAKWYGPD RRIFLPEGLL DRSEIPAYLT GEVPGDYGYD PFGLSKKPDD FAKYQAYELI HGRWAMLGA AGFIIPEAFN KFGANCGPEA VWFKTGALLL DGNTLNYFGK NIPINLIFAV IAEVVLVGGA EYYRIINGLN L EDKLHPGG PFDPLGLAKD PDQAAILKVK EIKNGRLAMF AMLGFFIQAY VTGEGPVENL AKHLSDPFAN NLLTVLAGSA ER APTL

+
分子 #21: Photosystem II reaction center protein T

分子名称: Photosystem II reaction center protein T / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pisum sativum (エンドウ)
分子量理論値: 4.036859 KDa
配列文字列:
MEALVYTFLL VSTLGIIFFA IFFREPPKVP TKNTK

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein T

+
分子 #22: Photosystem II reaction center protein W

分子名称: Photosystem II reaction center protein W / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pisum sativum (エンドウ)
分子量理論値: 5.914629 KDa
配列文字列:
LVDDRMSTEG TGLPFGLSNN LLGWILFGVF GLIWALYFIY ASGLDEDEES GLSL

+
分子 #23: Photosystem II reaction center protein X

分子名称: Photosystem II reaction center protein X / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pisum sativum (エンドウ)
分子量理論値: 8.692072 KDa
配列文字列:
SIGRASSKSN GRFQVKASLK EKVVTGLTAA ALTAQMVIPD VAEAATVSPS LKNFLLSIVS GGVVVTAILG AVIGVSNFDP VKRGSQ

UniProtKB: Ultraviolet-B-repressible protein

+
分子 #24: Photosystem II reaction center protein Z

分子名称: Photosystem II reaction center protein Z / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pisum sativum (エンドウ)
分子量理論値: 6.555742 KDa
配列文字列:
MTIAFQLAVF ALIVTSSILL ISVPVVFASP DGWSSNKNVV FSGTSLWIGL VFLVGILNSL IS

UniProtKB: Photosystem II reaction center protein Z

+
分子 #25: CHLOROPHYLL B

分子名称: CHLOROPHYLL B / タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 98 / 式: CHL
分子量理論値: 907.472 Da
Chemical component information

ChemComp-CHL:
CHLOROPHYLL B / Chlorophyll b

+
分子 #26: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 216 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A / クロロフィルa

+
分子 #27: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL

分子名称: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
タイプ: ligand / ID: 27 / コピー数: 32 / 式: LUT
分子量理論値: 568.871 Da
Chemical component information

ChemComp-LUT:
(3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / ルテイン

+
分子 #28: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BE...

分子名称: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
タイプ: ligand / ID: 28 / コピー数: 16 / 式: XAT
分子量理論値: 600.87 Da
Chemical component information

ChemComp-XAT:
(3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / 13-cis-ビオラキサンチン / ビオラキサンチン

+
分子 #29: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY...

分子名称: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5- ...名称: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL
タイプ: ligand / ID: 29 / コピー数: 16 / 式: NEX
分子量理論値: 600.87 Da
Chemical component information

ChemComp-NEX:
(1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL

+
分子 #30: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 30 / コピー数: 36 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM / Phosphatidylglycerol

+
分子 #31: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 31 / コピー数: 24 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / β-カロチン / Β-カロテン

+
分子 #32: CA-MN4-O5 CLUSTER

分子名称: CA-MN4-O5 CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 32 / コピー数: 2 / 式: OEX
分子量理論値: 339.827 Da
Chemical component information

ChemComp-OEX:
CA-MN4-O5 CLUSTER

+
分子 #33: FE (II) ION

分子名称: FE (II) ION / タイプ: ligand / ID: 33 / コピー数: 2 / 式: FE2
分子量理論値: 55.845 Da

+
分子 #34: CHLORIDE ION

分子名称: CHLORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 34 / コピー数: 4 / 式: CL
分子量理論値: 35.453 Da

+
分子 #35: PHEOPHYTIN A

分子名称: PHEOPHYTIN A / タイプ: ligand / ID: 35 / コピー数: 4 / 式: PHO
分子量理論値: 871.2 Da
Chemical component information

ChemComp-PHO:
PHEOPHYTIN A / 132α-(メトキシカルボニル)-31,32-ジデヒ(以下略) / フェオフィチン

+
分子 #36: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL

分子名称: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
タイプ: ligand / ID: 36 / コピー数: 8 / 式: SQD
分子量理論値: 795.116 Da
Chemical component information

ChemComp-SQD:
1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル

+
分子 #37: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 37 / コピー数: 14 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #38: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,...

分子名称: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE
タイプ: ligand / ID: 38 / コピー数: 4 / 式: PL9
分子量理論値: 749.201 Da
Chemical component information

ChemComp-PL9:
2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE / プラストキノン

+
分子 #39: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 39 / コピー数: 10 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

+
分子 #40: BICARBONATE ION

分子名称: BICARBONATE ION / タイプ: ligand / ID: 40 / コピー数: 2 / 式: BCT
分子量理論値: 61.017 Da
Chemical component information

ChemComp-BCT:
BICARBONATE ION / 炭酸水素アニオン / pH緩衝剤*YM / 炭酸水素塩

+
分子 #41: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 41 / コピー数: 2 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Heme B

+
分子 #42: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 42 / コピー数: 1076 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER / 水

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度3.0 mg/mL
緩衝液pH: 5.7
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 136521

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-5xnl:
Structure of stacked C2S2M2-type PSII-LHCII supercomplex from Pisum sativum

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る