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万見
- EMDB-6704: Prefusion structure of MERS-CoV spike glycoprotein, three-fold sy... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6704
タイトルPrefusion structure of MERS-CoV spike glycoprotein, three-fold symmetry
マップデータ
試料
  • 複合体: MERS-CoV spike trimer
    • タンパク質・ペプチド: S proteinCoronavirus spike protein
  • リガンド: N-ACETYL-D-GLUCOSAMINEN-アセチルグルコサミン
機能・相同性
機能・相同性情報


endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, MERS-CoV / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, MERS-CoV-like / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, MERS-CoV / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, MERS-CoV-like / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
スパイクタンパク質 / スパイクタンパク質
類似検索 - 構成要素
生物種Middle East respiratory syndrome coronavirus (MERSコロナウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Yuan Y / Cao D / Zhang Y / Ma J / Qi J / Wang Q / Lu G / Wu Y / Yan J / Shi Y ...Yuan Y / Cao D / Zhang Y / Ma J / Qi J / Wang Q / Lu G / Wu Y / Yan J / Shi Y / Zhang X / Gao GF
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Cryo-EM structures of MERS-CoV and SARS-CoV spike glycoproteins reveal the dynamic receptor binding domains.
著者: Yuan Yuan / Duanfang Cao / Yanfang Zhang / Jun Ma / Jianxun Qi / Qihui Wang / Guangwen Lu / Ying Wu / Jinghua Yan / Yi Shi / Xinzheng Zhang / George F Gao /
要旨: The envelope spike (S) proteins of MERS-CoV and SARS-CoV determine the virus host tropism and entry into host cells, and constitute a promising target for the development of prophylactics and ...The envelope spike (S) proteins of MERS-CoV and SARS-CoV determine the virus host tropism and entry into host cells, and constitute a promising target for the development of prophylactics and therapeutics. Here, we present high-resolution structures of the trimeric MERS-CoV and SARS-CoV S proteins in its pre-fusion conformation by single particle cryo-electron microscopy. The overall structures resemble that from other coronaviruses including HKU1, MHV and NL63 reported recently, with the exception of the receptor binding domain (RBD). We captured two states of the RBD with receptor binding region either buried (lying state) or exposed (standing state), demonstrating an inherently flexible RBD readily recognized by the receptor. Further sequence conservation analysis of six human-infecting coronaviruses revealed that the fusion peptide, HR1 region and the central helix are potential targets for eliciting broadly neutralizing antibodies.
履歴
登録2017年2月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年5月3日-
マップ公開2017年5月3日-
更新2019年10月16日-
現状2019年10月16日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0615
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0615
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5x59
  • 表面レベル: 0.0615
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6704.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6704.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.3 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0615 / ムービー #1: 0.0615
最小 - 最大-0.23481733 - 0.4019932
平均 (標準偏差)0.000030789917 (±0.011461312)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-128-128-128
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 332.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.31.31.3
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z332.800332.800332.800
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-128-128-128
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.2350.4020.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : MERS-CoV spike trimer

全体名称: MERS-CoV spike trimer
要素
  • 複合体: MERS-CoV spike trimer
    • タンパク質・ペプチド: S proteinCoronavirus spike protein
  • リガンド: N-ACETYL-D-GLUCOSAMINEN-アセチルグルコサミン

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超分子 #1: MERS-CoV spike trimer

超分子名称: MERS-CoV spike trimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Middle East respiratory syndrome coronavirus (MERSコロナウイルス)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

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分子 #1: S protein

分子名称: S protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Middle East respiratory syndrome coronavirus (MERSコロナウイルス)
分子量理論値: 145.856203 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: YVDVGPDSVK SACIEVDIQQ TFFDKTWPRP IDVSKADGII YPQGRTYSNI TITYQGLFPY QGDHGDMYVY SAGHATGTTP QKLFVANYS QDVKQFANGF VVRIGAAANS TGTVIISPST SATIRKIYPA FMLGSSVGNF SDGKMGRFFN HTLVLLPDGC G TLLRAFYC ...文字列:
YVDVGPDSVK SACIEVDIQQ TFFDKTWPRP IDVSKADGII YPQGRTYSNI TITYQGLFPY QGDHGDMYVY SAGHATGTTP QKLFVANYS QDVKQFANGF VVRIGAAANS TGTVIISPST SATIRKIYPA FMLGSSVGNF SDGKMGRFFN HTLVLLPDGC G TLLRAFYC ILEPRSGNHC PAGNSYTSFA TYHTPATDCS DGNYNRNASL NSFKEYFNLR NCTFMYTYNI TEDEILEWFG IT QTAQGVH LFSSRYVDLY GGNMFQFATL PVYDTIKYYS IIPHSIRSIQ SDRKAWAAFY VYKLQPLTFL LDFSVDGYIR RAI DCGFND LSQLHCSYES FDVESGVYSV SSFEAKPSGS VVEQAEGVEC DFSPLLSGTP PQVYNFKRLV FTNCNYNLTK LLSL FSVND FTCSQISPAA IASNCYSSLI LDYFSYPLSM KSDLSVSSAG PISQFNYKQS FSNPTCLILA TVPHNLTTIT KPLKY SYIN KCSRLLSDDR TEVPQLVNAN QYSPCVSIVP STVWEDGDYY RKQLSPLEGG GWLVASGSTV AMTEQLQMGF GITVQY GTD TNSVCPKLEF ANDTKIASQL GNCVEYSLYG VSGRGVFQNC TAVGVRQQRF VYDAYQNLVG YYSDDGNYYC LRACVSV PV SVIYDKETKT HATLFGSVAC EHISSTMSQY SRSTRSMLKR RDSTYGPLQT PVGCVLGLVN SSLFVEDCKL PLGQSLCA L PDTPSTLTPR SVSSVPGEMR LASIAFNHPI QVDQLNSSYF KLSIPTNFSF GVTQEYIQTT IQKVTVDCKQ YVCNGFQKC EQLLREYGQF CSKINQALHG ANLRQDDSVR NLFASVKSSQ SSPIIPGFGG DFNLTLLEPV SISTGSRSAR SAIEDLLFDK VTIADPGYM QGYDDCMQQG PASARDLICA QYVAGYKVLP PLMDVNMEAA YTSSLLGSIA GVGWTAGLSS FAAIPFAQSI F YRLNGVGI TQQVLSENQK LIANKFNQAL GAMQTGFTTT NEAFQKVQDA VNNNAQALSK LASELSNTFG AISASIGDII QR LDVLEQD AQIDRLINGR LTTLNAFVAQ QLVRSESAAL SAQLAKDKVN ECVKAQSKRS GFCGQGTHIV SFVVNAPNGL YFM HVGYYP SNHIEVVSAY GLCDAANPTN CIAPVNGYFI KTNNTRIVDE WSYTGSSFYA PEPITSLNTK YVAPQVTYQN ISTN LPPPL LGNSTGIDFQ DELDEFFKNV STSIPNFGSL TQINTTLLDL TYEMLSLQQV VKALNESYID LKELGNYTYY NKEFR LVPR GSPGSGYIPE APRDGQAYVR KDGEWVLLST FLGHHHHHH

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分子 #2: N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE

分子名称: N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 30 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 8.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 60000

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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