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万見
- EMDB-6691: Apaf-1-Caspase-9 holoenzyme -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6691
タイトルApaf-1-Caspase-9 holoenzyme
マップデータNone
試料
  • 複合体: Apaf-1 apoptosome
機能・相同性
機能・相同性情報


カスパーゼ-9 / response to G1 DNA damage checkpoint signaling / caspase complex / cytochrome c-heme linkage / regulation of apoptotic DNA fragmentation / Formation of apoptosome / アポトソーム / cytochrome complex / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process by cytochrome c / leukocyte apoptotic process ...カスパーゼ-9 / response to G1 DNA damage checkpoint signaling / caspase complex / cytochrome c-heme linkage / regulation of apoptotic DNA fragmentation / Formation of apoptosome / アポトソーム / cytochrome complex / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process by cytochrome c / leukocyte apoptotic process / glial cell apoptotic process / response to cobalt ion / cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic signaling pathway / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity / Caspase activation via Dependence Receptors in the absence of ligand / Regulation of the apoptosome activity / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / SMAC (DIABLO) binds to IAPs / SMAC(DIABLO)-mediated dissociation of IAP:caspase complexes / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / fibroblast apoptotic process / AKT phosphorylates targets in the cytosol / epithelial cell apoptotic process / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / platelet formation / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / Transcriptional Regulation by E2F6 / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / protein maturation / enzyme activator activity / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / respirasome / signal transduction in response to DNA damage / forebrain development / positive regulation of apoptotic signaling pathway / cardiac muscle cell apoptotic process / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / heat shock protein binding / cellular response to dexamethasone stimulus / intrinsic apoptotic signaling pathway / response to nutrient / kidney development / neural tube closure / response to ischemia / ADP binding / NOD1/2 Signaling Pathway / ミトコンドリア / protein processing / SH3 domain binding / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / positive regulation of neuron apoptotic process / cellular response to UV / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / response to estradiol / nervous system development / peptidase activity / neuron apoptotic process / regulation of apoptotic process / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / response to lipopolysaccharide / 細胞分化 / electron transfer activity / response to hypoxia / positive regulation of apoptotic process / cysteine-type endopeptidase activity / nucleotide binding / lipid binding / apoptotic process / DNA damage response / heme binding / Neutrophil degranulation / protein kinase binding / protein-containing complex / ミトコンドリア / タンパク質分解 / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
CASP9, CARD domain / Apoptotic Protease-Activating Factor 1, CARD domain / : / Apoptotic protease-activating factor 1-like, winged-helix domain / Apoptotic protease-activating factor 1 / Peptidase C14 family / APAF-1 helical domain / APAF-1 helical domain / Apoptotic protease-activating factors, helical domain / NB-ARC ...CASP9, CARD domain / Apoptotic Protease-Activating Factor 1, CARD domain / : / Apoptotic protease-activating factor 1-like, winged-helix domain / Apoptotic protease-activating factor 1 / Peptidase C14 family / APAF-1 helical domain / APAF-1 helical domain / Apoptotic protease-activating factors, helical domain / NB-ARC / NB-ARC domain / Caspase recruitment domain / Cytochrome c, class IA/ IB / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Peptidase family C14A, His active site / Caspase family histidine active site. / Peptidase C14, caspase non-catalytic subunit p10 / Peptidase family C14A, cysteine active site / Caspase family cysteine active site. / Caspase family p10 domain profile. / Peptidase C14A, caspase catalytic domain / Caspase, interleukin-1 beta converting enzyme (ICE) homologues / Peptidase C14, p20 domain / Caspase family p20 domain profile. / シトクロムc / : / Caspase domain / Caspase-like domain superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Death-like domain superfamily / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / WD40リピート / WD40リピート / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
cDNA FLJ75893, highly similar to Homo sapiens caspase 9, apoptosis-related cysteine peptidase (CASP9), transcript variant alpha, mRNA / Apoptotic protease-activating factor 1 / シトクロムc / カスパーゼ-9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å
データ登録者Li Y / Zhou M / Hu Q / Shi Y
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2017
タイトル: Mechanistic insights into caspase-9 activation by the structure of the apoptosome holoenzyme.
著者: Yini Li / Mengying Zhou / Qi Hu / Xiao-Chen Bai / Weiyun Huang / Sjors H W Scheres / Yigong Shi /
要旨: Mammalian intrinsic apoptosis requires activation of the initiator caspase-9, which then cleaves and activates the effector caspases to execute cell killing. The heptameric Apaf-1 apoptosome is ...Mammalian intrinsic apoptosis requires activation of the initiator caspase-9, which then cleaves and activates the effector caspases to execute cell killing. The heptameric Apaf-1 apoptosome is indispensable for caspase-9 activation by together forming a holoenzyme. The molecular mechanism of caspase-9 activation remains largely enigmatic. Here, we report the cryoelectron microscopy (cryo-EM) structure of an apoptotic holoenzyme and structure-guided biochemical analyses. The caspase recruitment domains (CARDs) of Apaf-1 and caspase-9 assemble in two different ways: a 4:4 complex docks onto the central hub of the apoptosome, and a 2:1 complex binds the periphery of the central hub. The interface between the CARD complex and the central hub is required for caspase-9 activation within the holoenzyme. Unexpectedly, the CARD of free caspase-9 strongly inhibits its proteolytic activity. These structural and biochemical findings demonstrate that the apoptosome activates caspase-9 at least in part through sequestration of the inhibitory CARD domain.
履歴
登録2016年12月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年1月18日-
マップ公開2017年3月1日-
更新2017年3月1日-
現状2017年3月1日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0563
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0563
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6691.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6691.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈None
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.34 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0563 / ムービー #1: 0.0563
最小 - 最大-0.21274799 - 0.48513398
平均 (標準偏差)0.0012616193 (±0.01155583)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 428.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.341.341.34
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z428.800428.800428.800
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.2130.4850.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Apaf-1 apoptosome

全体名称: Apaf-1 apoptosome
要素
  • 複合体: Apaf-1 apoptosome

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超分子 #1: Apaf-1 apoptosome

超分子名称: Apaf-1 apoptosome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Insect cell expression vector pTIE1 (その他) / 組換プラスミド: pFasBac

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
平均電子線量: 32.0 e/Å2
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 240130

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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