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- EMDB-6666: The hexamer of full-length Cbln4 in complex with the LNS domain o... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6666
タイトルThe hexamer of full-length Cbln4 in complex with the LNS domain of Nrxn1beta
マップデータ
試料Nrxn1beta != Cbln4

Nrxn1beta

  • 複合体: Cbln4
    • タンパク質・ペプチド: Cbln4
  • 複合体: Nrxn1beta
    • タンパク質・ペプチド: Nrxn1beta
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 20.0 Å
データ登録者Zhong C / Li G / Zhang H / Cao L / He Y / Ding J
引用ジャーナル: Cell Rep / : 2017
タイトル: Cbln1 and Cbln4 Are Structurally Similar but Differ in GluD2 Binding Interactions.
著者: Chen Zhong / Jinlong Shen / Huibing Zhang / Guangyi Li / Senlin Shen / Fang Wang / Kuan Hu / Longxing Cao / Yongning He / Jianping Ding /
要旨: Unlike cerebellin 1 (Cbln1), which bridges neurexin (Nrxn) receptors and δ-type glutamate receptors in a trans-synaptic triad, Cbln4 was reported to have no or weak binding for the receptors ...Unlike cerebellin 1 (Cbln1), which bridges neurexin (Nrxn) receptors and δ-type glutamate receptors in a trans-synaptic triad, Cbln4 was reported to have no or weak binding for the receptors despite sharing ∼70% sequence identity with Cbln1. Here, we report crystal structures of the homotrimers of the C1q domain of Cbln1 and Cbln4 at 2.2 and 2.3 Å resolution, respectively. Comparison of the structures suggests that the difference between Cbln1 and Cbln4 in GluD2 binding might be because of their sequence and structural divergence in loop CD. Surprisingly, we show that Cbln4 binds to Nrxn1β and forms a stable complex with the laminin, nectin, sex-hormone binding globulin (LNS) domain of Nrxn1β. Furthermore, the negative-stain electron microscopy reconstruction of hexameric full-length Cbln1 at 13 Å resolution and that of the Cbln4/Nrxn1β complex at 19 Å resolution suggest that Nrxn1β binds to the N-terminal region of Cbln4, probably through strand β10 of the S4 insert.
履歴
登録2016年11月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年9月13日-
マップ公開2017年9月13日-
更新2017年9月13日-
現状2017年9月13日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 0.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(半径に従い着色)
  • 表面レベル: 0.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6666.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.48 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.6 / ムービー #1: 0.6
最小 - 最大-0.6238839 - 3.1701295
平均 (標準偏差)0.040619545 (±0.25700653)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-32-32-32
サイズ646464
Spacing646464
セルA=B=C: 222.72 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.483.483.48
M x/y/z646464
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z222.720222.720222.720
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-32-32-32
NC/NR/NS646464
D min/max/mean-0.6243.1700.041

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Nrxn1beta

全体名称: Nrxn1beta
要素
  • 複合体: Cbln4
    • タンパク質・ペプチド: Cbln4
  • 複合体: Nrxn1beta
    • タンパク質・ペプチド: Nrxn1beta

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超分子 #1: Cbln4

超分子名称: Cbln4 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換プラスミド: pCDH

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超分子 #2: Nrxn1beta

超分子名称: Nrxn1beta / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #2

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分子 #1: Cbln4

分子名称: Cbln4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
LQHHHHHHHH ASQNDTEPIV LEGKCLVVCD SNPATDSKGS SSSPLGISVR AANSKVAFSA VRSTNHEPSE MSNKTRIIYF DQILVNVGNF FTLESVFVAP RKGIYSFSFH VIKVYQSQTI QVNLMLNGKP VISAFAGDKD VTREAATNGV LLYLDKEDKV YLKLEKGNLL GGWQYSTFSG FLVFPL

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分子 #2: Nrxn1beta

分子名称: Nrxn1beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: mgshhhhhhh hgsdydiptt enlyfqgssl rgghagttyi fskgggqity kwppndrpst radrlaigfs tvqkeavlvr vdsssglgdy lelhihqgki gvkfnvgtdd iaieesnaii ndgkyhvvrf trsggnatlq vdswpviery pagnndnerl aiarqripyr ...文字列:
mgshhhhhhh hgsdydiptt enlyfqgssl rgghagttyi fskgggqity kwppndrpst radrlaigfs tvqkeavlvr vdsssglgdy lelhihqgki gvkfnvgtdd iaieesnaii ndgkyhvvrf trsggnatlq vdswpviery pagnndnerl aiarqripyr lgrvvdewll dkgrqltifn sqatiiiggk eqgqpfqgql sglyynglkv lnmaaendan iaivgnvrlv gevpssefws hpqfek

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: 0.75% uranyl formate
凍結凍結剤: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 12
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) / 平均電子線量: 20.0 e/Å2

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画像解析

初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 9148

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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