+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6642 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of the WRC-Rac1 complex | |||||||||
マップデータ | Reconstruction of WRC-Rac1 | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | cryoelectron microscopy (低温電子顕微鏡法) / Wave Regulatory Complex / GTPase (GTPアーゼ) / actin nucleation | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Chen B / Chou H-T / Xing W / Henry L / Walz T / Rosen MK | |||||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2017 タイトル: Rac1 GTPase activates the WAVE regulatory complex through two distinct binding sites. 著者: Baoyu Chen / Hui-Ting Chou / Chad A Brautigam / Wenmin Xing / Sheng Yang / Lisa Henry / Lynda K Doolittle / Thomas Walz / Michael K Rosen / 要旨: The Rho GTPase Rac1 activates the WAVE regulatory complex (WRC) to drive Arp2/3 complex-mediated actin polymerization, which underpins diverse cellular processes. Here we report the structure of a ...The Rho GTPase Rac1 activates the WAVE regulatory complex (WRC) to drive Arp2/3 complex-mediated actin polymerization, which underpins diverse cellular processes. Here we report the structure of a WRC-Rac1 complex determined by cryo-electron microscopy. Surprisingly, Rac1 is not located at the binding site on the Sra1 subunit of the WRC previously identified by mutagenesis and biochemical data. Rather, it binds to a distinct, conserved site on the opposite end of Sra1. Biophysical and biochemical data on WRC mutants confirm that Rac1 binds to both sites, with the newly identified site having higher affinity and both sites required for WRC activation. Our data reveal that the WRC is activated by simultaneous engagement of two Rac1 molecules, suggesting a mechanism by which cells may sense the density of active Rac1 at membranes to precisely control actin assembly. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_6642.map.gz | 7.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-6642-v30.xml emd-6642.xml | 11.9 KB 11.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 400_6642.gif 80_6642.gif | 40.6 KB 3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6642 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6642 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_6642.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 58.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Reconstruction of WRC-Rac1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.24 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Complex of WAVE regulatory complex (WRC) and Rac1
全体 | 名称: Complex of WAVE regulatory complex (WRC) and Rac1 |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1000: Complex of WAVE regulatory complex (WRC) and Rac1
超分子 | 名称: Complex of WAVE regulatory complex (WRC) and Rac1 / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was monodisperse. / 集合状態: One heteropentamer of WRC binds to one Rac1 / Number unique components: 2 |
---|---|
分子量 | 理論値: 375 KDa |
-分子 #1: WAVE regulatory complex
分子 | 名称: WAVE regulatory complex / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: WRC 詳細: WRC is composed of 5 subunits: Sra1, Nap1, WAVE1, Abi2, and HSPC300. コピー数: 1 / 集合状態: heterohexamer / 組換発現: Yes |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human |
分子量 | 理論値: 375 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 組換細胞: sf9 |
-分子 #2: Rac1
分子 | 名称: Rac1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: Rac1 is fused to C-terminal WAVE1. / コピー数: 1 / 組換発現: Yes |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 組換細胞: sf9 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.1 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 7 / 詳細: 10 mM HEPES, 100 mM NaCl, 1 mM MgCl2, 2 mM TCEP |
グリッド | 詳細: glow-discharged Quantifoil holey carbon grids (400 copper mesh, R1.2/1.3) |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 103 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 手法: WRC-Rac1 complex (3.5 microliter at 0.1 mg/ml) was applied to glow-discharged Quantifoil holey carbon grids (400 copper mesh, R1.2/1.3). The grids were blotted for 3 seconds and quick-frozen ...手法: WRC-Rac1 complex (3.5 microliter at 0.1 mg/ml) was applied to glow-discharged Quantifoil holey carbon grids (400 copper mesh, R1.2/1.3). The grids were blotted for 3 seconds and quick-frozen in liquid ethane using a Gatan CryoPlunge 3. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI 20 |
---|---|
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 40410 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 29000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: This holder operates at liquid nitrogen temperature. 試料ホルダーモデル: OTHER |
温度 | 平均: 88 K |
日付 | 2015年6月16日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) デジタル化 - サンプリング間隔: 5 µm / 実像数: 2173 / 平均電子線量: 38.4 e/Å2 詳細: There were a total of 2,173 image stacks. For 1,366 stacks, 30 frames were recorded at 200 ms per frame (total exposure time of 6 seconds). For 407 stacks, 34 frames were recorded at 300 ms ...詳細: There were a total of 2,173 image stacks. For 1,366 stacks, 30 frames were recorded at 200 ms per frame (total exposure time of 6 seconds). For 407 stacks, 34 frames were recorded at 300 ms per frame (total exposure time of 10.2 seconds). For 400 stacks, 51 frames were recorded at 200 ms per frame (total exposure time of 10.2 seconds). |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: whole micrograph |
---|---|
最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Relion / 使用した粒子像数: 29784 |
詳細 | Initial model was low-pass filtered crystal structure of the WRC complex (PDB ID 3P8C). Automatic particle picking, 2D classification, 3D classification, refinement, and subsequent reconstruction were performed using RELION. |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: |
---|---|
ソフトウェア | 名称: Chimera |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
-原子モデル構築 2
初期モデル | PDB ID: |
---|---|
ソフトウェア | 名称: Chimera |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |