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- EMDB-6567: The cryo-EM structure of yeast spliceosomal U4/U6.U5 tri-snRNP (i... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6567
タイトルThe cryo-EM structure of yeast spliceosomal U4/U6.U5 tri-snRNP (improved map for Prp4 region at 3.61 A)
マップデータReconstruction of tri-snRNP
試料
  • 試料: U4/U6.U5 tri-snRNP from Saccharomyces cerevisiae
  • 細胞器官・細胞要素: U4/U6.U5 tri-snRNP
キーワードtri-snRNP (核内低分子リボ核タンパク質) / pre-mRNA splicing
機能・相同性
機能・相同性情報


spliceosomal conformational changes to generate catalytic conformation / mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / snoRNA splicing / Lsm1-7-Pat1 complex / U6 snRNP / snoRNA guided rRNA 2'-O-methylation / positive regulation of RNA binding / box C/D sno(s)RNA 3'-end processing / generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA ...spliceosomal conformational changes to generate catalytic conformation / mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / snoRNA splicing / Lsm1-7-Pat1 complex / U6 snRNP / snoRNA guided rRNA 2'-O-methylation / positive regulation of RNA binding / box C/D sno(s)RNA 3'-end processing / generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / box C/D methylation guide snoRNP complex / splicing factor binding / U4/U6 snRNP / P-body assembly / 7-methylguanosine cap hypermethylation / pICln-Sm protein complex / spliceosomal tri-snRNP complex / small nuclear ribonucleoprotein complex / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / U4 snRNA binding / SMN-Sm protein complex / U2-type prespliceosome assembly / commitment complex / U2-type catalytic step 2 spliceosome / U4 snRNP / U2 snRNP / poly(U) RNA binding / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / U3 snoRNA binding / U1 snRNP / U2-type prespliceosome / tRNA processing / precatalytic spliceosome / spliceosomal complex assembly / generation of catalytic spliceosome for second transesterification step / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / mRNA 3'-splice site recognition / mRNA 5'-splice site recognition / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / U5 snRNA binding / U5 snRNP / U2 snRNA binding / spliceosomal snRNP assembly / U6 snRNA binding / pre-mRNA intronic binding / maturation of SSU-rRNA / U1 snRNA binding / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / small-subunit processome / P-body / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / rRNA processing / metallopeptidase activity / cytosolic large ribosomal subunit / RNA helicase activity / nucleic acid binding / ヘリカーゼ / mRNA binding / GTPase activity / GTP binding / 核小体 / ATP hydrolysis activity / ミトコンドリア / RNA binding / 核質 / ATP binding / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Pre-mRNA processing factor 4 (PRP4)-like / Splicing Factor Motif, present in Prp18 and Pr04 / Prp31 C-terminal / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp31 / Prp31 C terminal domain / Pre-mRNA-splicing factor 3 / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp3 / Sm-like protein Lsm8 / pre-mRNA processing factor 3 domain / Small nuclear ribonucleoprotein Prp3, C-terminal domain ...Pre-mRNA processing factor 4 (PRP4)-like / Splicing Factor Motif, present in Prp18 and Pr04 / Prp31 C-terminal / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp31 / Prp31 C terminal domain / Pre-mRNA-splicing factor 3 / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp3 / Sm-like protein Lsm8 / pre-mRNA processing factor 3 domain / Small nuclear ribonucleoprotein Prp3, C-terminal domain / Small nuclear ribonucleoprotein Prp3, C-terminal domain / U6 snRNA-associated Sm-like protein Lsm1/8 / Dim1 family / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2 / Sm-like protein Lsm4 / Mitosis protein DIM1 / Mitosis protein DIM1 / Sm-like protein Lsm7 / PRP1 splicing factor, N-terminal / Sm-like protein LSm5 / Sm-like protein Lsm3 / U6 snRNA-associated Sm-like protein Lsm3 / PRP1 splicing factor, N-terminal / Pre-mRNA-splicing factor Syf1-like / NOSIC / Brr2, N-terminal helicase PWI domain / : / N-terminal helicase PWI domain / Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 plug domain / NOSIC (NUC001) domain / Nop domain / Nop domain superfamily / Nop, C-terminal domain / snoRNA binding domain, fibrillarin / Nop domain profile. / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nhp2-like / Snu114, GTP-binding domain / Sec63 Brl domain / 116kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component, N-terminal / 116kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component, C-terminal / 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component N-terminus / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Sec63 domain / Sec63 Brl domain / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Small nuclear ribonucleoprotein E / Small nuclear ribonucleoprotein G / Small nuclear ribonucleoprotein F / Sm-like protein Lsm7/SmG / Like-Sm (LSM) domain containing protein, LSm4/SmD1/SmD3 / Sm-like protein Lsm6/SmF / LSM domain / LSM domain, eukaryotic/archaea-type / snRNP Sm proteins / HAT (Half-A-TPR) repeat / HAT (Half-A-TPR) repeats / : / Sm domain profile. / Translation elongation factor EFG/EF2, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G, domain IV / LSM domain superfamily / Elongation factor G C-terminus / Elongation factor EFG, domain V-like / Elongation factor G C-terminus / EF-G domain III/V-like / PROCT domain / Prp8 RNase domain IV, fingers region / PROCT (NUC072) domain / PRO8NT domain / PROCN domain / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U6-snRNA-binding / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U5-snRNA-binding / RNA recognition motif, spliceosomal PrP8 / PRP8 domain IV core / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U5-snRNA-binding domain superfamily / Prp8 RNase domain IV, palm region / PRO8NT (NUC069), PrP8 N-terminal domain / PROCN (NUC071) domain / U6-snRNA interacting domain of PrP8 / U5-snRNA binding site 2 of PrP8 / RNA recognition motif of the spliceosomal PrP8 / PRP8 domain IV core / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 / JAB/MPN domain / JAB1/MPN/MOV34 metalloenzyme domain / MPN domain / MPN domain profile. / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Ribosomal protein L7Ae conserved site / Ribosomal protein L7Ae signature. / Tetratricopeptide repeats / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Ribosomal protein L7Ae/L8/Nhp2 family / C2 domain superfamily / Tetratricopeptide repeat / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45
類似検索 - ドメイン・相同性
Pre-mRNA-splicing factor 6 / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP4 / Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 / Pre-mRNA-splicing factor 8 / Pre-mRNA-splicing factor SNU114 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2 / 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein / Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5 ...Pre-mRNA-splicing factor 6 / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP4 / Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 / Pre-mRNA-splicing factor 8 / Pre-mRNA-splicing factor SNU114 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2 / 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein / Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5 / Small nuclear ribonucleoprotein G / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm8 / Pre-mRNA-processing factor 31 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm7 / Small nuclear ribonucleoprotein F / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP3 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6 / Spliceosomal protein DIB1 / Small nuclear ribonucleoprotein E
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.61 Å
データ登録者Wan R / Yan C / Bai R / Wang L / Huang M / Wong C / Shi Y
引用ジャーナル: Science / 年: 2016
タイトル: The 3.8 Å structure of the U4/U6.U5 tri-snRNP: Insights into spliceosome assembly and catalysis.
著者: Ruixue Wan / Chuangye Yan / Rui Bai / Lin Wang / Min Huang / Catherine C L Wong / Yigong Shi /
要旨: Splicing of precursor messenger RNA is accomplished by a dynamic megacomplex known as the spliceosome. Assembly of a functional spliceosome requires a preassembled U4/U6.U5 tri-snRNP complex, which ...Splicing of precursor messenger RNA is accomplished by a dynamic megacomplex known as the spliceosome. Assembly of a functional spliceosome requires a preassembled U4/U6.U5 tri-snRNP complex, which comprises the U5 small nuclear ribonucleoprotein (snRNP), the U4 and U6 small nuclear RNA (snRNA) duplex, and a number of protein factors. Here we report the three-dimensional structure of a Saccharomyces cerevisiae U4/U6.U5 tri-snRNP at an overall resolution of 3.8 angstroms by single-particle electron cryomicroscopy. The local resolution for the core regions of the tri-snRNP reaches 3.0 to 3.5 angstroms, allowing construction of a refined atomic model. Our structure contains U5 snRNA, the extensively base-paired U4/U6 snRNA, and 30 proteins including Prp8 and Snu114, which amount to 8495 amino acids and 263 nucleotides with a combined molecular mass of ~1 megadalton. The catalytic nucleotide U80 from U6 snRNA exists in an inactive conformation, stabilized by its base-pairing interactions with U4 snRNA and protected by Prp3. Pre-messenger RNA is bound in the tri-snRNP through base-pairing interactions with U6 snRNA and loop I of U5 snRNA. This structure, together with that of the spliceosome, reveals the molecular choreography of the snRNAs in the activation process of the spliceosomal ribozyme.
履歴
登録2015年12月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年2月10日-
マップ公開2016年2月10日-
更新2016年2月10日-
現状2016年2月10日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0215
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0215
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3jcm
  • 表面レベル: 0.0215
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

400_6567.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6567.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 122.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of tri-snRNP
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.32 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0215 / ムービー #1: 0.0215
最小 - 最大-0.13499862 - 0.23521529
平均 (標準偏差)-0.00006279 (±0.00453599)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 422.40002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.321.321.32
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z422.400422.400422.400
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.1350.235-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : U4/U6.U5 tri-snRNP from Saccharomyces cerevisiae

全体名称: U4/U6.U5 tri-snRNP from Saccharomyces cerevisiae
要素
  • 試料: U4/U6.U5 tri-snRNP from Saccharomyces cerevisiae
  • 細胞器官・細胞要素: U4/U6.U5 tri-snRNP

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超分子 #1000: U4/U6.U5 tri-snRNP from Saccharomyces cerevisiae

超分子名称: U4/U6.U5 tri-snRNP from Saccharomyces cerevisiae / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 34

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超分子 #1: U4/U6.U5 tri-snRNP

超分子名称: U4/U6.U5 tri-snRNP / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
日付2015年8月8日
撮影カテゴリ: FILM
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
デジタル化 - スキャナー: TEMSCAN / 実像数: 3141
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.61 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 172134

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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