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基本情報

エントリ情報
データベース: EMDB / ID: 6205
タイトルStructure of ADP-bound N-ethylmaleimide sensitive factor determined by single particle cryoelectron microscopy
マップデータMap of ADP-bound N-ethylmaleimide sensitive factor. This map is unsharpened and unfiltered. The map was normalized using the program MAPMAN.
試料ADP-bound N-ethylmaleimide sensitive factor:
N-ethylmaleimide sensitive factor
キーワードATPases associated with diverse cellular activities
機能・相同性Aspartate decarboxylase-like domain superfamily / CDC48, domain 2 / AAA-protein family signature. / Cell division protein 48 (CDC48), domain 2 / Cell division protein 48 (CDC48), N-terminal domain / ATPase, AAA-type, conserved site / ATPase, AAA-type, core / AAA+ ATPase domain / CDC48, N-terminal subdomain / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) ...Aspartate decarboxylase-like domain superfamily / CDC48, domain 2 / AAA-protein family signature. / Cell division protein 48 (CDC48), domain 2 / Cell division protein 48 (CDC48), N-terminal domain / ATPase, AAA-type, conserved site / ATPase, AAA-type, core / AAA+ ATPase domain / CDC48, N-terminal subdomain / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / CDC48 domain 2-like superfamily / Vesicle-fusing ATPase / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / SNARE complex disassembly / vesicle-fusing ATPase / positive regulation of receptor recycling / syntaxin-1 binding / ionotropic glutamate receptor binding / SNARE binding / potassium ion transport / ATPase activity, coupled / PDZ domain binding / positive regulation of protein catabolic process / intracellular protein transport / midbody / ATPase activity / protein-containing complex binding / protein kinase binding / ATP binding / identical protein binding / 細胞膜 / metal ion binding / 細胞質基質 / Vesicle-fusing ATPase
機能・相同性情報
由来Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
実験手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 7.6Å分解能
データ登録者Zhao M / Wu S / Zhou Q / Vivona S / Cipriano DJ / Cheng Y / Brunger AT
引用ジャーナル: Nature / : 2015
タイトル: Mechanistic insights into the recycling machine of the SNARE complex.
著者: Minglei Zhao / Shenping Wu / Qiangjun Zhou / Sandro Vivona / Daniel J Cipriano / Yifan Cheng / Axel T Brunger
構造検証レポートPDB-ID: 3j95

簡易版詳細版構造検証レポートについて
日付登録: 2014年12月5日 / ヘッダ(付随情報) 公開: 2015年1月28日 / マップ公開: 2015年1月28日 / 最新の更新: 2015年2月11日

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(円筒半径に従い着色)
  • 表面レベル: 6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: : PDB-3j95
  • 表面レベル: 6
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップデータ

ファイルemd_6205.map.gz (map file in CCP4 format, 8193 KB)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
128 pix
2.43 Å/pix.
= 311.194 Å
128 pix
2.43 Å/pix.
= 311.194 Å
128 pix
2.43 Å/pix.
= 311.194 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.4312 Å
密度
表面のレベル:6 (by author), 6 (ムービー #1)
最小 - 最大-5.15959406 - 13.84298992
平均 (標準偏差)0E-8 (1.00000000)
詳細

EMDB XML:

空間群番号1
マップ形状
Axis orderXYZ
Dimensions128128128
Origin-64-64-64
Limit636363
Spacing128128128
セルA=B=C: 311.1936 Å
α=β=γ: 90.0 deg.

CCP4マップヘッダ:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.4312031252.4312031252.431203125
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z311.194311.194311.194
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-72-72-72
NX/NY/NZ145145145
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-64-64-64
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-5.16013.843-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 ADP-bound N-ethylmaleimide sensitive factor

全体名称: ADP-bound N-ethylmaleimide sensitive factor / 構成要素数: 1 / オリゴマーの状態: hexamer
分子量理論値: 500 kDa

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構成要素 #1: タンパク質, N-ethylmaleimide sensitive factor

タンパク質名称: N-ethylmaleimide sensitive factor / 別称: NSF / オリゴマーの状態: hexamer / 組換発現: Yes / 個数: 6
分子量理論値: 83 kDa
由来生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
由来(合成)発現系: Escherichia coli (大腸菌) / ベクター: pPROEX-1 / : BL21(DE3)-RIL
外部リンクUniProt: Vesicle-fusing ATPase

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実験情報

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試料調製

試料試料の状態: 粒子 / 実験手法: クライオ電子顕微鏡法
試料溶液試料濃度: 15 mg/ml
緩衝液: 50 mM Tris-Cl, 150 mM NaCl, 1 mM EDTA, 1 mM ATP, 1 mM DTT, 0.05% v/v Nonident P-40
pH: 8
支持膜Holey carbon on top of 400 mesh copper grid
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE / 温度: 90 K / 湿度: 100 % / 実験手法: Blot for 3.5 seconds before plunging.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
撮影顕微鏡: FEI POLARA 300 / 日付: 2014年1月14日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射量: 44 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズ倍率: 31000 X (公称値) / Cs: 2.3 mm / 撮影モード: BRIGHT FIELD / デフォーカス: -1800 - -2800 nm
試料ホルダモデル: OTHER
カメラディテクター: GATAN K2 (4k x 4k)

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画像取得

画像取得詳細: Gatan K2 Summit in super-resolution counting mode. Motion correction as described in Li et al. (2013) Nature Methods.

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画像解析

解析実験手法: 単粒子再構成法 / 想定した対称性: C1 (非対称) / 投影像の数: 12830
詳細: 3D classification, refinement, and reconstruction were performed using RELION.
3次元再構成ソフトウェア: RELION / CTF補正: Each particle / 分解能: 7.6 Å / 分解能の算定法: FSC 0.143, gold-standard

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原子モデル構築

モデリング #1ソフトウェア: Chimera, PHENIX / 精密化のプロトコル: flexible / 当てはまり具合の基準: R-factor / 精密化に使用した空間: RECIPROCAL
詳細: D2 domain of NSF was from crystal structure 1NSF. D1 domain of NSF was from related entry EMD-6204.
利用したPDBモデル: 1NSF
鎖ID: A
得られたモデル

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万見について

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お知らせ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報: Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク: PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク: wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報: Omokage検索

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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