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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5948
タイトルThree-dimensional structure of a protozoal dsRNA virus that infects enteric pathogen Giardia lamblia
マップデータIcosahedral reconstruction of giardiavirus
試料
  • 試料: GLV virion
  • ウイルス: Giardia lamblia virus (ウイルス)
キーワードGiardia lamblia virus / protozoal virus / dsRNA virus / icosahedral image reconstruction / cryoTEM / infects Giardia lamblia
生物種Giardia lamblia virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.0 Å
データ登録者Janssen ME / Takagi Y / Parent KN / Cardone G / Fichorova RN / Nibert ML / Baker TS
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2015
タイトル: Three-dimensional structure of a protozoal double-stranded RNA virus that infects the enteric pathogen Giardia lamblia.
著者: Mandy E W Janssen / Yuko Takagi / Kristin N Parent / Giovanni Cardone / Max L Nibert / Timothy S Baker /
要旨: Giardia lamblia virus (GLV) is a small, nonenveloped, nonsegmented double-stranded RNA (dsRNA) virus infecting Giardia lamblia, the most common protozoan pathogen of the human intestine and a major ...Giardia lamblia virus (GLV) is a small, nonenveloped, nonsegmented double-stranded RNA (dsRNA) virus infecting Giardia lamblia, the most common protozoan pathogen of the human intestine and a major agent of waterborne diarrheal disease worldwide. GLV (genus Giardiavirus) is a member of family Totiviridae, along with several other groups of protozoal or fungal viruses, including Leishmania RNA viruses and Trichomonas vaginalis viruses. Interestingly, GLV is more closely related than other Totiviridae members to a group of recently discovered metazoan viruses that includes penaeid shrimp infectious myonecrosis virus (IMNV). Moreover, GLV is the only known protozoal dsRNA virus that can transmit efficiently by extracellular means, also like IMNV. In this study, we used transmission electron cryomicroscopy and icosahedral image reconstruction to examine the GLV virion at an estimated resolution of 6.0 Å. Its outermost diameter is 485 Å, making it the largest totivirus capsid analyzed to date. Structural comparisons of GLV and other totiviruses highlighted a related "T=2" capsid organization and a conserved helix-rich fold in the capsid subunits. In agreement with its unique capacity as a protozoal dsRNA virus to survive and transmit through extracellular environments, GLV was found to be more thermoresistant than Trichomonas vaginalis virus 1, but no specific protein machinery to mediate cell entry, such as the fiber complexes in IMNV, could be localized. These and other structural and biochemical findings provide a basis for future work to dissect the cell entry mechanism of GLV into a "primitive" (early-branching) eukaryotic host and an important enteric pathogen of humans.
IMPORTANCE: Numerous pathogenic bacteria, including Corynebacterium diphtheriae, Salmonella enterica, and Vibrio cholerae, are infected with lysogenic bacteriophages that contribute significantly to ...IMPORTANCE: Numerous pathogenic bacteria, including Corynebacterium diphtheriae, Salmonella enterica, and Vibrio cholerae, are infected with lysogenic bacteriophages that contribute significantly to bacterial virulence. In line with this phenomenon, several pathogenic protozoa, including Giardia lamblia, Leishmania species, and Trichomonas vaginalis are persistently infected with dsRNA viruses, and growing evidence indicates that at least some of these protozoal viruses can likewise enhance the pathogenicity of their hosts. Understanding of these protozoal viruses, however, lags far behind that of many bacteriophages. Here, we investigated the dsRNA virus that infects the widespread enteric parasite Giardia lamblia. Using electron cryomicroscopy and icosahedral image reconstruction, we determined the virion structure of Giardia lamblia virus, obtaining new information relating to its assembly, stability, functions in cell entry and transcription, and similarities and differences with other dsRNA viruses. The results of our study set the stage for further mechanistic work on the roles of these viruses in protozoal virulence.
履歴
登録2014年4月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年4月30日-
マップ公開2014年11月12日-
更新2015年5月27日-
現状2015年5月27日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5948.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5948.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 808.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Icosahedral reconstruction of giardiavirus
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.09 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.1 / ムービー #1: 1.1
最小 - 最大-3.38433194 - 6.48850393
平均 (標準偏差)0.05024409 (±0.66671234)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ601601601
Spacing601601601
セルA=B=C: 655.09 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.091.091.09
M x/y/z601601601
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z655.090655.090655.090
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS601601601
D min/max/mean-3.3846.4890.050

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : GLV virion

全体名称: GLV virion
要素
  • 試料: GLV virion
  • ウイルス: Giardia lamblia virus (ウイルス)

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超分子 #1000: GLV virion

超分子名称: GLV virion / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: icosahedral / Number unique components: 1

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超分子 #1: Giardia lamblia virus

超分子名称: Giardia lamblia virus / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: GLV / NCBI-ID: 29255 / 生物種: Giardia lamblia virus / Sci species strain: WBI / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: GLV
宿主生物種: Giardia intestinalis (ランブル鞭毛虫) / 株: WBI / 別称: PROTOZOA
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 485 Å / T番号(三角分割数): 2

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.02 mg/mL
緩衝液pH: 7.2 / 詳細: 50 mM HEPES, 500 mM NaCl, 20 mM MgCl2
グリッド詳細: Quantifoil R2/2
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 99 % / チャンバー内温度: 90 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 手法: Blot 5 sec before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 58050 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.26 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.41 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.78 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER
温度最低: 90 K / 最高: 96 K / 平均: 93 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 135,000 times magnification.
日付2012年4月18日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: OTHER / デジタル化 - サンプリング間隔: 6.35 µm / 実像数: 101 / 平均電子線量: 25 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8
Tilt angle min0
Tilt angle max0
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: robem
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: auto3dem
詳細: Particles were selected and preprocessed using RobEM.
使用した粒子像数: 14125
詳細Particles were selected and preprocessed using RobEM. Image reconstruction was performed using Auto3DEM.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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