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万見
- EMDB-5383: Marine Bacteriophage SIO-2 with T12 symmetry (Procapsid) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5383
タイトルMarine Bacteriophage SIO-2 with T12 symmetry (Procapsid)
マップデータSIO-2 prophage
試料
  • 試料: Marine Phage SIO-2
  • ウイルス: Vibrio phage SIO-2 (ファージ)
キーワードprocapsid (カプシド) / Marine Bacteriophage / Phage (ファージ) / Virus (ウイルス) / Decoration Proteins / Ig-like
生物種Vibrio phage SIO-2 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 15.0 Å
データ登録者Lander GC / Baudoux AC / Azam F / Potter CS / Carragher B / Johnson JE
引用ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Capsomer dynamics and stabilization in the T = 12 marine bacteriophage SIO-2 and its procapsid studied by CryoEM.
著者: Gabriel C Lander / Anne-Claire Baudoux / Farooq Azam / Clinton S Potter / Bridget Carragher / John E Johnson /
要旨: We report the subnanometer cryo-electron microscopy (cryoEM) reconstruction of a marine siphovirus, the Vibrio phage SIO-2. This phage is lytic for related Vibrio species with significant ecological ...We report the subnanometer cryo-electron microscopy (cryoEM) reconstruction of a marine siphovirus, the Vibrio phage SIO-2. This phage is lytic for related Vibrio species with significant ecological importance, including the broadly antagonistic bacterium Vibrio sp. SWAT3. The three-dimensional structure of the 800 Å SIO-2, icosahedrally averaged head of the tailed particle revealed a T = 12 quasi-symmetry not previously described in a bacteriophage. Two morphologically distinct types of auxiliary proteins were also identified; one species bound to the surface of hexamers, and the other bound to pentamers. The secondary structure, evident in the electron density, shows that the major capsid protein has the HK97-like fold. The three-dimensional structure of the procapsid form, also presented here, has no "decoration" proteins and reveals a capsomer organization due to the constraints of the T = 12 symmetry.
履歴
登録2012年1月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年1月12日-
マップ公開2012年1月12日-
更新2012年3月14日-
現状2012年3月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5383_1.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5383.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 21.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈SIO-2 prophage
ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.9 Å
密度
表面レベル登録者による: 2.0 / ムービー #1: 2
最小 - 最大-6.16991615 - 13.713181499999999
平均 (標準偏差)0.19893758 (±1.02901757)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin101010
サイズ180180180
Spacing180180180
セルA=B=C: 702.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.93.93.9
M x/y/z180180180
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z702.000702.000702.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-62-62-62
NX/NY/NZ125125125
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS101010
NC/NR/NS180180180
D min/max/mean-6.17013.7130.199

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Marine Phage SIO-2

全体名称: Marine Phage SIO-2
要素
  • 試料: Marine Phage SIO-2
  • ウイルス: Vibrio phage SIO-2 (ファージ)

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超分子 #1000: Marine Phage SIO-2

超分子名称: Marine Phage SIO-2 / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: procapsid / 集合状態: immature capsid / Number unique components: 1
分子量理論値: 12.2 MDa

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超分子 #1: Vibrio phage SIO-2

超分子名称: Vibrio phage SIO-2 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: SIO-2 / 詳細: particles were present with mature phage prep / NCBI-ID: 700512 / 生物種: Vibrio phage SIO-2 / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes / Syn species name: SIO-2
宿主生物種: Vibrio sp. SWAT-3 / 別称: BACTERIA(EUBACTERIA)
分子量理論値: 12.2 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: gene84 / 直径: 600 Å / T番号(三角分割数): 12

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液詳細: 100 kDa-filtered autoclaved seawater
グリッド詳細: 200 mesh Cu grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 78 K / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot / 手法: blot for 4 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 20
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 80000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 倍率（公称値）: 80000
試料ステージ試料ホルダー: Gatan CT3500 / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
温度最低: 78 K / 最高: 78 K / 平均: 78 K
アライメント法Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 210K times magnification
詳細Collected using Leginon software
日付2009年6月13日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F415 (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 0.975 µm / 実像数: 6628 / 平均電子線量: 30 e/Å2

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画像解析

CTF補正詳細: whole micrograph
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 15.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN and Frealign / 使用した粒子像数: 1179
詳細particles automatically selected and manually edited

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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