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万見
- EMDB-5268: Three-dimensional structure of Dengue virus serotype 1 complexed ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5268
タイトルThree-dimensional structure of Dengue virus serotype 1 complexed with HMAb 14c10 Fab
マップデータcryo-EM reconstruction of a complex of Dengue serotype 1 with 14C10 antibodies
試料
  • 試料: Dengue virus serotype 1 with Fab fragment of human monoclonal antibody 14c10
  • ウイルス: Dengue virus 1 (デング熱ウイルス)
  • タンパク質・ペプチド: antibody Fab fragment
キーワードvirus (ウイルス) / dengue (デング熱) / serotype 1 (血清型) / mature virus / human antibody (抗体) / neutralizing (中和抗体) / serotype specific / Fab
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / : / カプシド / double-stranded RNA binding / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / : / カプシド / double-stranded RNA binding / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / protein dimerization activity / induction by virus of host autophagy / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / structural molecule activity / virion attachment to host cell / virion membrane / タンパク質分解 / extracellular region / ATP binding / 生体膜 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Flavivirus capsid protein C superfamily / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Genome polyprotein, Flavivirus / Flavivirus non-structural protein NS4A ...: / : / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Flavivirus capsid protein C superfamily / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Genome polyprotein, Flavivirus / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / DNA/RNA polymerase superfamily / Peptidase S1, PA clan / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Dengue virus 1 (デング熱ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.0 Å
データ登録者Teoh EP / Kukkaro P / Teo EW / Lim A / Tan TT / Shi PY / Yip A / Schul W / Leo S / Chan SH ...Teoh EP / Kukkaro P / Teo EW / Lim A / Tan TT / Shi PY / Yip A / Schul W / Leo S / Chan SH / Smith KGC / Ooi EE / Kemeny DM / Ng G / Ng ML / Alonso S / Fisher D / Hanson B / Lok SM / MacAry PA
引用ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2012
タイトル: The structural basis for serotype-specific neutralization of dengue virus by a human antibody.
著者: Ee Ping Teoh / Petra Kukkaro / En Wei Teo / Angeline P C Lim / Tze Tong Tan / Andy Yip / Wouter Schul / Myint Aung / Victor A Kostyuchenko / Yee Sin Leo / Soh Ha Chan / Kenneth G C Smith / ...著者: Ee Ping Teoh / Petra Kukkaro / En Wei Teo / Angeline P C Lim / Tze Tong Tan / Andy Yip / Wouter Schul / Myint Aung / Victor A Kostyuchenko / Yee Sin Leo / Soh Ha Chan / Kenneth G C Smith / Annie Hoi Yi Chan / Gang Zou / Eng Eong Ooi / D Michael Kemeny / Grace K Tan / Jowin K W Ng / Mah Lee Ng / Sylvie Alonso / Dale Fisher / Pei-Yong Shi / Brendon J Hanson / Shee-Mei Lok / Paul A MacAry /
要旨: Dengue virus (DENV) is a mosquito-borne flavivirus that affects 2.5 billion people worldwide. There are four dengue serotypes (DENV1 to DENV4), and infection with one elicits lifelong immunity to ...Dengue virus (DENV) is a mosquito-borne flavivirus that affects 2.5 billion people worldwide. There are four dengue serotypes (DENV1 to DENV4), and infection with one elicits lifelong immunity to that serotype but offers only transient protection against the other serotypes. Identification of the protective determinants of the human antibody response to DENV is a vital requirement for the design and evaluation of future preventative therapies and treatments. Here, we describe the isolation of a neutralizing antibody from a DENV1-infected patient. The human antibody 14c10 (HM14c10) binds specifically to DENV1. HM14c10 neutralizes the virus principally by blocking virus attachment; at higher concentrations, a post-attachment step can also be inhibited. In vivo studies show that the HM14c10 antibody has antiviral activity at picomolar concentrations. A 7 Å resolution cryoelectron microscopy map of Fab fragments of HM14c10 in a complex with DENV1 shows targeting of a discontinuous epitope that spans the adjacent surface of envelope protein dimers. As found previously, a human antibody specific for the related West Nile virus binds to a similar quaternary structure, suggesting that this could be an immunodominant epitope. These findings provide a structural and molecular context for durable, serotype-specific immunity to DENV infection.
履歴
登録2011年3月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2011年3月23日-
マップ公開2012年6月27日-
更新2012年6月27日-
現状2012年6月27日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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ムービー
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5268_1.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5268.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 465.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈cryo-EM reconstruction of a complex of Dengue serotype 1 with 14C10 antibodies
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.9 Å
密度
表面レベル登録者による: 2.5 / ムービー #1: 2.5
最小 - 最大-12.802399640000001 - 18.50806618
平均 (標準偏差)0.0 (±0.99999994)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-250-250-250
サイズ500500500
Spacing500500500
セルA=B=C: 950.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.91.91.9
M x/y/z500500500
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z950.000950.000950.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-62-62-62
NX/NY/NZ125125125
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-250-250-250
NC/NR/NS500500500
D min/max/mean-12.80218.508-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Dengue virus serotype 1 with Fab fragment of human monoclonal ant...

全体名称: Dengue virus serotype 1 with Fab fragment of human monoclonal antibody 14c10
要素
  • 試料: Dengue virus serotype 1 with Fab fragment of human monoclonal antibody 14c10
  • ウイルス: Dengue virus 1 (デング熱ウイルス)
  • タンパク質・ペプチド: antibody Fab fragment

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超分子 #1000: Dengue virus serotype 1 with Fab fragment of human monoclonal ant...

超分子名称: Dengue virus serotype 1 with Fab fragment of human monoclonal antibody 14c10
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: 120 Fab molecules bind to one dengue virion / Number unique components: 2

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超分子 #1: Dengue virus 1

超分子名称: Dengue virus 1 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: Dengue 1 / 詳細: strain PVP 159 / NCBI-ID: 11053 / 生物種: Dengue virus 1 / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: Dengue 1
宿主生物種: Aedes albopictus (ヒトスジシマカ) / 別称: INVERTEBRATES
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 240 Å / T番号(三角分割数): 3

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分子 #1: antibody Fab fragment

分子名称: antibody Fab fragment / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Fab / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 組織: blood / 細胞: CD22plus B cells / 細胞中の位置: secreted
分子量実験値: 50 MDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換プラスミド: pTT5

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8 / 詳細: 120 mM NaCl, 12 mM Tris-HCl, pH 8.0, 1mM EDTA
グリッド詳細: lacey carbon copper grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot / 手法: 1 second blotting

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.9 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.76 µm / 倍率（公称値）: 47000
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER
温度平均: 100 K
日付2010年9月27日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GENERIC GATAN / デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 実像数: 341 / 平均電子線量: 16 e/Å2 / 詳細: 4k x 4k Gatan CCD / ビット/ピクセル: 16
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN, MPSA / 使用した粒子像数: 2129
詳細The particles were selected manually.

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3g7t

ソフトウェア名称: Chimera
詳細Protocol: rigid body. The domains were fitted separately using Fit In Map feature in Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: correlation
得られたモデル

PDB-3j05:
Three-dimensional structure of Dengue virus serotype 1 complexed with HMAb 14c10 Fab

PDB-4cau:
THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF DENGUE VIRUS SEROTYPE 1 COMPLEXED WITH 2 HMAB 14C10 FAB

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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