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万見
- EMDB-5224: Human 80S ribosome in situ, untreated -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5224
タイトルHuman 80S ribosome in situ, untreatedEukaryotic ribosome
マップデータThis is a map of a tomographic average of a human 80S ribosome in situ
試料
  • 試料: Human 80S ribosome in situ, untreatedEukaryotic ribosome
  • 複合体: cytosolic 80S ribosome
キーワードhuman 80S ribosome / puromycin (ピューロマイシン) / in situ (In situ) / cytosol (細胞質基質) / polysome (ポリソーム) / polyribosome (ポリソーム) / protein synthesis (タンパク質生合成) / translation (翻訳 (生物学)) / 3D cryoEM / tomography (トモグラフィー) / cellular tomography
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 39.0 Å
データ登録者Brandt F / Carlson L-A / Hartl FU / Baumeister W / Grunewald K
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2010
タイトル: The three-dimensional organization of polyribosomes in intact human cells.
著者: Florian Brandt / Lars-Anders Carlson / F Ulrich Hartl / Wolfgang Baumeister / Kay Grünewald /
要旨: Structural studies have provided detailed insights into different functional states of the ribosome and its interaction with factors involved in nascent peptide folding, processing, and targeting. ...Structural studies have provided detailed insights into different functional states of the ribosome and its interaction with factors involved in nascent peptide folding, processing, and targeting. However, how the translational machinery is organized spatially in native cellular environments is not yet well understood. Here we have mapped individual ribosomes in electron tomograms of intact human cells by template matching and determined the average structure of the ribosome in situ. Characteristic features of active ribosomes in the cellular environment were assigned to the tRNA channel, elongation factors, and additional densities near the peptide tunnel. Importantly, the relative spatial configuration of neighboring ribosomes in the cell is clearly nonrandom. The preferred configurations are specific for active polysomes and were largely abrogated in puromycin-treated control cells. The distinct neighbor orientations found in situ resemble configurations of bacterial polysomes in vitro, indicating a conserved supramolecular organization with implications for nascent polypeptide folding.
履歴
登録2010年8月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2010年12月9日-
マップ公開2010年12月9日-
更新2013年3月6日-
現状2013年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.9
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.9
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5224_1.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5224.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 422.9 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is a map of a tomographic average of a human 80S ribosome in situ
ボクセルのサイズX=Y=Z: 8.21 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.9 / ムービー #1: 0.9
最小 - 最大-2.09170914 - 4.06884241
平均 (標準偏差)0.0 (±0.99999547)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ484848
Spacing484848
セルA=B=C: 394.08002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z8.218.218.21
M x/y/z484848
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z394.080394.080394.080
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-99-99-99
NX/NY/NZ200200200
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS484848
D min/max/mean-2.0924.069-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Human 80S ribosome in situ, untreated

全体名称: Human 80S ribosome in situ, untreatedEukaryotic ribosome
要素
  • 試料: Human 80S ribosome in situ, untreatedEukaryotic ribosome
  • 複合体: cytosolic 80S ribosome

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超分子 #1000: Human 80S ribosome in situ, untreated

超分子名称: Human 80S ribosome in situ, untreated / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: Cytosolic ribosomes in situ
集合状態: One 80S ribosome within mixed cellular polysomes
Number unique components: 1
分子量手法: Sedimentation, 80S

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超分子 #1: cytosolic 80S ribosome

超分子名称: cytosolic 80S ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI / Ribosome-details: ribosome-eukaryote: ALL
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: human

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
詳細: Cellular medium, DMEM (Gibco) supplemented with 10% foetal calf serum, 37C and 5% CO2
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: Cells grown on grids, vitrification
グリッド詳細: C-flat 2/1, holey carbon gold grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 77 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: Vitrification instrument: plunger. Vitrification carried out in air
手法: Blot for 2 s before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM300FEG/T
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 17500 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 7.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 倍率（公称値）: 17500
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF2002
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV
試料ステージ試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder.
試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / Tilt series - Axis1 - Min angle: -65 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 65 °
温度最低: 77 K / 平均: 77 K
アライメント法Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 50,000 times magnification
日付2008年7月7日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN MULTISCAN / 平均電子線量: 80 e/Å2

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画像解析

最終 3次元分類クラス数: 1
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 39.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EM / 詳細: exact weighting / 使用したサブトモグラム数: 1911
詳細Individual particle subvolumes were automatically selected by CCC threshold.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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