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万見
- EMDB-5217: Visualizing the structural changes of bacteriophage epsilon15 and... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5217
タイトルVisualizing the structural changes of bacteriophage epsilon15 and its Salmonella host during infection
マップデータEmpty capsid attached to cell
試料
  • 試料: Bacteriophage epsilon15, Salmonella anatum
  • ウイルス: epsilon15 (ファージ)
キーワードvirus (ウイルス) / infection (感染) / Salmonella (サルモネラ) / tomography (トモグラフィー) / bacteriophage (ファージ)
生物種epsilon15 (ファージ)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Chang JT / Schmid MF / Haase-Pettingell C / Weigele PR / King JA / Chiu W
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2010
タイトル: Visualizing the structural changes of bacteriophage Epsilon15 and its Salmonella host during infection.
著者: Juan T Chang / Michael F Schmid / Cameron Haase-Pettingell / Peter R Weigele / Jonathan A King / Wah Chiu /
要旨: The efficient mechanism by which double-stranded DNA bacteriophages deliver their chromosome across the outer membrane, cell wall, and inner membrane of Gram-negative bacteria remains obscure. ...The efficient mechanism by which double-stranded DNA bacteriophages deliver their chromosome across the outer membrane, cell wall, and inner membrane of Gram-negative bacteria remains obscure. Advances in single-particle electron cryomicroscopy have recently revealed details of the organization of the DNA injection apparatus within the mature virion for various bacteriophages, including epsilon15 (ɛ15) and P-SSP7. We have used electron cryotomography and three-dimensional subvolume averaging to capture snapshots of ɛ15 infecting its host Salmonella anatum. These structures suggest the following stages of infection. In the first stage, the tailspikes of ɛ15 attach to the surface of the host cell. Next, ɛ15's tail hub attaches to a putative cell receptor and establishes a tunnel through which the injection core proteins behind the portal exit the virion. A tube spanning the periplasmic space is formed for viral DNA passage, presumably from the rearrangement of core proteins or from cellular components. This tube would direct the DNA into the cytoplasm and protect it from periplasmic nucleases. Once the DNA has been injected into the cell, the tube and portal seals, and the empty bacteriophage remains at the cell surface.
履歴
登録2010年7月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2010年8月4日-
マップ公開2010年10月11日-
更新2011年9月12日-
現状2011年9月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.11
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.11
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5217_1.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5217.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 26.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Empty capsid attached to cell
ボクセルのサイズX=Y=Z: 10.8 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.11 / ムービー #1: 0.11
最小 - 最大-0.248063 - 0.41223
平均 (標準偏差)0.0000208952 (±0.0354595)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 2073.6 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z10.810.810.8
M x/y/z192192192
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z2073.6002073.6002073.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-99-99-99
NX/NY/NZ200200200
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS192192192
D min/max/mean-0.2480.4120.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Bacteriophage epsilon15, Salmonella anatum

全体名称: Bacteriophage epsilon15, Salmonella anatum
要素
  • 試料: Bacteriophage epsilon15, Salmonella anatum
  • ウイルス: epsilon15 (ファージ)

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超分子 #1000: Bacteriophage epsilon15, Salmonella anatum

超分子名称: Bacteriophage epsilon15, Salmonella anatum / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 2

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超分子 #1: epsilon15

超分子名称: epsilon15 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: epsilon15 / 生物種: epsilon15 / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: epsilon15
宿主生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Anatum (サルモネラ菌)
別称: BACTERIA(EUBACTERIA)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 700 Å / T番号(三角分割数): 7

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

グリッド詳細: 200 mesh copper grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 93 K / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 3200FSC
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 9.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 倍率（公称値）: 20000
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: JEM3200FSC
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: JEOL 3200FSC CRYOHOLDER
温度最低: 93 K / 最高: 93 K / 平均: 93 K
日付2006年9月16日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GENERIC CCD / 平均電子線量: 65 e/Å2

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画像解析

最終 再構成詳細: The 3D reconstructions were performed with IMOD using gold as fiducial markers. Subvolumes, each containing a single particle, were computationally extracted from the reconstructions, aligned ...詳細: The 3D reconstructions were performed with IMOD using gold as fiducial markers. Subvolumes, each containing a single particle, were computationally extracted from the reconstructions, aligned to a reference model, and averaged together.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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