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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-5182 | |||||||||
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タイトル | The structure of simian virus 40 virus-like particles | |||||||||
マップデータ | Cryo-EM based reconstruction of simian virus 40 virus-like particles | |||||||||
試料 |
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キーワード | SV40 / simian virus 40 / virus-like particles | |||||||||
生物種 | avian polyomavirus (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 13.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Shen PS / Enderlein D / Nelson C / Carter WS / Kawano M / Xing L / Swenson RD / Olson NH / Baker TS / Cheng RH ...Shen PS / Enderlein D / Nelson C / Carter WS / Kawano M / Xing L / Swenson RD / Olson NH / Baker TS / Cheng RH / Atwood WJ / Johne R / Belnap DM | |||||||||
引用 | ジャーナル: Virology / 年: 2011 タイトル: The structure of avian polyomavirus reveals variably sized capsids, non-conserved inter-capsomere interactions, and a possible location of the minor capsid protein VP4. 著者: Peter S Shen / Dirk Enderlein / Christian D S Nelson / Weston S Carter / Masaaki Kawano / Li Xing / Robert D Swenson / Norman H Olson / Timothy S Baker / R Holland Cheng / Walter J Atwood / ...著者: Peter S Shen / Dirk Enderlein / Christian D S Nelson / Weston S Carter / Masaaki Kawano / Li Xing / Robert D Swenson / Norman H Olson / Timothy S Baker / R Holland Cheng / Walter J Atwood / Reimar Johne / David M Belnap / 要旨: Avian polyomavirus (APV) causes a fatal, multi-organ disease among several bird species. Using cryogenic electron microscopy and other biochemical techniques, we investigated the structure of APV and ...Avian polyomavirus (APV) causes a fatal, multi-organ disease among several bird species. Using cryogenic electron microscopy and other biochemical techniques, we investigated the structure of APV and compared it to that of mammalian polyomaviruses, particularly JC polyomavirus and simian virus 40. The structure of the pentameric major capsid protein (VP1) is mostly conserved; however, APV VP1 has a unique, truncated C-terminus that eliminates an intercapsomere-connecting β-hairpin observed in other polyomaviruses. We postulate that the terminal β-hairpin locks other polyomavirus capsids in a stable conformation and that absence of the hairpin leads to the observed capsid size variation in APV. Plug-like density features were observed at the base of the VP1 pentamers, consistent with the known location of minor capsid proteins VP2 and VP3. However, the plug density is more prominent in APV and may include VP4, a minor capsid protein unique to bird polyomaviruses. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_5182.map.gz | 91.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-5182-v30.xml emd-5182.xml | 11.4 KB 11.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_5182_1.jpg | 39.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5182 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5182 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_5182.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 184.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM based reconstruction of simian virus 40 virus-like particles | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.61 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : simian virus 40 virus-like particles
全体 | 名称: simian virus 40 virus-like particles |
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要素 |
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-超分子 #1000: simian virus 40 virus-like particles
超分子 | 名称: simian virus 40 virus-like particles / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: virions / Number unique components: 1 |
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-超分子 #1: avian polyomavirus
超分子 | 名称: avian polyomavirus / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: avian polyomavirus / 詳細: Cryo-EM of simian virus 40 over holey carbon grids / 生物種: avian polyomavirus / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes / Syn species name: avian polyomavirus |
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宿主 | 別称: VERTEBRATES |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: VP1 / 直径: 5000 Å / T番号(三角分割数): 7 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.6 / 詳細: 20 mM Tris-Cl (pH 7.9) and 50 mM NaCl |
グリッド | 詳細: 200 mesh copper grid (holey carbon) |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 89 K / 装置: OTHER 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot. vitrification carried out in nitrogen atmosphere 手法: 4 second blot before plunging |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F30 |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 39000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 39000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
温度 | 最低: 88 K / 最高: 95 K / 平均: 90 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: astigmatism was corrected at 59,000 times magnification |
日付 | 2010年1月23日 |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000 デジタル化 - サンプリング間隔: 6.35 µm / 実像数: 50 / 詳細: Micrographs digitized in positive contrast mode. / ビット/ピクセル: 16 |
実験機器 | モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: each micrograph |
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最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 13.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.33 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: PFT2 and EM3DR2 |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: |
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ソフトウェア | 名称: UCSF Chimera |
詳細 | Protocol: rigid body. Coordinates were fitted by rigid-body fitting using UCSF Chimera |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 20 / 当てはまり具合の基準: R-factor |