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- EMDB-5111: Feline panleukopenia virus in complex with FAb from neutralizing ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5111
タイトルFeline panleukopenia virus in complex with FAb from neutralizing antibody MAb E
マップデータ
試料Fab fragment from MAb E interacting with feline panleukopenia virus (FPV)Fragment antigen-binding:
virusウイルス
キーワードparvovirus (パルボウイルス) / antigenic epitope / antibody (抗体) / Fab / neutralizing (中和抗体)
生物種Feline panleukopenia virus (ネコ汎白血球減少症ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 12 Å
データ登録者Hafenstein S / Bowman VD / Sun T / Nelson CDS / Palermo LM / Chipman PR / Battisti AJ / Parrish CR / Rossmann MG
引用ジャーナル: J Virol / : 2009
タイトル: Structural comparison of different antibodies interacting with parvovirus capsids.
著者: Susan Hafenstein / Valorie D Bowman / Tao Sun / Christian D S Nelson / Laura M Palermo / Paul R Chipman / Anthony J Battisti / Colin R Parrish / Michael G Rossmann /
要旨: The structures of canine parvovirus (CPV) and feline parvovirus (FPV) complexed with antibody fragments from eight different neutralizing monoclonal antibodies were determined by cryo-electron ...The structures of canine parvovirus (CPV) and feline parvovirus (FPV) complexed with antibody fragments from eight different neutralizing monoclonal antibodies were determined by cryo-electron microscopy (cryoEM) reconstruction to resolutions varying from 8.5 to 18 A. The crystal structure of one of the Fab molecules and the sequence of the variable domain for each of the Fab molecules have been determined. The structures of Fab fragments not determined crystallographically were predicted by homology modeling according to the amino acid sequence. Fitting of the Fab and virus structures into the cryoEM densities identified the footprints of each antibody on the viral surface. As anticipated from earlier analyses, the Fab binding sites are directed to two epitopes, A and B. The A site is on an exposed part of the surface near an icosahedral threefold axis, whereas the B site is about equidistant from the surrounding five-, three-, and twofold axes. One antibody directed to the A site binds CPV but not FPV. Two of the antibodies directed to the B site neutralize the virus as Fab fragments. The differences in antibody properties have been linked to the amino acids within the antibody footprints, the position of the binding site relative to the icosahedral symmetry elements, and the orientation of the Fab structure relative to the surface of the virus. Most of the exposed surface area was antigenic, although each of the antibodies had a common area of overlap that coincided with the positions of the previously mapped escape mutations.
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履歴
登録2009年3月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2009年4月3日-
マップ公開2009年9月30日-
更新2014年4月16日-
現状2014年4月16日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図(半径に従い着色)
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3iy6
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-3iy6
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5111.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 23.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.93 Å/pix.
x 184 pix.
= 539.12 Å
2.93 Å/pix.
x 184 pix.
= 539.12 Å
2.93 Å/pix.
x 184 pix.
= 539.12 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.93 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.0 / ムービー #1: 1
最小 - 最大-2.90160894 - 6.34861803
平均 (標準偏差)0.0 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-92-92-92
Dimensions184184184
Spacing184184184
セルA=B=C: 539.12 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.932.932.93
M x/y/z184184184
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z539.120539.120539.120
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-34-26-72
NX/NY/NZ6953145
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-92-92-92
NC/NR/NS184184184
D min/max/mean-2.9026.349-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 Fab fragment from MAb E interacting with feline panleukopenia vir...

全体名称: Fab fragment from MAb E interacting with feline panleukopenia virus (FPV)Fragment antigen-binding
構成要素数: 2

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構成要素 #1: ウイルス, Feline panleukopenia virus

ウイルス名称: Feline panleukopenia virus / 別称: FPV / クラス: VIRION / 中空か: Yes / エンベロープを持つか: No / 単離: STRAIN
生物種生物種: Feline panleukopenia virus (ネコ汎白血球減少症ウイルス)
由来(天然)宿主: Felis catus (イエネコ) / 宿主のカテゴリ: VERTEBRATES

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実験情報

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試料調製

試料試料の状態: 粒子 / 手法: クライオ電子顕微鏡法
試料溶液試料濃度: 1 mg/mL / 緩衝液: 10mM Tris-HCL / pH: 7.5
支持膜quantifoils
凍結装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / 温度: 120 K / 手法: blot before plunging / 詳細: Vitrification instrument: plunger

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電子顕微鏡撮影

撮影顕微鏡: FEI/PHILIPS CM300FEG/T / 日付: 2004年9月22日
電子銃電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN / 加速電圧: 300 kV / 照射量: 23.8 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズ倍率: 45000 X (nominal), 47190 X (calibrated)
非点収差: astigmatism was corrected at 100,000 times magnification
Cs: 2 mm / 撮影モード: BRIGHT FIELD / デフォーカス: 500 - 5600 nm
試料ホルダホルダー: side mounted nitrogen cooled / モデル: GATAN LIQUID NITROGEN / 温度: 93 (83 - 83 K)
カメラ検出器: KODAK SO-163 FILM

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画像取得

画像取得デジタル画像の数: 83 / Scanner: ZEISS SCAI / サンプリングサイズ: 7 µm / ビット深度: 8 / ODレンジ: 0.9 / 詳細: scanned at 7 microns and bin averaged to 14

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画像解析

解析手法: 単粒子再構成法 / 投影像の数: 1684 / 想定した対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成アルゴリズム: common lines / ソフトウェア: EMPFT EM3DR / CTF補正: robem / 解像度: 12 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5

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原子モデル構築

得られたモデル

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万見について

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お知らせ

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2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

New: 新型コロナ情報

  • 新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報:Omokage検索

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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